侍贤率数万众潜匿於牛岭、柳家湾、回龙岭，翌日，齐进景德镇，陈大富战死，陷之。金鱼桥坐营后路已绝，遂移屯乐平。初，国藩至皖南，设粮台於江西，以景德镇为转运。寇之窥祁门者，屡遭挫败，遂悉锐再犯景德，冀绝大军饷道，至是陷之。国藩度粮路已断，惟急复徽州，可通浙米，亲至休宁攻徽寇不克，仍屯祁门；而寇环攻不已，誓以身殉。宗棠大破寇於乐平，斩馘数万。侍贤遁，围建昌、抚州，攻之不下，遂陷吉安，大军旋复之，乃进陷瑞州。於是祁门之路始通。
三月，我军克新淦，解麻城围。繁昌荻港、芜湖鲁港寇皆败走。民团克云梦，收应城、黄安、黄坡。金国琛会水师克孝感、进攻德安，逼城为垒。嘉兴寇窜陷海盐、平湖，宗棠败寇於龙珠、桃岭。寇渡吉水海滩，陷吉安，复为知府曾咏等攻复。寇由吉安东犯，分股窜峡江，与新喻贼合并，屯阴冈岭，临江告警。玉成分股守德安、随州，牵缀我军，率悍党由蕲州、黄、广回宿松，进太湖大营后路，绕趋宿松桃花铺，迳窜石牌，逼安庆集贤关筑垒。未几，桐城、庐江伪章王林绍璋、伪干王洪仁玕等率二万自新安渡至横山铺、练潭一带，连营三十馀里。至马踏石，窜安庆，与玉成会解城围，多隆阿分击败之。玉成阑入集贤关，攻围师各垒；复於菱湖两岸筑垒，阻水师进攻。杨载福遣军舁炮船入湖，毁寇船筏，复立垒湖嘴，使寇不敢逼水陆大营。多隆阿自桐城挂车河进攻安庆援寇林绍璋等於练潭、横山，逼溺菜子湖无数。黄文金纠芜湖寇及捻二万，筑垒天林庄二十馀座，谋入安庆城，多隆阿诱毙二千，国荃围师不少动。水师焚夺寇船，断其接济，以困城寇。
侍贤自广信窜常山，陷之，入踞江山，旋由常山分股犯衢州。先是福建援师自衢防回援汀州，军势骤孤，故寇乘虚回窜。又别股由开化白沙关窜玉山童家坊，伪为难民呼城，炮创之；常山寇复至，会攻城，诈为援兵，奋力击之，退屯三里街、七里街，潜掘地道，道员王德榜縋城出，大破之，寇还常山。遂安寇直抵淳安港口，副将余永春中创败退；茶园寇踵至，再退桐关。严州大震。
四月，国藩自祁门移驻东流，多隆阿击败玉成，弃垒遁，屯集贤关。国藩复拨鲍超一军，胡林翼拨成大吉一军，同赴安庆。初，玉成即菱湖北岸筑垒十三，城寇叶芸来出城接应，亦筑五垒於南岸，以隔国荃与其弟贞幹之师。国荃掘长壕，包寇垒於长壕之内。玉成前阻围师，后受鲍、成两军夹攻，计穷遁去，犹死守关内外寇垒，又於随州、德安各留悍寇牵掣我兵。官文派军攻德安，筑长围困之。
秀成踞义宁州武宁县，逼近湖南北边境。官文派军分守兴国及崇、通、山、冶四县。寇裹胁七八万人，一由苦竹、南楼二岭犯通城，一由蛇箭岭犯通山。我军众寡不敌，均被阑入，直抵崇阳之白霓桥。其窥伺兴国之寇，扑余际昌营，官军战失利，退大冶。寇随至大冶，并扰武昌。官文咨调李续宜等屯东湖、跕纸坊一带，相机进剿。秀成自孝丰窜四路，陷长兴、寿昌，分犯三里亭、千家村；复自瑞州分窜西路，连陷上高、新昌，北路陷奉新扰义安，以阻援师。连日曾秉忠等水陆诸军破走乍浦、平湖寇於金山各隘。金山与浙之平湖水陆交错，薛焕与秉忠商筹，平湖一日不复，松江属一日不安；谋越越境会攻平湖，再图乍浦。
当陈玉成之退走也，多隆阿已进军磨盘山，遣温德勒克西、曹克忠、金顺等分途尾追。玉成复纠合林绍璋、洪仁玕、黄文金及格天义陈时永、捻首孙葵心共三万馀，并力上犯，筑八垒於挂车河、夬峔尖迤西釭盘岭；率党破山内黄山铺团卡，仍出山外调黄文金四千馀人伏山内，自率悍党分道进犯我垒。多隆阿分军设伏於釭盘岭、老梅树街，而自率马步各军分道拒战，寇后队忽自乱，老梅树街伏骑乘之，势不支。玉成督败党抵敌，而项家河寇垒为舒亮伏兵袭焚，烟焰突起，寇大惊，败奔桐城。八垒悉平，烧山内寇馆数十处，毙八千馀。上命左宗棠帮办军务。
寇越衢州陷龙游，连陷汤谿、金华，绍兴、宁波皆大震。宁、绍为浙东完善之区，寇垂涎已久。金华既陷，势将内犯。寇犯丹徒，水军败之，毁寇浮桥。曾秉忠自金山攻青浦，寇坚壁不出，败嘉善援寇於章练塘。宝山防军姜德攻嘉定以分寇势。都兴阿败天长、六合窜寇於扬州西北乡，尽毁甘泉山寇垒。秉忠自金山洙泾率炮船进破白虎头、金泽镇寇巢，直抵浙境，败西塘援寇，进毁俞汇卡，寇退入嘉善。金华寇分股陷兰谿、武义。
五月，鲍超、成大吉破集贤关外赤冈岭寇垒三，歼寇三千馀。伪屈天豫贾仁富、伪傅天安李仕福、伪垂天义朱孔棠等皆伏诛。大吉回援武昌，馀一垒超独破之，擒斩刘玱林。玱林陷苏、常为前锋，自恃其勇，欲以孤垒遏官军，既伏诛，国荃军势自倍。国藩之移东流也，皖南寇度岭内空虚，纠众由方干岭樟树卫防军而入，潜陷黟县，筑垒西武岭等处，窥伺祁门。张运兰等克黟县，寇并入卢村十都，增垒抗拒。我军克其七垒，寇悉骈诛。徽州寇闻之窜走。
宗棠追剿侍贤至广信，以建德再陷，窜入鄱阳视田街，急回景德。寇宵遁，宗棠截之，大战树岭，寇走建德后河，遂复县城。运兰进攻徽州，复之。汀州寇由江西瑞金回窜。时江西寇窜江山，进陷遂昌。秀成以一股踞瑞州、义宁、武宁，分三路犯湖北，连陷南岸兴国、崇阳、通城、大冶、通山、武昌、咸宁、蒲圻，寇锋逼武昌省城。官文、李续宜会遣水陆军分道进剿，胡林翼亦自太湖移军还省，先援南岸，再图黄、蕲。
寇之窜扰江西者，自去冬以来，前后凡五大股，其由皖境窜入，自北而南者三股：一曰黄文金，连陷建德、鄱阳六县；一曰李侍贤，连陷浮梁、景德等处。此二股均经左宗棠击退，未能深入江西腹地。一曰李秀成，连围玉山、广信、广丰三城，又深入内地，围建昌，扑抚州，均未破，窜入崇仁樟树镇、吉安峡江，并踞瑞州府城，分窜奉新、靖安、武宁、义宁各州县，又窜入湖北之兴国、大冶、蒲圻、崇、通等处。此北三股也。其由两广窜入，自南而北者二股：一曰广东股，其渠有周姓、许姓，上年由仁化、乐昌阑入江西，与李秀成联合，围攻广信、南丰、建昌各城，连陷湖口、兴安、婺源，经左宗棠攻克德、婺两城，遂归并徽州。一曰广西股，其渠为朱衣点、彭大瞬，本石达开之馀党也。由江西窜出湖南，经过南赣，陷福建之汀州，回窜江西，蹂躏宁都、建昌、河口等处。其前队已由婺源窜浙，后队尚留抚州。此南二股也。五大股中，又分为三支、四支，忽分忽合，时南时北。
国藩令鲍超回援江西，由九江直捣建昌，先保江西省城。瑞州及各县踞寇逼近南昌，毓科留张运桂等扼屯城外，刘于浔屯安义堡，后营屯生米，丁峻屯临江，皆为省垣西路屏蔽。李续宜克武昌，寇陷松阳、处州、永康、缙云。缙云既复，寇窜永康。宗棠遣军克建德，国藩移屯婺源，婺源者，界江、皖、浙三省之冲也。赖裕新合汀州寇犯德兴，分党踞九都之新建，遣军败之。寇渡江窜浙江开化华埠，德兴、婺源肃清。游击黄载清克遂昌，松阳踞寇亦闻风遁，载清进攻宣平克之，寇窜武义，处属肃清。金华知府王桐等克永康，寇并趋金华。江阴、常熟寇由海坝窜寿星沙，大肆焚掠。
六月，曾国荃会水师破菱湖北岸十三垒、南岸五垒，斩馘九千馀。寇之踞湖北咸宁、蒲圻、通城者，我军均克复。寇由武宁犯建昌。金华寇出扰曹宅等处，李元度克义宁。张玉良等率水陆军围攻兰谿不下。寇侦严州军单，筑垒女埠，下窜严州，陷之，寻为张玉良所复。寇陷上高，扰万载。知县翁延绪等克复武宁。水师李德麟等击毁黄山、黄田、石牌三港寇船，寿星沙寇退回江阴。苏州寇扰青浦，李恒嵩自北簳山移屯塘桥，以固松江门户。嘉定寇纠苏州寇犯上海，我军御於真如。寇渡河窜华漕，夺踞参将王占魁垒，薛焕遣军夺还。寇走南翔，再败退嘉定。时江水盛涨，国藩檄杨载福图池州，牵掣南岸。载福攻十日不能下，乃率李成谋三营至旧县，侦北岸无为濒江垒寇避水移神塘里河，驶击破之，进攻州城。陈玉成、杨辅清死力抗拒。还军次大通，败青阳寇，还屯黄石矶。
七月，玉成纠辅清众十馀万自无为州犯英山，绕宿松，径攻太湖，为救援安庆计。寇排队山冈作长蛇势。复有寇数万自龙山宫对岸至塔下，袤延二十馀里，分路诱我军，我军坚守不动。夜大雨，贼汹涌潮进，城中飞丸随雨落，至晨围始解。玉成乃自小池驿进至清河高楼岭，欲结桐城寇包裹我军，以解安庆之围。攻扑六昼夜，玉成、辅清援桴鼓督军，挥刀砍不前者。我军奋击，大挫其锋。玉成、辅清率大队窜至高河铺、马鞍山，桐城围复合。安庆围师悉平城外诸垒。秀成自窜踞瑞州，分陷上高、新昌、奉新等县，以瑞州为老巢。官文檄元度会军攻克新昌、奉新、上高，败寇均趋瑞州。乃遣游击贺接华等会军直捣郡城，攻复之。官文以德安寇谋窥荆襄，派水陆诸军节次严剿，寇坚守，有冒死突出者，诸军击溃，寇不得入城。寇复出抄我军后以援前寇，乃断其归路，寇奔河西，伏兵四合，架梯入，立复府城。
程学启克安庆北门外三石垒，北门寇路已绝。德安寇窜河南信阳，转犯罗山、光山、商城，兵团截击，退奔皖境。鲍超督诸军大破丰城西北岸寇垒，东岸屯寇惊溃，刘于浔乘之，收樟树镇。初，超自九江进军，秀成闻风远遁，率瑞州、奉新、清安、安义之寇，先分万人扰抚州；令玉成率悍党二万攻丰城，而自领大队由临江踞樟树、沙湖、丰城一带，绵亘百馀里。先一日，超至丰城对河，值寇在樟树为浮桥，阵山冈，超分中、后、左、右四队齐进，寇摇旗迎拒，战一时许，大败，馘八千馀人。
八月，克安庆城，城外四伪王窜集贤关。安庆既复，东南之势益促。水军进克池州，乘胜下剿，复铜陵县。时伪右军刘官才方盘踞池州，与安庆相犄角。内则坚守石埭、太平，阻徽师进兵之路；外则上犯德、建、鄱阳，为江省北边之患。今与安庆相继而下，皖南军势益张。国荃与多隆阿会议，以桐城为七省要道、安庆咽喉，寇死守待援；玉成尚拥众数万，徘徊於集贤关内外，谋与桐城合并。乃会军进击，玉成、辅清皆大败，越山而逸，遂复其城。宿松、黄梅、蕲州、广济相继下。多隆阿进屯蕲州曹家渡，扼下游败寇，以绝黄州寇援。李续焘等会同水师进攻黄州，寇筑垒浚壕以抗我军。蒋凝学令投诚刘维桢服寇衣，伪为援众；复造玉成伪文，诱寇出，而设伏以待，寇果出，为我军所歼，立复黄州。
时秀成窜出丰城，踞白马寨，遣党攻抚州。鲍超驰至，抚围立解。寇走贵谿，得广东新寇，合大众据湖防河口，势甚汹涌。超分五路应之，蹋毁七十馀垒，进复铅山。国藩移驻安庆省城。初，侍贤攻严州，两月不能下，乃於乌石、方门二滩连环筑垒，逼近外壕。城内粮尽援绝，副将罗大春受重伤，率将士突北门出，城遂陷。秀成自桐庐、新城进陷馀杭。寇之窜贵谿者，闻鲍超自抚州至，豫遁走。初，闽寇三起，与花旗广匪先后由建昌窜至广信，与秀成并为一路。鲍超会屈蟠大破广信寇垒，立解城围。秀成败走铅山，筑七垒，与城寇相守御。超踵至，悉覆其垒，渡河攻城，克之。秀成窜围广丰，不克，分窜玉山，筑垒十馀，复为道员王德榜所破。
秀成全股悉自江西窜犯浙境，一由玉山陷常山，一由广丰犯江山，龙游踞寇同时出扰，衢州危迫。是月知府张诗华克复泸谿、兴安各城。福建援军张启煊击寇浦江，失利，陷之。寇直犯五指山，金华大股踵至，米兴朝等迎击失利。义乌、东阳相继不守。启煊退守诸暨辟水岭，寇至再溃。九月，寇陷处州。
大军之破安庆也，无为州寇马玉棠妻子居安庆，曾国荃生致之，密谕玉棠献无为城。无为居皖北形势，控金陵，引芜湖，为寇必争之路。附近泥汊口、神塘河诸处，石垒星列，以阻我军。曾国荃会同水师抵泥汊口，垒高难仰攻，乃令筑寨安营，而自率劲旅迅赴杨家桥、凤凰颈，决堤断寇归路。寇大恐，遁入城。越日，攻神塘河，寇亦遁归，乘胜直抵城下。至是玉棠事泄，伪顶王朱王阴幽之。玉棠党举兵攻王阴，我军乘之，寇大溃。毙伪豫侯、丞相等，城立复。