秀成由临浦陷萧山，再由萧山塘路窜杭州，陷诸暨、绍兴府城，分窜新昌、嵊县。上虞、馀姚均先后失守。国荃连破运漕镇及东关镇，镇在无为、含山之界，外濒大江，内连巢湖，寇粮皆屯於此，上济安庆、庐州，下输金陵，为南北锁钥。伪巨王洪某率众五六千，并炮船数十，守之。寇失此益胆落。
十月，楚军克复随州。湖北自黄州、德安复后，惟随州以孙捻援应，扰及襄阳，凭坚死抗。官文击退豫捻，复用降将刘维桢取黄州计，诱寇出城败之，克复州城。多隆阿收舒城、庐江，李续宜部将蒋凝学屯六安、霍山，宗棠屯婺源，张运兰等屯徽州，李元度新军出广信，寇悉赴浙江，而皖南寇聚保庐州。宗棠议大举援浙，浙寇猖獗，全省糜烂，逼近省垣。
上命曾国藩管辖江苏、安徽、江西、浙江军务。秀全见各省攻讨严剧，迭克名城，金陵唾手可下，乃大惧，令秀成、侍贤分途窜扰，分我兵力。秀成窜浙江，叠陷各郡邑，直至馀杭，浙省戒严。寇从塘路抵杭州，扑武林门外卖鱼桥，踞我营卡。寇队寻大至，运粮道阻。提督张玉良来援，与城军夹守。寇乃自海潮寺至凤凰山，环木栅实土其中为坚壁，使城外隔绝，日以枪炮轰城。玉良攻木栅，中炮死。内外兵益惧，而城中久乏粮，人多饿死。自萧山、诸暨等城陷后，援兵路绝。寇寻陷奉化、台州，十一月，由慈谿犯陷镇海。台州寇分股陷黄岩、宁波，会同辅清由浙江严州遂安逾岭回窜徽州，复蔓延衢属开化，其谋在深入江、皖腹地，阻我援浙之师。
宗棠於广德奉督办浙江军务之命，以寇围徽郡，当入浙后路，遣军至婺源，会防军援剿。辅清大举分犯徽州、休宁，两败於屯谿、篁墩，遂趋南路，迳逼严郡；而秀成已陷杭州，满城亦相继失守。辅清率宁国寇围攻徽州、休宁两城，伪成天安窜休宁之屯谿，寻又窜篁墩。十二月，总兵张运桂坚守徽城待援，乘间出击破寇垒。寇复踞屯谿、市街、潜口一带，以绝徽军粮道。国藩调总兵朱品隆驰赴休宁，与唐义训先破屯谿街口寇卡，毁河边四垒，进平石桥、潜口寇巢，寻派军护粮赴徽。寇由万安街分股包抄，我军奋击之，寇不敢遏。张运桂以严市街为寇踞，粮道梗阻，与休宁军会商兜剿，毁寇十馀垒，辅清受伤。值除夕大雪，寇掠无所得，悉遁去，围立解。
是月提督李世忠克复天长、六合。寇自八年踞六合，屡攻不下。黄雅冬思反正，潜约世忠先削其外垒，而己为内应。世忠自滁州至六合，遂大破寇垒，斩冯匊林，直造城下。黄雅冬倒戈，纵火拔关，我军拥入城，擒斩冲天福林国安、顶天燕江玉城、攀天福魏正福五十馀人，皆悍党也。诏黄雅冬更名朝栋。世忠以黄朝栋密约天长寇陈世明为内应，朝栋所部未尽薙发，诈为援寇进城下，世明拔关纳军，遂克之。
是岁汀州寇窜陷连城，分窜上杭。江西寇复阑入武平境，时寇谋分股：一图窥龙、岩，一由清流、宁化扰延平、邵武。总督庆端以延平为全省关键，驰往驻札；克连城，进攻汀州，创洪容海，克之。而江西续窜武平之寇，亦为副将林文察等击败。国藩疏请饬庆端严守浦城，俾寇不得由闽境窜江西。
同治元年正月，是时浙、苏两省膏腴尽为寇有，全浙所存，尚有湖州、海宁两城，又孤悬贼中，独衢州一府尚可图存。国藩疏荐福建延邵建宁道李鸿章署理江苏巡抚，别立一军，由沪图苏；以围攻金陵属曾国荃，以浙事属左宗棠。於是东南寇势日就衰熄。世忠攻江浦，约刘元成、单玉功为内应，杀伪报王、伪宗王、操天福等七十馀名，立复江浦；至浦口，复克其城。自江、浙两省寇纠众数十万，并力东犯，连陷奉贤、南汇、川沙等厅县，烽火遍浦东，逼上海。各隘防军遇寇辄溃走。寇既为法船所击退，踞天马山陈防桥，复为李恒嵩所破，败入青浦城中。其浦东大股踞高桥，欲断我要隘。美人华尔、白齐文扑寇巢，毁其壁，进攻浦东、浦南，大破之。寻嘉定、青浦寇进逼七宝，以窥上海围防军郭太平营。薛焕督军解其围，甫还军，寇复大至。
李鸿章率湘淮军援江苏，营上海城南。黄翼升统水师相继至。宗棠出岭攻开化，杨辅清纠众踞张村、银坑、石佛岭，窥伺衢州，连战走之，阵斩蓝以道，开化肃清。九洑洲寇窜江浦、浦口、和州，分党犯桥林。二月，嘉善、平湖寇水陆犯金山、洙泾，七日，陷之。松江、上海俱震。东梁山伪爱王黄崇发、西梁山伪亲王某、裕谿口伪善王陈观意纠合雍家镇寇，分股上窜五显庙、水家村、汤家沟，水师李成谋登岸破之，斩黄崇发。初，宗棠既克开化，进军常山璞石，侦李侍贤嗾寿昌兰谿寇纠遂安恭天义赖连绣犯开化马金，谋长围困我。宗棠回攻遂安，乘援寇未集，先剿克之。
三月，李元度败寇於江山碗窑，再败小青湖援寇。江山贼进陷峡口闽军曾元福垒，踞之，连营数十里。宗棠自常山遣军进剿。林文察之克遂昌也，寇并聚松阳，蔓延云和、景宁，寻以次击退，进规处州，破寇松阳平港头寇垒，寇奔处州碧湖。上年国藩檄鲍超平青阳城外寇垒，作长围困之。伪奉王古隆贤潜纠浙江死党三万馀人进扑铜陵，分我军势。超率援军尽扫横塘等处百馀卡三十六垒。古隆贤侦知大军北出，阴统泾、太悍寇筑九垒於青阳猪婆店阻我师，以通粮道。適超凯旋，进逼青阳，克之。
国荃既募湘勇回安庆，国藩饬令攻取巢县、含山、和州、西梁山等处，以为欲制寇死命，先自巢始，遂进屯县城东北。刘连捷等赴望山冈以扼南路，寇乘我垒未定来犯，拒败之。初，寇踞江岸以北，上援庐州，下卫江宁，分布坚城，拒守要塞，通上下之气，杜我进兵要路。至是攻破巢县铜城闸、雍家镇，旋收巢县，复含山，再会水师大破裕溪口寇屯。
寇之踞金陵也，以全力扼东西梁山，两山对峙，大江至此一束，水急流洄，视小孤山尤为形胜。国荃以此关为金陵锁钥，循江上逼西梁山而阵。寇走江州，水陆争起搏击，遂克之。自是金陵重镇已失其半。伪匡王赖文鸿窜繁昌县，纠约踞寇扑我三山峡营。曾贞幹乘寇未逼，督军分道驰剿，寇大乱，殪其渠吴大嘴，遂克繁昌。芜湖援寇潜屯鲁港以图抗拒，贞幹会同水师夺其船百馀艘，夷三垒十馀卡，馀悉遁芜湖；贞幹督各军驰抵南陵，立复其城。鲍超既克青阳，议先取石埭、太平以固徽州之防，继取泾县以达宁国之路；乃分军五路，由龙口直抵石埭，寇矢石交下，总兵娄云庆从西、北二门攻入，立复县城。寇大惧，纠集南陵援寇大至，屯甘棠镇阻我师。我军分三路进击，破十七垒，遂复太平，擒斩伪主将徐国华等三十七人。先是超攻青阳时，有伪佐将张遇春率众万馀乞降，超纳之，令暂屯景德三谿。至是太平贼寇将北走，张遇春骤起歼之。超回军挟之，进攻泾县，复其城，遂东渡清弋江，进规宁国。
李侍贤自陷常山，与龙游寇同扑衢州，总兵李定泰等败之，复常山，解衢州之围。宗棠驰至常山，攻克招贤关，以通衢州粮道。其扑江山之寇，檄李元度会攻石门花园港寇巢，毁十四垒，寇势不支，乘夜向台州潜遁。是时杨辅清由淳化犯遂安，宗棠自常山进屯开化图之，寻遣刘典进攻遂安；辅清退走淳安、昌化，窜皖南犯宁国。四月，仪徵寇败后，窜扰沙漫洲等处，水师击走之，扬境肃清。浙军会民团克复台州仙居、黄岩、太平、宁海，缙云、乐清、慈谿等县，擒斩延天义李元徕，伪王李洪藻、李遇茂，伪主将李尚扬。寻进克宁波府镇海、青田二县。台、处寇上窜温州，踞太平岭及任桥、瞿谿，寻分窜瑞安，张启煊营陷，退守县城。楚皖军会克庐州，秀成窜扰苏、常，玉成则盘踞皖、楚之交。
自大军克复安庆，玉成率党自石牌而上，调宿松、黄梅之寇同至野鸡河，欲赴湖北德安、襄阳招集其党，群酋不从，乘夜由六安走庐州，众渐携贰。秀全复督责甚切，玉成惧，力守庐州不敢走，皖、楚诸军困之，日盼外援。而颍郡解围后，伪扶王陈得才西窜，伪天将马融和随张洛行远遁，外援遂绝。多隆阿与皖军张得胜设伏诱贼出战，两军合击，寇大败，遂克府城，诛伪官二百十三名。玉成奔寿州，尚有死党二千，以苗沛霖阴受伪封，往乞援；沛霖缚之，献颍州胜保大营，并擒伪导王陈士才、伪从王陈德、伪统天义陈聚成、伪天军主将向士才、伪虔天义陈安成、伪祷天义梁显新，及亲随伪官二十馀，并正法。秀成闻玉成死，顿足叹曰：“吾无助矣！”玉成凶狠亚杨秀清，而战略尤过之，军中号“四眼狗”。自玉成伏诛，楚、皖稍得息肩，而金陵势益孤矣。
民团克宁海、象山、奉化。李世忠大破寇於六合八步桥，寇窜滁州来安，又大败。寇势大馁。华尔等克柘林，谋捣金山卫。知府李庆琛攻太仓，秀成率伪听王陈炳文、伪纳王郜云官来援，逼青浦。李恒嵩失利，退走塘桥。嘉定、宝山皆震。寇别队由娄塘攻陷嘉定，英、法二提督及我军突围走上海。鸿章饬军驻法华镇，扼沪西，寇遂逾青浦，迳逼松江。秀全自窜踞金陵，以东西梁山为锁钥，以芜湖为屏蔽，而尤以金柱关为关键。自国荃破太平府，彭玉麟破金柱关，黄翼升往袭东梁山一战而下，贞幹循江进克芜湖，提督王明山等复攻破烈山石垒，未逾三日，上下要隘悉为我有。从此上而宁国，下而江宁，寇均失所恃矣。
国荃进军江宁镇，屯板桥，潜袭秣陵关，进破大胜关、三汊河，直抵雨花台军焉。江北浦口、六合败寇悉聚江边，李世忠蹙之，渡还九洑洲。江北肃清。五月，伪什天安建瀛统众聚南汇，与淋天福刘二林屡为秀成养子所凌，至是来降，我军整队入城。秀成养子方踞金山卫，来犯，复纠川沙寇回扑，复为我军所败，直逼川沙。寇由海塘窜出，遂复川沙，进攻松江。寇逼泗泾，防军游击林丛文败退北门。华尔由青浦回援，鸿章令程学启扼虹桥，分青浦、松江后路。寇陷湖州，福建粮储道赵景贤拔刀自刎，贼夺之，囚一年馀，秀成礼待之极厚，终日骂不绝口，谭绍光举枪一击而殒。
初，寇围逼松江，鸿章以松江扼青浦东、西之中，为最要地，自赴新桥，令程学启时出兵缀寇。寇初营西门妙严寺土城，华尔以炮毁之。寇复攫据之，增筑炮台，环合四门。常胜军战寇窦福滨，城军乘夜分门出击，寇窜遁。乃简精卒破天马山寇营，突入青浦，尽焚辎重。寇死战，并力守松江。其分屯广福林及泗泾之寇，鸿章进击败之。寇遁入营，断桥以拒。刘铭传等克奉贤，陈炳文、郜云官等率众数万围新桥程学启营，填壕拔鹿角，学启不及以枪炮御，掷砖石击之，寇藉尸登壕，学启开壁突击，寇始卻，而分股逾新桥逼上海。鸿章将七营往援，大破之，追至新桥，学启大呼夹击，寇解围遁。陈炳文、郜云官皆负伤窜走。进军泗泾，寇大溃，尽烧其垒。广福林、塘桥寇亦退。上海、松江俱解严。
初，李世忠遣军自六合通江集南渡，连破石埠桥、龙潭、东阳寇垒，寇悉遁句容。自是九洑洲寇外援尽绝。秀全遣江宁寇大攻石埠桥曾玉梁垒，世忠遣义子李显发往援，入垒会守。陈坤书自句容进攻龙潭、东阳诸垒，守军黄国栋等退并石埠，而寇攻益急，显发会水师力战，尽平其垒，解石埠围。时李秀成自松、沪败还，谋连合杭、湖寇众救援江宁。秀全遣悍党二万攻大营，国荃设伏败之。连日宗棠督军攻衢州，东、南、北三路寇垒皆尽。
初，秀全以大军骤逼城下，日出扑犯，辄被创，趣浙酋李侍贤、苏酋李秀成还救江宁，而宗棠攻衢州，与李侍贤相拒遂安、龙游间。鸿章新克松江厅县，秀成奔命未遑，乃与诸党议曰：“曾国荃兵力厚集於金陵，为久困之计。我势日蹙，不如先围宁国、太平，断其后路。我军势既振，敌乃可图也。”秀全以久困，虑粮不继，仍促其入援。秀成不得已，乃先遣悍党数万自苏西援。时宁国馀寇窜并江宁，屯於淳化镇者亦不下二万馀。六月，宗棠自衢州进军龙潭。侍贤自遂安败后，复纠合金华及温、处悍党，分屯南岸湖镇、罗埠，北岸兰谿之永昌、太平、祝家堰、诸葛村、孟塘、油埠、裘家堰。宗棠驻潭石望，距城十五里，遣眭金城会刘培元驻城西圭塘山，屈蟠、王德榜驻紫金旺，崔大光驻城北对河茶圩，刘典驻高桥。先是李侍贤侦我军平衢州寇垒，将进军龙游，纠党潜趋兰谿、严淳，乘虚袭遂安，为就粮江、浙断我饷道计。宗棠遣军大破之，寇由寿昌退还金华。七月，我军进败龙游寇，毁兰谿、油埠寇屯，阵斩伪骏天义邓积士等。宣平、处州、馀姚、寿昌均以次收复。