初，副将陈汝霖率民团救松江，迨上海解围，洋将华尔会守松江，赐号常胜军。秀成陷嘉善，陷平湖，锡龄阿兵勇皆溃，寇旋去，收之。寇陷金坛，知县李淮守百四十馀日，粮尽援绝，川兵通寇，杀参将周天孚，陷之，李淮等皆战死。丹阳寇纠党六七千由新丰等处分道扑水师，谋掠舟北渡，并沿河筑垒，架炮轰射，周希濂督艇师乘烟雾对击，寇不支，遁回丹阳。玉良攻嘉兴两月不下，先后集兵三万有奇，而苏、常以北无牵掣之师，松江、青浦之寇可直入嘉兴，常州、宜兴之寇可直入长兴，建平、广德之寇可直入安吉，宁国、泾县之寇可直入於潜。
寇前自长兴迳逼省垣，虽经击退，并立复数城，而广德遂至不守。迨收复广德，而嘉善、平湖又复失陷。寇处处牵掣我军，近复添筑营垒炮台，又偷劫五龙桥头卡，多方误我军，实有罢乏不堪之势。秀成以嘉兴围急，率大股来援。玉良督战五日，胜负未决。秀成分股上趋石门，谋断大营后路。地形多支河，塘路绝，无可归。我军惧奔，玉良负创，疾驰还杭省。贼既解嘉兴之困，复陷石门，分两路直逼杭省：一趋塘栖，民团御之，退掠新市；一趋临平，吴再升败之，转走海宁。彭斯举等击斩颇众，寇悉退还石门。未几，石门寇亦退，再升进驻石门。马德昭由临平、长安相继前进。
八月，寇陷昭、常，再攻平湖、嘉善，陷之。是时秀成自嘉兴还苏州，奉秀全伪诏，趋还江宁，令经营北路。初，咸丰三年，林凤祥、李开芳北犯不返，秀成未敢轻举。適江西、湖北匪目四十馀人具降书投秀成，邀其上窜，自称有众数十万备调遣。秀成覆书允之，留陈坤书驻守苏州，自返江宁，请先赴上游招集各股，再筹进止。秀全大怒，责其违令。秀成反复争辩，坚执不从，秀全卒不能强。於是取道皖南，上窜江、鄂。
秀成之在伪京与诸党会议也，曰：“曾国藩善用兵，将士听命，非向、张可比。将来七困天京，必属此人。若皖省无他故，尚不足虑。一旦有失，则保固京城，必须多购粮食，为持久之计。”秀全闻之，责秀成曰：“尔怕死！我天生真主，不待用兵而天下一统，何过虑也？”秀成叹息而出，因与蒙得恩、林绍璋等再三计议，佥以秀成之策为然。因议定自伪王侯以下，凡有一命於朝者，各量其力出家财，广购米穀储公仓，设官督理之。俟缺乏时，平价出粜，如均输故事，以为思患预防之计。洪仁发等相谓曰：“此亦一权利也。”因说秀全用盐引、牙帖之法，分上、中、下三等：上帖取米若干石，中、下以次递减。此帖即充伪枢府诸伪王禄秩。收入后无须拨解，而稍提其税入公，大半皆入私橐。商贩非执有帖者，粒米不得入城，犯者以私贩论罪。如是，则法可行而利可获矣。洪氏诸伪王乃分售帖利，上帖售价有贵至数千金者。及商贩至下关，验帖官皆仁发辈鹰犬，百端挑剔，任意勒索。商贩呼籥无门，渐皆裹足；而诸伪王侯又因成本加重，售价过昂，不原多出赀金，米粮反绝。秀成言之秀全，请废洪氏帖。秀全以诘仁发，仁发以：“奸商每借贩米为名，私代清营传递消息。设非洪氏，谁能别其真伪？此实我兄弟辈之苦心，所以防奸，非以罔利也。”秀全信其言，置之不问，秀成愤然而去。
寇陷宁国，提督周天受等死之。宁国之陷也，玉成与赖裕新、古隆贤、杨辅清四面围击。周天受战守七十馀日，军中食乏，饷阻不能达，寇破竹塘、庙埠诸垒，副将朱景山等皆战死。旌德、太平两军力单不能救，寇乘势尽扫城外诸垒，城陷，天受遂遇害。宁国既失，南陵孤悬。总兵陈大富苦守阅半载，国藩檄令自拔出城，遣水师迎之，难民从者十馀万。寇再陷太仓。玉成纠合江宁、丹阳、句容寇十馀万，自九洑洲、新江头掠船二百馀，日夜更番，意图乘虚下窜，为军团所败，窜六合。镇江寇船驶入丹徒、谏壁两镇港口，为水师李新明击退。冯子材寻进解镇江城围。侍贤率寇四万出广德攻陷徽州，署皖南道李元度溃走开化。寇趋祁门甚急，国藩檄邀运兰屯霍县，趣鲍超自太平还屯渔亭，以捍大营。徽州既失，杭、严两府防务益急。
寇之踞苏城也，同时城邑陷者数十。江阴居大江尾闾狼山对岸再陷於寇，寇踞之以窥江北，人心惶然。九月，通州知州张富年等会水师攻复其城。上月玉成率悍寇二十馀万进陷白炉桥尹善廷垒，旋至马厂集，犯东津渡，黄鸣铎击却之。至是图取寿州内东肥河，跨山越谷，盘行抵淮河岸，联营栉比。馀党窜入姚家湾，掳船，欲水陆会攻。巡抚翁同书派炮艇沿河截击，寇乘雾凫水入小港，为黄庆仁围杀；复以步骑扑北关，城上弹丸雨下，夜纵火焚寇垒皆烬，城围立解。寇窜南路：一还定远山，一走庐江，一赴六安。徽州寇自淳安窜陷严州，进踞乌龙岭。江宁寇纠九洑洲寇船二百馀艘下窜仪徵，我军大败之东沟。副将格洪额会破盱眙竹镇集寇屯，擒斩伪检点汪王发等，曾秉忠破青浦寇於米家角，攻城三日不下，秉忠中创。参将李廷举攻宝山罗店，寇败并嘉定，旋再窜罗店踞之。寇拦入寿昌、金华，兵团复之。旋再陷再复。
十月，寇自淳安扰及威坪，兵团御之，回窜蜀口。徽州北路寇窜至杞樟里，逼昌化昱岭二十里。先是江西瑞金、广昌、新城、泸溪大股寇窥伺福建，汀州、邵武防军力御之，遂折窜建昌，而瑞金一股窜踞福建之武平，寻陷汀州，凶焰甚张。句容寇至镇江汤冈筑垒，冯子材击之不下。宁国寇直趋四安，破长兴长桥卡防，分窜广坤、梅谿。严州寇连陷桐庐、新城。苏州寇分股扑金山，我军击败之，遂克枫泾镇。寇复纠苏、常大股袭广富林，图犯松江。守将向奎军单，败退。曾秉忠回援，寇窜宝山罗店，都司姜德设伏败之，还青浦。玉良克严州。
新城寇窜陷临安。初，寿昌被陷，金华知府程兆纶督民团复之，桐庐亦同时收复。於是寇众悉趋富阳，副将刘贵芳、总兵刘季三败死，城遂陷。旋收复，毁江口浮桥。侍贤复纠集临安寇陷馀杭，逼杭州省城。侍贤由严州还顾徽州，瑞昌等败寇秦山亭、古荡、观音桥，追至留下，寇弃垒走。省城解围，遂复馀杭。侍贤不得志於杭州，自馀杭直犯湖州。建昌寇间道犯铅山河口镇踞之。福建浦城、崇安，浙江衢州、常山、开化边防皆急。时徽州寇自深渡街口下窜天长，防军会水师大破於三河、衡阳等处。是股为天长葵天玉、陈天福会合秀成党三万馀众，将谋渡河分扰淮阳。秀成窜皖南，逾羊栈岭，陷黟县，鲍超大创之，城立复，再破之卢村，阵斩伪丞相吴桂先，秀成受伤遁徽州。国藩饬将屯守卢村，村距黟县二十五里。是时侍贤自严还徽，辅清盘踞旌德，环二百里皆寇。秀成复由江苏上犯，越岭肆扰。我军疾驰百馀里，力战两日，驱出岭，祁门大营始安。
赵景贤大破贼，解湖州城围。湖州自三月以来，迭被贼困，此赵景贤第三次解围也。先是寇踞杨家庄为老巢，以砺山、仁黄山为犄角，焚掠双林诸村镇，蔓延长兴、四安、太湖。景贤会军先攻砺山、仁黄，以孤老巢之势。我军踞仁黄，毁杨家庄，败寇西窜。天长寇掠下五庄舟船数百艘，欲犯湖路；我军克河口镇，复创之石谿；窜广丰，道员段起御之，寇间道走玉山。多隆阿、李续宜会军大破桐城寇陈玉成、龚得树於挂车河、鹤墩、香铺街等处，平寇垒四十馀，寇退奔舒城。
安庆者，江表之咽喉，实平吴之根本也。寇援安庆，水陆阻梗，不能直抵江宁。玉成眷属悉在安庆城中，邀合发、捻十馀万人，图解城围。多隆阿、李续宜虽力挫之，仍分屯庐江、桐城，复纠集下游江宁、苏、常援寇并力上犯，逼近枞阳、桐城乡村，眈眈以伺我军之隙，将挟江南寇势全力谋楚军。时届冬令，安徽城河水涸，道路纷歧。我军四路告急之书应接不暇，皖南、浙江之寇分三大枝窜入江西，祁门各营围裹於中，势颇危急。湖南道州寇亦窜江西。寇既陷吴，势必全力犯楚，此其深谋诡计。故安庆一城，寇以死力争之。
左宗棠之入景德也，闻南赣寇分党由贵溪过安仁，直扑饶、景，遣军迎败之周坊，寇窜陷德兴踞之。十一月，宗棠进克德兴，寇奔婺源，又克之。十日内转战三百馀里，寇惊为神速。彭斯举解玉山城围，寇窜衢境，犯常山，与兵团战，败走开化埠。杨辅清自池州率党窜陷东流，进陷建德。水师收东流，而建德防军溃退。国藩遣唐义训驰击，至利涉口，寇筑垒河洲，列队以待，并以马队扼拒各卡。我军分东西两路缘山上，立破其卡；前军夹击河洲寇，后军抄其背，寇败走。我军复分为三进攻，寇出东门逸，遂复其城。寇复陷彭泽，阑入浮梁，越一日复之。寇趋马影桥，逼湖口。玉麟督水陆军力击之，遂收彭泽。寇宵遁，陷都昌、鄱阳。我师驰至都昌，击退踞寇，复之。
休宁寇犯上谿口，陷副将王梦麟垒。屯谿寇犯江湾，陷副将杨名声垒。古隆贤、赖裕新纠大股犯羊栈、桐林二岭，张运兰会军击之，寇由新岭退去，犯婺源。国藩督饬鲍超大破於黟县卢村，别军绕出羊栈，断寇归路。寇沿崖逃走，追军反出其前，迫之，坠崖死无算。而休宁城寇以鲍超回剿景德，由蓝田扰及小溪一带，张运兰击败之，别股屯郑家桥者进逼渔亭。我军两路抄击，寇狂奔，毙黄世瑚等；复败上溪口寇，追至马全街而还。自是岭外寇不敢轻入。玉成率众万馀犯桐城、枞阳，我军镇静固守。寇踞七里亭，韦志俊扼枞阳街口。李成谋舁三版入莲花池护卫营卡，寇不得逞。
寇再犯景德镇，宗棠败之。鲍超进扼洋塘，宗棠进扼梅源桥。寇自下游纠大股屯洋塘对岸，我军大破之，伪定南主将黄文金负创西奔。时祁门三面皆寇，仅留景德镇一路以通接济，寇尽锐攻扑，欲得甘心焉。时国荃围安庆，寇势渐穷。十二月，玉成纠约秀成、辅清及捻匪并力西犯，其大股寇、捻俱从南岸渡江而北，会於无为、庐江，以图急援怀宁、桐城，势甚猖迍。多隆阿等会於枞阳一带，布署战守。皖南寇大股窜孝丰，又别股由昌化窜分水。嘉兴踞寇备具炮船，意图南下，寇势蔓延，浙东西同时告警。
十一年正月，傅忠信、谭体元、汪海洋、洪容海各挟众数万，弃石达开归秀成。秀成骤增众二十万，势大炽，由石埭分两路趋祁门，防军皆败。江长贵援大洪，唐义训迎战历口，斩伪麟天豫古得金，寇溃走常山。富阳、新城、临安皆为我军所克，解广信之围。寇窜铅山、弋阳、贵溪、金谿，渐逼建昌。秀成自去冬犯皖南黟县羊栈岭不得志，窜浙江常山、江山等处；今春以全力攻玉山，转围广丰，犯广信，志在踞守要地，以通徽、浙之路。犯建昌，作浮桥渡河，以大股屯水东，环城筑二十馀垒，以浮桥通往来。江西寇黄文金犯景德镇，左宗棠、鲍超败之石门、洋塘，毙许茂材、林世发。文金踉跄宵遁，铜陵援寇与败匪合，复入建德，分踞黄麦铺诸处。鲍超督诸军乘胜压之，毙寇万计，追至建德，会水师收复县城，诛林天福。秀成梯攻建昌，参将富安等纵火具创退之，复潜为地道修子城备之。寇船犯太湖，陷东西山。全湖失陷，湖州北路七十二氵娄港横被窜扰。太湖，巨浸也，襟带苏、常、湖三郡，港口纷歧，多至百馀。自苏、常陷后，沿湖要隘多为寇有。去冬间寇船自湖州出湖，迭犯西山、角头等处，为副将王之敬炮船所败。然所部不满十艘，募民船佐之，卒以众寡不敌败死。
二月，玉成图援安庆，纠合捻首龚瞎子，率五万人攻松子关。成大吉兵仅二千五百，寇多二十倍，分两路抄官军后。大吉令参将王名滔从左侧山横截而出，阵斩龚瞎子，寇惊溃，复选悍党分五路进，再战再败，捻散亡三万人。初，玉成嗾龚瞎子犯松子关，而自率悍党十馀万，从霍山之黑石渡，袭余际昌营於乐儿岭，相持四昼夜，力竭而溃，遂抵英山，入蕲水，袭陷黄州。分党取蕲州，扰麻城，阑入黄安、黄坡、孝感、云梦诸县，并陷德安府、随州，势益猖獗，武昌戒严。
秀成闻玉成攻国荃久不下，分攻蕲、黄、广济，欲国藩赴援以分兵力。秀成叹曰：“英王误矣！正使国藩得全力以攻皖，彼岂暇救此閒城哉？彼有长江之利，而我无战舰，安能绝其粮道？不能以我攻浙救京师为例也。”玉成屯孝感，而以德安、云梦、随州三处为长蛇阵，窥伺荆、襄。官文飞调李续宜、舒保、彭玉麟率水陆诸军回救。
侍贤窜踞休宁城，筑垒上溪口、河村、石田、小当等处，与休宁屯溪之寇互为犄角。国藩以休城不克，徽郡难图，祁门终属危地，檄朱品隆等进攻，焚诸垒，寇夜遁，收复县城。左宗棠进剿婺源寇，破侍贤於清华街，而城寇忽分党由中云窜入乐平界。宗棠亲率数营屯柳家湾，扼其冲，寇败退；而援寇漫野至，返旆截杀，复大溃而去。侍贤纠徽州悍党围王开林於婺源甲路，越三日，溃围出，还景德。
秀成率党窜抚州，为知府锺峻等击败，窜宜黄，复纠土匪陷遂安。国藩遣大富防景德。宗棠进军鄱阳，次鲇鱼山，闻寇偷渡昌江，图合围景德，旋移驻金桥。寇窜平湖，分由西路榉根岭、北路禾黍岭进犯。副将沈宝成当西面，江长贵出北路拒之。国藩复檄朱品隆由祁门驰援，歼，寇越岭而逃；宗棠击破於乐平范家村，阵斩伪谢天义黄胜才、伪娆天福李佳普等。