自玉成回援安庆后，秀成独屯浦口，寇势已孤。时金陵困急，援兵皆不至。秀成以玉成兵最强，请加封王号寄阃外，秀全乃封玉成英王，赐八方黄金印，便宜行事。然玉成虽专阃寄，而威信远不如秀成，无遵调者。李世忠因致书秀成曰：“君智谋勇功，何事不如玉成？今玉成已王，而君尚为将，秀全之愦愦可知矣。吾始反正，清帝优礼有加。以君雄才，胡为郁郁久居人下？盍从我游乎！”时伪兵部尚书莫仕葵以勘军在秀成营，书落其手，阅之大惊，以示秀成。秀成曰：“臣不事二君，犹女不更二夫。昭寿自为不义，乃欲陷人耶？”仕葵曰：“吾知公久矣。”乃代奏之，秀全命封江阻秀成兵，并遣其母、妻出居北岸，止其南渡。仕葵曰：“如此，则大事去矣！”乃偕蒙得恩、林绍璋、李春发入伪宫切谏曰：“昭寿为敌行间，王奈何堕其计，自坏长城？京师一线之路，赖秀成障之。玉成总军数月，不能调一军，其效可睹矣。今宜优诏褒勉，以安其心。臣等原以百口保之。”秀全悟，召秀成入，慰之曰：“如卿忠义，而误信谣传，朕之过也。卿宜释怀，效力王室！”即进封伪爵为忠王荣千岁。寇自杨、韦构杀，秀全以其兄弟仁发等主持伪政，伪幼西王萧有和，萧朝贵子也，秀全尤倚任之，而以一伪将畜秀成，不与闻大计。至是晋伪爵为王，乃大悦，以为秀全任己渐专，不料其疑己也。
浦口当金陵咽喉要地，迫於大军，而粮援无措；南渡时，见秀全问计，秀全语以“事皆天父排定，奚烦计虑？”又与仁发等谋留其助守金陵，秀成不可，曰：“官军既以长围困我，当谋救困法，俱死於此无益也。”渡还，以黄子隆、陈赞明屯浦口，亲赴上游纠合皖南芜湖、宁国死党，谋间道犯浙江，分江南大营兵力，还解长围之困，其志固不在浙也。连日援太湖寇、捻攻鲍超潜山小池驿营垒不克，杨辅清、古隆贤用内应陷池州。韦志俊突围屯泥湾，收合散亡，移屯香口；迭败寇於八都坂、栗树街，俘斩伪将军陈松克等三十馀人。
是年，秀全大封诸王。初，秀全定都金陵，一切文武之制，悉由伪东王杨秀清手定。是时为秀全建国极盛时代，其宫室制度：第一，为龙凤殿，即朝堂也，主议政、议战诸大事。每有大事，鸣钟击鼓，会议，秀全即升座，张红幔。诸王丞相两旁分坐，依官职顺列。贼将则侍立於后。议毕，鸣钟伐鼓退朝。第二，说教台，每日午，秀全御此，衣黄龙袍，冠紫金冕，垂三十六旒。后有二侍者持长旗，上书“天父、天兄、天王、太平天国”。台式圆，高五丈，阶百步。说教时，官民皆入听。其有意见者，亦可登座陈说。文左上，武右上。士民由前后路直上，立有一定之位。第三，军政议事局，军事调遣、粮饷、器械总登所。秀全自为元帅，当日伪东王为副元帅，北王、翼王为左、右前军副元帅，六官左、右副丞相为局中管理。各科员中，分军马、军粮、军械、军衣、军帐、军船、军图、军俘、军事诸科。又有粮饷转运局、文书管理局、前锋告急局、接济局，皆属军政议事局。内以六官左、右副丞相领之。其最尊者为军机会商局长，初以伪东王领之。遇有战事，筹画一切，则伪东王中坐，诸王、丞相、天将左右坐立，各手地图论形势，然后出师。秀清死，伪翼王领之。石达开去后，李秀成领之。秀成东入苏、杭，则有名无实，虚悬其位矣。其时寇之武备颇详尽。自诸伪王内讧，人心解体，秀全以为非不次拔擢，无以安诸将之心。然自此大封之后，几至无人不王，而丞相、天将之职多摄行。於是各持一军，势不相下，而调遣诸王者，仅陈玉成一人。故八年以前，寇之用兵，攻守并用。八年以后，不过用攻以救守，战局遂至日危，以底於亡。
十年正月，伪匡王、伪奉王、伪襄王纠合伪摄王自南陵犯泾县湾滩，游击王熊飞退走，寇遂蔓延黄村、焦石埠，进攻副将李嘉万，援师为杨名声所败，斩伪冈天燕、赖文禾。寇窜踞黄柏岭，其党寻大至，陷泾县。杨名声等退走旌德，寇踵至，明日亦陷。我军还守宁国。是时秀成自率悍党数千，已由宁国县间道犯广德。张国樑督水陆诸军渡江期大举，克浦口八垒，黄子隆、陈赞明遁；攻九洑洲，克其老巢，焚之。寇自咸丰四年筑垒九洑洲，内蔽江宁，外通大江，踞为南北水陆要区。江宁长围成后，浦口、九洑洲皆克，势大困。
秀成由皖犯浙，分我兵势，而诸将又以寇在陷阱，无能为役，习为骄佚，战志渐消，故有闰三月大营失败之祸。太湖寇、捻分四股来犯我军，知府金国琛会集诸军败之仰天庵、高横岭，生擒悍目蓝承宣，向扰害蕲、黄者，寸磔之。金国琛等复败寇、捻於潜山广福寨。玉成率龚得树、张洛行来援，乘雾移营於罗山冲、白沙畈，冀与城寇相通，以图牵缀我军。诸军会击，寇大败，擒斩伪庶天侯麦乌宿、伪军师汪遂林等。明日，鲍超等进攻小池驿，当东路；蒋凝学等攻罗山冲，当西路；多隆阿居中路策应。罗山冲寇蜂拥来扑，凝学连破冲口，攻入内山，马队继之，寇大败。值东南风作，以火焚之，毁垒百有数十。寇夺路狂奔，毙伪丞相叶荣发、伪将军舒春华等。城寇谋宵遁，伏军四起击之。是役也，歼寇二万馀，益惶惧，窜入潜山。多隆阿督军尾击，克其城。
秀成、侍贤等至广德，诈为清军，陷之，杭、湖、苏、常并震。巡抚罗遵殿调徽、宁防军援剿广德，以保两浙门户。张芾遣周天孚驰防长兴四安镇，镇距广德四十里，当苏、浙之交。和春遣水陆军来会，秀成留陈坤书、陈炳文守广德，自率谭绍光、陈顺德、吴定彩等驰攻四安镇，陷之。和春遣水师会攻江宁上下两关，七里洲寇谢茂廷、寿德州寇秦礼国遣使诣大营乞降。江宁西北各门皆濒大江，洲堵错互，寇踞上、中、下三关，筑垒於寿德、七里各洲，与北岸九洑洲遥相倚藉。九洑洲既克，茂廷、礼国约举火为号，於是上下关同日而克。国樑增八垒於江东门，增四垒於安德门，毛公渡南北岸关隘悉为我夺，寇益大困。
秀全檄诸寇解金陵围。时秀成在皖，与其部下谋曰：“清军精锐悉萃金陵城下，其饷源在苏、杭。今金陵城外长壕已成，清军内围外御。张国樑又嚄唶善战，攻之难得志，不如轻兵从间道急捣杭州。杭州危，苏州亦必震动。清军虑我绝其饷源，必分师奔命以救。我瞷大营虚，还军以破围师，则苏、杭皆我有也。”乃自率数千精卒以行，连陷安吉、孝丰、长兴诸县。以其弟侍贤犯湖州，自率悍党陷武康，间道逾岭犯杭州。预结捻首张洛行、龚瞎子等，使内扰清、淮，以分江、皖兵力。
上命和春兼办浙江军务，而以张玉良总统援浙诸军。玉良分大营兵勇五分之二御之。秀成攻杭州，以地雷崩清波门，陷之，巡抚罗遵殿等均死难。秀成之破杭州也，祗一千二百五十先锋。诸处援兵不知虚实，闻城破，皆溃走。迨张玉良援军至，屯武林门，秀成曰：“中吾计矣！”自以兵少，乃多制旗帜作疑兵，潜退出城，委之而去。玉良与将军瑞昌会击，立复省城。
三月，秀成回窜馀杭，陷临安。旋为李定泰克复。孝丰、武康寇亦退走。时秀成及侍贤回广德，杨辅清亦自池州来会。李定泰等会图广德，寇已分走建平，陷之，连陷东坝、高淳，复诈为官军陷溧阳。自是江南大营后路骤急，苏、常俱大震。和春驰檄张玉良等还救常州，熊天喜等克广德，而杨辅清陷溧水，诈为官军袭金坛，为周天孚等所败，弃垒西窜。句容亦陷，句容当大营后路，饷道所必经，且与丹阳、镇江接壤，为常州门户。和春遣副将梁克勋赴援，不及，续遣副将张威邦由淳化进剿。何桂清遣将分防丹阳、镇江、瓜洲，冀通大营至苏、常水陆道路。马德昭等出屯郡城三十馀里下弋桥，堵溧阳、宜兴各路寇内犯。米兴朝自广德进军克建平。
闰三月，寇自昌化出於潜，分犯分水，陷而旋复，进陷淳安。秀成约会诸酋同议救金陵之策，秀成与侍贤由淳化、辅清由溧水退秣陵关，玉成亦自江浦渡江来会，江宁寇争出筑垒接应。斯时大营四面受敌，而良将劲兵调援浙西者一万三千人，淳坝、宜兴防军又调去一千有奇，大营空虚，粮路又截断，乃改月饷积四十五日始一发。兵勇皆怨，心渐携贰。时群寇麕集，和春急调张玉良回援，何桂清留之不遣。寇至雄黄镇，我军御之不克。辅清由秣陵关至南门，玉成由江宁镇至头关，板桥、善桥诸寇皆集南岸。秀成由姚巧门进紫荆山尾，陈坤书、刘官芳由高桥门而来，侍贤由北门红山而至，辅清由雨花台，玉成由板桥、善桥，连日攻扑长围。国樑与王浚分督诸将力御，十五日夜，雷雨雹雪，大寒，总兵黄靖、副将马登富、守备吴天爵战死。大营火起，全军溃陷。和春、许乃钊退走镇江，再退丹阳，旋驰书趣国樑亦至，留冯子材守镇江。国樑语和春曰：“六年向帅大营失陷，退扼丹阳。彼时京口未复，今东门之限在於镇江。舍此不守，是导寇而东也。”和春卒不能用，而宜兴同时亦失陷。
寇势大张，而秀全於战士不及奖叙，终日亦不问政事，只教人认实天情，自有升平之局。仁达、仁发忌秀成功，嗾秀全下严诏，饬秀成率所部限一月取苏、常。寇掠金坛四乡，大书於壁曰：“攻野不攻城，野荒城自破。”我军屯六门，日与贼战，互有胜负。秀成自句容攻丹阳，国樑开南门酣战，秀成命力士溷入我军溃卒中，猝击国樑，被创大呼，入尹公桥下而死。秀成入丹阳，命收国樑尸，曰：“两国交兵，各忠其事。生虽为敌，死尚可为仇乎？”以礼葬之下宝塔。和春奔常州，寇蹑其后。何桂清闻变跳走。是月，楚军援皖南，会克太平、建德、石埭三县。泾县张芾会同周天受等进毁白华、宴公堂一路寇垒，直抵城下，斩关直入，遂复县城。
四月，天长、六合寇乘金陵大营退守，分三路进犯：一由陈家集图扬城，一由东沟窥瓜洲，一由僧道桥编筏偷渡袭邵伯，皆为我军所截击，不敢逞，乃筑垒僧道桥图久踞。我军分左、右、中三路疾趋会攻，毁二垒，焚木城，积尸枕藉。寇合股退踞陈家集。扬州与镇江相为唇齿，李若珠咨艇师陈泰国等分扼各口。寇大逼常州，张玉良由杭郡率军先至，筑营寨大小四十馀，悉为所破。常州陷，玉良败走无锡。秀成率所部精卒潜出九龙山，拊高桥之背。玉良军大败，无锡陷，败走苏州。和春创胸，至苏州济墅关而卒。玉良连败之师不能复战，寇薄苏州，玉良退走杭州。长洲、元和两县广勇李文炳、何信义开门迎秀成入踞之。巡无徐有壬等同殉难。
秀成踞苏后，改北街吴氏复园为伪府。秀成踞苏十有一日，出伪示安民。城厢内外凡收尸八万三千馀具，而从者犹盛称秀成爱人不嗜杀也。寇踞苏城，复恣意掳掠，民竞团练为自保计。江、皖援浙诸军以次克复诸城，遂会剿淳安，寇败遁入徽州境。苏寇陷吴江，犯平望，浙江防军溃，江长贵负伤还走仁和塘栖镇，副将张守元亦溃於清杉徬。嘉兴危急，杭省大震。侍贤烧嘉兴南门入踞之。玉良攻嘉兴西、南两门，陈坤书、陈炳文求救於苏。適青浦周文嘉与洋军战，来告急，秀成乃先援青浦，击退洋军，直攻上海，不克，遂应嘉兴之援，由松江、浦邑而回战，取嘉兴、平湖，顺至嘉兴，连战五日，分一股上石门，断玉良来路，兵多降者，玉良回杭州。
五月，贵池、青阳寇犯泾县，总兵李嘉万等败死，杨名声退至太平黄花岭。寇陷广德，米兴朝军溃，奔孝丰，再退歙北篛岭外。初，泾县、广德同时告警，周天受遣援皆不及，而参将丁文尚守泾，又退走，寇遂由三谿窜旌德孙村。广德寇窥伺宁国，天受击却之。寇由宁国县东岸至旌德，与泾县合势，嘉定陷，薛焕寻克之，收太仓。寇攻镇江，陷青浦，陷松江。
寇之守江宁也，以安庆、庐州为犄角，以太平、芜湖为卫护。芜湖之南，有固城南漪、丹阳白臼诸湖，上可通宁国之水阳江、清弋江，下则止於东坝。掘东坝而放之，则可经太湖历苏州以达於娄江。芜湖孤悬水中，寇守之则易，官军攻之则难。是以踞五年血战不退，而黄池、湾沚屡次失利，皆以我无水师，寇坚忍善守。官军围攻屡年，往往因水路无兵，不能断其接济。今苏州既失，面面皆水，寇若阻河为守，陆军几无进攻之路，城外几无立营之所。则欲攻苏州，须立太湖水师，使太湖尽为我有，而后西可通宁国之气，东可拊苏州之背。因建淮阳、宁国、太湖速立水师之策。
寇陷江阴，玉良连以炮艇破嘉兴三塔、普济二寺，平新塍寇垒，移营逼西门、南门，破垒七。平望镇者，浙江之嘉兴、湖州，江苏之吴江总汇处也。寇踞沿河六里桥、梅堰诸处，遍筑坚垒，密钉排椿，扼险以阻江、浙之路。湖州赵景贤毁沿河寇垒，分军进克平望，会军於米市湖，尽毁炮台巢穴，进围嘉兴。寇既陷松江，遣其党窥上海。薛焕乘其不备，直捣南门而入，杀黄衣目十三名，夺船七十馀艘，立复府城。自松江至上海，沿途团练截杀殆尽。
六月，杨辅清纠旌德、太平大股犯宁国。寇自长兴窜陷安吉，王有龄遣彭斯举赴援，遇於孝丰，失利，退走昌化。寇直犯於潜，陷之，杭省大恐。寇复由黄渡再陷嘉定，纠土匪进踞南翔镇，逼上海四十馀里，再陷平望。苏州、嘉兴寇势复合。於潜寇连陷临安、馀杭，分扰富阳，吴云会洋将华尔攻青浦急，伪宁王周文嘉乞援於苏州，秀成率大股亲援，我军败绩。寇收枪炮乘船再犯松江，陷之。江阴寇分党筑垒申港，掠船谋北渡，李若珠饬艇师破毁之，伪丞相方得胜遁。玉良以地雷崩嘉兴南门城垣，寇严拒不得进。刘季三等连克馀杭、临安。浙西寇回窜孝丰，突犯建德。
七月，秀成毁松江城堞，率伪会王蔡元隆、伪纳王郜永宽北犯上海，号十万，焚掠泗泾，七宝民团御之，多死伤。寇屯徐家汇，薛焕督文武登陴固守。寇诈为官军赚城，城上诇知，创却之。洋轮之泊黄浦江者，升开花炮於桅发之，寇始败退。孝丰寇陷广德，游击黄占起、江国霖战死。江长贵突围退至安吉，米兴朝奔四安。未几，赵景贤复广德，寇再陷踞之。寇复陷江阴杨厙汛城，逼常熟二十馀里。黄浦轮船洋兵以开花炮测击上海寇垒，六发，创及秀成。是夜秀成解围还青浦。时善兴寇告急，遂趋浙江。