寇之踞瓜洲者，遥联金陵，近接镇江，阻官军进剿之路，历五年矣。適南岸寇援创於和春，德兴阿乘其隙，檄大军逾城而入，遂下瓜洲。十二月，国樑大捷於瓜洲南岸，阵斩伪王，夺垒十七，遂围镇江。秀全四遣众援，均为虎坤元所破。国樑督军攻四门坏垣，夺复其城，逸出者沿江搜杀近万人。惟吴如孝溃围遁入金陵，复窜聚安庆。而潜山太湖之寇又陷霍山，旋退出，欲从罗田、麻城上窜，踞独山、西河口为营。官文调马步军兼程驰防豫、皖交界之处，以固楚疆。八月，皖寇纠豫捻谋援金陵，犯商、固，扰光州、六安，窥伺随、枣一路。而太湖、渡石牌等处寇党连营三十里，众六七万，乘我军度岁，窜近蕲州，寻又窜荆桥、好汉坡诸处。多隆阿迎剿，败之仙田铺、风火山，追抵太湖，连营宿、太以扼寇冲。而秦日纲遣其党北趋，避实击虚，谋犯蕲州。蕲水、六安之寇亦并力上窜，陷英山县，分七路窜罗田。罗田知县崔兰馨连日鏖战，收复英山。守备梁洪胜等督楚军擒伪丞相韦朝纲。寇出黄花岭，窜楚境枫树坳等处。都兴阿遣将往南阳河迎击。寇筑垒北岸，我军潜伏北岸山谷中，而列阵南岸。寇渡河而南，我军邀击之，乘胜北渡。寇阵山腰，溃寇踵至，伏兵起，毙寇无数。楚军势大振，宿、太诸营始纾后顾忧。
时秀全大会诸党，饬陈玉成为前军主将，以潜、太、黄、宿为根据，敌我上游楚师；杨辅清为中军主将，以殷家汇、东流为根据，敌我中路曾军；李侍贤为左军主将；李秀成为五军主将。二月，和春攻破秣陵关，关为金陵南面外蔽，寇所严守者也。三月，和春率张国樑等围攻金陵。会秀全张筵饮群党酒，流丸坠秀全膝下，群骇愕。秀全曰：“予已受天命，纵敌兵百万，弹丸雨下，又将如予何！况和春非吾敌也，诸将弄彼如小儿，特供一时笑乐耳，奚恐为？”初，寇屡伺我军懈，悉锐出犯，冀解其围，而雨花台争之尤力。和春严为防儆，寇果由雨花台攻大营，大败之。和春、张国樑作长围困寇，度地势险夷，沟而垣之，凿山越水，周城百馀里。诸营大小相维，绝寇应援，秀全大惧，诫各门严备。潜结垒於寿德州，屡突长围，不克，死者枕藉。当是时，石达开在蜀，杨辅清窜闽，林绍璋败於湘，林启荣围於九江，黄文玉坐困於湖口，张朝爵、陈得才孤守皖省，陈玉成坐守小孤山、华阳镇一带，秣陵又陷，金陵老巢声援殆绝。而粮食尚充足，上游诸州县皆为寇据，呼吸可通，故寇虽危蹙而未遽颠覆。
我军屡围金陵，玉成多方抗拒，而秀成出陷杭州，以掣围师之肘，我军不动。玉成乃自潜山、太湖下江浦，伺官军之虚，悉众攻大营，以冀解围。苏、常相继而陷。四月，李续宾、杨载福会攻九江，九江为金陵犄角，南岸肃清，专力攻九江。城寇被围久，以数千人撄城，植蔬种麦供军食，其守愈暇，频伤攻城军士。嗣地道成，城破而复完。杨载福督水陆十六营攻四门，地雷再发，城崩百馀丈，诸军跃登，毙寇万六七千。出城者水师扼之，俘斩无遗。林启荣、李兴隆均败死，磔其尸。九江既克，寇党无固志。楚南军先后收复新淦、崇仁，下抚州，克安乐、宜黄、安丰、新城诸县，收复建昌。国荃攻吉安，旁克吉水、万安二县。於是江西陷城收复八九矣。寇党畏慑，金陵寇亦穷蹙。
秀全力图外扰，乃命寇将窜皖南北及闽、浙诸省，冀大军分援，以牵我师。玉成勾结捻首张洛行、龚瞎子。众号十万人，踞麻城，四门筑五十八垒，沟堑重叠，据险自固。而安庆暨英、霍诸寇又陷黄安，冀窥汉阳、德安，取道北窜。官文檄续宾上援，以纾麻城之患。先是秀全命赖汉英掠江西，皖寇入福建，陷政和县、邵武府，遂陷浦城，分扰建宁。五月，我军克复黄安、麻城，斩伪丞相指挥数十人；追至商城，并进剿太湖、潜山、英山、霍山诸寇。其党窜踞东安者，图为江南北声势。和春督军立复县城，金陵寇愈形危蹙，急思溃窜。和春派水师分剿繁昌，毁其坚垒土桥，进破峨桥、鲁港等处。城寇愤恚，出太平、神策门分犯大营，张玉良、冯子材等陷阵败之，寇退。遂攻金川门，悉毁东北城外垒栅。
石达开乃自广丰陷江山县，金华、衢州、处州三府属邑焚掠殆遍。浙军败之寿昌七里亭。六月，寇窜全椒，踞滁州、九洑洲等处，浙军大败之，进克武义、永康、常山、江山、开化、缙云、宣平，衢围亦解。寇悉窜处州，陷之，周天受督军克复。会闽寇蜿蜒猖獗，所复各城旋失，又陷松溪、崇安、建阳等县，建宁府亦被围。浙江巡抚晏端书檄将驰援闽省，又出师江山界，剿浦城寇巢。
是时，上以浙、闽寇并起，乃起曾国藩率江西湘军援浙，旋命改援闽。国藩自铅山进军，寇大惧，图牵制之计，分万馀人犯江西，围广丰、玉山，入踞安仁。闽军遂克光泽，收建阳，解顺昌围，连复松溪、政和、宁化、崇安，破浦城老巢。复邵武府，闽省肃清。国藩移军弋阳，亲督水陆各军克复安仁县城。八月，克吉安，擒伪先锋李雅凤、伪丞相翟明海，正法。江西列城皆复。进攻太湖，前月寇陷庐州，巡抚翁同书告急於续宾，官文以太湖方血战有功，疏留之。时寇於东岸及枫香铺、小池驿、东山头各筑营垒，续宾等分段攻城，焚其火药库，寇众骇散，遂克太湖，乘胜抵潜山。潜山石牌为南北要冲，寇屡集党与援应，抗我东征之师。都兴阿等营北门彰法山，马步并进，寇败溃，毙七八千，遂复县城。我军分二路平上下石牌老巢。
九月，玉成自潜、太会九洑洲群寇下江浦，伺官军之虚，疾攻浦口，以冀解金陵之围。我军进退争一桥，遂大挫。和春派兵来援，寇分军缀之，仍力扑浦口。江北大营遂失陷。迭陷江浦、天长、仪徵。并分攻六合，德兴阿遁。扬州贼破南门入，扬州陷。进犯邵伯县，国樑率军渡江。会北军克复府城，移攻仪徵，亦克之。亟引兵救六合，阻於寇，不得骤进。寇穿地道陷城，补用道温绍原赴水死。寇渡江陷溧水，筑垒江蓝埠诸处，为扼要持久计。十月，和春遣总兵张玉良攻复溧水。寇夹攻高古山大营，国樑怒马陷阵，毙寇五六千。合兵追抵江宁镇，燬卡壁数十座。小丹阳以至采石矶老巢悉平。
初，胜保率皖军攻天长，捻首李昭寿以部众二千降，胜保奏请赏给花翎三品衔，赐名世忠，使为内应，遂克县城。大军之入皖也，克复桐城、舒城二县，寇悉遁三河。都兴阿会水师尽扫安庆城外寇垒。续宾追至三河，玉成、秀成、侍贤连江浦、六合、庐江众，又乞援捻匪，招颍、寿、光州群盗，合十馀万，围官军三重，众寡不能敌，续宾死之。溃军至桐城，前留防四城军溃，不旬日，桐、舒、潜、太复陷。都兴阿收溃卒，由石牌驻军宿松，进剿黄泥营寇众，败之；复督鲍超、多隆阿大战荆桥、陈家大屋，平三十馀垒，军势复振。玉成退还太湖，以为舒、桐已得而宿松不破，则安庆之守不固，与秀成谋再举。秀成知不可敌，不欲从，而玉成屡言有妙策，始与分道来犯，卒受大创而退。玉成留军太湖，而自还安庆。秀成率党还巢县、黄山。
是时江西寇复阑入闽界，蹂将乐县，并陷浦城、永吉、建阳、顺昌、宁化、长汀等城。国藩入闽，军建昌。诸陷城以次复。寇复窜回江西，惟连城尚聚万馀，复陷景德、东流，谋窜湖口、九江等处。国藩檄调道员张运兰倍道驰赴景德镇，屡战皆捷。初，寇踞景德镇，势焰薰炽，江右要冲之区，恣行无阻。国藩添派其弟国荃率湘军五千八百赴镇，助运兰攻剿。寇夜袭艇师刘于淳，燃火弹抛烧簰卡无数。寇弃镇窜浮梁，国荃等水陆进攻，复浮梁。寇走建德北去，江西稍定。
十一月，江南大营援军直隶通永镇总兵戴文英战死宁国湾沚。次日，帮办皖南军务浙江提督邓绍良，大营陷，死之。宁郡设防三百馀里，皆邻寇巢，近则芜湖、青阳、繁昌、铜陵，远则无为、和州、滁州，渡江即至。而禄口、秣陵、溧水败寇，勾合太平金柱关、东西梁山党众，潜山、太湖、舒、桐及枞阳土桥败党，皆以宁国为通薮；防军仅七千有奇，又多调援他处，寇众兵单，故及於败。国藩疏陈目前缓急，宜先攻景德镇，保全湖口，上是其议。胡林翼先以丁母忧回籍，会三河变起，朝旨迫起督师，十二月，渡江驻黄州。时寇之踞南安者有五支：一为伪翼府宰制陈亨容、傅忠信、何名标，一为伪渠帅萧寿璜、蔡次贤，一为伪尚书周竹坡，一为伪军略赖裕发，一为伪承宣刘逸才、张遂谋，众七八万，将由南康犯赣州，筑伪城於新墟，设卡垒，踞村庄，绵亘二十馀里。
九年正月，国藩檄萧启江设伏赤石塘，败寇，克新墟，进破南康池江、小溪、凤凰城、长江墟寇垒，并克崇义、南安，进解信丰之围。二月，江浦薛三元献城降，进克浦口，阵斩伪天福洪方、伪立天豫莫兴。寇觇李世忠击高旺，乘虚再陷浦口。世忠回军再克之，浦口肃清。李秀成急率悍贼七八万来犯，踞乌衣镇汊河。秀成复要陈玉成自庐州来援。乌衣镇属滁州、江浦交界锁钥，寇意在断绝浦营饷道，为张国樑击败。寇与闽、浙馀寇皆趋郴、桂，所谓石达开三十万众后围宝庆者也。玉成由六合犯庐州，布政使李孟群被执，不屈，死之。三月，纠安庆党围扑定远护城营，筑坚垒数十以困我师。胜保袭破其垒，秀成东走，而党众日增。国樑於定远县西筑十里长墙御之，其北路自九里山至浦口，三四十里，寇垒殆遍。我军日战，副将郑朝栋、张占魁皆殁於阵。时浦口后路滁州、来安皆困於寇。世忠自浦口绕道回援胜保，撤乌衣汊口防军还定远，其地复为寇踞。和春虑江北军单，遣冯子材渡江援应。玉成度江浦、浦口未可力争，分党援六合；又谋趋天长、扬州，渡江攻南营后路，并袭北营。於是寇众四五万东趋六合，蔓延来安、盱眙诸境。
四月，玉成围扬州。提督德安击寇天长，失利，殁於阵。胜保率军进战石梁，互有死伤，还屯旧铺，扼盱眙前路捍北犯。驻汊涧军为寇困，先后突围出。和春遣张玉良、安勇分六合军赴防扬州，以固清、淮门户。时池州、青阳寇逼石硊，窥湾沚。当涂、芜湖寇分壁青山、亭头逼黄池。我军败盱眙、汊涧及天长寇，天长寇分窜六合，并踞仪徵江干东沟，图扑红山窑。其地距六合二十里，旁通瓜埠，为大营饷道咽喉。五月，鞠殿华督军破平六合东路王子庙、太平集寇垒。初，六合、仪徵连界二十里，寇垒四十馀，阻粮道。至是六合廓清。时六合以北、天长以南，寇麕集数万，饷道危急，由乌家集绕犯各军之背，世忠退保滁、来。寇趋旧铺，直犯盱眙，围胜保於桑树，都兴阿力战解之。寻旧铺寇犯红子桥，胜保及穆腾阿驰援，而寇已分犯盱眙，盱眙故无城，仓猝遂失。
六月，胜保攻克盱眙，追创之磨脐、天台诸山。扬州诸军安勇等闻天长寇回窜六合，赴仪徵截击，大破於沙河、大小铜山。玉成愤甚，图报复，率死党攻来安。世忠守城，伏壮勇於两门外，自督军冲入寇营。寇乘虚袭城，伏起拦击，世忠返队夹攻，寇大败，夜走滁州。世忠由水口焚烧寇垒，寇大溃，纠合捻匪围定远，再败再进，我军众寡不敌，遂失陷。七月，玉成率死党攻来安，犯滁州，世忠击之，稍却；寻复纠众围来安，并分屯城西北卓家巢等处，寇垒几遍。世忠侦寇志已骄，潜伏兵挑战，伪败，寇笑官军怯；而世忠又环譟之，寇不为意，惟枪声绝续作备而已。世忠骤起鸣角而前，火其营，破二十八垒。会胜保解其围，世忠还滁州。八月，败寇西窜陷霍山，江长贵等击败太平郭村、宏潭踞寇，寻窜石埭，陷乌石陇，防营游击黄金祥退屯杨谿河。自去岁三河失陷，寇造伪城高二丈馀，炮眼星列，环以深壕，椿签密布，与太湖互相援应，兼通粮道。
石牌镇隶安徽怀宁，当宿、望、潜、太之交，为由皖入楚要冲。官文以伪城不拔，终碍东征，乃令多隆阿统马步军会攻，拔伪城，击斩霍天燕、石廷玉等四十七名，并拒败潜山、安庆援寇。伪顾王吴如孝者，寇之最悍者也，自镇江逸出，至皖北，纠捻沿淮肆扰；寻扑盱眙之清坝，为格兰额等枪毙，断其首。众南溃，九月，扰霍山下符桥。六安防军卢又熊等击败之，破毛坦厂寇垒，而庐州、安庆寇同犯六安，乃引军还盱眙。天长寇犯扬州，参将艾得胜、双喜等败死司徒庙。玉成率大股自甘泉山西窜仪徵陈板桥，进援六合，围李若珠垒。冯子材御之失利，退屯段要口。寇踞红山窑，断李若珠营后路，饷运不通。
十月，若珠自八埠墙、陈家集溃围出，中数创，退屯扬州，死伤马步军二千八百馀人。石埭夏村寇分股纠青阳寇万馀，窜踞泾县查村，防军副将石玉龙败死南山岭。適周天受至自宁国，督天孚等力击之，寇退还查村。王浚破平陶美镇寇垒，阵斩伪丞相孙瑞亨，镇距秣陵关二十馀里。卢又熊克霍山，寇自太平、芜湖犯宁国，陷黄池，高州镇总兵萧知音败退新丰镇。玉成及秀成自天长、六合纠大股窥伺江浦，分屯南北两岸。张国樑渡江遣水师破寿德州寇垒，水师曹秉忠破六合、红山窑、瓜埠寇七垒，彭常宣败寇於仪徵泗源沟。时寇众悉踞扬州西北，寻陷江浦防军垒，周天培死之，大军退保江浦。寇乘势东伺扬、仪，西逼江浦，南窥溧水，势复炽。
寇自洪、杨内乱，镇江克复，秀全凶焰久衰，徒以陈玉成往来江北，句结捻匪，扰庐州、浦口、三河等处，迭挫我师。曾国藩以为廓清诸路，必先攻破江宁；欲破江宁，必先驻重兵於滁、和，而后可去江宁之外屏，断芜湖之粮道。欲驻滁、和，必先围安庆，以破陈玉成之老巢，兼捣庐州，以攻陈所必救。诚能攻围两处，略取旁县，备多力分，不特不敢悉力北窜齐、梁，并不敢一意东顾江浦、六合，盖寇未有不悉力以护其根本者也。於是定四路进兵之策：国藩任第一路，由宿松、石牌以窥安庆；多隆阿、鲍超任第二路，由太湖、潜山以取桐城；胡林翼任第三路，由英山、霍山取舒城；调回李续宜任第四路，由商、固以规庐州。以后平寇之策，皆不出此。
十一月，泾县查村寇犯吴正熙垒，不利，而章家渡亦为我军所挫。扬州寇踞甘泉山，马德昭破其垒。国樑督军攻江浦寇垒不下，寇掘地道攻城，玉良遣将縋城出，焚其垒，填塞地道。寇筑垒磨盘洲，我军四路蹙之，寇众大败狂奔，北门寇营亦同时攻破。其陈家集等处之寇窜回天长，南路之寇潜窥溧水，皆为防军击退。江长贵克太平，郭村、查村败寇窜泾县北路。副将荣升连破石柱坑、盘台寇卡，寇窜踞董家村、白茅塘，犯万级、黄柏两岭。荣升会徽军破之，覆其巢。寇又窜扰河西，为参将朱景山等所败。副将吴再升遂乘胜进剿黄池南岸牛头山寇垒，北岸寇纠众来援，分兵拒之，寇多死伤；北岸寇溃走渡河，我军遂收南岸。池州守城寇韦志俊献城於杨载福，其部下古隆贤等不从，回扑府城，城复陷。桐、潜寇援太湖，将袭天堂后路，余继昌会军团分路败之槎水畈，阵斩伪汉天侯、拱天豫二名，寇奔溃。
十二月，侍贤由芜湖金柱关率大股犯宁国，与黄池北岸寇合势，连日分扰黄冈桥、牛头山等处，再犯西河，萧知音、熊廷芳退走寒亭。寇围游击冉正祥垒，都司李培基驰援始解。玉成以定远、舒城、庐州寇众北犯寿州，翁同书令副将尹善廷率精锐驰援，挫寇於东、南两路。时玉成以楚师甚盛，欲图西窜六合拒楚师，因北犯寿州以牵掣我军。寻自江浦回援安庆、太平，纠合捻首龚得树、张洛行等分道上犯，众号十馀万。多隆阿、鲍超、蒋凝学御之潜山，连破灵港寇垒。芜湖寇进犯宣城、湾沚，周天受御之，不得逞；乃分众四窜，我军亦分拒於海南渡、浮桥口、清水潭、盐官渡。寇退踞许村埠，进犯西河，朱景山等创之，增军守东西岸。寇迭窥湾沚，我军渡河击之，宁国西北寇锋稍敛。先是铜陵、青阳寇常犯南陵、泾县之交，我军扼守云岭、苏岭，而设伏朝山要、三里甸，参将方国淮出奇击之。寇屡犯三里甸，陷国淮垒，复窜越云岭，陷观岭防营。天受调金友堵清弋江，寇北走南陵，陈大富击之，寇复退入泾境。