秀全以瓜、镇屡挫败，图往援，十一月，出龙脖子等处。向荣饬张国樑败之仙鹤门、甘家巷，又战七霞街，毙伪丞相周少魁等四十名；追至石埠桥，馘二千馀，逃入城不敢复出。秀全於对江九洑洲筑石垒，浚深壕，悉锐守之，为金陵屏蔽。寇窜江北，以此为出路，屡攻之未下也。六合知县温绍原克其垒，后复为寇据，同治二年始复之。瓜洲、镇江一水相望，两城往来无阻，并时有合窜扬州图北犯意。扬州军与瓜洲相持已二年馀，托明阿以日战无效，谕士民筑长围於瓜洲之北以扼之，至是围成。寇水路分扑，大败去，夺其簰船，生擒伪参护郑金柱等十名。吉尔杭阿既克上海，移军镇江，是月营小九华山。又於黄鹤山、京畿岭筑城置炮台以逼之，并为地道轰城，寇死拒不得入。
十二月，无为寇纠合安庆、芜湖诸党东下，图解镇江之围。芜湖下至扬州，沿江汊河套港皆寇通薮。向荣檄水师溯江会攻，败之神塘河，又败裕溪口援寇於陶阳浦，生擒伪检点赵元发、伪将军王化兴等数十名。十二日，秀全遣李秀成等援镇江，我军御之石埠桥，寻由江州下窜下蜀街。先是杨秀清调上游芜湖，江北和、含及庐州众还江宁，统以李秀成及伪丞相陈玉成、伪春官丞相涂镇兴、伪夏官副丞相陈仕章、伪夏官正丞相周胜坤，取道栖霞、石埠，而豫遣城寇四出絓我军。向荣大营存兵不敷分布，檄芜湖邓绍良分军为张国樑、秦如虎应援，令吴全美以师船攻大胜关，以分敌势。明安泰严堵秣陵关，咨吉尔杭阿等守丹阳，以固苏、常要隘。初，泽南既去江西，石达开乘虚复入义宁，败江西官军，陷新昌、瑞州、临江、袁州、安福、分宜、万载。江西、湖北隔绝，军势不能复振。曾国藩飞调副将周凤山统九江全军往援，遇寇樟树镇，以钩连枪败其藤簰手，并会水师毁敌船，新淦寇闻风窜走，遂复其城。
六年正月，石达开陷吉安，乃由湖北入通城。达开悍而多诈，肆扰江西，不急犯省城，不直指南康，先旁收郡县，遍置伪官，迫其土民，劫以助逆，因粮因兵，愈蔓愈广。其陷瑞州者为伪检点赖裕新，先陷袁州者为伪豫王胡以晃，先攻临江后攻吉安者为伪春官丞相张遂谋。广东土匪入江西者，以周培春党为众。又匪目葛耀明、邓象等均於瑞州入达开大股之中，匪目王义潮、刘梦熊分屯吉安、泰和，亦与达开合并为一。达开久居临江，为上下適中之地，凶悍之众，皆萃於此。南则窥伺赣州、南安以通粤匪，北则踞守武宁、新昌以通九江。达开进攻南昌，周凤山以九江全军守樟树镇。时达开众才数千馀，乃张灯火山谷间为疑兵，率敢死士乘夜来袭，我军不战而溃。凤山走南昌，国藩亦移军省城。秀全益以皖、赣诸事付达开，寻陷进贤、东乡、安仁，破抚州。未几，建康、南昌相继失。泽南念国藩艰危，日夜忧愤，督战益急。秦日纲婴城待援，士卒多伤亡，阴穴城为突门。会达开率九江援党至，开城迎之。泽南要之突门，寇出直冲泽南军。泽南三退三进，军几溃，枪丸中左额，收军还，创发而殁。以李续宾领其众。
续宾初建议分屯窑弯绝寇粮，既代泽南，仍屯洪山，以游兵巡窑弯、塘角间。古隆贤率万人来援武昌，约城寇举燧为识，林翼谍知，佯举火，城寇出，陷伏大败。达开援众号十万，林翼分水陆力战，焚敌船七十，平八十垒。武昌寇大窘，城守益固。而江西请师日数至，义宁寇复犯崇通，九江寇合兴国、大冶土寇自武昌县进至葛店，谋袭巡抚大营。林翼以江西待援，分军四千一百人，以国藩弟国华统之，率刘腾鸿、刘连捷等道义宁，收咸宁、蒲圻、崇阳、通城、上高。湖南所遣援军将刘长佑收萍乡，萧启江收万载。国藩命李元度收东乡，周凤山等收进贤，刘子淳收丰城。五月，毕金科将千人防饶州，陷，旋收复。黄虎臣将三千五百人攻建昌，遇寇死。六月，彭玉麟收复南康。七月，刘腾鸿至瑞州，战寇，走之。
是时江西列县陷者四十馀城，广东和平土寇犯定南、安远、信丰、长宁、上犹、崇义、雩都，省城不能救，军报数月不相闻。瑞州居江、湘之冲，有南北城，中隔一河。刘腾鸿援南城，韦昌辉自临江来援，至北城，遽挑战，腾鸿乘其弊攻之，从北岸渡河抄其后，南城兵角其前，寇大败。至是江湖路通，自长沙以至南昌无道梗忧。寇自陷吉、袁、瑞、临诸府，大修战船，议秋间围攻省城。瑞、临寇船出而下，湖口寇船入而上，困我水师，复於生米口筑立坚垒。七月，由松湖带战船三十馀艘、陆寇千馀，将抵瑞河口，我水师侦知，豫钉排椿。寇甫至，我军冲入，纵火焚之，复堵城寇於临江口，焚其船垒。生米口之寇闻之亦遁。八月，刘腾鸿等败临川伪指挥黄某，收复靖安、安义。宁都土寇袭陷建昌、铅山、贵溪，围广信。浙将饶廷选赴援，寇遁走。时江西寇势浩大，党类众多，欲以全力困江西。自去年十一月至本年二月，以石达开为主；三、四、五月，以黄玉昆为主；六、七月，以韦昌辉为主。九江则林启容，瑞州则赖裕新，湖口则黄文金，抚州则三检点，建昌则张三和，袁州则李能通，皆剧寇也。统计江西境内近十万人。
九月，国藩视师瑞州，李元度以抚州不克，饷益绌，乃分军略旁县募粮，且分寇势，遂收宜黄，复崇仁。是日城寇出攻江军，林原恩败死，元度突围免。抚州军俱溃，元度移屯贵溪。十月，复陷宜黄、崇仁，分陷金溪。福建援军将张从龙援建昌，军溃，特诏起黄冕知吉安府，率军往，以国藩弟国荃为军主。当是时，江西军分为四，湘军最强。国藩居水军中，刘长祐屯袁州，派队攻克分宜，援寇路绝。十一月，伪将李能通启西门纳官军，袁州复。国荃收安福。江西诸军稍振。
初，武昌久不下，林翼谓战易攻难，以分兵牵寇断其援路为要。是月，唐训方等败石达开於葛店。寇增召战舰复犯葛店，蒋益澧总六营往，逆战，克之。追奔至樊口，合水师燔其船，入武昌县城。石达开愤樊口之败，大集党万馀，由广济、蕲水、黄冈至汉镇，密约伪丞相锺某坚守以待。官文获其伪谍，令都兴阿、多隆阿马步兜击，寇大溃。我军乘胜攻黄州，不能克。舒兴阿、舒保等将马队四百人渡江，寇於青山、鲁港间增十三垒相持。水陆合击破之，追奔至葛店。寇慑於骑军，乃大奔。自是水陆马步相辅，军势日盛，益募陆军五千、水军十营，增长围困之。武昌、汉阳同克复，击毙伪丞相锺某、伪指挥刘满，生擒伪将军、师帅、旅帅、两司马五百馀名。武昌寇分七队突门出，生擒伪检点古文新等四人，毙先锋悍党八百馀，死两万有奇。盖武汉自五年三月失守，至是已二十馀月矣。寻复武昌县、黄州、兴国、大冶、蕲州，民兵复蕲水、广济、黄梅。陈师九江城下。十二月，国藩至九江劳军，议统水师决取九江，以联络内外。乃派千总张金璧等复建昌。李续宾追寇东下，复瑞昌。进攻九江，派军复德安。刘长祐由袁州赴分宜，寇退踞新喻溪，遇之宝山，降将李能通匹马冲阵，寇退入城，我军随之人，寇出东门遁。湖南援军将刘拔元等收永宁、永新、莲花厅、崇义、上犹。
寇陷镇江至是四年矣，是年京口为张国樑所迫，秀清命四伪丞相李秀成、陈玉成、陈仕章、涂镇兴往援。秀成欲一人渡江，潜往京口，约兵夹击，无敢应者。玉成乃夜乘小舟潜越水寨，纵兵击国樑军，秀成登高见城中兵出，遣镇兴、仕章当敌，而自率奇兵绕国樑军后击之。乘胜击丹徒，和春败走，遂渡瓜洲攻扬州，陷之。托明阿军溃退北路，诏德兴阿代领其军。伪顾王吴如孝守镇江，分兵踞高资。古尔杭阿檄知府刘存厚扼之，金陵寇大恐。秀清遣悍党数万出句容来援，吉尔杭阿中炮死。存厚翼其尸不得出，亦战死。向荣急遣张国樑会救，克之。秀成以扬州孤悬江北，留守不便，遂弃去，窜回金陵。
当是时，向荣、张国樑负众望，称江南劲旅。然频年征战，餽饷乖时，士卒常忍饥赴敌，颇缺望，又分兵四出，所部兵力过单。杨秀清知可乘，请於秀全，定夹攻大营之策。五月，密约吴如孝率镇江寇自东而西，拊大军之背；金陵寇自西而东与相应，更命溧水、金柱关诸寇旁出横截。秀清自率劲旅出广济门，先遣赖汉英率紫荆山诸党攻七桥瓮以挑之。向荣、张国樑狃常胜，并力截杀，汉英忽少卻，向荣益策大军赴敌。吴如孝以镇江党突薄之，大营空虚，守兵惊散。向荣见大营火起，退无所据，军立溃。寇数路乘之，大军死伤遍地。国樑独以身翼荣出，稍收败卒退保丹阳。寇筑垒围之，向荣以病不能进，乃以军事付国樑，一恸而绝。
向荣既死，寇举酒相庆，颂秀清功。秀全益深居不出，军事皆决於秀清，文报先白其府，刑赏黜陟皆由之，出诸伪王上。如韦昌辉、石达开虽同起草泽，比於裨将。大营既溃，南京无围师。秀清自以为功莫与京，阴谋自立，胁秀全过其宅，令其下呼万岁。秀全不能堪，因召韦昌辉密图之。昌辉自江西败归，秀清责其无功，不许入城；再请，始许之。先诣秀全，秀全诡责之，趣赴伪东王府请命，而阴授之计，昌辉戒备以往。既见秀清，语以人呼万岁事，昌辉佯喜拜贺，秀清留宴。酒半，昌辉出不意，拔佩刀刺之，洞胸而死。乃令於众曰：“东王谋反，吾阴受天王命，诛之。”因出伪诏，糜其尸咽群贼，令闭城搜伪东王党歼焉。东党恟惧，日与北党相斗杀，东党多死亡逃匿。秀全妻赖氏曰：“除恶不尽，必留后祸。”因说秀全诡罪昌辉酷杀，予杖，慰谢东党，召之来观，可聚歼焉。秀全用其策，而突以甲围杀观者。东党殆尽，前后死者近三万人。
时石达开在湖北洪山，黄玉昆在江西临江，闻乱趋归。达开颇诮让昌辉，昌辉怒，将并图之。达开縋城走宁国，昌辉悉杀其母妻子女。秀全责以太过，昌辉负诛秀清功大，不服，率其党围攻伪天王府，秀全兵拒败之。昌辉遁，渡江为逻者所获，缚送金陵磔之，夷其族，传首宁国。甘言召达开回，既至，或谓达开兵众功高，请留之京师，解其兵柄，否则又一杨秀清也。秀全心动，乃命如秀清故事辅朝政。达开危惧不自安，其党张遂谋曰：“王得军心，何郁郁受人制？中原不易图，曷入川作玄德，成鼎足之业？”达开从之，乃还走安徽，约陈玉成、李秀成偕行，二人不从，益不能还金陵。於是始起事诸悍党略尽，乃以伪春官正丞相蒙得恩为正掌率，调度军事；伪成天豫陈玉成为右正掌率，伪合天侯李秀成为副掌率，兵事专属秀成、玉成，均听蒙得恩节制；而内政则秀全兄弟伪安王洪仁发、伪福王洪仁达操之。
时我军自克复庐州，寇党窜踞三河，分营金牛，一路壁垒相望，屡抗我师。八月，和春督军乘夜逾壕火其药局，梯城而入，寇仓皇夺门出，追毙之巢湖。生擒伪指挥张大有、伪将军秦标盛等十一名，歼贼五千馀。江南军克复高淳。九月，击败句容、溧水，二城近金陵为犄角。金陵闻其败，气阻，大营始安。巢县者，寇之老巢也，其水陆连营无数，所掠粮饷悉输金陵。巡抚福济与编修李鸿章督军攻复之。庐州所属州邑以次肃清。
七年正月，湖南援军吴坤修克安义、靖安，与民团会攻奉新，寇弃城遁。武昌之陷也，曾国藩遣彭玉麟援鄂；及石达开躏江西，连陷瑞、临、袁、吉、建、抚诸郡，又檄玉麟赴援。寻国藩以父丧归，上命彭玉麟协同载福调度军事。九江为江西重镇，皖、楚咽喉，寇力争天险，汇踞九江，而以对岸黄梅之小池口为外蔽，进以犯湖北，退以扰赣、皖，游行掉臂，防不胜防。大军自达九江、宿松，诸酋聚众数十万，城於小池口，以遏官军，图上窜。是月寇分三路入犯，距黄梅县城数十里，知县单瀚元请空城诱入，都兴阿从其计，伏军四起歼之。寇弃城走，截斩其伪捣天侯陈某，伪天王壻锺某、曾某三名。小池口寇闻之丧胆，乃筑坚城为固守计；复於段窑、枫树坳、独山镇诸处依山砌石，为垒数十，引水浚壕，阻我军东下。都兴阿遣鲍超、多隆阿、王国才等分攻，悉平其垒。
四月，玉成犯湖北，众号十万。李续宾壁小池，鲍超移屯黄梅，遏其冲，分途迎击，大破之，军威始振。五月，李续宾攻九江，掘长壕困寇，设伏败之马宿岭、茶岭诸处。越旬馀，安庆寇来援，合城寇三万，蜿蜒数里。我军水陆会剿，连战皆捷。闰五月，玉成复犯湖北，大小二十五战，亡七千有馀。时蕲、黄一路寇猖甚，蕲州诸军并挫，赖舒保力战，水师左光培扼巴河，得免上窜。官文令唐训方增军守要，约都兴阿力扼黄梅，严防后路。以是黄州上下烽火不绝，而武汉帖然无恙。六月，续宾浚长壕合水师力攻九江，宿松、太湖群寇纠合皖省饥民十馀万乘虚图武汉，且解九江之围。寇据黄梅、广济、蕲州、蕲水，分四路进，大小五十馀战，死万馀而势不稍衰。
初小池口之捷也，浔阳、湖口立望廓清；及皖寇上援九江，陆军梗阻，而上游水师又难骤撤，楚军马队不及万，寇所窜伏，崎岖泥淖，马队几无可施。惟将士一心，屹然不为所撼。杨载福、李续宾督水陆上援，多隆阿、鲍超攻贼童司牌，败之十里铺。寇造浮桥河中，东通北湖，西达武穴。续宾渡江平南岸寇屯，水师复焚寇艇，毁浮桥，寇不得逞。七月，黄梅寇以弱兵守垒，而以强悍骁勇者遍伏村落。多隆阿侦知，约鲍超直冲村落，毙五千馀，而其在蕲、黄者仍不下数万。官文督军五路进攻，杜其上窜，擒渠扫穴，蕲、黄路通。寻又大破皖寇於黄冈、蕲水界，克复瑞州，我军直抵小池口。小池口与浔城隔江对峙，为江、皖入楚冲途。寇垒石为城，深沟高垒。胡林翼以寇焰正衰，约诸军先拔小池口，亲督唐训方、李续宜等由蕲水达黄梅坡下，建碉以塞宿松上窜之路。侦知城内爨具已毁於炮，炊烟断熄，乃令水陆环攻，射火入城。我军乘乱而登，寇尽殄灭。全楚始一律肃清。
江西军随复东乡。东乡隶抚州，寇踞之以为抚州保障，复陷万年诸县。八月，将军福兴冒雨进攻，纵火平塘，绝寇窜路。平塘者，附城往抚州之冲也。寇果弃城而遁。初，寇踞石钟山，守湖口两岸，致水师隔绝。九月，克湖口，连破梅家洲，燔石钟山寇巢，殪万馀。内湖外江至今三载始合。载福以取九江当先援彭泽，彭泽南有小孤山，寇筑城其上以守彭泽，为九江声援。载福会军攻克县城，尽扫小孤山寇巢。下游巨险悉夷。大军回向九江。十二月，长祐会攻临江府，拔之。寇窜湖北兴国州，复为续宾所歼。馀众仅二百，皆凫水而逸。
寇之自楚北败窜回皖也，纠合河南捻匪，扑庐州及巢县、柘皋。我军进平柘皋寇垒，火巢湖派河两子铺寇船，寇踪遂绝。先是江南水师提督李德麟率红单船入皖，寇遏之繁昌县峡口，不得上，七阅月矣。载福督师东下，焚夺陈玉成所派战船略尽。连日焚华阳镇，复望江、东流，疾趋安庆，破枞阳大通镇，进克铜陵，驰入峡内，与红单船合。寇望风瓦解，逼泥汊伪城，李成谋掷火焚之，斩戮过当。时江西寇纠党二万馀，由浮梁、建德、都昌、鄱阳窜湖口，而宿松、太湖寇愤九江之败，纠党五六万，麕集於枫香驿、仙田铺等处，声势相依。官文檄唐训方壁陈园，固蕲州门户。多隆阿、鲍超等迎剿太湖，李续宜会水师分三路直捣，毙寇二万馀，寇势大挫。
江南大营之退驻丹阳也，秀成踞句容，屡出窥伺。正月，国樑独率精卒间道抵城下，毁其外垒，毙寇千数百名，寇不敢复出。二月，金陵、安庆寇侦溧水势蹙，纠众至邬山，筑垒为援。和春乘寇营未定，邀而败之。寇渡河复结四垒，江南军三路败其众，合兵攻溧水城，前后平寇垒二十六座，歼三千，毙伪靠天侯以下十馀名。移营已及一年，战功此为最烈。四月，瓜洲以我军围攻久，势频危，乃出背城计，水陆并扑，战土桥西里铺，不胜；复以战舰分两路进：一沿港助势，一渡江他扰，均为我水师所歼。寇之聚溧水者，屡招援党攻大营，死万馀，复於邬山筑垒数十以抗我军。五月，总兵傅振邦破其外垒，继以火攻城。副将虎坤元乘内乱，斩守城悍酋而入，遂复其城。溧水既克，和春进规句容，与溧水相犄角。寇结外援，声势尚壮。国樑会军围攻，而自帅亲兵冲入，刺黄衣悍目数名，寇奔溃。和春进冲内壕，国樑首先登城，寇尸山积。闰五月二十五日，收复县城。九月，镇江寇出城至甘露寺，迳扑大营，和春迎剿败之。寇欲西窜接应金陵，国樑密於高资增营扼塞，寇亦筑垒，运粮河北。国樑遣参将余兆青等毁其炮台，而自率亲兵渡河，会水陆诸军鏖战六昼夜，沉巨船十馀艘，削壁垒二，生擒魏长仁等六名，斩俘无数。