既都金陵，欲图河北，罗大纲曰：“欲图北必先定河南。大驾驻河南，军乃渡河，至皖、豫一出。否则先定南九省，无内顾忧，然后三路出师：一出湘、楚；一出汉中，疾趋咸阳；以徐、扬席卷山左，再出山右，会猎燕都。若悬军深入，犯险无后援，必败之道也。且既都金陵，宜多备战舰，精练水师，然后可战可守。若待粤之拖罟咸集长江，则运道梗矣。今宜先备木筏，堵截江面，以待战舰之成，犹可及也。”秀清方专政，不纳。乃遣伪丞相林凤祥、李开芳、罗大纲、曾立昌率众东下，秀全诏之曰：“师行间道，疾趋燕都，无贪攻城夺地糜时日。”大纲语人曰：“天下未定，乃欲安居此都，其能久乎？吾属无类矣！”
二月，林凤祥等陷镇江、扬州，令吴如孝等留守，分据浦口、瓜洲诸隘。向荣既复武昌，蹑寇而东，抵金陵，军孝陵卫，是谓江南大营。都统琦善亦以钦差大臣率直隶、陕西、黑龙江马步诸军军扬州城外，是谓江北大营。三月，向荣破通济门寇垒，袭占七桥瓮，夺获锺山围，歼寇无算，遂移大营逼城而军。四月，漕运总督杨殿邦进攻扬州，毁城外木城土垒，东路寇悉避入城。琦善、胜保先后督攻，五战皆捷。凤祥留立昌踞扬城，驱妇女及所劫货财运回金陵；率三十六军北窜，分扰滁州，踞临淮关，陷凤阳府。其酋朱锡锟、黄益芸等别率悍党犯浦口，攻六合，知县温绍原率乡团拒之，夜火其营，寇遁回金陵。五月，大兵围扬州，杀敌逾万。胜保自扬州蹑其后，力攻凤阳，寇遁河南。
杨秀清遣伪丞相吉文元由浦口窜亳州，偕林凤祥陷永城，犯开封。省官兵击破之，又败之汜水。寇奔黄河渡口，溺死无算。杨秀清遣伪豫王胡以晃陷安庆，又遣伪丞相赖汉英、石祥祯攻九江、湖口，进围南昌。湖北按察使江忠源驰援江西，入城固守。凤祥等自汜水败退，犯郑州、荥阳。六月，围怀庆，以地道攻城，不克。镇江寇出城扑我军，战北固山下，伏寇纵火，七营皆被焚。邓绍良退守丹阳，都司刘廷锳等督潮勇驰援。寇退入城，复扰丹徒镇，刘廷锳复击退之。向荣檄总兵和春与刘廷锳紥徒阳运河之新丰镇，寇始不敢南窜，常州获安。寇之围怀庆也，立木栅为城，深沟高垒，我兵相持几至六旬。讷尔经额亲督诸将分五路攻垒，毁其木栅，毙敌酋吉文元。凤祥受重创，解围而遁，河北肃清。
八月，凤祥窜山西，陷平阳，直抵洪洞；窜直隶，踞临洺关，扰至深州。赖汉英等解南昌围，入湖北，踞田家镇之半壁山。九月，踞入楚要隘，水陆并进，陷黄州。其窜深州者，旁扰栾城。十月，窜天津，踞静海，屯独流、杨柳青诸镇。汉阳之寇，分股北窜：一陷孝感、黄陂诸县，一由应城犯德安府，为防兵所遏，合众退黄州。秦日纲等陷安徽桐城、舒城，侍郎吕贤基死之。舒城既失，贼遂径扑庐州，陷之。庐州者，安徽文武大吏之所侨寓以为省治者也。十一月，秀全以扬州、镇江攻围急，遣赖汉英等领江西众，纠合仪徽党援扬州；又令由安徽宁国湾沚进薄高淳湖，窥伺东坝，图解镇江之围，我军均击退之。寇复由三汊河进扑，死战不退。扬州寇曾立昌突出，与赖汉英同窜瓜洲。
上以寇扰长江，非立水师不能制其死命，乃命在籍侍郎曾国藩练乡勇、创水师讨寇。初，寇围南昌，城外寇垒仅文孝庙数座，官军屡攻不能克。郭嵩焘偶获谍讯之，则寇皆舟居，其垒则环三面筑墙而虚其后，专蔽舟楫而已。嵩焘因与江忠源议曰：“东南州县多阻水，江湖遇风，一日可数百里。官军率由陆路蹑寇，其势常不及。长江数千里之险独为敌有。且寇上犯以舟楫，而官军以营垒御之，求与一战而不可得，宜寇势之日昌也。”忠源即具疏请饬湖南北、四川仿广东拖罟船式，各造战舰数千，饬广东制备炮位以供战舰之用，并交曾国藩督带部署，奉旨允行。国藩遂治战船於衡湘，至是始成。共募水勇四千，分为十营；募陆勇五千，亦分十营。以塔齐布为军锋。国藩亲统大军发衡州，水陆夹江而下。
初，镇江、扬州、仪徵、瓜洲四处寇互相应援，不得破。十二月，琦善以扬州寇退，瓜洲势孤，督军攻复仪徵，乘胜追抵瓜洲。杨秀清遣胡以晃率党十馀万攻庐州，巡抚江忠源昼夜抵御，以众寡不敌，城陷，死之。四年正月，黄州寇张灯高会，总督吴文镕出其不意袭之，会大雪罢战。越数日，秀清分兵设伏山岗，命其党率城军扑营，文镕拒战，伏起火发，十三营皆溃，文镕死之。贼乘胜遂陷汉阳。二月，扬州军进剿瓜洲，总兵瞿腾龙阵亡。寇遣伪将孙寅山陷太平府，踞为巢。自瓜洲结垒属於江，以达金陵，往来不绝。秀清复遣石祥祯会汉、黄寇党溯江直上，陷岳州，溯流至铜官渚，逼近长沙。曾国藩邀之靖港，而寇已由间道袭湘潭，副将塔齐布率兵千三百同水师血战五昼夜，毙寇数万。论者谓微此战，寇溯湘源以达粤，直下金陵，首尾一江相贯注，大局不可支矣。
是月，参赞大臣僧格林沁攻克独流寇巢，静海寇复窜踞阜城。僧格林沁攻毁堆村、连村、林家场三处寇垒，擒杀伪指挥、监军以下一百馀人，悉遁入城。秀全念河北不能支，遣皖党由丰豆工偷渡黄河，窜山东金乡，进扑临清州，冀抒阜城之困。三月，寇以地雷陷城，寻为我军攻复，窜冠县、郓城，复据曹县，筑木城拒守。四月，胜保破其巢，追至漫口支河，逼溺水，伪丞相曾立昌、许宗扬皆溺死。伪副丞相陈世保已先於冠县烧毙，悉数歼除。踞阜城者即於是日全股南窜入连镇。僧格林沁及胜保会军合剿破之，诛林凤祥；复破之高唐州冯官屯，生擒李开芳，磔之京市。河北肃清，是后不复北犯，我军遂无后顾忧。
初，长江为寇往来道，荆州当四路之冲，至省道梗，特召荆州将军官文统军讨寇。时沔阳、安陆、荆门、监利、京山、天门均陷，进窥荆州。云南普洱营游击王国才奉调至，一战败之，重镇始安。并克复监利、宜昌，寇遁洞庭湖，合股犯常德府。先是李侍贤常与陈玉成、李秀成谋解金陵围，犯江西、福建。伪启王梁成先犯陕西，后与捻合，欲犯湖南、河南，而陈玉成志在武昌、汉阳，乃领一队入梁子湖达武昌，渡江分犯，以全力图武昌，六月，陷之，并踞汉阳。巡抚青麟自缢不死，弃城走，寻正法。秀全以秦日纲留守武昌，授玉成伪殿右十八指挥；还陷田家镇，破广济、黄梅，连陷九江，升伪殿右三十检点。
杨秀清虽在军，而金陵之事一决於己，驿骑络绎，多稽时日。向荣军孝陵卫，称江南劲旅，秀清忧之，既克武昌，遂驰还金陵，命石达开代守武汉。官文自荆州下剿，克沔阳。初，寇欲先取长沙，踞上游为破竹之势，而韦志俊略湘潭不得志，退踞岳州，筑垒毁桥，意图久抗。我军水师设伏诱败之，七月，复岳州。寇由城陵矶来犯，我军分五路迎击，毙伪丞相汪得胜等二人，获船七十六，歼贼千馀人。塔齐布阵斩悍酋伪丞相曾天养。闰七月，寇奔城陵矶，塔齐布策马率湘勇直入，毁营十三，毙二千人。陆军既胜，曾国藩饬李孟群率水师追剿，荆河东、西两岸寇垒悉夷。自此由荆入川，由岳州入湘，门户始固。初，武昌失陷，上以杨霈代总督，台勇克京山、安陆，复天门，生擒孔昭文等正法。馀皆下窜，踞沔阳州仙桃镇。是月破其巢，并收复下游孝感、黄州、麻城诸县。寇悉窜黄州。
时金陵寇分股啸聚於太平府，与镇江遥为应援。向荣分兵四队击之，毙其伪国宗韦得玲、伪检点陈贽见、伪将军李长有、伪总制吴春和，遂复府城。杨秀清自率战，围军不利，三路皆溃；退入城，谓韦昌辉等曰：“江南大营不走，吾辈无安枕日矣！现其势方锐，不可敌也。当乘其罢徐图之。”金陵寇以乏粮，驱妇女之老而无色者出城，听其自散。尽取年十五以上、五十以下之妇女，指配给众，不从则杀之，守志者多自尽，死者万计。八月，总督杨霈收复黄州府属蕲水、广济、罗田诸县。曾国藩自克岳州后，议乘胜东下，先与塔齐布会攻崇阳，克之，生擒伪丞相金之亨等十一人。惟廖二逃窜，复句结馀党，重失县城。国藩亲督水陆诸军攻武昌、汉阳。寇守城之法，不守陴而守险，洪山、花园两路皆精锐所在。大军自螺山下剿，杨载福等率水师，罗泽南率陆师，三路同进，连克寇垒，焚毁敌船数千。李孟群、塔齐布进薄武昌，寇宵遁。杨昌泗亦攻汉阳，克之。黄州府城、武昌县均收复。九月，提督和春败寇庐江，擒伪监军任大纲等十七名。
下游知官军分路进剿，乃由田家镇纠党六千馀，一由兴国分抄大冶以拒武昌军，一踞兴国以拒金牛军。罗泽南驰至兴国，败之，克州城。塔齐布赴大冶，击毙千馀。彭玉麟、杨载福抵蕲州，烧寇船九十馀艘。十月，楚军攻半壁山，寇置横江铁锁四道，拦以木牌，遍列枪炮。杨载福等率水师至田家镇，会陆师进攻，乘风纵火，破其垒，燔舟一万有奇。陈玉成弃蕲州窜陷广济，联合秦日纲、罗大纲等分扼要隘。塔齐布渡江追之，收复广济。寇退踞黄梅，黄梅为湖北、江西、安徽三省总汇之区。寇死拒，以万馀守小池口抗水师，以数万拒大河埔，以万馀紥北城外，又以数千游弋联络之。塔齐布与罗泽南登山下击兜杀，陈玉成縋城而逸，遂克黄梅。玉成自请罪，而秀成反加伪勋号曰成天裕。
时捻匪蜂起，粤寇与之联合，或令分扰，或令前驱，以牵制我军。秀成由庐州踞舒城，并扼桐城大、小二关，阻我南路之师。二关为安庆通衢，屡复屡失。京堂袁甲三檄参将刘玉豹、举人臧纡青等战夺两关，斩其目吴凤珠等十二名，进抵桐城。庐江寇纠安庆党来援，我军兜戮殆尽，而潜山援寇复至，臧纡青殁於阵。
十一月，国藩进军九江。玉成自黄梅败后，复纠安庆新到之众踞孔垅驿、小池口，与对岸九江相句连。李孟群七战七捷。塔齐布与罗泽南等由北岸进至濯港，进攻孔垅驿，破土城，纵火焚街市，寇无得脱者。小池口寇闻之，亦遁。乃调陆军攻九江，水师乘胜攻湖口，大纲趋救，大战梅家洲，毁小河簰船、沙洲桥垒。十二月，萧捷三率水师驰入鄱阳湖内，追至大姑塘。石达开联船为卡断其后，捷三不能返，遂与外江水师隔绝。达开潜以小舟驰袭国藩坐船，国藩跳入罗泽南营以免。大军之攻九江也，败寇收合溃散，分三道东陷黄梅。值岁除，潜至广济，火杨霈大营，霈突围出，不敢入武昌，走保德安。
五年正月，江苏巡抚吉尔杭阿克上海县，县自三年秋陷於贼，至是始复。秀全令皖寇大举犯湖北，中道自小池口沿江陷黄、蕲；复分党从富池渡江西，陷兴国、通城、崇阳、咸宁、通山，且掠江西武宁，所至胁众以行。湖北巡抚陶恩培甫莅任数日，时总督在外，未及议守备。城中兵仅二千，徵兵半途闻警皆溃去。湖北、江西方千里，旬日骚然矣。始寇之起，所行无留难。其踞省府，胁取民财米。行道掠人夫，不用则遣还，未尝增众。及屡败，乃结土寇屯城镇，颇收拔悍鸷者，而任用石达开、陈玉成等，极称得人之盛。自汉口进襄河，上犯汉川，扰沔阳，进犯武昌，踞汉阳府城。沿江筑垒，并於汉阳下南岸嘴高筑炮台，以阻下游之师。时江西寇入腹地陷饶州。国藩亲至南昌，修整内湖水师，与罗泽南陆军相依。
二月，韦国宗等攻陷武昌，巡抚陶恩培等死之。寇溯汉江而上，以岳家口、仙桃镇为老巢。上以胡林翼巡抚湖北，国藩进吴城镇，屡书与议东南大势，以武昌据金陵上游，宜厚集兵力为恢复计。四月，陷德安府，杨霈退走襄阳，上褫其职，以官文为湖广总督。国藩屯南康，思整军出江谋进取，然寇已由都昌陷饶州，别由东流、建德窥乐平，屯景德镇，东犯祁门、休宁诸处。而湘军仅万馀人，水陆分为四：李孟群等水师回援武昌，塔齐布留攻九江，罗泽南入江西攻饶州，国藩收萧捷三水师三营屯南康。罗泽南奔走往来，克广信府，收景德。寇之踞徽州者，与土匪相结，据险以抗我军。浙军出境击寇，复徽州，乘胜克休宁、黟县、婺源，生擒伪将军、两司马等八名。秀全命北固山、镇江、瓜洲、金山四路，约期进犯扬州。托明阿伏兵九洑洲，迎击破之，断铁锁船链，焚船三百。诸路寇被创而遁。饶州之寇分据乐平、德兴、弋阳，江西军率水陆师往剿。寇出五队来扑，不克而奔，郡城立复。秀全以金陵山三山为滨江要区，以精卒守之，水师不能上驶。托明阿督水师总兵吴全美沿江扫荡，焚船二百馀艘，获拖罟、快蟹等船二十五艘、大小炮八十馀尊，生擒伪先锋陈长顺等六十一名。吴全美乘势上山，蹋平营卡。江西肃清，水师始棹行无阻。
五月，秀全谋袭金口，断楚军粮道。林翼督军屡战，斩其伪丞相陈大为等，进屯纸坊，逼省城小东门。寇潜自他门出掠。林翼建议先攻汉阳，扼涢口、蔡店要隘，绝窜湘之路；开濬江堤，以水师腹背攻之，则汉阳可破，而鄂省咽喉已通，不难并力於武昌矣。初，寇由府河入湘，所过州邑悉残破无完土，复为官文伏军所狙击，分途溃退。六月，收复云梦、应城，二城者府河出入要道也，寇失之，大恐。我军进攻德安，断其出入，寇始不敢窥伺荆襄。七月，塔齐布卒於军。寇陷义宁，国藩遣罗泽南出奇兵复之。寇严守襄河蔡店，上通德安，下达汉镇，互为应援。十二月，彭玉麟克蔡店，水陆并进，毁襄河铁索浮桥，蹋平南岸敌巢，而下游塘角、汉阳、大别山营垒焚毁殆尽，德安之寇益蹙。林翼既克蔡店，而汉川为蔡店后路，寇据此游行冲突，德安亦资以通声气。林翼与官父会军克复汉川，武汉首尾始联络一气。
芜湖之陷几二载矣，江、皖往来道梗。寇以为上下关键，水则联舰，陆则砌台，我军屡攻不能拔。是月，向荣督军分道击之，县城始复。楚南军亦攻复湖口、都昌。八月，按察使李孟群守金口，崇宁寇句结武昌城党分道来扑，陆营失守，林翼亦败於奓山，退保大军山。寇势复炽，分扰汉阳，并绕道袭陷汉川。九月，官文、林翼檄调罗泽南援武汉，泽南上书请率所部以行，谓：“得武昌乃可控制江、皖，屏蔽江西，而后内湖外江声息可通，攻九江始操胜券。”国藩从之，乃部署援师五千人，自义宁趋通城。寇闻我军至桂口，分众来援，设木城重壕自固。泽南会军克之，进攻崇阳。桂口寇退入崇阳，密约通山来援。桂口与湖南、江西、湖北交界，形势奥衍，米粮充足。曩伪丞相锺酋义宁败后，踞此修土木城，跨山引涧，袤斜六里，欲踞一隅以掣三省之师，伺隙而动。泽南移得胜之兵先夺是隘，进克崇阳，焚寇垒，驰赴羊楼司扼敌上窜。
十月，克复庐州。庐州陷已三年矣，守之者为伪豫王胡以晃，与我军大小数百战，死伤万馀，皆受创而去，是月始克之。其据德安者，众不过数千，恃武汉为下游奥主，襄、府二河群蚁聚。我军胜东挫西，疲於奔命。至是官文督兵力战，守城寇党陆长年、马超群潜赴大营投诚，约为内应。值大风雨，放火开门纳师，遂复其城。时寇之牵制我军者三路：自随、枣至襄阳为北路，武昌上下为南路，汉川中路。尾潜、沔，首德安为尤要，屡收屡陷。官文督军分四道齐集汉川，克之，遂率兵东下，与林翼合谋武汉。石达开自安庆率三万人上援武昌。泽南会林翼夹攻，连克蒲圻、咸宁；至金口，会攻武昌，破城外敌垒，驻军洪山。寇之踞武昌者，城外大垒八、小垒二。林翼与战，泽南袭之，破大垒一、小垒二。李孟群亦薄攻汉南，与官文军相声援。水师往来南北烧敌船，都兴阿以马队护之。群帅辑和，寇益不得逞。汉阳城外自龟山沿河而下，敌船林立。上游入江之梁子湖，下游金牛镇，群寇赴援。水陆各军督团勇犁巢扫穴，武汉外患至此尽除。