琦善寻奏改章程二十八条，又奏罢稽查商上出入及训练番兵成例。故事，商上出入所有一切布施金银，均按季奏报。自琦善奏定后，而中国御藏之财权失。又驻藏大臣及兵丁俸饷，向由福康安在廓尔喀经费内拨交商上生息，以资公用。及琦善议改章程，将生息取销，一切由商务供给。迨后中国驻藏一切开支，藏人渐吝供给，而不知当日实有赀本发商生息，并非向商上分肥。总之，乾隆所定制度，荡然无存矣。
是年十二月，敕谕第十一辈达赖喇嘛曰：“咨尔达赖喇嘛。朕抚绥寰宇，敷锡兆民，期一道以同风，冀九垓之遍德。亦赖洪宣梵义，普结善缘，导引群生，同参胜果。其有能通上乘，继阐正宗，使诸部愚蒙悉资开悟者，宜加多楙奖，元沛宠封。兹以尔慧性深沉，经文谙习，既著灵踪於龆岁，益坚戒律以壮年。承袭以来，皈依者众。朕甚嘉之，故特依前辈达赖喇嘛例，封尔为大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇呾喇嘛达赖喇嘛，改受金册。尔尚振修黄教，主持乌斯，本利济以佑民，迓庥祥而护国。所有图伯特事务，其悉依例董率噶卜伦等，妥协商办，报明驻藏大臣转奏，俾图伯特阖境延釐，众生蒙福，弥勤启迪，用副绥怀。兹随册赍往金银、采币、玻磁器皿，尔其敬承，以光我国家亿万年无疆之休命。钦哉！”
二十六年十二月，琦善以披楞，即英人，请定界通商闻，诏耆英以守成约拒之。二十七年七月，耆英复以英、德使请於西藏指明旧界派员前往闻。谕驻藏大臣斌良密查，如无流弊，自应照旧奏准允行，倘心怀诡谲，即当据理駮饬。并谕海善派员往查，事寻中辍。
二十八年，赏公爵策旺顿柱宝石顶、双眼花翎。咸丰二年，达赖亲往布赉绷、色拉、噶勒丹及南海、琼科各寺院熬茶讲经，诏帮办大臣额勒亨额妥为照料。寻病殁，由驻藏大臣穆腾额奏驻藏守备童星魁前往护送。三年，达赖以发逆滋扰各省，虔诚念经，祷贼匪速灭，奉旨嘉奖。四年十月，理藩院议覆，淳龄奏达赖年已及岁，应宜任事。得旨：“达赖明年既已及岁，一切事务交伊掌管。所有赏给前辈之玉册、玉印，凡遇吉祥之事准其钤用，如常事仍用金印，以示广兴黄教至意。”五年正月，遵旨掌管政教事务。十二月，在布达拉圆寂，年十八。
十二辈阿旺罗布罗丹贝甲木参称嘉穆错，於咸丰六年在沃卡坝卓转世。八年正月，奏明在金奔巴瓶内掣定。九年七月，迎至布达拉坐床。赏达赖之父彭错策旺公爵。先是三年四月，廓尔喀商人与察木多番商索债起衅，聚众械斗，互有杀伤，经驻藏大臣穆腾额照夷例分别罚款完案。嗣因多收税米，阻挡商民，藉端与藏边失和，唐古特屡战不胜，宗喀、济咙、聂拉木等处均陷於贼。驻藏大臣赫特贺驰往后藏督办防剿事宜，命成都将军乐斌统汉土官兵继进。廓番闻大兵将至，惧，遣其噶箕来藏上表乞和，诏许罢兵。唐古特与廓尔喀议定约十条，唐古特每年给廓尔喀税课银二千两，廓尔喀将所占地方交还唐古特商上管理。同治元年，掌办商上事务埒徵呼图克图因减放布施，连同色拉寺与布赉绷、噶勒丹两寺閧，不胜，藏中僧俗公斥之，携印潜逃赴京。诏黜其名号，不准转世。命诺们汗汪曲结布协理商上事务。汪曲结布者，原系俗装，曾为噶卜伦，即俗所谓“沙紥噶隆”是也。因与埒徵忤，辞官削发为僧，至是复起用。乃创修拉萨城垣，自西而东，工未竣而殁，遂罢役。初，驻藏官兵自游击以下，均聚居紥什敦布营房。时驻藏大臣满庆以藏中屡不靖，命迁拉萨市，从此僦屋而居。紥什城之营房遂废。三年，噶勒丹池巴罗布藏青饶汪曲为达赖传授小戒。
瞻对逆番久围里塘，梗塞驿路，其酋工布朗结复令期美工布大股逆贼至巴塘、里塘交界之三坝地方，劫去粮员行李，抢夺由藏发出摺报公文。其格吉地方亦有告急夷信。工布朗结曾於道光末，经前任川督琦善带兵往剿，并未荡平。以瞻对归各土司侵地，奏予工布朗结职，罢兵。至是益无畏惧，将附近土司任意蚕食，川、藏商贾不通，兵饷转运难艰，汉、番均困。驻藏大臣满庆派番员徵兵借饷，并约三十九族调集各处土兵，防剿瞻对西北，川督骆秉章派员督饬打箭炉及巴、里各文武，同明正土司及大小金川等土司兵进攻其东南。而藏中所派之兵甫至巴塘，旋即抢掠，诏令撤回。至四年，事平。奉旨将上、中、下三瞻地方赏给达赖管理，建庙焚修。赏达赖之兄伊喜罗布汪曲承袭公爵。七年，亲至前藏攒招。八年，捐修紥林噶舒金塔。十年，亲往布赉绷、色拉二寺熬茶讲经。十二年，亲至前藏攒招。是年二月，遵旨接管政教事务。十三年及光绪元年，均亲至前藏攒招。元年三月，在布达拉圆寂，年二十。
十三世阿旺罗布藏塔布克嘉穆错，於光绪二年五月在达布甲擦营官属下朗赖家转世，至是呼毕勒罕访获，班禅率同有职各僧俗人等出具图记公禀，恳请驻藏大臣松溎代奏。奉旨毋庸入瓶签掣，即定为达赖之呼毕勒罕。四年正月，在贡汤德娃夫由班禅披授戒，取定法名。六月，迎至布达拉坐床，销去呼毕勒罕名号。赏达赖之父工噶仁青公爵，宝石顶、孔雀翎。八年正月，由正师傅济咙呼图克图传经授戒。
十年，因攒招，各处喇嘛麕集，与巴勒布商人购物起衅，将巴商八十三家全行劫毁。廓尔喀因索偿损失银三十馀万两，并集兵挟制。驻藏大臣色楞额奏派汉、番委员前往开导，晓以恩威，始允减为十八万有奇。除唐古特商上捐筹及清出货物抵价外，尚不敷银六万七千馀两，奉旨由四川拨给。十一年，亲至前藏攒招。十四年，工噶仁青故，赏达赖之兄顿柱夺吉公爵。是年亲往布赉绷、色拉寺熬茶讲经。十五年，亲至前藏攒招。
当达赖降生之年，哲孟雄与布鲁克巴部长因英并印度，与哲、布接壤，渐有窥藏心，籥请筹备。而廷旨不甚注重，谓披楞头人现向布鲁克巴部长租地修路，意欲来藏通商。惟布鲁克巴与哲孟雄毗连，哲孟雄既已认租修路，难保不暗中勾结引进，诏松溎相机开导，务令各守疆界，劝谕阻回。哲人知中朝不知边情，反疑其勾结滋事，於是渐昵英人，以捻都纳为英租界，英竟视为保护地。藏人渐觉英之逼己，讼言哲人私结英约，屡议伐之，哲乃益亲英人矣。
光绪十三年，藏人於隆吐设卡，遂与印度兵战，败焉。朝旨屡谕驻藏大臣文硕，令藏人撤卡。文硕奏，实藏地，卡无可撤。严旨责焉，以升泰代之。总署与英使议边界通商，戒印兵毋进藏。藏番据新图，以隆吐、日纳宗为藏地，坚勿让。文硕据以入告，而中旨谓：“向来西藏图说藏地与哲、布分界处东西一线相齐，藏境中并无隆吐、日纳宗之名。今文硕寄来新图，隆吐、日纳宗在藏南突出一块，插入哲、布两界之内，而布、藏分界之处，恰在捻都纳修路东西一线之北，新图以黄色为藏界，而日纳宗官寨之地，註明数十年前喇嘛给与哲孟雄，现仍画黄色，正与隆吐山相近，难保非藏人多画此一段饰称现界也。并著升泰详细确查，究竟隆吐属哲属藏，据实覆奏，毋得稍有捏饰。”时枢廷以都察院劾文硕，革之。而升泰初到任时，犹知藏人理直，奏称：“隆吐山南北本皆哲孟雄地方。英人虽视为保护境内，其实哲孟雄、布鲁克巴皆西藏藩属。每届年终，两部长必与驻藏大臣呈递贺禀，驻藏大臣厚加赏赉以抚绥之。在唐古忒，则自达赖喇嘛以次，均有额定礼物，商上亦回赏缎疋、银、茶，与两部回信底稿，均呈送驻藏大臣查核，批准照缮，始行回覆。哲、布两部遇有争讼，亦禀由藏酌派汉、番办理。此哲、布为藏地属藩实在情形也。”奏上，置弗理。
藏人知文硕被议，不直中朝所为，遂自动思复仇。谕升泰严止之，佥愤。藏人誓众曰：“凡我藏众男女，誓不与英人共天地。有渝此誓，众共殛之！”乃大集兵於帕克哩，将痛击印军。升泰搜得乾隆五十三年旧哲孟雄受逼於廓尔喀，达赖乃以日纳宗给哲人；今哲私通英人，地应收回。升泰屡谕不从，印兵攻热勒巴拉山，藏兵伤亡数百。印兵追入徵毕岔，印度政府令勿穷追。谕驻藏大臣赴边界与印官会晤。英外部告驻英使刘瑞芬商议和平了结。藏人谓英若据有哲地，则誓不共立。十四年八月，印兵大队收哲孟雄全部，攻藏兵於捻都纳，藏兵败退，咱利、亚东、朗热诸隘并失，藏兵万馀尽溃。印兵追噶卜伦等於仁进冈，与驻藏大臣所遣止战武员萧占先遇。占先竖汉字阻印兵，印兵止枪，约相见。占先约勿穷追，印兵官欲击仁进冈民居。占先告以此为中国土，藏番违旨用兵，中国当严为处置，请勿进兵。印兵官诺之，要约速办，乃退兵。藏兵既大败失地，仍志在复仇，升泰屡严止之，不听。藏人目汉官为洋党，屡欲暴动，终为所慑而止。印官以天寒不能再缓，升泰即至边界议约，而藏众以噶卜伦中一二人主和，有坏黄教，群议投之藏江，力要驻藏大臣代索回哲孟雄、布鲁克巴全境，否则倾众一战。藏兵复集大队备四路。升泰抵藏力阻之，仍百计谕藏僧戒藏番毋妄动，乃驰赴边界议约。
时沍寒，人马多冻毙。抵帕克哩，隘外藏兵尚有万人驻仁进冈。升泰命撤退，藏官言大臣尚未与印官晤，未敢遽撤，乃退紥数十里。哲孟雄部长命其弟来谒，言来见为印兵所阻。升泰与英官保尔会於纳荡。英官言：“哲孟雄与印度互立约已二十七年，应归印度保护。藏与印构兵，藏既屡败，我兵何难长驱卷藏全土？以邦交故。按兵静候。”并索藏赔兵费。升泰言：“哲为藏属。从前印、哲立约，并未见印督照会。藏番亦未赴印境滋扰，藏费无名。”英人又在布鲁克巴及后藏干灞修路，藏人又大震。英官要求甚奢，升泰力折之，藏人渐就范。
升泰屡要英撤兵，英不可。而藏众已成军之三大寺僧兵，及驻仁进冈之兵万馀，皆撤退。噶卜伦及领袖僧官十馀，其他番官数十员，随升泰至边，皆驻仁进冈，不敢与英官晤。升泰以哲事未能即竣，大雪封山，运粮无所，亦退驻仁进冈。总署派英人赫政赴藏充通译。哲孟雄部长之母率所属亲族连名上禀，言英官当年立约，不得过日喜曲河。哲孟雄租地与英，岁应纳一万二千圆。英人倚其国势，岁久不给。印、藏构衅，复致殃及。伊母子亲族实不原归英，乞勿将哲境划出版图之外。英人既掠哲地全境，复押哲部长安置噶伦绷，以重兵驻哲境，招印度及廓尔喀游民辟地垦荒。廷议以哲事无从挽救，虑梗藏议，谕升泰勿许。布鲁克巴地数倍哲孟雄，西人呼为布丹国，光绪间尚入贡。升泰至边，部长遣兵千七百人护卫。升泰虑为英口实，谢去。并乞印绶封号，升泰允代请诸朝。藏、哲旧界本在雅纳、支木两山。其后商人往来之咱利为新辟捷径，西人称热勒巴勒岭。升泰议於咱利山先分藏、哲界以符前案，其印、哲之界在日喜曲河，拟於约中注明。印、哲立约在咸丰十一年，无案可稽，寘勿论。哲部长土朵朗思，印度称为西金王，既被幽於噶伦绷，其母及子尚居春丕，即英人所称徵毕也。印营假部长书取其两子赴噶伦绷，部长母坚不可，挈其两孙至升泰营哭诉；丐中朝作主，升泰无以援之也。英人又欲易置其部长，升泰婉止之。赫政阻雪久不达。
十五年二月，藏兵尽撤归，升泰请总署告英电印兵速撤。三月，赫政至边，藏兵尽撤。藏人言藏、哲本有旧界，日纳宗既赐哲孟雄，其隆吐山之格压倾仓地实有藏人游牧场，确为藏、哲旧界。至咱利山本无鄂博，不过上年实於此限止印人耳。通商极非所原，然不敢违朝命。惟咱利以内，洋人万不可来。赫政赴营与议，英人谓咱利之界万不可移，至哲孟雄与商上及驻藏大臣旧有礼节，均可仍之。惟西金界内藏番不得有此权，允此方可开议。升泰诺焉。印兵既撤退，英人尚久不订约。升泰奏云：“闻藏人言，与有仇之英议和，孰若与无仇之俄通好？俄人前次来藏，我等备礼劝阻，俄即退去。今英谋吾地，偶尔战胜，遂恣欺凌，实所不甘。查去年俄人有由和阗至藏之请。如英再延宕，则藏更生心。本年蒙古人由草地礼佛，络绎不绝，随来者颇类俄人。设藏番私与通款，则稽查不易。边事久不定局，俄或私行勾结藏番，英、俄互相猜忌，则后患方长。乞告英使电催印督速定藏约。”十月，升泰奏：“英人拟撤兵之后，悉照向章，不必办理通商，不必另立新约。通商一事，本英官初次会议即行提出。又屡言西人欲至藏贸易，答以番情疑诈，万难办理，然后许至江孜。力言再四，又许退至帕隘。仍复力拒，英官意拂然。彼时首重通商，否则万难了结。臣力谕藏番，通商万不可免，始据藏番出具遵结。今英人忽不言通商，亦自有故。当日英人深知藏番於此事力拒数年，意谓藏番必不遵行，故借以为难。今知出结遵办，恐定约以后，他国援以为请，则藏地不能入其范围，是以忽议中止。然英人不议通商，藏人实所深原，但能不自启衅端，未尝不可暂保无事。俄人亦不能有所干求，目前亦可免生枝节。惟日后防范宜严，未可再涉疏懈。现藏、印均已退兵，前怨已释，自应彼此立约以昭信守。彼族恐一经定约，即不能狡焉思逞，故任意延缓。惟自入夏至今，旷日持久，虚糜时日，万难再延。请速商英使，迅电印督，速行议结。”哲孟雄部长言原弃地居春丕，升泰止之。
十六年二月，以升泰为全权大臣，与印督定约八款：自布、坦交界之支英挚山起，至廓尔喀边界止，分藏、哲界线；承认哲孟雄归英保护；藏印通商、交涉、游牧三款俟议；签约於印度孟加拉城；钤印后，由大臣薛福成在伦敦互换。五月，给布鲁克巴部长印。十七年三月，升泰奏移设纳金要隘。八月，升泰奏称改关游历等部，藏番不遵开导，请仍在亚东立市。下所司知之。
十九年十月，派四川越巂营参将何长荣、税务司赫政与英国政务司保尔在大吉岭议定藏印通商交涉游牧条约九款：开亚东为商埠，听英商贸易，添设靖西厅同知监督之，印政府派员驻紥，察看商务；自交界至亚东，任英商随意来往；藏界内英人与中、藏人民诉讼，由中国边界官与英员商办；印度递驻藏大臣文件，由印度驻哲孟雄之员交中国边务委员驿递；藏人至哲孟雄游牧，遵英国定章，与原约一律奏行。此约既订，藏人以通商事英人独享权利，而游牧事藏人反受限制，於亚东开埠之事不肯实行。
二十一年正月，荣增正师傅普尔觉沙布咙为达赖传授格隆大戒。是年掌办商上事务前荣增师傅第穆呼图克图因病辞退。十一月，遵旨接管政教事务。二十四年，瞻对与川属明正土司构辞，四川总督鹿传霖奏明派兵攻取瞻对，成都将军恭寿、驻藏大臣文海先后奏陈，而达赖亦密遣喇嘛罗桑称勒等赴京呈诉。於是朝廷俯顺番情，命将三瞻地方仍赏还达赖，毋庸改归四川管理。是年，亲赴色拉、布赉绷、噶勒丹三大寺熬茶讲经。二十五年，亲往前藏攒招。二十六年，杀其前掌办商上事务荣增正师傅第穆呼图克图阿旺罗布藏称勒饶结及其弟洛策等。第穆所居之阐宗寺财产，全行查抄入己，并咨请驻藏大臣裕钢代奏，将第穆呼图克图名号永远革除。是年，亲赴南海、琼科尔结等处熬茶讲经。
二十九年，藏、英以争界故，英兵进藏。初，达赖误以俄罗斯为同教，亲俄而远英。虽两次与英议定条约，迄未实行。俄员某伪作蒙古喇嘛装束，秘密入藏，为达赖画策，购置火器，意图抗英，英虽侦知之而无如何也。至俄方东困於日本，不暇远略，英遂藉事称兵。诏裕钢往解之。达赖恃俄员为谋主，不欲和，思与英人一战，乃止裕钢行，弗使番民支乌拉夫马，并调集各路番兵。西藏番兵以乍丫为强，然无纪律。甫抵拉萨，即围攻驻藏大臣衙署，死者数十人。后经藏官弹压，开往前敌，未交绥，均溃变，由小路逃去。时藏兵屡败，英兵日迫。诏解裕钢任，寻革职。驻藏大臣有泰至藏，英军犹驻堆补，约赴帕克里议和，照十六年条约办理，原即休兵。有泰初与达赖商，原自往阻英兵，达赖尼之，然亦无他策，惟日令箭头寺护法诵经诅咒英兵速死而已。既而有泰藉口商上不肯支应乌拉，不能启程，仅以李福林往，怯不进。英军至江孜，盼有泰赴议，有泰仍不敢行，藏人怨之。未几，英人长驱直入，达赖闻知大惧，先一日以印授噶勒丹寺噶卜伦，仓皇北遁至青海。有泰以达赖平日跋扈妄为，临时潜逃无踪，请褫革达赖喇嘛名号。