荣赫鹏既得志，因列条约十款，迫噶勒丹寺噶卜伦罗生戛尔等签约於拉萨：一、西藏允遵守光绪十六年中、英条约，并允认该第一款哲、藏边界；二、江孜、噶大克、亚东三处开为商埠；三、四从略；五、自印边该江孜、噶大克各通道不得阻碍；六、七从略；八、印边至江孜、拉萨之炮台山寨一律削平；九、以下五端，非得英国允许，不能举办：一西藏土地不准租让与他国，二他国不准干涉西藏一切事宜，三他国不得派员入藏，四路矿电线及别项利权不许他国享受，五西藏进款货物钱币等不许给与各外国抵押拨兑。有泰往见荣赫鹏，自言无权，受制商上，不肯支应夫马，荣赫鹏笑颔之。英人即据为中国在藏无主权之证。
其先有泰电外务部，言番众再大败，即有转机。英军进拉萨，图压服藏众。及英军至，与藏定约，诱有泰画押，朝旨切责之。春丕暂住英兵，俟应偿兵费二百五十万卢比缴清即行撤退。朝廷以藏约损失之权太甚，命津海关道唐绍仪以三品卿加副都统衔赴藏全权议约。时议以藏事危急，宜经营四川土司，及时将三瞻收回，谕川督锡良等筹办。锡良拟改土归流，泰宁寺喇嘛以兵抗。朝命驻藏帮办大臣凤全驰往剿办，至巴塘，为番众所戕。锡良奏派四川建昌道赵尔丰会同四川提督马维骐往。三十一年六月，马维骐克复巴塘，赵尔丰继至，接办善后事宜，并搜捕馀匪，全境肃清。十一月，以里塘属之乡城桑披岭寺尝戕官弁，稔恶不法，派兵往讨。翌年闰五月，克之，擒其渠魁，并克同恶之稻坝、贡噶岭。诏以赵尔丰为边务大臣。八月，至里塘，将里塘土司改流，以防军五营分驻里、巴改流之地。十二月，盐井河西腊翁寺为乱，讨平之。
三十三年正月，草创学务、农垦、水利、桥梁、采镰、医药诸要政，粗具规模，设里化、定乡、巴安等县，并将应行兴革诸大端次第陈奏，得部拨开办经费一百万两。三十四年七月，会同川督赵尔巽奏设康安道，改打箭炉为康定府，设河口县，里化厅同知，稻成县、贡噶岭县丞，巴安府、三霸厅通判，定乡县、盐井县，并招募西军三营。是秋因德格土司兄弟争继，奏明往办。十二月，至德格，匪党退保维渠卡，赵军进攻，至翌年六月降之。德格肃清，土司请纳土改流，乃招集百姓议定赋税。九月，春科、高日两土司及灵葱土司之郎吉岭均改流，又渡金沙口巡阅春科地方。十月，三十九族波密内附，八宿请改官，均抚循之，并派兵驱剿类伍齐、硕搬多、洛隆宗、边坝阻路之番人，遂分兵取江卡、贡觉、桑昂、杂瑜，咸收服之。
宣统二年正月，边军越丹达山以西，直抵江达。是时川军正拟入藏，特为声援，并奏请与藏人於江达画界，设边北道、登科府、德化州、白玉州、同普县、石渠县，遂巡阅乍丫、烟袋塘、阿足，设乍丫委员。定乡兵变，派凤山讨平之。三岩野番索战，派傅嵩矞讨平之，设三岩委员。二月，以巴塘属之得荣、浪藏梗命，派兵攻克之，设得荣委员，并收服浪藏寺北之冷石卡。嗣赵尔丰督川，以傅嵩矞代理边务大臣。五月，赵尔丰、傅嵩矞以兵至孔撒、麻书，收其地，设甘孜委员，并檄灵葱、白利、倬倭、单东、鱼科、明正各土司缴印，改土归流。色达及上罗科野番来投。六月，至瞻对，逐藏官，收其地，设瞻对委员。旋返打箭炉，檄鱼通、卓斯各土司缴印改流，又收复咱里、冷边、沈边三土司。鱼科土司抗不缴印，击破之，鱼科降。於是傅嵩矞以边地各土司先后改流，已成行省规模，乃建议，以为川边故康地，其地在西，设行省曰西康，建方镇以为川、滇屏蔽。以边务大臣为西康巡抚，改边务支局为度支司，关外学务局为提学司，康安道为提法司，边北道为民政司。自打箭炉以西至丹达山，三千馀里，南抵维西、中甸，北至甘肃西宁，四千馀里，均为西康辖境。既入奏，於是年七月，崇喜、纳夺土司先后缴印。八月，又传檄察木多、乍丫两呼图克图改流设理事官，於是西康全局遂以底定。嗣值鼎革，川局又变，建省之议卒不果行。
当唐绍仪之议约也，於光绪三十一年正月至印度，与英议约专使费利夏会议多次。英使讳言废约，允商订修改。绍仪易其七八，费谓无异废约，坚拒焉。费虽名全权，而约事多主於印度总督冠仁，绍仪面揭之，费乃允商。第九款又力辨主国、上国之据，狡展不让，乃借辽沈议约事奉命回京，留参赞张荫棠在印接议。英仍坚持初议，卒无结果。会英内阁更易，宗旨稍变，驻京英使萨道义接英政府训，将条约稿稍有更易，命在京外务部商订。政府以西藏与英属印度接壤，历年边界交涉，争端屡起，中国两次与英订约，无非以睦邻之计为固圉之谋，英新政府既有意转圜，仍饬该使臣在京续商。在我自当早图结束，以保主权，因由唐绍仪与英使萨道义订定藏、印续款六款：一光绪三十年七月英、藏所立之约暨英文、汉文约本，附入现立之约，作为附约，彼此允认，切实遵守，并将更订批准之文据亦附入此约。如遇有应行设法，彼此随时设法，将该约内各节切实办理。二英国国家允不占并藏境及不干涉西藏一切政治，中国国家亦应允不认他外国干涉藏境及一切内治。三光绪三十年七月英、藏所立之约第九款内之第四节所声明各项权利，除中国独能享受外，不许他国国家及他国人民享受。惟经与中国商定在该约第二款指明之各商埠，英国应得设电线通报印度境内之利益。四所有光绪十六、十九年中国与英国所定两次藏、印条约，其所载各款，如与本约及附约无违背者，概应切实施行。五、六从略。以挽救前约之失，藏应偿兵费一百二十馀万两。朝廷允代筹还，英人始无辞，於北京签押。旋有泰被言官弹劾，诏五品京堂张荫棠前往查办。有泰及其随员均获罪，褫革谪戍有差。
荫棠入藏，三十二年，专办开设商埠事。时英军尚驻春丕，照约俟三埠开妥、赔款清交始撤兵，故开埠尤亟亟也。三十四年，政府以光绪三十二年附约第三款内载中、英条约所有更改之处另行酌办等语，特派张荫棠为全权大臣，与英专使韦礼敦议订藏、印通商章程十五款。其要者：二划定江孜商埠界线。四英、印人民与中、藏人争论，由英商务委员与中、藏官员会同查讯，面议办法。六英军撤退后，印边至江孜一路旅舍，由中国赎回，所有电线，俟中国电线接修至江孜后，亦酌量售与中国。八已开及将开各埠，英商务委员因往来印边界文件，得用传递夫役。又英国官商雇用中、藏人民作合法事业，不得稍加限制。九凡往来各商埠之英官民货物，应确循印、藏边界之商路，不得擅经他处。十英国人民可任便以货物或银钱交易，任便将货物出售，或购买土产，不得限制抑勒。此约除中、英签蘸外，并有西藏噶卜伦汪曲结布随同画押。实开三方并列先例，藏局又为一变。厥后英、藏交涉日繁，而政府抚驭藏番，既有英、藏拉萨之约在先，其事益臻艰困。至宣统季年，遂有经略川边及达赖二次出亡之事。
自光绪三十年达赖与英境启衅战败出奔后，卓锡於库伦，意在投俄，而与哲布尊丹巴呼图克图不睦。经库伦办事大臣德麟电奏乞援，诏西宁办事大臣延祉俟过冬后迎护至西宁。而达赖又欲在代臣王旗小住，廷旨以王旗部落甚小，达赖随带人众，恐难供亿。翌年，侨居塔尔寺，又与阿嘉呼图克图同居一处，积不相能。陕甘总督升允奏：“达赖性情贪啬，久驻思归，应否准其回藏？”得旨：“俟藏务大定，再行回藏。”而调阿嘉来京以和解之。旋由西宁往五台山，折而至京，觐见於仁寿殿，如顺治朝，优礼有加。三十四年十月，以万寿节率徒祝嘏，特加封号，以昭优异。懿旨曰：“达赖喇嘛业经循照旧制，封为西天大善自在佛，兹特加封为诚顺赞化西天大善自在佛，并按年赏给廪饩银一万两，由四川藩库分季支发。达赖喇嘛受封后，即令仍回西藏，经过地方，派员妥为照料。到藏以后，当确遵主国之典章，扬中朝之信义，并化导番众，谨守法度，习为善良。所有事务，依例报明驻藏大臣，随时转奏，恭候定夺，期使疆宇永保治安，僧俗悉除畛域，以无负朝廷护持黄教、绥靖边陲至意。”旋以国有大丧，受封未便举行。达赖以不服水土请，诏令先行起程，至塔尔寺受封。又值停止筵宴之时，未便设饯，仍派大臣护送，如来时礼节。至西宁，即请将阿嘉斥革，并以此事为回藏之要挟。达赖聘练兵教习十馀人，影射蒙古，实系俄人，多购军火回藏。
初，张荫棠以西藏地当冲要，英、俄环伺，自非早筹整顿，难以图存。建议以汉员指挥，另派北洋新军入藏，分驻要塞，以厚声援。驻藏大臣联豫疏陈藏中情形，亦有派遣军队之请。会川边藏番扰乱，进攻三崖。三崖者，本巴塘属地，与德格、多纳两土司接壤，向归川省管辖。乃藏番察台三大寺无端派番官带兵占据上崖，调渣鸦、江卡各土司助兵，逼勒崖夷投降，并遍肆煽惑，打箭炉一带均为震动。同时瞻对番官句结德格土司之弟为乱，逐其兄。炉城文武据报，派麻书土千总江文荃查办，均被围困。经川督入奏，廷议以三崖、德格均系川境，番官竟敢纠众侵逼，再事优容，恐番焰日张，土司解体。命川督会同赵尔丰相机筹办。尔丰电奏力主用兵，并称此次藏番与达赖有关系，请饬达赖传谕退兵。乃饬达筹、张荫棠诘问，达赖答词闪烁，意涉支吾。政府以达赖纵肯戒饬番众，而万里遗书，需时甚久，三崖等处被攻正急，何能久待，遂电尔丰进剿。
三十四年冬，番兵调集益众，近逼盐井，并声言索战。虽经川军击败，番众仍未退卻，扬言阻止赵尔丰入藏。政府以藏番举动，显系有恃不恐，藏地介在强邻之间，意存首鼠，自非设法经营，无以保我边圉。因思光绪三十三、四年间联豫等条陈有善后办法二十四条，创财政、督练、路矿、盐茶、学务、巡警、农务、工商、交涉九局，拟即采择试办。但无兵不敷弹压，多名又恐难相安，拟先设兵三千。其一千由川督就川兵挑选精锐，厚给饷械，派得力统领率之入藏，归驻藏大臣节制调遣。馀二千由驻藏大臣就近选募，另调川中哨弁官长，俾任训练统率之事，以期持久。联豫、赵尔巽覆奏赞其议，遂派知府锺颖统领川兵，於宣统元年六月启程入藏，取道德格，绕过江卡至察木多。藏番在恩达、类乌齐一带，拟聚兵堵截。十一月，川军抵类乌齐，藏番不战自退，川军遂由三十九族间道前进。十二月，抵拉里、江达。番兵闻川军且至，焚其积聚，劫杀汉兵扼守。川军进击，大破之。
达赖自光绪三十四年由西宁入觐，出京回藏，沿途逗留，又绕道德格等处，迁延不进，其冬，始回拉萨。二年正月，达赖闻川军将至，乘夜西奔，潜赴印度，川军遂转战入藏。朝廷得联豫奏报，降旨数达赖罪恶，革去名号，一面责成联豫、赵尔丰会筹防务，安辑军民；一面降旨另访呼毕勒罕，以噶勒丹池巴罗布藏丹巴代理商上事宜，其噶卜伦以下各藏官供职如故，藏中僧俗亦安堵无事。是年三月，联豫请于曲水、哈拉乌苏、江达、硕般多及三十九族各设委员一。三年二月，联豫奏裁驻藏帮办大臣，改设左右参赞，以罗长崟、钱锡宝为之。会波密事起，联豫遣锺颖攻之不克，旋遣罗长崟会赵尔丰军平之。其秋，川军变，逐联豫，推锺颖代之，达赖始乘机重回拉萨。以此次出奔深赖英人保护，态度一变，於是逐锺颖而独立，中、英之交涉益纷纭矣。
班禅第一辈凯珠巴格勒克，为宗喀巴二弟子。出世至第五辈罗布藏伊什，仍号班禅呼图克图。康熙三十四年，命御史锺申保等赉敕召来京，前藏第巴桑结以未出痘辞。五十二年，诏以班禅为人安静，精通经典，勤修贡职，封为班禅额尔德尼，颁发金印、金册。六辈罗布藏巴勒垫伊西，乾隆四十三年，请祝七旬万寿，许之。迎护筵宴诸礼，概从优异，如顺治九年达赖来觐例。四十五年八月，在热河祝嘏，至京居西黄寺。是年颁赐玉印玉册，以痘圆寂。命理藩院尚书博清额为驻藏办事大臣，护送舍利金龛回藏。
第七辈罗布藏巴勒垫丹贝宜玛，五十三年，以廓尔喀扰边，命移泰宁，俟平复归后藏。道光十五年，给金册。二十一年，以接济征森巴兵饷，加“宣化绥疆”封号。咸丰元年，赉七旬寿，如六旬所赐。次年，圆寂，年七十三。
第八辈罗布藏班垫格曲吉札克丹巴贝汪曲，年二十九。至第九辈罗布藏吐巴丹曲吉宜玛格勒克拉木结，光绪十八年正月，迎至紥什伦布坐床，赏其外祖父期差汪布本身辅国公。三十一年，英人入藏，诏班禅留后藏镇摄。十一月，班禅随英皇子游历印度，有泰劝阻，不从。十二月，由印回藏，谕以情词恭顺，原擅行出境之咎勿治，谆令恪供职守。张荫棠奏班禅受英唆使，屡与达赖牴牾，而全藏实权仍归达赖替身掌握。电告外务部，请以恩泽笼络班禅，并羁縻达赖，勿急旋藏。既而达赖将由西宁起程，班禅请自迎之，而实不行。达赖抵拉萨，班禅即请觐。谕训联豫等，班禅来京，於藏中情形是否相宜。其后达赖独立，班禅亦不克安於藏矣。
统计达赖所辖寺庙三千五百五十馀所，喇嘛三十万二千五百有奇，黑人十二万一千四百三十八户。班禅所辖寺庙三百二十七，喇嘛万三千七百有奇，黑人六千七百五十二户。西藏有爵五：辅国公三，一由贝子降袭，一由镇国公降袭，一定世袭；一等台吉紥萨克一；一等台吉一。而达赖、班禅之亲以恩封者不与。凡前后藏官，均由驻藏大臣分别会同达赖、班禅选补。前藏唐古特官，噶卜伦四人，三品，为总办藏务之官，其俗称之曰“四相”，议事之所曰噶厦。其次仔琫及商卓特巴各二人，皆四品。业尔仓巴二人，朗仔辖二人，协尔帮二人，硕第巴二人，皆五品。达琫二人，大中译二人，卓尼尔三人，皆六品。仔琫、商卓特巴为商上办事之官。凡喇嘛谓库藏出纳之所曰商上。业尔仓巴为管粮之官，朗仔辖为管街道之官，协尔帮为管刑名之官，硕第巴为管理布达拉一带番民之官，达琫为管马厂之官，大中译、卓尼尔等为噶厦办事之官。管兵者曰戴琫，六人，四品。如琫十二人，五品。甲琫二十四人，六品。定琫一百二十人，七品。多东科尔族任之。
其治理地方者曰营官。前藏大营十：曰乃东，曰琼结，曰贡噶尔，曰仑孜，曰桑昂曲宗，曰工布则冈，曰江孜，曰昔孜，曰协噶尔，曰纳仓，营官皆五品。后藏大营三：曰拉孜，曰练营，曰金龙，营官皆五品。前藏中营四十三：曰洛隆宗，曰角木宗，曰打孜，曰桑叶，曰巴浪，曰仁本，曰仁孜，曰朗岭，曰宗喀，曰撒噶，曰作冈，曰达尔宗，曰江达，曰古浪，曰沃卡，曰冷竹宗，曰曲水，曰突宗，曰僧宗，曰杂仁，曰茹拕，曰锁庄子，曰夺，曰结登，曰直谷，曰硕般多，曰拉里，曰朗，曰沃隆，曰墨竹宫，曰卡尔孜，曰文紥卡，曰辖鲁，曰策堆得，曰达尔玛，曰聂母，曰拉噶孜，曰岭，曰纳布，曰岭噶尔，曰错朗，曰羊八井，曰麻尔江。后藏中营十四：曰昂忍，曰仁侵孜，曰结侵孜，曰帕克仲，曰翁贡，曰干殿热布结，曰紥布甲，曰里卜，曰德庆热布结，曰央，曰绒错，曰葱堆，曰胁，曰干坝，营官皆六品。前藏小营二十五：曰雅尔堆，曰金东，曰拉岁，曰撒拉，曰浪荡，曰颇章，曰札溪，曰色，曰堆冲，曰汪垫，曰甲错，曰拉康，曰琼科尔结，曰蔡里，曰曲隆，曰紥称，曰折布岭，曰紥什，曰洛美，曰嘉尔布，曰朗茹，曰里乌，曰降，曰业党，曰工布塘；后藏小营十五：曰彭错岭，曰伦珠子，曰拉耳塘，曰达尔结，曰甲冲，曰哲宗，曰擦耳，曰晤欲，曰碌洞，曰科朗，曰哲喜孜，曰波多，曰达木牛厂，曰冻噶尔，曰札茹；营官皆七品。而前藏边营十四：曰江卡，曰堆噶尔本，曰噶喇乌苏，曰错拉，曰帕克里，曰定结，曰聂拉木，曰济陇，曰官觉，曰补仁，曰博窝，曰工布硕卡，曰绒辖尔，曰达巴喀尔，营官皆五品。每营营官一人或二人，以喇嘛、黑人参任之。
喇嘛之有游牧者，东起乍丫达呼图克图，与四川打箭炉所属土司接，其西为察木多吧克巴拉呼图克图，又西为硕般多喇嘛，又西为类乌齐呼图克图，硕般多、类乌齐之北，皆与西藏大臣所属土司接。硕般多之南，为八所喇嘛，又南为工布什卡喇嘛。类乌齐之西，为墨竹宫喇嘛，又西为噶勒丹喇嘛。类乌齐之西北，为赞垫喇嘛，介居西藏大臣所属各土司之间，其西为埒徵喇嘛。噶勒丹之西为色拉喇嘛，西与布达拉接。噶勒丹之南，为琼科尔结喇嘛，其西为丈紥卡喇嘛，又西为松热岭喇嘛，又西为那仁曲第喇嘛，又西南为乃东喇嘛，北与布达拉接。乃东之西，为琼结喇嘛。布达拉之西北，为布勒绷喇嘛，又西北为羊八井喇嘛，其西为朗岭喇嘛，西与紥什伦布接。朗岭之南，为仁本喇嘛，其西南为江孜喇嘛，又西南为冈坚喇嘛。冈坚之西，为协噶尔喇嘛。协噶尔之西，为聂拉木喇嘛。朗岭之西，为撒噶喇嘛，又西为杂仁喇嘛。其直属於驻藏大臣者，有达木额鲁特八旗：在喜汤者四旗，在汤宁者二旗，在佛山者一旗，皆北倚布幹山，南与前藏接；在格拉者一旗，东北滨喀喇乌苏，西与后藏接。每旗置佐领一。
有三十九族土司：曰琼布噶鲁，曰琼布巴尔查，曰琼布纳克鲁，曰勒纳夥尔，曰色里琼紥尼查尔，曰色里琼紥参嘛布玛，曰色里琼紥嘛噜，曰木朱特羊巴，曰布米特勒达克，曰木朱特尼牙木查，曰木朱特利松嘛吧，曰木朱特多嘛巴，曰勒远夥尔，曰依戎夥尔移他玛，曰查楚和尔孙提玛尔，曰巴尔达山木多川目桑，曰嘛拉布什嘛弄，曰窝柱特只多，曰窝柱特娃拉，曰彭楚克夥尔，曰彭楚克彭他玛尔，曰彭楚克拉寨，曰盆索纳克书达格鲁克，曰沁体牙冈纳克书毕鲁，曰盆沙尼牙固纳克书色尔查，曰巴尔达穆纳克喜奔盆，曰纳格沙拉克书拉克什，曰洛克纳克书贡巴，曰三渣，曰三纳拉巴，曰扑旅，曰上阿紥克，曰下阿紥克，曰白猎紥嘛尔，曰上冈噶鲁，曰下冈噶鲁，曰上夺尔树，曰下夺尔树。皆土纳马赋，总之以夷情章京。
山之大者，曰冈底斯山，即昆仑，为东半球众山众水之祖；曰僧格山；曰郎千山；曰玛加布山；曰达木楚克山；曰朗布山；曰巴萨通拉木山；曰诺莫浑乌巴什山，是三山即三危。川之大者，曰鄂穆河，下游为澜沧江；曰喀喇乌苏河，即黑水，下游为潞江；曰薄藏布河；曰雅鲁藏布江，亦曰大金沙江；曰朋楚河；曰冈噶江。泽之大者，曰玛帕本达赖池，曰郎噶池，曰牙毋鲁克池，曰腾格里池，曰牙尔佳池。其物产自靖西东之堆朗至萨马达一带，皆有五金煤矿。其金矿最著者，曰尔仓，曰噶大克。出盐最著者，曰勒牙，曰雅幹，凡十三。