策凌敦多布由中路自拒青海军，分遣其宰桑以兵三千六百拒南路。将军噶尔弼招抚里塘、巴塘番众，进至察木多，夺洛隆宗嘉玉桥之险。旋奉大将军檄，俟期并进。噶尔弼恐期久粮匮，用副将岳锺琪以番攻番计，招土司为前驰，集皮船渡河，直捣拉萨，降番兵七千。宣谕大小第巴及喇嘛，封达赖仓库，分兵塞险，扼贼饷道。而青海亦三败其中途劫营之贼，斩俘千计。额鲁特进退受敌，遂大溃，不敢归藏，由克庇雅北窜，崎岖冻馁，得还伊犁者不及半。
五十九年九月十五日，达赖至布达拉坐床，出阿旺伊什嘉穆错於禁所，发回京师废之，尽诛额鲁特喇嘛之助逆者。留蒙古、川、滇兵四千，命公策旺诺尔布总统戍藏，额驸阿宝、都统武格参赞军务。以藏遗臣空布之第巴阿尔布巴首向效顺，同大兵取藏，阿里之第巴康济鼐截击准噶尔回路，俱封贝子；隆布奈归附，授辅国公，理前藏务，颇罗鼐授紥萨克一等台吉，理后藏务，各授噶卜伦。於是里塘所属之上下牙色，巴塘所属之桑阿、坝林、卡石等番，次第归顺；郭罗克之吉宜卡、纳务、押六等寨先后剿抚矣。
雍正元年，召回允昷等，撒驻藏防兵，设戍於察木多。二年，青海喇嘛助罗卜藏丹津之叛。青海诸寺喇嘛众各数千，群起骚动。章嘉胡图克图之呼毕勒罕拒战於郭隆寺，察汗诺们汗亦党贼助战。石门寺喇嘛阳称投顺，阴肆劫掠，夹木灿堪布将窜藏，年羹尧等讨平之。世宗谓“玷辱宗门，莫斯为甚”，乃收各寺明国师、禅师印，并定庙舍毋逾二百楹，众毋逾三百人。
五年七月，阿尔布巴、隆布奈、紥尔鼐恃与达赖姻，争贝子康济鼐之权，聚兵害之，欲投准噶尔。诏吏部尚书查朗阿率川、陕、滇兵万有五千进讨。未至，而台吉颇罗鼐率后藏及阿里兵九千，自潘玉口至喀巴，先遣兵千馀冲破喀木卡伦，与隆布奈兵交绥。夜，西藏斥堠俱归顺，颇罗鼐即率兵直抵拉萨。驻藏大臣马喇、僧格往布达拉护达赖，各寺喇嘛将阿尔布巴等擒献送马喇所。查朗阿至，诛首逆及其孥。诏以颇罗鼐为贝子，总藏事。赐犒兵银三万两。留大臣正副二人，领川、陕兵二千，分驻前后藏镇抚，是为大臣驻藏三年一代之始。收巴塘、里塘隶四川，设宣抚司治之；中甸、维西隶云南，设二厅治之。
是年策妄阿喇布坦死，子噶尔丹策零立，请赴藏熬茶，又声言欲送还所虏拉藏汗二子。诏严兵备之，移达赖於里塘之惠远庙。八年，迁於泰宁，护以兵千。每年夏初，西藏官兵赴防北路腾格里海之隘，以备准夷，冬雪封山，撤兵。盖通准夷之路有三：其极西由叶尔羌至阿里，中隔大山，迂远易备；其东路之喀喇河又有青海蒙古隔之；中路之腾格里海逼近卫地，故防守尤要。并以颇罗鼐子珠尔默特策布登统阿里诸路兵，保唐古特，授为紥萨克一等台吉。追念康济鼐前勋，无嗣，以其兄噶锡鼐色布登喇布阵亡阿里，封其子噶锡巴纳木札勒色布腾为辅国公，寻授噶卜伦。达赖之父索诺木达尔紥亦为辅国公。晋颇罗鼐贝勒。十年，拉达克汗德忠纳木札纳奏：“臣理国事，尊释教，侦准噶尔情辄以告。”优诏答之。准噶尔请和，诏果亲王偕章嘉胡图克图送达赖由泰宁归藏，减戍藏兵四之三。章嘉胡图克图为达赖请巴塘、里塘还前藏，以其为达赖所降生，诸土司建寺安禅，制最宏丽也。诏以其地商税年银五千两赐之，地仍内属。
乾隆四年，以颇罗鼐勤劳懋著，预保子袭郡王爵。颇罗鼐子二：长，珠尔默特策布登，病足；次，珠尔默特纳木紥勒。兄弟互让，而颇罗鼐爱少子，请以次子为长子，允之。又嘉长子之让，诏封镇国公，仍镇守阿里。颇罗鼐善服众，为诸噶卜伦所敬事。有绥奔喇嘛紥克巴达颜者，书其名瘗诅之。事觉，颇罗鼐欲弭变，轻议其罪。十一年，温谕嘉奖，谓：“镇压左道不足患，其偕达赖协辑唐古特众。”准噶尔使再入藏熬茶，驻藏副都统傅清等遣员率喀拉乌苏兵监视。十二年，颇罗鼐以暴疾亡，以珠尔默特纳木紥勒袭爵，兼理噶卜伦，以班第达协理藏务。高宗恐其少不更事，未能服众，或以绥奔喇嘛紥克巴达颜故，与达赖构隙，不肖众起而间之，不无滋事虞，谕傅清留意体察，而卒有十五年珠尔默特纳木紥勒之变。
时准噶尔台吉策妄多尔济纳木紥纳复遣使赴藏熬茶，入寺诡避痘，以己卒守门，不令官兵从。诏以准噶尔狡甚，饬严防，虽归巢，勿稍忽。而珠尔默特纳木紥勒以驻藏大臣不便於己，乘机奏藏地静谧，请撤驻防兵。廷议以不从撤兵请，適足滋疑，不如示之信，诏可。谕达赖勿令准噶尔入藏，虽固请弗允。珠尔默特纳木紥勒又诡称准噶尔袭唐古特，至硕翁图库尔，遣兵备喀拉乌苏，徙达木番众。不数旬，扬言准噶尔至阿哈雅克，自率兵往备。驻藏提督索拜遣旺对赴喀拉乌苏备之。比至，无踪。有诏撤喀拉乌苏兵及达木番归牧，勿惑众。初，郡王颇罗鼐以女妻班第达，至是班第达察珠尔默特纳木紥勒有逆志，不之附。珠尔默特纳木紥勒恶之，夺其孥。驻藏副都统纪山劾珠尔默特纳木紥勒妄戾，请檄其兄协理藏务。高宗不允，谕纪山善导之，勿露防范迹。已而珠尔默特纳木紥勒以珠尔默特策布登发阿里兵扰藏告，盖计陷之也。因谕傅清曰：“珠尔默特纳木紥勒年幼躁急，性好滋事。若果无他故，兄欲进兵至藏，是特兄弟互相侵犯耳。若其兄并无此事而造言诬构，则宜相机办理。”
十五年，珠尔默特纳木紥勒以兵戕其兄珠尔默特策布登于阿里，诡以兄暴疾闻，请收葬，并育兄子。时其兄子朋素克旺布及珠尔默特旺紥勒皆居后藏。珠尔默特纳木紥勒以兵往戕朋素克旺布，阳称逃亡。珠尔默特旺紥勒依班禅为喇嘛，乃免。傅清、拉布敦以珠尔默特纳木紥勒携兵离藏告。盖是时珠尔默特纳木紥勒既袭杀其兄，复通书餽物准噶尔，请兵为外应，私携炮至后藏，诬籍噶卜伦班第达及第巴布隆赞等旋达木，距前藏三百馀里，拥众二千馀不归。奏至，诏俟副都统班第自青海赴藏讨罪，复谕四川总督策楞、提督岳锺琪驰兵往会。而贼势猖獗，驿道梗塞，军书不通者旬日。傅清偕拉布敦计，不急诛，必据唐古特为变，召珠尔默特纳木紥勒至，待诸楼。甫登，起责其罪曰：“尔违天子令，且忘尔父！无君无父，罪不可赦！”傅清趋前扼其臂，拉布敦拔佩刀剚之，谕胁从罔治。有罗卜藏紥什者，趋下呼贼，千馀突至，聚围楼，集藁焚。达赖遣番僧往护，不得入，傅清、拉布敦死之。上嘉悯傅清等靖逆遇害，均追赠一等伯，特建双忠祠以祀。班第达奔守达赖，集兵拒逆。即命班第达以辅国公摄噶卜伦，分其权，而总其成於达赖。设噶卜伦四、戴琫五、第巴三、堪布三，分理藏务，隶驻藏大臣及达赖辖。增驻防兵千有五百戍藏。以达木番归驻藏大臣辖，视内地例，设佐领、骁骑校各职。并於准噶尔通藏隘设汛严防。二十二年，荡平伊犁，始永无准夷患。是年，达赖在布达拉圆寂，时年五十。
八辈罗布藏降白嘉穆错摆桑布，於乾隆二十三年在后藏拖结热拉冈出世。二十七年，迎至布达拉坐床。三十年，由班禅班垫伊喜传授小戒。三十三年，亲至前藏攒招，随登色拉、布赉绷、噶勒丹三大寺讲经之座。四十二年，由班禅传授格隆大戒。四十六年，颁给敕书、金册、金印，赏达赖之兄索诺木达什辅国公。四十八年，颁玉册、玉印，凡遇国家庆典准其钤用，其寻常奏书文移仍用原印。
五十三年，廓尔喀侵犯藏境。初，第六辈班禅之殁，及京归舍利於藏也，凡朝廷所赐赉，在京各王公及内外各蒙边地诸番所供养，无虑数十万金，而宝冠、璎珞、念珠、晶玉之钵、镂金之架裟，珍宝不可胜计。其兄仲巴呼图克图悉踞为己有，既不布施各寺，番兵、喇嘛等亦一无所与。其弟沙玛尔巴垂涎不遂，愤唆廓尔喀籍商税增额、食盐糅土为词，兴兵扰边。唐古特私和廓尔喀，朝廷所遣之侍卫巴忠、成都将军鄂辉、总兵成德等实阴主其议，令堪布等许岁币万五千金，於是廓尔喀饱飏而去。巴忠等以贼降饰奏，讽廓尔喀噶箕入贡，受封国王。五十四年七月，廓尔喀遣人至藏表贡，并致驻藏大臣书，请如前约。鄂辉恐发觉私许之款，屏不奏。次年，藏中币复爽约。
五十六年七月，廓尔喀复大入寇，占据聂拉木，诱执噶卜伦丹津班珠尔以归。八月，复占据济咙。保泰等迁班禅于前藏。廓匪进扰萨加沟，遂至紥什伦布，仲巴呼图克图遁。九月，都司徐南腾坚守官寨，廓匪大掠紥什伦布财物以归。巴忠扈从热河，闻变，沉水死。鄂辉、成德奉命赴藏剿御，皆逗留不进。
十月，保泰等请移达赖、班禅於泰宁，上严斥之，而嘉达赖之拒其议。命嘉勇公福康安为将军、超勇公海兰察为参赞大臣，率索伦、达呼尔兵及屯练土兵进讨。其军饷则藏以东，四川总督孙士毅主之；藏以西，驻藏大臣和琳主之；济咙边外，则前督惠龄主之。五十七年正月，鄂辉等始复聂拉木。二月，帕克哩营官率番兵收复哲孟雄、宗木地方。是月，陷寇之第巴博尔东自阳布回藏。唐古特私许岁币事觉，诏以保泰、雅满泰隐匿不奏，革责枷号。三月，授福康安为大将军，逮仲巴呼图克图于京。四月，添调川兵三千赴藏。闰四月，福康安自定日进兵趋宗喀。五月，克擦木，复济咙。是月十五日，克热索桥，遂入廓境。二十四日，克胁布鲁碉卡。六月，福康安、海兰察等进攻东觉，并雅尔赛拉、博尔东拉诸处，皆克之，成德等亦攻克紥木铁索桥。六月，廓酋拉特纳巴都尔迭遣大头人乞降，送出丹津班珠尔及前俘之兵。七月，福康安攻克噶勒拉、堆补木，夺桥渡河，深入廓境七百馀里，将迫其都阳布。都统衔斐英阿等阵亡。成德亦进克利底大山贼卡。廓酋复呈缴唐、廓前立合同，献所掠紥什伦布财物及沙玛尔巴之尸。八月，廓尔喀遣使进贡。福康安以廓尔喀屡请投诚奏入，奉旨受降。时以廓境益险，八月后即雪大封山，因允所请。於是福康安率大兵凯旋，撤回藏。议定善后章程：驻藏大臣与达赖、班禅平等；噶卜伦以下由驻藏大臣选授；前后藏番归我设之游击、都司节制训谏；自行设炉鼓铸银币；设粮务一员监督之。至是，我国在藏始具完全之主权。
初，达赖、班禅及各大呼图克图之呼毕勒罕出世，均由垂仲降神指示，往往徇私不公，为世诟病。甚至哲卜尊丹巴胡图克图示寂，適土谢图汗之福晋有妊，众即指为呼毕勒罕；及弥月，竟生一女，尤贻口实。而达赖、班禅亲族亦多营为大呼图克图，以专财利，致有仲巴兄弟争利、唆廓夷入寇之祸。而达赖兄弟孜仲、绥绷等充商卓特巴，肆行舞弊，占人地亩，转奉不敬黄教之红帽喇嘛，令与第穆呼图克图、济咙呼图克图同坐；且与众喇嘛敛取银两，并将商上物件暗中亏缺，来藏熬茶人应得路费皆减半发给，有伤达赖体制，因之特来参见者日减，殊失人心。高宗乘用兵后，特运神断，创颁金奔巴瓶，一供於藏之大招，遇有呼毕勒罕出世，互报差异者，各书名於牙签，封固纳诸瓶中，诵经三日，大臣会同达赖、班禅，於宗喀巴佛前启封掣之。至紥萨克蒙古所奉之呼图克图，其呼毕勒罕亦报名理藩院与驻京之章嘉呼图克图，或喇嘛印务处掌印掣定，瓶供雍和宫，而定东科尔入官之限。
嘉庆九年十月，达赖有疾，命成都副都统文弼带医驰往看视。未抵藏，达赖已於是月在布达拉圆寂，年四十有七。九辈阿旺隆安嘉穆错摆桑布，於嘉庆十年在康巴垫曲科转世。年二岁，异常聪慧，早悟前身，奉特旨即定为呼毕勒罕，毋庸入瓶签掣。十三年九月，迎至布达拉坐床，赏达赖之叔洛桑捻紥朗结头品顶戴。十八年，由班禅传授小戒。时达赖幼穉，噶卜伦乘机舞弊，将达赖庄屋侵占，并将办事人随事更换，豢贼自肥，公肆劫掠。命成都副都统文弼、西宁办事大臣玉宁驰藏查办，并究噶卜伦策拔克与成林互讦。经讯噶卜伦策拔克率意更定章程四条，以内地治理民人之法概行禁止，致邀众怨，成林挪移库款，分别斥革，发伊犁、乌鲁木齐效力赎罪。此藏事之内溃也。至外事之棼乱，则廓尔喀噶箕乃尔兴戕其王，被诛。逆党热纳毕各咙窜逃至唐古特，又与披楞开战，求达赖、班禅助款。布鲁克巴部长曲紥曲勒请赏王爵，文弼匿不奏闻。帕克哩营官勒索其进关货物，逞凶肇衅。哲孟雄部请赏唐古特庄田，并定边界。缅甸国男妇私与藏中胡图克图文件往来。藏事已岌岌可危矣。二十年二月，在布达拉圆寂，年十一岁。
十辈阿旺罗布藏降摆丹增楚称嘉穆错摆桑布，於道光二年三月晦，奏明在大招金奔巴瓶内掣定。八月，迎至布达拉坐床。遣章嘉胡图克图由京驰藏照料。奏定噶勒丹锡埒图萨玛第巴克什为正师傅，噶勒丹旧池巴阿旺念紥及荣增班第达甲木巴勒伊喜丹贝嘉木磋为副师傅。寻以传授达赖经典三年有馀，其未得诺们汗之荣增班第达亦赏给诺们汗，赏达赖之父罗布藏捻紥头品顶戴。十四年，由班禅传授格隆大戒。十五年，博窝滋事生番降，设曲木多寺四品番目营官一，宿凹宗、聂伊沃、有茹寺三处六品番目各一，宿木宗、普龙寺、汤堆批批三处七品番目各一。
藏西南徼外有哲孟雄者，唐古特之屏藩也。自五辈达赖以来，因其崇信黄教，归达赖管辖。乾隆五十六年驻藏大臣奏哲卜雄、作木朗二部落每与达赖、班禅通书讯，惟不听藏中调遣，被廓尔喀侵占已有十年。经福康安檄令协剿，夺回侵地，藉称天热，畏懦不前。迨闻廓尔喀归顺，复思藉天朝威势，断还六辈达赖所定旧界。经福康安等驳斥，画分边界，不能自由入藏，而夏秋之间，该部落因地方炎热，仍准其来卓木曲批避暑。于七辈达赖时，曾将唐古特界内卓木曲批迤西夺紥之庄田赏给作为养赡，历年自行徵收钱粮、青稞。卓木之民常至哲孟雄往来贸易。其部长之妻亦唐古特人，常遣人赴廓部长住所。距藏仅十一站，至卓木曲批避暑处，在帕克哩以外，与藏仅隔一山，不三站，设有鄂博，并无要隘，相安无事者有年。自不准赴藏，而始有请求给地之奏，及请赏卓木雅纳绰之民，不得已有请赏给帕克哩营官之缺。前藏商上向与后藏商卓特巴龃龉。时噶勒丹锡勒图萨玛第巴克什尤为贪奸，不公不法，凡后藏代其陈请者，辄责其贪鄙无知。文幹等饬噶卜伦严斥，谓无妄求管理藏地所属职官民人之理，并定八年来藏一次之限。廷臣不知详情，允之。文幹等仅行文藏内文武严查，而不敢译旨钦遵，盖恐一经宣布，部长必有理申明也。而其部长每岁凟请赴藏熬茶及入藏避暑如故。迨道光四年，松廷等始将前奉谕旨专札明示，并随时严行駮饬。五年，班禅据报详情，谓：“哲孟雄部长楚普郎结诉称自不准赴界，上年人民病毙者一千有馀。再达赖坐床已逾数年，各部落俱得赴藏朝见，而旧所属之人独抱向隅，实无面目见其部民。”於是始准其暂居避暑，仍令帕克哩营官防范稽查。在当时文幹误听前藏一面之词，不查实情，率行具奏。文幹等既知困难，有失字小之道，而犹迁就其词，准其来藏熬茶一次，盖以准噶尔视哲孟雄。而哲孟雄离心离德，甘为印度属地，至有捻都纳之败，而西藏之门户洞开矣。十七年，在布达拉圆寂，年二十二。
第十一辈阿旺改桑丹贝卓密凯珠嘉穆错，於道光十八年九月朔在噶达转世。二十一年五月，奏明在金奔巴瓶内掣定，由班禅披授戒，赏其父策旺顿柱公爵。十月，拉达克部落勾结生番占踞藏境一千七百馀里，夺据达坝、噶尔及杂仁三处营寨。经驻藏大臣派戴琫等率兵攻剿，并将矛手番兵改挑枪兵，收复补仁营寨。又噶尔布伦等带兵四面夹攻，殄毙森巴及拉达克大小头目四十馀、贼匪二百馀，拉达克头人八底部长乞降，公禀投归唐古特商上，原缴所占凡、汤及达坝、噶尔四处营寨，并准堆噶尔本挖金番民酌定五百名，由前后藏番民内择精壮派往充当金夫，派戴琫一、如琫二、甲琫二，定驻守，教习技艺。二十二年四月，由前藏迤东日申寺迎至布达拉坐床。二十四年，以济咙呼图克图阿旺罗布藏丹贞嘉木错为正师傅，以降孜曲结喇嘛罗布藏冷竹布为副师傅。
驻藏大臣琦善奏参噶勒丹锡埒图萨玛第巴克什诺们汗阿旺紥木巴勒楚勒齐木巴什擅作威福，贪黩营私，所有被控各款，讯拟结奏闻。经理藩院议得：“已革诺们汗阿旺紥木巴勒楚勒齐木巴什，洮州夷僧，本系入册档一微末喇嘛，自其前辈历受三朝重恩，在雍和宫传经，旋命赴藏坐宗喀巴床，派充达赖师傅，敕封诺们汗萨玛第巴克什名号，递加衍宗翊教靖远懋功禅师，又加赏达尔汗，屡颁御书匾额以荣之，宜如何清洁潜修，公正自矢。乃竟不知守分，胆敢需索番属财物，侵占百姓田庐，私拆达赖所建房屋，擅用未蒙恩赏轿伞。更强据商产，隐匿逃人。钤用印信不在公所，进呈贡物不出己赀，滥支滥取，任性听断，恣意侵凌。甚至达赖起居不能加意照料，房内服侍无人，以致达赖颈上带伤，流血不止，始则忽而不防，继且知而不问。盖当达赖受伤时，随侍只森琫一人，此森琫即为该诺们汗之随侍。近两辈之达赖，每届接办印务以前，辄即圆寂，不得安享遐龄，其中情节，殆有不可问者。即放一紥萨克喇嘛，勒取财物，盈千累万，尤属骇人听闻。”诏令将历得职衔名号全行褫革，追敕剥黄名下徒众全行撤出，庙内查封，发往黑龙江安置。所有财产，查抄变价，赔修藏属各庙宇。旋命释回，交地方严加管束。复捐输银两请回前藏，又因廓尔喀军事，请求开复回藏。均严旨不允。迨同治初元，病殁土尔扈特旗，准其留葬，不准转世。门徒二十三人，留於该旗游牧。至光绪初年，土尔扈特王复请捐输钜款，代求转世，始曲允其已转世之呼毕勒罕得令为僧。