其漕、河水师营制，始於明代隆庆间。清代略更其制。以卫卒专司輓运漕粮，以营兵专任护漕，别设城守营守护城池。分漕院与巡抚为二，漕运总督标下，统辖左、右、中三营及城守四营，驻山阳境及漕运要地，分别置兵。淮郡旧为黄、淮二河交注之区，特建两大闸，设河兵及堡夫守之。河营遂与漕营并重，各有副将、参将、游击、守备等官。河营升迁之例，与军功等，专司填筑堤防之事，而缉捕之责不与焉。
清代水师武功之盛，守洞庭而平吴逆，战重洋而歼蔡牵，下长江而制粤寇，东南数千里，威行桴鼓，劳臣健将，蹈厉功名，超逾曩代。及海禁宏开，铁船横驶，舟师旧制，弱不敌坚，遂尽失所恃。时会迫迕，非规画之疏也。
凡直省旧额船数分防之制，分列於篇：曰东三省，曰直隶，曰山东，曰江南，附太湖湖标、漕标各水师，曰浙江，曰福建，曰广东，曰广西，曰湖南，曰湖北，曰安徽，曰长江水师。
东三省沿海各口岸，以金州、旅顺口为尤要。清初即有水师之制。松花江、嫩江贯注吉林、黑龙江二省腹地。所设水师营汛，由吉林而北抵墨尔根、黑龙江一带。至光绪间，旅顺筑海军港，屯驻铁舰，迥殊曩制。其东部之图们、混同江上，时有俄罗斯战舰侵轶，非旧制师船，械弱兵单，所能控制矣。列经制水师於后：
奉天旅顺口，於顺治初年设水师营，以山东赶缯船十艘隶之，始编营汛。康熙十五年，设水师协领二人，佐领二人，防御四人，骁骑校八人，水兵五百人。五十三年，由浙江、福建二省船厂造大战船六艘，由海道至奉省，驻防海口。
金州水师营隶城守尉，水兵百人。
吉林水师营，顺治间，设四、五、六品官。光绪十四年，增设总管一人，六品官二人。
齐齐哈尔水师营，康熙二十三年，设总管一人，四品官二人，六品官二人，造船四、五、六品官各一人，领催八人，水兵二百六十八人，后增至五百六十八人，大战船二艘，二号战船十五艘。康熙四十年，拨归黑龙江十艘。雍正间，拨归墨尔根六艘，存大小战船二十五艘，江船五艘，划子船十艘。
墨尔根水师营，康熙二十三年，设四品官一人，领催一人，由本城协领兼辖，凡战船六艘，水兵四十三人，雍正间增战船六艘。
黑龙江水师营，康熙二十三年，设总管一人，五品官二人，六品官二人，领催八人，战船三十艘，水兵四百十九人。四十年，自齐齐哈尔拨船增之，凡大战船十艘，二号战船四十艘，江船十艘，划子船十艘。
直隶省水师，始於雍正四年，设天津水师营，都统一人，驻天津，专防海口，水师凡二千人，省内各河，咸归陆汛，无内河水师。乾隆八年，增设副都统一人，水师千人，大小赶缯船二十四艘，仔船八艘。三十二年，以海口无事，徒费饷糈，全行裁汰。嘉庆二十一年，复设水师千人。旋设大名镇，以水师总兵归并大名，实存守备一人，参将一人，千总二人，把总三人，水师四百九十一人。嘉庆十九年，直隶督臣那彦成以官兵虚设，兵船多朽，疏请裁撤，仍并入大名镇。咸丰八年，以海疆多警，增设海口六营，於大沽南北两岸，修筑炮台，凡大炮台五座，平炮台十座，大炮九十九尊，水师三千人，以五百人为一营，分编左右六营。九年，改为一千八百人。同治八年，督臣李鸿章疏请酌定营制，设大沽协副将，驻新城海口，防守炮台。光绪元年，李鸿章於大沽、北塘等处，增建炮台，购置欧洲铁甲快船、碰船、水雷船，以海军将领统之，不隶旧制协标之内。
其内河水师船，始於同治间，仿长江水师之制，设督标水师中营，管带官一人，哨官三十二人，水师四百七十六人，舢板战船三十二艘，驻三岔河口，亲兵总哨官一人，哨官十四人，水师二百二人，舢板战船十四艘，驻西沽河口。
山东，顺治元年，始於登州府设水师营，领以守备、千总等官，凡沙唬船、边江船十三艘，水兵三百八十六人，驻紥水城，分防东西海口。十五年，移沂州镇於胶州，改胶州水师为陆营。十八年，移临清镇於登州，以隶属城守营之水师，改为前营水师。康熙四十三年，增设游击二员及守备以下各官，增水师为千二百人，改沙唬船为赶缯船二十艘，分巡东西海口，东至宁海州，西至莱州府，分为前后二营，各专其职。四十五年，以前营水师移驻胶州，巡哨南海，后营水师驻水城，巡哨北海。五十三年，裁后营经制员弁，裁水师七百人，拨赶缯船十艘赴旅顺口，仅存前营水师游击等官，赶缯船十艘，分南北二汛，以游击、守备分辖兵船之半。雍正七年，每船增兵十人，两汛共增兵百人，增双篷艍船七艘，每艘配兵三十人，南汛艍船三艘，北汛艍船四艘，北汛增将弁一人。九年，又增设艍船三艘，增兵一百九十人，每艍船共配兵四十人，南北汛各五艘。十二年，增将弁六人，又於成山头增设东汛水师，抽拨南北汛赶缯船各一艘，双篷艍船各一艘，分配战守兵，拨南北汛将弁四人，配船巡哨成山、马头嘴一带，与各汛会旗，总归水师前营管辖，以本镇统之。列定制於后：
前营水师，游击、守备各一人，千总二人，把总四人，外委千总二人，外委把总四人，水战兵八百人，守兵二百人，赶缯船十艘，双篷艍船十艘，每船各带脚船一艘。南汛驻胶州之头营子，游击一人，把总二人，外委千总、把总各一人，赶缯船四艘，双篷船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至江南交界之莺游山，东至荣成县马头嘴，与东汛会旗。东汛驻养鱼池，千总、把总各一人，外委千总、把总各一人，赶缯船四艘，双篷艍船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至马头嘴，与南汛会旗，北境巡哨至成山头，与北汛会旗。北汛驻登州府水城，中军守备、千总、把总各一人，外委把总二人，赶缯船四艘，双篷艍船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至成山头，与东汛会旗，北境巡哨至隍城岛，与直隶水师、盛京水师分界。
江南水师，顺治初年，江苏松江等营，各有捕盗小快船四十艘，常州、镇江等营，各有一、二十艘不等。自康熙七年，查毁沿江海各营出海之船，其内河快船，亦从裁汰。嗣巡抚马祜、提督杨捷疏请苏、松、常、镇四府，各塘汛设水师巡船三百二十五艘，以靖水盗。雍正元年，江苏、浙江督抚会商，以太湖连跨二省，夙为盗薮，乃於湖滨各口，增设水师营汛巡船，分界巡防。其湖内各地，系二省交会者，令参将各率水师会同巡缉。五年，令京口八旗营仿天津水师之制，设京口水师营，分拨京口大小战船二十艘至江宁练习。其驻宁水师，凡满洲、蒙古兵千人，设协领四人，佐领、防御、骁骑校各十二人。是为江南水师之始。
镇守京口左右两路水师，设统兵官二人，分统左右营，各置沙船二十八艘，水艍船八艘，犁缯船八艘，舵椗手二百二十人，水手、匠役四百九十二人。康熙二十一年，改隶江南提督标下，分为中、左、右三营。三十六年，裁总兵官，设副将以下各官，每营设沙船二十三艘，唬船七艘，小巴船四艘，水手四百六十八人。自雍正二年后，迭有改拨，每营存唬船二艘，小巴唬船七艘，渡马浅船六艘。
江南提督水师标兵，顺治四年，始设参将以下各官，分为中、左、右、前、后五营及城守六营。中营唬船一艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。左营唬船三艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。右营浦江游巡哨船四艘，改设哨船一艘，桨船一艘，二橹哨船一艘，巡船七艘。前营中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船二十二艘。后营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船八艘。
松江城守营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船一艘。