金山营巡船十三艘。
柘林营巡船四艘。
青村营巡船二艘，小哨船一艘。
南汇营大罟船二艘，小哨船四艘。
川沙营捕匪大罟船三艘，放大罟船三艘，大罟船二艘，小哨船二艘，小号二橹哨船二艘。
刘河营巡船八艘。
吴淞营沙船三艘，艍犁船四艘。
福山营沙船四艘，官渡船四艘，巡船十六艘，后改为福山镇标，设总兵以下各官。
太湖营沙船、快船、巴唬船共三十二艘，后改为太湖协标，设副将以下各官。
常州营巡船二十九艘。
江阴营唬船二艘，巡船七艘。
靖江营唬船二艘。
杨舍营巡船二艘。
镇江城守营，顺治十五年，设镇守苏、松水师总兵官，分中、左、右水师三营，各设沙船九艘，赶缯船五艘，寻改为参将等官，设巡船二十三艘。
江南督标游兵营，顺治初年，隶操江巡抚标下，设游击以下各官，大唬船一艘，小唬船二十七艘。康熙元年，裁并入督标。
奇兵营，顺治初年，随操江巡抚赴安徽省驻防，改为太平右营，设游击以下各官。康熙元年，裁并入安庆营。
瓜洲营，顺治二年，设守备以下各官，专防江北水汛，唬船八艘。康熙元年，改为参将，并入江南督标。十一年，改为瓜洲城守备，唬船八艘。其各县分防水师，宝应汛船十五艘，氾水汛船十四艘，永安汛船二十三艘，高邮汛船十六艘，江都汛船十四艘。
淮安庙湾营，顺治初年，设游击以下各官，沙船五艘，唬船四艘。