二十三年，饬沿海各提、镇，於每岁出洋及巡洋事毕，所经历情形，悉以上闻。三十年，因浙江省水师废弛，饬有司整治船炮，严禁奸民接济海盗，并令沿海将领，按时出洋会哨。又令山东疆臣，以三汛师船，四县水勇，合而为一，统以专员，往来策应，并於扼要岛屿，设置大炮。
咸丰元年，以长江辖境绵长，令张亮基等购置船炮，择要驻守。三年，调广东外海水师拖罟战船，及快蟹、大扒等船百艘，统以大员，由海道驶赴江宁，助剿粤寇。是年，江忠源疏请广制战船，以靖江面。旋令两广督臣，以广东拖罟船式咨行四川、湖广各督抚，或在本省，或在湖北宜昌一带，迅简工匠，造水师船百馀艘，每船载兵五十人，於三月内竣事。兼饬湖南、湖北二省，购船募兵，与长江下游艇船，协力防江。旋以所购民船不合用，乃收买江船之巨者，仿广东船式，安置炮位，与广东所募红单船，及赁用拖罟船，驶赴江南剿寇。又以广东内河及滨海各厅县，均有捐造缉捕快蟹船，道光间，江海捕盗，悉藉其力。船头藏巨炮，旁列子母炮，勇丁咸技艺精练，洵水战最长。令各船由海道至长江会师。是年，曾国藩试造师船於湖南，以规模过小，乃就广东之拖罟船、快蟹船二种，参酌其制，先造十艘，续增二、三十艘，以能载千斤之炮为度。至拖罟船，则由两湖督抚如式制造。
四年，令广东赁用之红单船二十三艘，并修治十九艘，凡四十二艘，统一武员，驶入长江。是年，以粤寇窜扰东南，水师不敷剿堵，下游惟广东红单、拖罟等船渐集瓜洲，上游惟曾国藩新造战船，自湖南顺流而下，已达武昌。其九江、安庆等处，尚无战舰，令张亮基、骆秉章购置江船及钓钩等船，裕瑞、夏廷樾在四川采购材料，与骆秉章商办。旋骆秉章以四川造船，江险而途远，水程不便，仍在湖南购料制造。两湖绅士丁善庆，遵曾国藩所定之式，已成大板艇五十号，长龙等船亦次第告成。长江剿寇，在江南取胜者，以红单船、拖罟船二种为最，体势雄壮，置炮最多，而能顺风不能逆风，宜江面宽阔，不宜港汊。在湖南取胜者，以舢板船、长龙船、快蟹船三种为最，往来轻便，搜捕尤宜，而风急水溜，一下难於遽上，势散而力单。令湖南水师沿江攻剿，与江南水师会合，各用其所长，以期制胜。
六年，以曾国藩在江西所造战船，最为得力，令福济选择将弁，率工匠赴庐州仿造，所需洋炮，在上海拨款办解。六年，胡林翼以长江水师，自五年春间回驻武、汉以后，战舰无多，乃与骆秉章协商，督率船炮局各员，尽力筹谋，水师复振。湖南绅局所制船械，交至营中者，大小战船凡三百馀艘，火药四十馀万斤，炮子一百四十万斤，其馀各械咸备，请优诏奖之。水师重在炮位，广东运到洋炮二百尊，续运六百尊，配置各师船，自武、汉至九江，所向克捷。惟长江水战，上下游形势不同，武、汉以上，利用轻便战船，浔、皖以下，江面渐广，利用巨舰，秋冬风劲宜巨舰，春夏宜小艇，船炮之大小，宜因时因地而损益之。请令两广督臣，续购大小洋炮，自四百斤至一千五百斤，凡八百尊，尽易旧式炮位，以利东征。八年，以天津原设水师，道光间，先后裁撤，乃筹复设，以重海防。令福建、广东疆吏，各抽调大号战舰，备齐炮械，由海道驶赴天津，设水师三千人。十年，令清淮筹防局筹款，为防湖水师常年经费，增设淮扬水师营，以保两淮盐场，兼佐陆军。芜湖孤悬水中，令曾国藩筹设宁国水师，以攻芜湖，为克金陵之本。增设太湖水师，为克苏州之本。
同治二年，谕沿海督臣举水师将才。又令曾国藩所部内江水师，都兴阿所部扬防水师，有胜外海水师之任者，各举以闻。四年，在山东省仿长江战船之式，造长龙、舢板船，於黄河水性驾驶合宜。以水师泊黄、运二河，防堵逸寇，必须分段扼守，而地势绵长，不敷调遣。复由山东增造长龙船，并增舢板船十艘，以武职大员督领巡防。五年，改造江南海口之红单广艇三十艘，合原有广艇凡四十艘，分防海口。六年，整顿福建台湾海防，增置龙艚等船。
七年，曾国藩议改水师之制，以江南水师，向分外海、内河二支，外海水师六千七百七十六名，武员一百十八人，内河水师八千二十一名，武员一百三十三人。船数则近稽道光二十四年江南旧例，水师船二百七十五艘，朽坏居多，别造舢板船一百三十五艘，大船十二艘，约计各船不过载兵二千数百人，而额定之兵数，尚有万馀人。徒费饷项，有水师之名，无舟楫之实，宜大为变通，讲求实际。江苏水师，其营制饷章，悉仿长江水师之例，外海之红单广艇，亦略增其饷，与李鸿章、丁日昌诸臣协力筹办，期於外防与内盗并谋，旧制与新章兼顾。俟章程既定，沿海福建、广东各省水师，均可酌改行之。
八年，部臣定议，从曾国藩所陈，改江苏水师为内洋、外海、里河三大支，以资控御。里河水师，以原设提标右营，太湖左营、右营及增设淞北、淞南二营为五营，隶提督统辖。舢板船每营船数不等，一律兴修，不得缺额。所有太湖七营，改为里河五营，其裁员归并提标序补。马新贻等续议，九江水师营改城守营，设陆汛四处。鄱阳营改陆汛二处。洞庭水师营改龙阳城守营。岳州水师营酌留水兵，隶陆路管辖。荆州水师营酌留弁兵有差。九年，谕定安等以宁灵各军，运饷艰难，增造炮船，由黄河运送。所有大小战船三十二艘，编为一营，设统带等官。
十年，沈葆桢以外海兵船制成，应简知兵大员督率操练。寻以福建水师提督李成谋为兵船统领。是年，曾国藩以江南水师章程初议十四条，嗣由马新贻等增为二十五条，乃删减归并定为二十一条。外海六营，以次巡哨。内洋五营，分定汛界。里河五营，分定汛界。淞南营、淞北营、太湖左营、太湖右营酌增战船。水师营所遗陆汛，移并留防。京口三营陆汛炮堤，分别管辖。改定辖营，及留设守备，要汛多留陆兵。定将弁处分则例。规定各营船数。酌定外委员数。酌定裁缺薪粮。营官建衙署地方，各营座船之数，官兵额定数目，书吏名数，雨蓬旗帜等费，官兵粮额，各船酌用枪炮数目，各船酌用火药枪炮弹，综计饷项之数，下所司核议行之。十一年，丁宝桢调拨福建省所制安澜兵轮赴山东洋面巡缉。瑞麟调拨福建省小号兵轮赴奉天海口巡缉。
光绪四年，裁去广东轮拖巡船水勇二千三百馀人。五年，以各省举办水师，奉天、直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东次第驻泊兵轮，编制水师，而沿海各省形势不同，操法未能一律，吴淞口为南北海疆適中之地，乃命江南提督李朝斌为外海兵轮统领，督率各省大小兵轮，定期在吴淞口会操。六年，以新置蚊炮船便利合用，续向外洋购置数十艘，募福建、广东沿海精壮之民为水师，分屯北洋各海口。七年，以奉天旅顺口原有旗营，艇船朽坏，弁兵疲弱，悉行裁汰，归陆师巡防，别以快炮防海。时丁汝昌由英国率战舰回国，为中国水军航外海之始，乃擢丁汝昌为水师提督。
八年，以江南形势，先海后江，朝议拟以长江水师提督驻吴淞口，狼山、福山、崇明三镇标隶之，以江南提督移驻淮、徐，改福建水师提督为闽浙水师提督。寻左宗棠、彭玉麟议覆，以海防不外战守二端，战宜厚集兵力，守宜因势设险，仍循旧制为宜。福建水师自裁兵加饷后，实存水师六千九百馀人，旗营水师三百馀人，各营拖罾、龙艚、快艇等大小战船实存四十艘，台湾、澎湖战船六艘，大小兵轮十艘，宜联合浙江省水师会操，官制则仍循其旧。
九年，以广东内河之肇庆河面县长六百馀里，仅有小巡船二十馀艘，不敷分布，九龙洋面水浅，大船难於行驶，乃於二处各增设浅水兵轮船。十年，试造尖底舢板船，分布海口。旋以船质弱小，罢之。十一年，彭玉麟以海防日亟，议设水师总统於吴淞，分设二镇：一驻直隶大沽，凡盛京、直隶、山东、江南各海口战船隶之；一驻福建厦门，凡浙江、福建、台湾、广东各海口战船隶之。两镇每年周巡海口，会哨於吴淞。是为南北洋水师建议之始。十二年，议裁减浙江沿海水师。旋浙抚刘秉璋以旧额战船二百五十馀艘，粤寇乱后，购造不及半数。光绪八年，裁水师船十三艘，停修旧船三艘，已符裁兵三成之数。惟巡洋之红单船十一艘，不在额设裁减之例。十四年，因台湾疆土日辟，改安平水师副将为台东陆路副将，改鹿港游击为安平水师游击，任新设地方镇守之职。十五年，以福建内河水师炮船旧额共九十八艘，频年裁撤，实存三十艘。每船配置水师六人，专任巡缉内洋。十六年，调拨福建海坛水师驻防福清县属，以靖海盗。十七年，於湖南选锋水师中、前、后、左、右营内，拨一千六百馀人，分防省城及岳州等处，拨长胜、毅安水师四百馀人，分防辰州、沅州、常德等处，拨澄湘水师三百馀人，分防衡州等处，以专责成。是年，因奉天辽河下游旧有巡船，上游则仅有陆队兼巡，未有水师。乃增置长龙炮船一艘，舢板船八艘，於练军内选拨弁勇，梭巡辽河上下及省南之洋河。
十九年，令提督黄翼升校阅长江提标五营，上江十三营，下江四营，定训诫之规，禁陆居，戒嗜好，勤练艺，屏虚文，不得蹈绿营之习，日久玩生。闽、浙疆臣会议，以浙江省有元凯、超武二兵轮，福建省有伏波、琛航、靖远三兵轮，与沿海水师协力缉捕。而浙省水师船自裁减后，仅存五十馀艘，闽省自马江战后，仅存艇船二十九艘，乃在宁波海口赁用红单等船八艘，酌拨弁兵，以靖海盗。二十四年，令江苏省之外海、内洋、里河、太湖四支水师，一律酌裁水勇。二十五年，以安徽省江防在下游者为东西梁山，建有炮堤炮台，在上游者为阑江矶前江口及省城之江心洲，咸有炮台，而缺乏水师，乃拨澄清营炮船二十五艘，及长江水师之芜湖、裕溪、大通、安庆、华阳各营，联络防守。又令长江五省督抚，各派将领，不分畛域，严密设防。二十六年，以奉天凤凰厅沿海一带，素称盗薮，曾由北洋拨兵轮巡洋，其支港各处，宜屯泊水师，乃於大孤山、太平沟、沙河三口岸，各造兵船三艘，酌配水师巡缉。三十四年，因浙江杭、嘉、湖三府捕匪兵单，於原有水师中，抽练游击一队，驻嘉兴府，增练游击三队，分布嘉兴、湖州各河港，以游击小队驻杭州省城，赁用上海商人之小轮船十艘，曳带兵梭船巡水道，以期迅捷。在南洋船坞造浅水兵轮船四艘，配快炮八尊，江苏亦制浅水兵轮船四艘，协同内河水师，仿欧西各国章程，编为联队，以资防剿。此整治水师之概略也。
其兵额之增减，船械之配置，各省随时编定。外海水师，北自盛京，南讫闽、广，凡拖缯、红单等船隶焉。内河水师，各省巡哨舢板等船隶焉。奉天、直隶、山东、福建水师船均属外海。江西、湖广水师船均属内河。江南、浙江、广东水师船分属外海、内河。其别练之师，有巡湖水师、巡盐水师、亲兵营、练军营。同治以后，增定长江水师、太湖水师之制，视旧制加详矣。
其巡防之规，外海水师巡防盛京，以协领为总巡，佐领、防御、骁骑校为分巡。直隶等沿海各省，以总兵官为总巡，副将以下为分巡。各於所治界内，率水师沿海上下，更番往来，诘奸禁暴，两界相交之处，戒期会哨，以巡缉情形，申报所属将军、总督、提督，委员稽察。若因风阻滞，各厂到界之日具报。其每岁定期，以二月、四月、五月为始，至九月事竣回营。有引避不巡，或巡而不周遍者，论如军律。其内河水师巡防之制，长江自四川巫山而东，出三江口，至湖广界，经岳州、武昌、兴国至江西界，经九江、江宁、京口等处，东至於海，各省将军、总督、提、镇分委旗标弁兵，沿江游巡，及界而还。
自康熙以后，以外海利用巨舰，内河利用轻舟，故船制屡改，而辖境辽阔，水师兵额，时有增加，遇有战事，增舰尤多。征吴三桂之役，命尚善率舟师入洞庭湖取岳州。及鄂鼐统水师，增造鸟船百艘，沙船四百三十八艘，置水师三万人。征台湾之役，命万正色督率湖南、浙江战船二百艘，由海道赴福建。姚启圣亦修战船三百艘，水师二万人。施琅之克澎湖，用战船三百艘，水师二万人。施世骠之平朱一贵，用大小战船六百馀艘。乾隆间，征缅甸之役，命湖广船匠造船於蛮暮，取道金沙江以攻缅甸，兼调福建、广东水师助之。李长庚之剿海寇，在福建造大船三十艘，名曰霆船，配置大炮四百尊，合闽、浙水师全力，转战重洋，遂平蔡牵。
道光以后，海警狎至，木质旧船不敌外洋铁舰之坚利。同治五年，始仿欧洲兵轮船式，於福建省开厂制造轮船。江苏初设轮船四艘。十一年，广东、山东各设轮船一艘，奉天设小轮船一艘，咸配置水师。
其后沿海各省购置兵轮，岁有增益，旧式水师战船分别裁汰。至光绪中叶，综各省外海、内河实存师船之数，奉天外海缯船十艘。直隶外海长龙船二艘，先锋舢板船四十八艘。山东外海拖罾船十四艘，内河哨船六艘。江苏外海轮船二艘，艇船八艘，内洋轮船二艘，舢板船六十艘，内河舢板船、艇船三百八十五艘，长江舢板船七十六艘，督阵舢板船七艘，长龙船十艘，巡哨舢板船一百二十八艘。安徽舢板船二百八十二艘，长龙船十五艘，八团船一艘，枪划十艘，护卡巡船十五艘，督阵舢板船七艘，轮船二艘。江西长龙船十五艘，舢板船二百六十三艘，督阵舢板船六艘，轮船一艘。福建外海长龙船一艘，舢板船十九艘，小艇十四艘，哨船十四艘，龙艚船二艘，拕艚船一艘，内河炮船三十艘。浙江外海钓船二十七艘，艇船十二艘，龙艚船十七艘，哨船二艘，快船一艘，内河大舢板船五十八艘，中舢板船八十四艘，飞划船四十九艘，长龙船座船二百十三艘，枪船八艘，炮船五艘。湖北督阵大舢板船八艘，长龙船十二艘，舢板船一百八十艘。湖南督阵大舢板船四艘，长龙船四艘，舢板船六十艘。广东外海大小轮船二十二艘，巡船十四艘，拕船十艘，长龙船一艘，扒船一艘，内河两橹桨船一艘，橹船一艘，桨船四十艘，巡船一百九十六艘，急跳船十五艘，平底桨船二艘，快哨船二艘，快船十四艘，快桨船七艘，艚船四艘，橹船二艘。
各省战船，咸分隶标营，择地屯泊，以时会哨。外海师船，以海军规制渐立，仅任沿海捕盗之责。各省内河师船，均仿长江水师舢板船之式。惟巡缉等船，分巡支河汊港，利用轻捷，船制少殊耳。