十八年，运河浅阻，用河督栗毓美言，暂闭临清闸，於闸外添筑草坝九，节节擎蓄，於韩庄闸上朱姬庄迤南筑拦河大坝一，俾上游各泉及运河南注之水，并拦入微山湖。定收潴济运章程六。十九年，毓美以戴村坝卑矮，致汶水多旁泄，照旧制增高之。初，给事中成观言淮、扬芒稻闸、人字河不宜堵坝，阻水去路，下陶澍等议。至是覆称：“此坝蓄水由来已久，并不拦阻众水归江，不得轻议更张。”从之。时卫河浅涩，难以济运。东抚经额布请变更三日济运、一日灌田例。诏将百门泉、小丹河各官渠官闸一律畅开，暂避民渠民闸，如有卖水阻运盗挖情弊，即行严惩。明年，漕督朱澍复言：“卫河不能下注，有妨运道。”命河督文冲、豫抚牛鉴察勘。文冲等言：“卫河需水之际，正民田待溉之时。民以食为天，断不能视田禾之枯槁置之不问。嗣后如雨泽愆期，卫河微弱，船行稍迟，毋庸变通旧章。倘天时亢旱，粮船阻滞日久，是漕运尤重於民田，应暂闭民渠民闸，以利漕运。”从之。
咸丰元年，甘泉闸河撑堤溃塌三十馀丈，河决丰县，山东被淹，运河漫水，漕艘改由湖陂行。先是户部尚书孙瑞珍言十字河为全漕之害，若於河西改宽新河，以旧河为囊沙，於彭口作滚坝，纳浊水而漾清流，漕船无阻，可省起剥费二十万。下东河总督颜以燠议。至是以燠言：“改挖新河事无把握，无庸轻议更张。”报闻。二年，决北运河北寺庄堤，命尚书贾桢、侍郎李钧勘堵，并改次年漕粮由海道运津。自是遂以海运为常。同治而后，更以轮舶由海转运，费省而程速，虽分江北漕粮试行河运，然分者什一，藉保运道而已。五年，铜瓦厢河决，穿运而东，堤埝冲溃。时军事正棘，仅堵筑张秋以北两岸缺口。民埝残缺处，先作裹头护埽，黄流倒漾处筑坝收束，未遑他顾也。十年，决淮扬马棚湾。
同治五年，决清水潭。八年，河决兰阳，漫水下注，运河堤埝残缺更甚。自张秋以北，别无来源，历年惟借黄济运而已。九年，漕督张之万请於黄流穿运处坚筑南北两堤，酌留运口为漕船出入门户，并筑草坝，平时堵闭以免倒灌。已下所司议，之万旋改抚江苏，继任张兆栋以“既筑堤束水留口门，又筑坝堵闭，恐过水稍滞，而上游一气奔注，新筑堤闸难当冲激。设夺运北趋，则东昌、临清暨天津、河间，淹没在所必至，北路卫河亦将废坏。惟有於郓城沮河一带遏黄东流，即以保南路之运道，於张秋、八里庙等处疏运河之淤垫，即以通北上之漕行，较之筑堤束水，稍有实际”。制可。
十年，侯家林河决，直注南阳、昭阳等湖，郓城几为泽国。漕督苏凤文言：“安山以北，运河全赖汶水分流，至临清以上，始得卫水之助。今黄河横亘於中，挟汶东下，安山以北毫无来源，应於卫河入运及张秋清黄相接处，各建一闸，蓄高卫水，使之南行，俟漕船过齐，即启临清新闸，仍放卫北流，以资浮送。并於张秋淤高处挑深丈馀，安山以南亦一律挑濬，庶黄水未涨以前，运河既深，舟行自易。”江督曾国藩言：“河运处处艰阻，如峄县大泛口沙淤停积，水深不及二尺，必须挑深四五尺，并将近滩石堆划除，与河底配平，方利行驶。北则滕县郗山口入湖要道，浅而且窄，微山湖之王家楼、满家口、安家口，独山湖之利建闸，南阳湖北之新店闸、华家浅、石佛闸，南旺闸分水龙王庙北之刘老口、袁口闸，处处淤浅，或数十丈至百馀丈，须一律挑深。此未渡黄以前，阻滞之宜预为筹办者。至黄水穿运处，渐徙而南，自安山至八里庙五十五里运堤，尽被黄水冲坏，而十里铺、姜家庄、道人桥均极淤浅，宜一面疏濬，一面於缺口排钉木椿，贯以巨索，俾船过有所依傍牵挽。此渡黄时运道艰滞，宜预为筹办者。渡黄以后，自张秋至临河二百馀里，河身有高下，须开挖相等，於黄涨未落时，闭闸蓄水，以免消耗，或就平水南闸迤东筑挑坝，引黄入运。此渡黄后运道易涸，宜预为筹办者。东平运河之西有盐河，为东省盐船经行要道。若漕船由安山左近入盐河，至八里庙仍归运道，计程百馀里，较之径渡黄流，上有缺口大溜，下有乱石树樁者，难易悬殊。如行抵安山，遇黄流过猛，宜变通改道，须先勘明立标为志。此又渡黄改道，宜预为筹办者。”下河、漕督及东抚商筹。
十一年，河督乔松年请在张秋立闸，借黄济运。同知蒋作锦则议导卫济运。上询之直督李鸿章，鸿章言：“当年清口淤垫，即借黄济运之病。今张秋河宽仅数丈，若引重浊之黄以闸坝节宣用之，水势抬高，其淤倍速。至作锦导卫，原因张秋北无清水灌运，故为此议。以全淮之强，不能敌黄，尚致倒灌停淤，岂一清浅之卫，遂能御黄济运耶？其意盖袭取山东诸水济运之法。不知泰山之阳，水皆西流，因势利导，百八十泉之水，源旺派多，自足济运。卫水微弱，北流最顺，今必屈曲使之南行，一水两分，势多不便。若分沁入卫以助其源，沁水猛浊，一发难收，昔人已有明戒。近世治河兼言利运，遂致两难，卒无长策。事穷则变，变则通。今沿海数千里，洋舶骈集，为千古以来创局，正不妨借海道转输，由氵扈解津，较为便速。”疏入，诏江、安粮道漕米年约十万石仍由河运，馀仍由海运。光绪三年，东抚李元华条上运河上中下三等办法，并言量东省财力，拟用中等，将北运河一律疏通，复还旧址，并建筑北闸。时值年荒，寓赈於工，省而又省，需费三十万有奇。下所司议。
五年，有请复河运者。江督沈葆桢言：“以大势言之，前人之於河运，皆万不得已而后出此者也。汉、唐都长安，宋都汴梁，舍河运无他策。然屡经险阻，官民交困，卒以中道建仓，伺便转餽，而后疏失差少。元则专行海运，故终元世无河患。有明而后，汲汲於河运。遂不得不致力於河防。运甫定章，河忽改道。河流不时迁徙，漕政与为转移，我朝因之。前督臣创为海运之说，漕政於穷无复之之时，藉以维持不敝。议者谓运河贯通南北，漕艘藉资转达，兼以保卫民田，意谓运道存则水利亦存，运道废则水利亦废。臣以为舍运道而言水利易，兼运道而筹水利难。民田於运道势不两立。兼旬不雨，民欲启涵洞以溉田，官必闭涵洞以养船。迨运河水溢，官又开闸坝以保堤，堤下民田立成巨浸，农事益不可问。议者又太息经费之无措，舳舻之不备，以致河运无成。臣以为即使道光间岁修之银与官造之船，至今一一俱存，以行漕於借黄济运之河，未见其可也。近年江北所雇船只，不及从前粮艘之半，然必俟黄流汛涨，竭千百勇夫之力以挽之，过数十船而淤复积。今日所淤，必甚於去日，而今朝所费，无益於明朝。即使船大且多，何所施其技乎？近因西北连年亢旱，黄河来源不旺，遂乃狎而玩之。物极必返，设因济运而夺溜，北趋则畿辅受其害，南趋则淮、徐受其害，如民生何？如国计何？”
八年，伏秋大汛，张家湾运河自苏庄至姚辛庄冲开新河一段，长七百馀丈，上下口均与旧河接，形势顺直，大溜循之而下。旧河上口至下口，长六千四百馀丈，业已断流，惟新河身系自行冲开，不能一律深通。明年，直督李鸿章饬制新式铁口刮泥大板，在两岸拖拉，使一律通畅。十二年，通州潮白河之平家甿漫口，东趋入箭杆河。未几，堵复运河故道。十三年六月，复漫刷平家甿新工下之北市庄东小堤，并老堤续塌百数十丈，连成一口，夺溜东趋十之八。寻堵塞之。是年，河决郑州，山东黄水断流，漕船不能南下，向之借黄济运者，至是束手无策。旋将临口积淤疏挑，空船始得由黄入运。十五年，东抚张曜言：“河运未能久停，请改海运漕米二十万仍归河运。”从之。
十六年，用江督曾国荃言，修扬属南运河堤闸涵洞，及附城附镇塼工。又用漕督松椿言，濬邳、宿运河。十九年，潮白河涨溢，运堤两岸决口七十馀，上游务关厅决口七。是冬均塞。二十年，濬济宁、汶上、滕、峄、茌平、阳穀、东平各属运河。明年，濬陶城埠至临清运河二百馀里。二十四年，侍读学士瑞洵言南漕改折，有益无损，请每年提折价在津购米以实仓庾。御史秦夔扬亦言河漕劳费太甚，请停江北河运。皆不许，仍饬认真疏濬，照常起运。二十六年，联军入京师，各仓被占踞，仓储粒米无存，江北河运行至德州，改由陆路运送山、陕。二十七年，庆亲王奕劻、大学士李鸿章言：“漕粮储积，关於运务者半，因时制宜，请诏各省漕粮全改折色，其采买运解收放储备各事，分饬漕臣仓臣筹办。”自是河运遂废，而运河水利亦由各省分筹矣。