雍正元年，河督齐苏勒偕漕督张大有言：“山东蓄水济运，有南旺、马踏、蜀山、安山、马场、昭阳、独山、微山、郗山等湖，水涨则引河水入湖，涸则引湖水入槽，随时收蓄，接应运河，古人名曰‘水櫃’。历年既久，昭阳、安山、南旺多为居民占种私垦。现除已成田不追外，馀俟水落丈量，树立封界，永禁侵占，设法收蓄。至马踏、蜀山、马场、南阳诸湖，原有斗门闸座，加以土坝，可收蓄深广，备来年济运之资。惟独山一湖，滨临运河，一线小堰，且多缺口。相度水势，河水盛涨，听其灌入湖中；湖、河平，即筑堰堵截；河水稍落，不使湖水走泄涓滴。或遇运河浅塞，则引湖水下注，庶几接济便捷。至诸湖闸座，仍照旧例，灌塘积水，启闭以时，则湖水深广，运道疏通矣。”下所司议行。
二年，齐苏勒以骆马湖东岸低洼易泄，旧坝不足抵御，於湖东陆塘河通宁桥西高地筑拦河滚坝，再筑拦水堤六百丈，口门宽三十丈，以便宣泄。又帮筑运河西岸地洞口堤身五百十丈，高、宝、江东西岸堤工五千二十四丈，宝应西堤七里闸迤南至柳园头埽工五百七十丈。
四年，齐苏勒改种家渡南之旧彭口於十字河，而彭口沙壅积如故。先是侍郎蒋陈锡疏陈漕运事宜，上命内阁学士何国宗等勘视豫东运道，至是覆称：“山东运河必赖湖水接济，请将安山湖开濬筑堤；南旺、马踏诸堤及关家坝俱加高培厚，建石闸以时启闭；其分水口两岸沙山下，各筑束水坝一；汶水南戴村坝应加修筑；建坎河石坝於汶水北；恩县四女寺应建挑坝一；塼平运河西岸修复进水关二，东岸建滚坝一；濮州沙河会赵王河处，旧有土坝引河，应修筑开濬，其河西州县，听民开通水道，汇入沙河，於运道民生，均有裨益；武城及恩县北岸，各挑引河一。河南运河自北泉而下，历仁、义、礼、智、信五闸，遏水旁注，愚民不无截流盗水之弊。请拆去五闸，於泉池南口建石堰一，开口门三，分为三渠，筑小堤使无旁泄；东西各开一渠，渠各建五闸，分溉民田。小丹河自清化镇下应开濬筑小堤，河东一里开水塘一，石闸三，分为三渠，以小丹河为官渠，东西各一为民渠。其洹河石坝皆已湮废，宜增修为挑坝。诸泉源应各开深广，入卫济运。”下所司议行。五年，东抚塞楞额以柳长河日见淤浅，虽一带相连，而中有金钱岭分隔，特开引河二，一从岭北注安山入湖，一从岭南出闸口济运。
八年，河督嵇曾筠言：“宿迁骆马湖旧有十字河口门，引湖济运，兼以刷黄。嗣湖水微弱，恐黄倒灌，堵闭河口，又於西宁桥迤西建拦湖坝，因是湖水不通，专资黄济运，致中河之水挟沙淤垫。今秋山水暴涨，去路遏塞，漫溢横出。请复十字河旧口门，俾湖水入中河，刷深运道，拦湖坝酌量开宽，俾上游之水，由六塘河入海。”从之。是年始设黄、运两岸守堤堡夫，二里一堡，堡设夫二，住堤巡守，远近互为声援。
九年，兼总河田文镜言：“汶南流济运，向有玲珑及乱石、滚水三坝。伏秋盛涨，水由滚坝入盐河，沙由玲珑、乱石洞隙随水滚泻。自何国宗於三坝内增建石坝，涓滴不通，既无尾闾泄水，又无罅隙通淤，致汶挟沙入运，淤积日高。请改坝为徬，建矶心五十六，中留水门五十五，安徬板以资宣泄。又以不能启闭，别筑土堤，名春秋坝。”如所请行。十一年，东抚岳濬言：“东省水櫃，旧有东平之安山湖废闸四。自国宗议复安山湖水櫃，重筑临河及圈湖堤，修通湖、蛇沟二闸，并於八里湾、十里铺两废闸间建石闸一，曰安济闸，俱经修竣，仍不能蓄水济运。缘湖底土疏，非圈堤所能收蓄，均宜修防。其圈湖堤缺，概停补筑，以免糜费。”从之。十二年，直督李卫以故城与山东德州、武城毗连，系河流东注转湾处，向无堤埝，水涨漫溢，劝谕民间儹修土埝，量给食米，以工代赈。东抚岳濬以德州河溜顶冲，於东岸挑新河、建滚坝，两岸各筑遥堤，酌开涵洞，以资宣泄。
乾隆二年，御史马起元言：“直、东运河，近多淤塞。”尚书来保言：“卫水济运灌田，请饬详查地势，使漕运不阻，民田亦资灌溉。”上命侍郎赵殿最、侍卫安宁，会同直、漕、河三督，豫、东两抚勘奏。经部议：“东省泉源四百三十九，无不疏通，闸坝亦完固，惟戴庙、七级、柳林、新店、师庄、枣林、万年、顿庄各闸，或雁翅潮蛰，或面石裂缝，两岸斗门涵洞，有满家三空桥雁翅低陷，石闸面太低，应交河督兴修。又马踏、蜀山、马场、独山、微山诸湖，严禁占种芦苇，南旺、南阳、昭阳诸湖水櫃，仅堪泄水，小清河久淤塞，均宜次第修治。至卫水济运灌田，宜於馆陶、临清各立水则一，测验浅深，以时启闭。”起元又言，通州至天津河路多淤浅，粮艘不便。命殿最偕顾琮勘议。寻议天津溯流而上，设有兵弁，无官管辖。应增置漕运通判一，驻张家湾，专司疏濬；把总二，外委四，听通判调遣。又普济寺等四闸属通州，增置吏目一，庆丰等七闸属大兴，增置主簿一，遇应开挑处，报坐粮厅覈实修濬。用鄂尔泰言，建独流东岸滚坝，并开引河，注之中塘洼，以免静海有羡溢之虞，并减天津三汊口争流之势。是岁，大挑淮、扬运河，自运口至瓜洲三百馀里。
三年，河督白锺山言：“卫河水势，惟在相机启闭。殿最前奏设馆陶、临清二水闸，可不必立。嗣雨水调匀，百泉各渠闸照旧官民分用。傥值水浅涩，即暂闭民渠民闸以利漕运。或河水充畅，漕艘早过，官渠官闸亦酌量下板以灌民田。”是年，修复三教堂减坝，挑濬淤填支河，使泄水入马颊河。又於三空桥旧址修减坝，仍挑通支河，使泄水入徒骇河。增建裴家口东南涵洞二，修筑房家口上下堤岸、马家闸土堤，及自峄县台庄迄临清板闸运堤八百里纤道，亦资障护濒河田庐。
先是疏濬毛城铺河道时，高斌以黄流倒灌，移运口於上游七十馀丈，与三汊河接。次年，黄仍灌运，论者多谓新开运口所致，特命大学士鄂尔泰相度。旋言：“运口直对清口，湖水由裴家场引河东北直趋清口，入运之水仍系回流平缓；惟新口外挑水坝稍短，清水盛旺，或恐溜宽，宜再筑长坝，不必仍旧开口。惟旧河直捷，新河纡曲，今新建闸坝未开，漕船应行旧河，以利挽运。新河於天妃闸下重建通济、福兴二闸，随时启闭。每岁漕船过后，河水充溢，则开放新河以分水势，湖水涨溢，则闭旧河及新河闸以待水消，庶新旧两河可以交用。”
鄂尔泰又言：“详勘漳河故道，一自直隶魏县北，经山东丘县城西，至效口村会滏阳河，入大陆泽，下会子牙河，由天津入海。一由魏县北老沙河，自潘尔庄经丘县城东，历清和、武城、景州、阜城各地，过千顷洼，入运归海。丘县城西故道去卫河较远，旧迹既淹，开通匪易。且滏阳河下会子牙河，全漳之水亦难容纳。惟老沙河即古马颊河，河形宽阔，於此挑复故道，自和尔寨村东承漳河北折之势，开至漳洞村，归入旧河，势顺工省。即於新挑河头下东流入卫处建闸，如卫水微弱，则启以济运，卫水足用，则闭闸使归故道；再於青县下酌建闸坝，临清以北运道可免淤垫，青县以下田庐永无浸淹。应饬直、东两省会勘估修。”五年，改山东管河道为运河道，专司蓄泄疏濬闸坝事，仍管河库，从白锺山请也。
二十二年，添建高邮东堤石坝，酌定水则，视水势大小以为启闭。巡漕给事中海明言：“江南运河，惟桃源之古城砂礓，溜滩湾沙积，黄河以南，惟扬州之湾头闸至范公祠三千三百馀丈间段阻浅，均应挑濬。镇江至丹徒、常州，水本无源，恃江潮灌注，冬春潮小则浅。加以每日潮汐易淤，两岸土松易卸，应六年大挑一次，否则三年亦须择段捞浅。丹徒两闸以下，常州之武进等县，亦间段浅滞，均应一律挑濬。”诏：“挑河易滋浮冒，宜往来查察，毋得属之委员。”
二十四年，命海明及河督张师载、东抚阿尔泰会勘直、东运河。初，运河水涨，漫溢德州等处，景州一带道路淤阻。至是，海明等言：“漳、卫二河，伏秋盛涨，宜旁加疏泄。自临清至恩县四女寺二百五十馀里，河身盘曲，临清塔湾东岸原有沙河一，即黄河遗迹，由清平、德州、高唐入马颊河归海。请开挑作滚水石坝，使汶、卫合流，分泄水势。四女寺、哨马营两支河，原系旁泄汶、卫归海之路，请将狭处展宽，以免下游德州等处冲溢。”二十五年，巡漕给事中耀海偕师载言：“南旺以北仅马踏一湖，水患不足。独山湖有金线闸，水祗南流，利济闸水可北注。请移金线闸於柳林闸北，使独山诸湖全注北运河。”制可。二十七年，以鱼台辛庄桥北旧有泄水口二，口门刷深，难以节制，允师载等请改建滚坝一。是岁，挑德州西方菴对岸引河，自魏家庄至新河头，长四十丈，建筑齐家庄挑溜埽坝，接筑清口东西坝，修李家务石闸。二十八年，用阿尔泰言，於临清运河逼近村庄处开引河五，以分水势。
三十三年，黄水入运，命大学士刘统勋等往开临黄坝，以泄盛涨，并疏濬运河淤浅。三十七年，河督姚立德言：“泗河下流董家口向建石坝分泄，今泗水南趋，转为石坝所累。请拆去，并展宽孟家桥旧石桥。”如所请行。五十年，命大学士阿桂履勘河工。阿桂言：“臣初到此间，询商萨载、李奉翰及河上员弁，多主引黄灌湖之说。本年湖水极小，不但黄绝清弱，至六月以后，竟至清水涓滴无出，又值黄水盛涨，倒灌入运，直达淮、扬。计惟有借已灌之黄水以送回空，蓄积弱之清水以济重运。查本年二进粮艘行入淮河，全藉黄水浮送，方能过淮渡黄，则回空时虽值黄水消落，而空船吃水无多，设法调剂，似可衔尾遄行。”借黄济运，自此始也。五十一年，运河盛涨，致淮安迤下东岸泾河泄水石闸墙蛰底翻，难资启闭。越五年，山阳、宝应士民修复之。
嘉庆元年，河决丰汛，刷开南运河佘家庄堤，由丰、沛北注金乡、鱼台，漾入微山、昭阳各湖，穿入运河，漫溢两岸。是冬，漫口塞，凌汛复蛰陷。次年，东西两坝并蛰，二月工始竣。自丰工决后，若曹工、睢工、衡工，几於无岁不决。九年，因山东运河浅塞，大加濬治；又预蓄微山诸湖水为利运资。然自是以后，黄高於清，漕艘转资黄水浮送，淤沙日积，利一而害百矣。十二年，仓场侍郎德文等请挑修张家湾正河，堵筑康家沟以复运道，御史贾允升请挑濬减河，均下直督温承惠勘办。承惠请濬温榆河上游。上命侍郎托津、英和偕德文等覆勘。寻奏言：“频年漕运皆藉温榆下游倒漾之水，以致泥沙淤积。若从上游深挑，直抵石坝，实为因势利导。惟地势高下，须逐细测量，俾全河毫无滞碍方善。”制可。
十三年，通州大水，康家沟坝冲决成河，张家湾河道遂淤。仓场侍郎达庆请来年粮艘由康家沟试行一年，暂缓挑复张家湾河身。上命尚书吴璥往勘，与达庆议合，遂允之。明年，御史史祜言，康家沟河道难行，请复张家湾正河。下直督温承惠。承惠言：“康家沟溜势奔腾，漕船逆流而上，大费纤輓。该处地势正高，恐旱乾之岁，河水一泻无馀，漕行更为棘手。惟张家湾两岸沙滩，坝基难立，而正河积淤日久，挑濬亦甚不易。”上复遣工部尚书戴均元往勘，亦言坝基难立，且时日已迫，恐河道未复，漕运已来，请仍由康家沟行，再察看一年酌定。如所请行。时淮、扬运河三百馀里浅阻，两淮盐政阿克当阿请俟九月内漕船过竣，堵闭清江三坝，筑坝断流，自清江至瓜洲分段挑濬。下部议。覆称：“近年运河浅阻，固由叠次漫口，而漫口之故，则由黄水倒灌，倒灌之故，则由河底垫高，清水顶阻，不能不借黄济运，以致积淤溃决，百病丛生。是运河为受病之地，而非致病之原。果使清得畅出敌黄，并分流济运，则运口内新淤不得停留，旧淤并可刷涤。若不除倒灌之根，而亟亟以挑濬运河为事，恐旋挑旋淤，运河之挑濬愈深，倒灌之势愈猛，决堤吸溜，为患滋多。”命尚书托津等偕河督勘办。十八年，漕督阮元以邳、宿运河闸少，水浅沙停，请於汇泽闸上下添建二闸。下江督百龄核奏。
道光元年，山东河湖山水并发，戴村坝迤北堤埝漫决六十馀丈，草工刷三十馀丈，四女寺支河南岸汶水旁泄处三。用巡抚姚祖同言，於正河旁旧河形内抽沟导水济运，兼顾湖潴。三年，漫直隶王家庄，由各厅汛赔修。是岁添筑戴村坝北官堤碎石坝四。四年，侍讲学士潘锡恩陈借黄济运之弊，略言：“蓄清敌黄，为相传成法。今年张文浩迟堵御黄坝，致倒灌停淤，酿成巨患。若更引黄入运，河道淤满，处处壅溢，恐有决口之患。”下尚书文孚等妥议。
自嘉庆之季，黄河屡决，致运河淤垫日甚，而历年借黄济运，议者亦知非计，於是有筹及海运者。五年，上因漕督魏元煜等筹议海运，群以窒碍难行，独大学士英和有通筹漕、河全局，暂雇海船以分滞运，酌折漕额以资治河之议，下所司及督抚悉心筹画。卒以黄、运两河受病已深，非旦夕所能疏治，诏於明年暂行海运一次。
新授两江总督琦善言：“臣抵清江，即赴运河及济运、束清各坝逐加履勘。自借黄济运以来，运河底高一丈数尺，两滩积淤宽厚，中泓如线。向来河面宽三四十丈者，今只宽十丈至五六丈不等，河底深丈五六尺者，今只存水三四尺，并有深不及五寸者。舟只在在胶浅，进退俱难。济运坝所蓄湖水虽渐滋长，水头下注不过三寸，未能畅注。淮安三十馀里皆然，高、宝以上之运河全赖湖水，其情大可想见。请饬河、漕二臣将河面淤垫处展挑宽深，再放湖水，藉资輓送，以期不误北上期限。”上以“借黄济运，原系权宜办理，孙玉庭察看漕艘挽运艰难，不早陈奏变计，魏元煜旧任漕督，及与颜检坐观事机败坏，隐忍不言，糜帑病民，是诚何心？令将运河淤垫一律挑深，费由玉庭、元煜、检分赔。”琦善又言，自御黄坝堵闭，运河淤垫不复增高，而洪湖清水蓄至丈馀，各船可资浮送，不敢冒昧挑濬。工费至省在百万外，玉庭等罄其所有，断无如许家资。更可虑者，欲濬运河，必先堵束清坝，阻绝来源，而后可以涸底挑办。现湖水下注湍急，束清坝外跌塘甚深，又系清水，不能挂淤闭气。设正事兴挑，而束清坝臌开，则工废半途，费归虚掷。请停止里、扬运河挑工，以免草率而节糜费。”允之。是年，筑温榆河上游果渠村坝埽。七年，东河总督张井、副总河潘锡恩请修复北运河刘老涧石滚坝、中河厅南纤堤、扬粮二厅东西纤堤及堤外石工，移建昭关坝。上遣英和等驰勘，乃定移昭关坝於其北三元宫之南，馀如所请行。
十一年，高邮湖河漫马棚湾及十四堡，湖河连为一。江督陶澍请依嘉庆间故事，运河决口，重空粮艘均绕湖行。八月，十四堡塞。冬，马棚湾塞。先是澍抚苏时，以镇江运河并无水源，祗恃江潮浮送，下练湖湮塞已久，移建黄泥闸於张官渡以当湖之下流，俾得擎托湖流，使之回漾，稍济江潮之不逮，曾著成效。至十四年迁江督，复偕巡抚林则徐相度，於湖顶冲之黄金坝及东冈筑两重蓄水坝，培圩埂二千八百八十丈，使水得入湖。又建减水石坝二於湖之东堤，俾可宣泄暴涨。於入运处修复念七家古涵，以作水门，并建石闸以放水济运。是冬工竣，由涵引水出，竟能倒漾上行数十里，军船得衔尾而南。越二年，溜势变迁，河形湾曲，复移建黄泥闸於迤上二百丈，改为正越二闸，中建矶心，并改张官渡迤下六十里吕城闸为正越二闸，以利漕行。十五年，移筑囊沙引渠沙坝於西河漘外，以资收蓄，从东河总督吴邦庆请也。