是岁，免奉天、直隶、山东、山西、浙江、湖北、湖南、广西、云南、甘肃等省三百四十四厅州县卫灾赋。又免甘肃中卫地震银粮、草束各有差。朝鲜、琉球、暹罗、越南、缅甸、南掌入贡。
四年甲寅春正月辛丑朔，蒙古各盟长亲王、郡王迭次报效军需银两，温旨嘉奖，均卻还之。乙巳，拨内库银三十万两解赴胜保军营。庚戌，官军克独流镇，踞匪回窜。壬子，张芾罢，以陈启迈为江西巡抚。王履谦疏陈河南吏治废弛，军需浮冒，河工糜费。下英桂查覆。丙辰，浙江海运漕米改由刘河口放洋，命江苏派员设局。己未，命福济经理淮北盐务。以王懿德为闽浙总督，吕佺孙为福建巡抚。辛酉，袁甲三疏请事关筹饟，由军机处径交所司，勿发内阁，从之。乙丑，命广东购办夷炮运赴武昌。丙寅，贼踞束城村，严诏僧格林沁、胜保迅速剿擒。丁卯，湖北进攻黄州兵溃，总督吴文镕，署按察使、前布政使唐树义死之。户部议覆四川学政何绍基捐廉疏上违式用骈文，上责祁俊藻曰：“当阅何绍基疏时，卿亦议其迂拘，何为尤而效之？大学士管部，乃不能动司官稿一字乎！”贼窜献县东城庄，僧格林沁、胜保合军击之。贼窜陷阜城，分股窜山东。己巳，江苏六合县绅团力保危城，诏嘉之，免一年钱粮。
二月丁丑，上御经筵。己卯，许乃普罢直南书房，降内阁学士。以朱凤标为刑部尚书，周祖培为左都御史。起翁心存为吏部左侍郎。辛巳，以台涌为湖广总督。壬午，曾国藩奏统带水陆师万七千人，自衡州起程驰赴湖北。癸巳，奕兴罢，以英隆为盛京将军。曾国藩疏请前巡抚杨健之孙杨江捐银二万两，准杨健入祀乡贤祠。得旨：“杨健系休致之员，乡贤钜典，非可以捐纳得之。曾国藩不应遽为陈请，下部议处。”军兴以来，饟空事棘，而帝於名器犹慎之如此。予殉难安徽布政使刘裕珍世职，谥勤壮。癸未，前协办大学士汤金钊、兵部尚书特登额重宴鹿鸣，加宫衔，赐御书匾额。丙戌，张亮基奏获戕害大员之贼目王小涌，摘心遥祭。得旨，即传知佟鉴、谢子澄家属告祭。命托明阿帮办僧格林沁军务。癸巳，以青麟为湖北巡抚，崇纶丁忧，仍同守城。戊戌，张亮基奏捻贼渡河由丰县窜入单县，官兵迎击获胜，复陷金乡。
三月庚子朔，张亮基奏贼陷钜野、郓城。辛丑，命载龄带兵一千驻防河间，桂龄、台禄带马步兵千五百驻防德州。骆秉章奏贼陷岳州，曾国藩回省防堵，留候补道胡林翼楚南剿贼。壬寅，贼陷阳穀，知县文颖莅任五日，死之，优恤建祠。甲辰，贼由阳穀、冠县窜至清河之小滩，又分窜至临清之李官庄。乙巳，命胜保迎击山东窜贼，布政使崇恩奏带兵扼守临清州。辛亥，上耕耤田。丁巳，贼陷临清。越十日，官军复之，溃匪南窜，胜保追击。曾国藩奏剿贼岳州失利，回守长沙。下部议处。
夏四月庚辰，顺承郡王春山薨。阜城贼窜连镇，僧格林沁追击围之。壬午，胜保奏马队追剿临清溃匪，全数殄灭。得旨嘉奖，加太子少保，德勒克色楞、善禄黄马褂。己丑，予告大学士潘世恩卒。内大臣壁昌卒。辛卯，鲍起豹罢，以塔齐布署湖南提督，曾国藩夺职剿贼。曾国藩克复湘潭，塔齐布、彭玉麟、杨载福剿贼大胜，靖港贼退。
五月己亥朔，葛云飞祠成，赐御书匾额。廓尔喀国王表请出兵剿贼。温诏止之。辛丑，孙瑞珍免，以朱凤标为户部尚书，赵光为刑部尚书，彭蕴章为工部尚书。副都统绵洵追贼於丰县，败之，赐巴图鲁勇号。乙巳，连镇贼首李开方窜陷高唐州，胜保督兵追之。壬申，上祈雨大高殿。丁巳，祈雨天神坛。庚申，荆州将军官文奏官军收复监利县、宜昌府城。敕塔齐布统军赴湖北剿贼。前湖北巡抚崇纶以讬病夺职。壬戌，雨。癸亥，和春、福济奏收复安徽六安州城。
六月戊辰朔，赐临清、冠县被贼难民一月口粮。江西贼窜湖北德安。庚辰，许乃钊免，以吉尔杭阿为江苏巡抚。诏曰：“中国海口，除通商五口外，夷船向不驶入。近日乃有阑入金陵、镇江之事，意欲何为？叶名琛即向各国夷酋正言阻止。”辛巳，诏直省团练杀贼者，建立总坊，入祀忠义祠，妇女遇难捐躯者，入祀节孝祠。癸未，贼陷武昌。台涌罢，以杨霈为湖北巡抚，署总督。命曾国藩由岳州进剿，英桂赴信阳防堵。副都统达洪阿卒於军，赠都统。辛卯，敕叶名琛剿捕广东会匪盗船。铸铁钱、铅钱。
秋七月辛丑，湖北贼陷岳州，连陷常德。壬子，诏：“青麟弃城逃走，远赴长沙，饬官文传旨正法。”副都统特尔清额卒於军。庚申，湖南水师克复岳州，予革职侍郎曾国藩三品衔。命道员胡林翼攻剿常德。壬戌，杨霈奏克复沔阳，贼陷安陆。
闰七月戊辰，湖北官军克复安陆。丁丑，钦差大臣琦善卒於军，以托明阿为钦差大臣，督办扬州军务。庚辰，杨霈奏克复京山、孝感、天门、黄陂、麻城等城。向荣奏官军收复高淳。丙申，和春奏克复太平。
八月庚子，官文奏连复嘉鱼、蒲圻。癸卯，广东土匪陷肇庆，调湖南、福建兵剿之。甲寅，湖南官军由城陵矶进攻通城。癸亥，英、美二国兵船抵天津海口，命桂良莅事。
九月辛未，湖北、湖南官军攻克武昌、汉阳。授杨霈湖广总督，曾国藩以二品衔署湖北巡抚，塔齐布赐黄马褂，李孟群、罗泽南、李续宾并升叙有差。殉难布政使岳兴、署按察使李卿穀均予谥建祠。壬午，湖北官军克复黄州。命曾国藩以兵部侍郎衔会塔齐布督军东下。甲申，裕瑞罢，以黄宗汉为四川总督，何桂清为浙江巡抚。戊子，安徽官军收复庐江。乙未，魏元烺卒，以翁心存为兵部尚书。
冬十月丙辰，以花沙纳为吏部尚书，全庆为工部尚书，领国子监。调文庆为满洲都统，奕兴为汉军都统，奕山为内大臣。丁巳，曾国藩奏水陆军攻半壁山贼，毙贼万馀。戊午，以紥拉芬泰为伊犁将军。甲子，曾国藩等奏攻克田家镇，予杨载福、彭玉麟升叙。湖北军收复蕲州。
十一月丁丑，上诣大高殿祈雪。庚辰，杨霈奏克复广济、黄梅。戊子，罗绕典卒，以恒春为云贵总督，王庆云为山西巡抚，吴振棫为陕西巡抚。绥远城将军善禄卒於军。庚寅，大学士、军机大臣祁俊藻致仕。以贾桢为大学士，翁心存为吏部尚书，周祖培为兵部尚书，许乃普为左都御史。癸巳，湖北贼陷安徽英山。安庆贼窜九江、湖口，及於吴城。
十二月乙未，曾国藩奏攻克小池口，上嘉奖之，赐狐腿黄马褂。戊戌，和春奏克复英山。以克复英、霍两县均资民力，免三年漕粮。辛丑，袁甲三奏举人臧纡青进攻桐城，力竭阵亡，赠三品衔，予世职。乙卯，封奕纪之子载中贝勒，嗣隐志郡王，改名载治。贵州官兵击贼，败之，解兴义城围。辛酉，安徽官军克复含山。僧格林沁奏攻毁西连镇贼巢。癸亥，祫祭太庙。
是岁，免河南、山东、山西、福建、湖南、广西等省一百二十九州县，又广西土州县十二灾赋有差。朝鲜、琉球入贡。
五年乙卯春正月己巳，四川官军克复贵州桐梓。壬申，贵州官军剿匪雷台山，擒匪首陈良模。甲戌，以江、浙漕米不敷京仓支放，命怡良开办米捐解京。戊寅，吉尔杭阿奏克复上海县城。诏嘉奖之。辛巳，湖北贼由黄梅回窜汉口，杨霈退守德安，夺职，仍留任。癸未，江西官军克复武宁。乙酉，僧格林沁奏攻克连镇，首逆林凤祥就擒。封僧格林沁亲王，移军山东，攻剿高唐踞匪。钦差大臣胜保师久无功，褫职逮问。丙戌，浙江乐清土匪滋事，剿平之。叙连镇功，西凌阿、瑞麟、庆祺、绵洵、拉木棍布紥布、棍楚克林沁各予优赉。
二月甲午朔，王懿德奏夷商来闽贩茶，租赁民房久居，藉收茶税，从之。以法将剌尼乐助攻上海，赉绸四端、银一万两，从吉尔杭阿请也。己亥，上御经筵。僧格林沁奏克复高唐州，馀匪窜入冯官屯。辛丑，福建匪徒作乱，剿平之。戊午，鄂贼北窜，敕僧格林沁调拨马步兵三四千赴河南助防。
三月甲子，广东官军复海丰。皖贼陷徽州。乙丑，上谒西陵。贼陷武昌，巡抚陶恩培死之，以胡林翼署湖北巡抚。辛未，上还京。辛卯，贵州匪首杨凤捕诛，馀匪平。