夏四月乙未，安徽官军收复婺源。以额驸景寿为御前大臣。丁未，江西贼陷广信。庚戌，僧格林沁等奏攻克冯官屯贼巢，擒获首逆李开芳，馀匪尽歼。得旨：欣慰，僧格林沁即以亲王世袭，许乘肩舆，德勒克色楞加贝勒衔，馀各升叙。江西官军复弋阳。浙江贼陷开化。己未，西安将军紥拉芬在湖北剿贼阵亡，优恤之。褫杨霈职，以官文为湖广总督，绵洵为荆州将军，瑞麟为西安将军。以西凌阿为钦差大臣，赴湖北剿贼。庚申，江西官军复饶州、广信及兴安。辛酉，广东官军剿匪获胜，水陆股匪悉平。
五月丙寅，恤福建阵亡知县高鸿飞，入祀京师昭忠祠，并於台湾建祠。丁卯，向荣奏剿贼三山，胜之。戊辰，广东官军复河源等县，歼贼於三水。辛未，上御乾清门，奉命大将军惠亲王绵愉、参赞大臣亲王僧格林沁恭缴大将军印、参赞关防。壬申，诏曰：“兴办团练，原以保卫乡闾。而河南迭有抗粮、抗官之事。似此相率效尤，流弊甚大。各督抚其尚加意整顿，勿令日久酿患。”是时，山东已有黑团之害，尚未上闻。其后卒以兵力平之。乙亥，以柏葰为热河都统。戊寅，杨霈军复随州。癸未，河南军收复光山。丁亥，胡林翼奏分督水陆各军力攻武、汉，四战四胜。得旨，迅图克复。诏曰：“朕闻云南回民易滋事端，屡有聚众抗粮之事。恒春、舒兴阿务将首要各犯惩处，勿令日久蔓延。”以李钧为东河河道总督。
六月乙未，江西贼陷义宁。丁酉，提督邓绍良克复休宁。乙巳，广东官军收复封川，歼贼於虎门洋面。丙辰，河南兰阳河溢。己未，敕安徽徽宁池广道照台湾道专摺奏事。辛酉，官文奏官军克复云梦、应城。
秋七月壬戌朔，尊皇贵太妃为康慈皇太后。广东贼陷湖南郴州、宜章。癸亥，陈启迈夺职，以文俊为江西巡抚。己巳，向荣奏克复芜湖。庚午，皇太后崩。丁丑，西凌阿进剿德安贼匪不利，退守随州。命都兴阿自冯官屯移军剿之。辛巳，恭亲王奕罢直军机，回上书房读书。以文庆为军机大臣。癸未，广东官军收复肇庆府、德庆州。甲申，山西阳城土匪滋事，剿平之。丁亥，官文奏克复汉川。
八月辛卯朔，胡林翼督军攻克汉镇，进围汉阳。甲午，英桂奏邱联恩擒获捻首易添富、王党等诛之。己亥，湖南提督塔齐布卒於军，赠将军。庚子，上大行皇太后尊谥曰孝静康慈皇后。喀什噶尔回匪入卡，倭什珲布派兵逐出之。戊申，广东官军连复连州、三江、连山，解永安城围。
九月甲子，大学士卓秉恬卒。乙丑，以刘钲为汉军都统。庚午，命文庆、叶名琛协办大学士。癸酉，发内帑十万两续赈直隶、山东灾民。壬午，四川马边厅夷匪滋事，官军剿平之。癸未，捻首张洛行由归德南窜，命提督武隆额剿之。乙酉，命官文为钦差大臣，督办湖北军务。浙军克复安徽休宁、石埭。戊子，调邓绍良为固原提督。
冬十月丁酉，和春、福济奏克复庐州府城。得旨嘉奖，赐和春黄马褂，福济太子少保，免合肥三年额赋。辛丑，贵州苗匪陷都江。壬寅，官文奏克复德安。戊申，石达开回窜湖北，胡林翼堵剿之。壬子，永免河南摊徵河工加价银四十万两。
十一月甲子，胡林翼奏，罗泽南、李续宾迎击石达开、韦俊於羊楼峒，败之；请购洋炮击贼。敕叶名琛采购洋炮六百尊，由湖南水运湖北应用。辛未，廓尔喀夷人占踞后藏济咙。德兴卒，调麟魁为刑部尚书，以瑞麟为礼部尚书。戊子，官文奏攻克咸宁、金口，并报江西贼陷义宁，檄饬罗泽南回剿。得旨：“罗泽南正在攻剿，武汉吃紧，不可回剿。”诏令曾国藩等遣周汝筠前赴崇、通，为罗泽南后路援应。和春等奏捻匪李兆受窜踞英山，道员何桂珍密谋会捕，不克，死之。
十二月辛卯，上诣大高殿祈雪。丙申，江西贼陷临江、瑞州，敕曾国藩拨兵剿之。戊戌，留江苏漕米二十万石济江南军。癸卯，广西官军收复兴安。贵州贼徐廷杰陷镇筸，分陷思南。乙巳，命文庆、叶名琛为大学士，桂良、彭蕴章协办大学士，柏葰为户部尚书，奕湘为盛京将军，英隆为热河都统。丙午，以郑亲王端华为满洲都统，奕山为黑龙江将军。命西凌阿赴河南防剿。庚戌，捻匪张洛行回窜归德。癸丑，命英桂督剿豫、东、皖三省捻匪。景淳奏陈防夷情形，上嘉奖之。驻藏大臣赫特贺奏驰抵后藏筹御大略。得旨：“江孜、定日汛、马布加各地，均属中道要害，即宜扼守。噶布伦中择其为夷情信仰者，令协同办事，以辅兵力之不及。生擒夷人，暂留营中，令来往通信，以示羁縻。乐斌等所拟六条，下该大臣知之。”丁巳，祫祭太庙。
是岁，免直隶、山东、湖北、广西、贵州等省二府一百五十八州县，又广西三十八土州县灾赋，江苏盐场场课各有差。朝鲜、琉球入贡。
六年丙辰春正月己未朔，惇郡王奕誴复亲王。以奕山为御前大臣，贝勒载治御前行走。壬戌，杨以增卒，以庚长为江南河道总督。壬申，贼扰湖南晃州、麻阳，官军击走之，斩贼首何禄。乙亥，诏骆秉章檄知府刘长佑赴江西剿贼。戊寅，广东提督昆寿剿归善贼，平之。辛巳，提督秦定三攻克舒城。
二月壬辰，诏湖南苗弁剿匪出力，准其留营序补。戊戌，上御经筵。辛丑，顺天府尹蒋琦淳疏进克己、复礼二箴，上嘉纳之。丙午，英、美二国求改条约，下叶名琛知之。丁未，调吉林、黑龙江、察哈尔、绥远城兵赴山东、河南剿贼。己酉，酌增直省文员减成养廉。壬子，命福兴帮办江南军务。丙辰，廓尔喀请罢兵。丁巳，贵州官军攻克铜仁。
三月己未，瓜州贼出窜运河，托明阿追剿之。奕湘免，以庆祺为盛京将军。壬戌，湖南官军克复永明、江华。刘长佑军入江西，复萍乡。江西贼陷吉安。癸亥，上耕耤田。甲子，江南贼再陷扬州，夺托明阿、雷以諴职，授德兴阿钦差大臣，少詹事翁同书副之。乙丑，石达开陷瑞州，诏广东堵剿。丁卯，释赛尚阿、讷尔经额於戍所。乙亥，提督邓绍良力攻扬州，克之，命帮办德兴阿军务。贼窜江浦。丁丑，罗泽南力攻武昌，阵亡，赠巡抚，赐恤予谥。戊寅，贼陷江西建昌。命浙江学政万青藜、布政使晏端书督办三衢防务。庚辰，穆宗生母懿嫔那拉氏晋封懿妃。曾国藩攻贼樟树失利，下部议处。癸未，恒春奏军务省分督抚，请许单衔奏事，从之。丙戌，张国樑军攻克浦口。
夏四月戊子，粤贼复陷仪徵，官军寻复之。甲午，贵州军复郎岱。丙申，云南楚雄汉、回构衅。己亥，江西军复进贤。辛丑，奉天金州地震。癸卯，安徽贼陷宁国。丙午，前协办大学士、致仕光禄寺卿汤金钊卒，赠尚书。辛亥，赐翁同龢等二百一十六人进士及第出身有差。丙辰，德兴阿奏官军攻贼三汊河，毁其巢。
五月辛酉，以穆克德讷为广州将军，都兴阿为江宁将军。壬戌，湖北通城官军失利，道员江忠济死之。江苏巡抚吉尔杭阿击贼镇江之黄泥州，不胜，死之，赠总督。以赵德辙署江苏巡抚。甲子，江南贼扑九华山营盘，陷之。河南军复光州。复西凌阿都统。袁甲三复三品卿。丁丑，贼陷溧水。
六月丙戌朔，金陵贼扑陷大营，官军退守丹阳，夺向荣、福兴职。戊子，以按察使徐宗幹帮办安徽防务。命怡良雇募火轮船入江剿贼。敕河南、广东拨兵，和春、傅振邦赴援江南。丁未，叶名琛奏英、美、法各国公使以定约十二年，请赴京重修条约。诏酌允变通，阻止来京。辛亥，永定河溢。江西贼陷饶州。
秋七月辛酉，广东援军连复江西上犹、雩都，解赣州城围。王懿德呈进美国国书，得旨：“更换条约，难以准行，仍令回广东商订。”丁卯，命总兵张国樑帮办向荣军务。壬申，江西官军连复南康、饶州。癸酉，钦差大臣向荣卒於军。丙子，甘肃撒拉回匪滋事，官军剿平之。命和春驰赴丹阳剿贼，郑魁士接办安徽军务。湖北援军克复江西新昌、上高。赫特贺奏廓尔喀与唐古忒和成，撤回戍兵。
八月戊子，黄宗汉罢，以吴振棫为四川总督，谭廷襄为陕西巡抚。癸巳，命舒兴阿严办回匪，举行乡团。癸卯，广西官军复上思州、贵县。丁未，贵州贼陷都匀、施秉，进陷古州。戊申，安徽官军攻克三河。己酉，江西会匪攻陷广昌、南丰、新昌、泸溪。