八月己卯朔，向荣以称病规避夺职，遣戍新疆，寻留军自效。以福兴为广西提督。癸未，初举经筵。甲申，诏湖广督抚：“湖南之洞庭湖、湖北之大江，均有捕鱼小船及经商大船数千百只，亟宜收集，免为贼用。其各船水手习於风涛，堪充水勇，其即留心招集。”己丑，罗绕典、骆秉章奏，贼匪陷安仁、攸县，进图省城。敕赛尚阿速解省围。庚寅，命廷臣会筹军储。调常大淳为山西巡抚，以罗绕典为湖北巡抚，张芾署江西巡抚。甲辰，命暂免四川、江西商贩运往湖北米税。调福建、浙江兵一千名赴江西防堵。
九月己酉，诏赛尚阿视师无功，贻误封疆，褫职逮问，籍其家。辛亥，以载铨为步军统领，以讷尔经额为大学士，禧恩协办大学士。甲寅，获西宁番贼阿里克公住，斩之。命骆秉章暂留湖南会办。戊午，上谒东陵。恤湖南阵亡总兵福诚等世职。己未，常大淳奏贼将北窜，防御兵单。命徐广缙拨兵赴岳州助防。丁卯，上还京。
冬十月辛巳，上临赠大学士杜受田第赐奠，加其父杜堮礼部尚书衔。甲申，黄宗汉奏请浙江新漕改由海运，从之。壬辰，季芝昌免，以吴文镕为闽浙总督。
十一月丁未朔，日有食之。丁巳，贼陷岳州。戊午，起琦善署河南巡抚。辛酉，诏徐广缙分兵防守武昌、汉阳、荆州，陆建瀛、蒋文庆各就地势扼要严防。癸亥，以贼近湖北，敕琦善严防河南边境，诏张芾严防沿江要隘。甲子，以文庆为户部尚书。癸酉，贼陷汉阳，命陆建瀛驰赴上游防堵。乙亥，复向荣提督衔。诏在籍侍郎曾国藩督办团练。调福珠洪阿为江南提督。
十二月丁丑，敕各省绅士在籍办理团练。命四品京堂胜保从军河南。癸巳，贼陷武昌，巡抚常大淳死之。上切责督军大臣不筹全局，拥兵自卫，逮徐广缙治罪。以向荣为钦差大臣，督办军务，张亮基署湖广总督。以叶名琛为两广总督，柏贵为广东巡抚。癸卯，向荣奏贼连陷武、汉，搭有浮桥，必须多备炮船，将桥焚毁，方可进剿。得旨：“刑部郎中卢应翔所带炮船，曾在长沙击贼，即迅赴军前。”甲辰，吉林、黑龙江徵兵到京。得旨：“每起间二日起行，带兵官严守纪律，不得多索车辆，骚扰驿站。”祫祭太庙。
是岁，免直隶四十二州县、山西一府灾赋，浙江四十八州县缓徵银米各有差。朝鲜、暹罗入贡。
三年癸丑春正月丁未，调青州副都统常青兵移防豫、楚。戊申，张亮基奏，贼目萧朝贵实在长沙城外轰毙，起获尸身，验明枭剉。己酉，蒋文庆奏城薄兵单，移调东西梁山兵勇来城防御。癸丑，向荣奏，武昌踞贼抬炮上船，意欲逃窜。陆应穀奏，侦得贼匪开年有东窜安庆、江宁之信。敕向荣多方侦备，迎击兜剿。甲寅，敕步军统领、前锋统领整备军实，盘诘奸宄。甲子，贼陷九江，陆建瀛退守江宁。赛尚阿论斩，革其子崇绮等官职。丁卯，命工部左侍郎吕贤基回安徽办防，加周天爵侍郎衔，会办防务。壬申，陆建瀛褫职逮问，以祥厚为钦差大臣。癸酉，以山西、陕西、四川三省绅民捐输军饟，加乡试中额、生员学额。甲戌，贼陷安庆，蒋文庆死之，命周天爵署安徽巡抚。予江西阵亡总兵恩长世职。
二月丙子朔，诏：“京师八旗营兵十五万之多，该管大臣勤加训练。”赠恤湖北殉难学政冯培元加侍郎，谥文介，布政使梁星源谥敏肃，按察使瑞元谥端节，及知府以下官各予世职、建专祠，提督双福、总兵官王锦绣附常大淳祠。丁丑，释奠先师孔子。遣少卿雷以諴、侍讲学士晋康往南河，少詹事王履谦赴东河，会办防务。癸未，上临雍讲学，加衍圣公孔繁灏太子太保。丁亥，敕文臣三品以上养廉以四成、武臣二品以上以二成充军饟。户部请办商捐、户输，上不许。壬辰，贼陷江宁，将军祥厚、提督福珠洪阿等死之。以怡良为两江总督，命慧成驰赴江南防剿。调托明阿为江宁将军，文斌为绥远城将军，瑞昌为杭州将军，邓绍良为江南提督。丙申，命琦善会防淮扬。敕湖北行盐暂用川盐二千引。敕李僡查拿山东兖、沂、曹三府捻匪。命内阁学士胜保帮办江北防务。
三月乙巳，贼陷镇江、扬州。丙午，孝和睿皇后升祔太庙。辛亥，上耕耤田。壬子，命湖北按察使江忠源帮办江南军务。丙辰，敕侍郎奕经统密云兵赴山东会防。丁巳，敕各省团练格杀土匪勿论。以骆秉章复为湖南巡抚。敕江宁布政使陈启迈在徐州设立粮台。庚申，向荣击贼於江宁，败之。以施得高为福建水师提督。壬戌，以庐州为安徽省会。周天爵剿贼妥速，琦善进攻连获胜仗，均嘉赉之。敕直隶、奉天备防海口。丙寅，向荣奏迭胜城贼，进据锺山。上优奖之。命奕经、托明阿赴清江防剿。命瑞昌统盛京兵赴淮、徐会防，恩华统吉林兵驻防直隶。辛未，敕广东招募红单船，遴将带赴江南剿贼。以福济为漕运总督。
夏四月庚辰，日见黑晕。己丑，贼陷浦口、滁州。甲午，命琦善统制江北诸军。逮治杨文定。库伦喀尔喀蒙古哲布尊丹巴喇嘛进马三千匹，及西林盟长进马，均温谕止之。己亥，赐孙如仅等二百二十二人进士及第出身有差。癸卯，贼陷凤阳。安徽捻匪窜扰蒙城。
五月戊申，始制银钞。壬子，王懿德奏海澄会匪陷同安、安谿、厦门，严饬之。周天爵奏收复凤阳。癸丑，李嘉端奏金陵贼船上窜。得旨，此与向荣疏报不同，令确切查探。骆秉章奏，江西上犹县匪首刘洪义聚众在桂东滋扰，毗连广东、湖南。得旨，三省会剿。丙辰，陆应穀奏亳州失守，贼扑汴梁。敕江忠源驰赴河南剿贼。王懿德奏漳州镇、道被贼戕害，永安、沙县先后失守。丁巳，命胜保统兵驰赴河南。戊午，释赛尚阿、徐广缙於狱，从军自效，杨殿邦、但明伦均留清江浦办防。周天爵奏凤阳逸匪窜扰而西，即日赴援。得旨：“周天爵素称勇敢，所保臧纡青练勇可当一面，独不能与贼决一死战耶？”陆应穀、恩华奏窜贼由曹河抢渡，犯及山东。得旨，调陕西兵应援，仍令固守潼关门户。贼陷归德。己未，贼复陷安庆。诏江忠源防守九江。徵蒙古兵及其所进马五千匹集於热河。壬戌，诏以贼匪北窜，劝谕北地绅民练团自卫，如能杀贼出力，并与论功。命僧格林沁、花纱纳、达洪阿、穆荫督办京城巡防。癸亥，以许乃普为刑部尚书，翁心存为工部尚书。甲子，以河南兵民固守省城，优诏嘉勉。丁卯，命讷尔经额防守河北。桂良赴保定办理防守。己巳，开封解严，贼南窜中牟、朱仙镇，敕托明阿等追之。辛未，始铸当十大钱。
六月乙亥，福建绅商克复漳州，优诏嘉之，查明给奖。戊寅，河南贼犯汜水，分股渡河陷温县。托明阿击之，复汜水。己卯，金陵贼船上陷南康，进围南昌。辛巳，温县绅勇败贼，复其城，复会官军败贼於武陟。命纳尔经额为钦差大臣，督办河南、河北军务，恩华、托明阿副之。黄河再决丰北。甲申，云南东川回匪作乱。福建台湾土匪作乱。戊子，美国使人求入觐，诏止之。河南贼围怀庆。官军解许州围，贼走罗山。福建官军收复永安、沙县。托明阿等败贼於怀庆。乙未，镇江官军失利，夺提督邓绍良职，以和春署江南提督。戊戌，优恤扬州攻城伤亡总兵双来世职银两。广西全州土匪作乱。
秋七月甲辰朔，广西土匪陷兴安、灵川，分扑桂林，官军败之，复灵川、兴安。丙午，敕慧成回清江浦防剿。丁未，命胜保帮办河南军务。丙辰，敕东南河臣收撤渡船，防贼偷渡。恤江西阵亡总兵马济美世职。丁巳，诏江西、湖广新漕折价解京。辛酉，贼窜湖北、安徽。敕怡良於上海设关收税。癸亥，恤提督福珠洪阿世职。甲子，诏绅士办团御贼捐躯者，一体恩恤。乙丑，福建官军复尤谿。
八月丙子，官军解怀庆围，贼窜山西。戊寅，调吴文镕为湖广总督，裕瑞为四川总督，乐斌为成都将军。庚辰，贼陷垣曲。癸未，李僡卒，以张亮基为山东巡抚，骆秉章授湖南巡抚。甲申，江西贼陷饶州郡城，吉安土匪遥应之。丙戌，贼陷绛县、曲沃，进围平阳。哈芬免，以恒春为山西巡抚。庚寅，贼陷平阳，胜保兵至，败之，复平阳。贼由洪洞东窜。癸巳，命胜保为钦差大臣，赐神雀刀，恩华、托明阿副之。丁酉，托明阿败贼於陈留。
九月癸卯朔，再败之潞城、黎城，贼窜直隶，入临洺关。夺讷尔经额职逮问，以桂良为直隶总督。丙午，贼陷柏乡。江西南昌围解，贼复窜踞安庆。丁未，调魁麟为礼部尚书，花沙纳为工部尚书，以胜保为汉军都统。江苏土匪陷青浦、宝山，官军复之。戊申，命截留漕粮备山东灾赈。以军务方急，缓修丰北河工。辛亥，命惠亲王为奉命大将军，赐锐捷刀，科尔沁郡王僧格林沁为参赞大臣，赐讷库尼素刀，恭亲王奕、定郡王载铨、内大臣壁昌会办巡防。乙卯，贼由赵卅、城陷深卅。命於河间、涿卅、通州设防。辛酉，李嘉端罢，以江忠源为安徽巡抚。甲子，僧格林沁复深州。丙寅，陆应穀罢，以英桂为河南巡抚。己巳，周天爵卒於军。辛未，贼陷献县、交河、沧州，进扑天津，知县谢子澄督带练勇迎击，死之，所部败贼三十里。特赠谢子澄布政使，并建祠，优奖练勇。警闻，京师戒严，僧格林沁驻军於武清。
冬十月甲戌，命曾国藩督带练勇赴湖北剿贼。丙子，贼陷黄州，汉黄德道徐丰玉死之，连陷汉阳，进围武昌。丁丑，贼踞独流镇，胜保督军至，连击败之。戊寅，命恭亲王奕在军机处行走，解麟魁军机大臣，以瑞麟、穆荫为军机大臣。乙卯，加给事中袁甲三三品卿衔，剿办安徽捻匪。壬辰，武昌解严，江忠源赴皖。命署臬司唐树义江面剿贼。癸巳，贼陷桐城。戊戌，豫征山西、陕西、四川三省粮赋，寻止之。
十一月壬寅朔，以王庆云为陕西巡抚。丙午，福建官军克复厦门。安徽贼陷舒城，办团大臣侍郎吕贤基死之。庚戌，贼陷仪徵。癸丑，命侍郎曾国藩督带水师剿贼安徽。丁卯，胜保剿贼独流，不利，阵殁副都统佟鉴，赠将军赐恤。
十二月甲戌，扬州贼溃围出，官军复其城，琦善、慧成等均褫职从军。乙亥，诏以黄州贼〈舟宗〉麕集，饬吴文镕出省剿贼。戊子，琦善复仪徵。己丑，贼陷庐州，江忠源死之。以福济为安徽巡抚，邵灿为漕运总督。丙申，以侍郎杜翰为军机大臣。翁心存罢，以赵光为工部尚书。己亥，祫祭太庙。