中军都督府
○在京
留守中卫(调北京) 神策卫(调北京) 广洋卫 应天卫(调北京) 和阳卫(调北京) 牧马千户所(调北京)
在外
△直隶
扬州卫 和州卫(后改为宁夏中屯卫，革) 高邮卫 淮安卫 镇海卫 滁州卫 太仓卫 泗州卫 寿州卫 邳州卫 大河卫 沂州卫 金山卫 新安卫苏州卫 仪真卫 徐州卫 安庆卫 宿州千户所
中都留守司
凤阳右卫 凤阳中卫 皇陵卫 凤阳卫 留守左卫 留守中卫 长淮卫 怀远卫 洪塘千户所
河南都司
归德卫(后属中府) 陈州卫 弘农卫 汝宁卫(后改千户所，属中府)潼关卫(后属中府) 河南卫 睢阳卫 宣武卫 信阳卫 彰德卫 武平卫(后属中府) 南阳卫 宁国卫(后为涿鹿卫，后属后府) 怀庆卫 宁山卫(后属后府) 颍州卫 安吉卫(后为通州卫亲军) 颍上千户所 河南左护卫 河南中护卫 河南右护卫(三护卫后并彭城卫)
◎前军都督府
○在京
天策卫(后分为保安卫及保安右卫) 龙骧卫(调北京) 豹韬卫(调北京)龙江卫(后改为龙江左卫) 飞熊卫(调北京)
在外
△直隶
九江卫
湖广都司
武昌卫 武昌左卫 黄州卫 永州卫 岳州卫 蕲州卫 施州卫 长沙护卫(革) 辰州卫 安陆卫(后属行都司，改承天卫) 襄阳卫 襄阳护卫(后俱属行都司) 常德卫 沅州卫 宝庆卫 沔阳卫(后属兴都留守司) 长沙卫茶陵卫 衡州卫 瞿塘卫(后属行都司) 镇远卫 平溪卫 清浪卫 偏桥卫五开卫 九溪卫 荆州左护卫(后为荆州左卫，属行都司，改显陵卫 )荆州中护卫(革)靖州卫 永定卫 郴州千户所 夷陵千户所(后属行都司) 桂阳千户所 德安千户所(后改属兴都留守司) 忠州千户所(后属行都司) 安福千户所 道州千户所(革) 大庸千户所 西平千户所(革) 麻寮千户所 枝江千户所(后属行都司) 武冈千户所 崇山千户所(革) 长宁千户所(后属行都司) 武昌左、右、中三护卫(左改东昌卫，右改徐州左卫，中改武昌护卫。)