辽东都司
定辽左卫 定辽右卫 定辽中卫 定辽前卫 定辽后卫 铁岭卫 东宁卫沈阳中卫 海州卫 盖州卫 金州卫 复州卫 义州卫 辽海卫 三万卫 广宁左屯卫 广宁右屯卫 广宁前屯卫 广宁后屯卫 广宁中护卫(后改为屯卫)
山东都司
青州左护卫(后为天津右卫) 青州护卫(革) 兖州护卫(革) 兖州左护卫(后为临清卫) 登州卫 青州左卫 莱州卫 宁海卫 济南卫 平山卫德州卫(后改属后府) 乐安千户所(后改名武定，属后府) 胶州千户所 诸城千户所 滕县千户所
◎右军都督府
○在京
虎贲右卫(调北京) 留守右卫(调北京) 水军右卫 武德卫(调北京)广武卫
在外
△云南都司
云南左卫 云南右卫 云南前卫 大理卫 楚雄卫 临安卫 景东卫 曲靖卫 金齿卫 洱海卫 蒙化卫 马隆卫(改云南右护卫，革) 平夷卫 越州卫 六凉卫 鹤庆千户所(革)
贵州都司
贵州卫 永宁卫 普定卫 平越卫 乌撒卫 普安卫 层台卫(革) 赤水卫 威清卫 兴隆卫 新添卫 清平卫 平坝卫 安庄卫 龙里卫 安南卫 都匀卫 毕节卫 黄平千户所
四川都司
成都左护卫 成都右护卫(后为龙虎左卫，隶南京左府) 成都中护卫(后为豹韬左卫，隶南京前府) 成都左卫(革) 成都右卫 成都前卫 成都后卫成都中卫 宁川卫 茂州卫 建昌卫(后属行都司) 重庆卫 叙南卫 苏州卫(后为宁番卫，属行都司，革) 泸州卫 松潘军民指挥使司 岩州卫(革)青川千户所 威州千户所 大渡河千户所
陕西都司
西安左护卫(后为神武右卫) 西安右护卫 西安中护卫(后为神武前卫)西安左卫 西安右卫(改西安中护卫) 西安前卫 西安后卫 华山卫(改西安左护卫，又改神武右卫) 泰山卫(改西安右护卫) 延安卫 绥德卫 平凉卫 庆阳卫 宁夏卫 临洮卫 巩昌卫 西宁卫(后属行都司) 汉中卫 凉州卫(后属行都司)庄浪卫(后属行都司) 兰州卫 秦州卫 岷州军民指挥使司洮州卫 河州军民指挥使司 甘肃卫(后为甘州后卫) 山丹卫(后属行都司)永昌卫(后属行都司) 凤翔千户所 金州千户所 宁夏中护卫 西河中护卫(后改云南中护卫，革)
广西都司
桂林左卫(后为广西护卫) 桂林右卫 桂林中卫 南宁卫 柳州卫 驯象卫 梧州千户所