至魏时，赐其王壹多离守魏侍中，号大都尉。晋以交河城为高昌郡。（盖因其地高敞、人庶昌盛立名。或云昔汉武帝遣兵西讨，师旅顿弊者因住焉，有汉时高昌垒故也。）张轨、吕光、沮渠蒙逊在河西，皆置太守以统之。
后魏太武时，其前部王为沮渠无讳所攻，遣使上表云：“不能自全，遂舍国东奔，三分免一，在焉耆东界，幸垂赈救。”魏使抚慰，开焉耆仓给之。文成帝末，其地又为蠕蠕所并，立阚伯周为王。（高昌称王自此始。阚，苦滥反。）孝文太和五年，高车王阿伏至罗杀阚王，以敦煌人张孟明为高昌王。太和二年，孟明为国人所杀，立马儒为王，以巩顾礼、麹嘉为左右长史。儒又通使后魏，请内属。人皆恋土，不愿东迁，相与杀儒，立嘉为王。麹嘉字灵凤，金城郡榆中人。（今郡地。）既立为王，会焉耆为嚈哒所破，众不能自立，请主於嘉。嘉遣其第二子为焉耆王，由是始大，益为国人所服。
其都城周回千八百四十步，於坐室画鲁哀公问政於孔子之像。国内有城十八，置四十六镇。官有令尹，有交河公，田地公，皆其王子也。馀官多同中国。大事决之於王，小事则太子及二公随状断。平章录纪，事讫即除，籍书之外，无久掌文案。官人虽有列位，并无曹府，唯每朝集於衙门，评议众事。诸城各有户曹、水曹、田曹。每城遣司马、侍郎相监检校，名为城令。服饰，丈夫从胡法，妇人略同华夏。兵器有弓、箭、刀、楯、甲、槊。文字亦同华夏，兼用胡书。有毛诗、论语、孝经、历代子史，集学官弟子，以相教授。虽习读之，而皆为胡语。赋税则计田输银，无者输麻布。其刑法、风俗、婚姻、丧葬与华夏大同。其人面貌类高丽，辫发施之於背，女子头发辫而垂。其地高燥，多石碛，气候温暖，与益州相似。穀麦再熟，宜蚕，多五果。有草名为羊刺，其上生蜜，而味甚佳。赤盐如朱，白盐如玉。多蒲萄酒。俗事天神，兼信佛法。国中羊马牧於隐僻，以避外寇，非贵人不知其所。又有草实如茧，中丝如细纑，名为白叠子，国人取织以为布，交市用焉。其国北有赤石山，山北七十里有贪汗山，夏有积雪。此山之北，铁勒界也。从武威西北有捷路，度沙碛一千馀里，四面茫然，无有蹊径。欲往者，不可准记，唯以人畜骸骨及驼粪为验。路中或闻歌哭之声，行人寻之，多致亡失，盖魑魅魍魉也。故商旅往来，多取伊吾路。
孝明帝正光中，嘉遣使求借五经、诸史，并请国子助教刘燮以为博士。
隋文帝开皇中，突厥破其四城，有二千人来归中国。嘉孙伯雅立，其大母本突厥可汗女，其父死，突厥令依其俗，伯雅不从者久之。突厥逼之，不得已而从。炀帝大业五年，伯雅来朝，因从击高丽。还，尚宗女华容公主。八年，归蕃。
至大唐武德中，遣使献狗，雌雄各一，高六寸，长尺馀，性甚惠，能牵马衔烛，云本生拂菻国。其后不供职贡。贞观四年，其王文泰来朝。（伯雅子。）后与西突厥连结，诸国朝贡者，皆路出高昌，文泰稍拥绝之。至十三年，太宗谓其使曰：“高昌数年来朝贡脱略。我使人至彼，文泰云：'鹰飞於天，雉窜於蒿，猫游於堂，鼠安於穴，各得其所，岂不快耶！'明年当发兵，以击汝国。”十四年八月，交河道行军大总管侯君集平高昌国，下其郡三、县五、城三十二，户八千四十六，口万七千七百三十，马四千三百疋。太宗以其地为西州，以交河城为交河县，始昌城为天山县，田地城为柳中县，东镇城为蒲昌县，高昌城为高昌县。初，西突厥遣其叶护屯兵於可汗浮图城，与高昌为影响，至是惧而来降，以其地为庭州，并置蒲类县，每岁调内地更发千人镇遏焉。
黄门侍郎褚遂良上疏曰：“臣闻古者哲后，必先华夏而后戎狄，务广德化，不事遐荒。是以周宣薄伐，至境而止；始皇远塞，中国分离。汉武负文景之聚财，玩士马之馀力，始通西域，将三十年。复得天马於宛城，采蒲萄於安息。而海内空竭，生人物故，所以租至六畜，算至舟车，因之年凶，盗贼并起。搜粟都尉桑弘羊复希主意，请遣士卒远田轮台，筑城以威西域。武帝翻然追悔，弃轮台之野，下哀痛之诏，人神感悦，海内乂康。向使不然，生灵尽矣。是以光武中兴，不逾葱岭；孝章即位，都护来归。今诛灭高昌，威加西域，收其鲸鲵，以为州县。然则王师初发之岁，河西供役之年，飞刍輓粟，十室九空，数郡萧然，五年不复。陛下岁遣千馀人远事屯戍，终年离别，万里思归。去者资装，自须营办，既卖菽粟，倾其机杼。经途死亡，复在言外。兼遣罪人，增其防遏。彼罪人者，生於贩肆，终朝惰业，犯禁违公，必能扰於边城，无益於行阵。所遣之内，复有逃亡，官司捕捉，为国生事。设令张掖尘飞，酒泉烽举，岂能得高昌一人斗粟而及事乎？终须起发陇右诸州，星驰电击。由斯而言，此河西者方己腹心，彼高昌者他人手足，岂得麋费中华，以事无用。书曰'不作无益害有益'，此之谓也。陛下平颉利以沙塞，灭吐浑於西海，突厥馀众，为立可汗，吐浑遗萌，更树君长。复立高昌，非无前例，此所谓有罪而诛之，既伏而立之。四海百蛮，谁不闻见，蠕动怀生，畏威慕德。宜择高昌可立者而立之，徵给首领，兼还本国，负戴汉恩，长为藩翰。中国不扰，既富且宁，传之子孙，以贻永代矣。”不从。
龟兹
龟兹，（一曰丘兹，又曰屈茨。）汉时通焉。王理延城，（今名伊逻卢城。）都白山之南二百里，（隋西域图记云：“白山一名阿羯山，常有火及烟，即是出硇砂之处。”）东去长安七千五百里。户七千。南与精绝、东南与且末、西南与杅弥、北与乌孙、西与姑墨接。能铸冶。俗有城郭。东至都护理所乌垒城四百里。乌垒户百十。与都护同理。其南三百里至渠犁。渠犁，城都尉一人，户百三十。东北与尉犁、东南与且末、南与精绝接。昭帝田轮台，与渠犁地皆相连也。宣帝时，乌孙公主遣女。东有大河东流，号计戍水，据汉书则黄河也。（其真黄河也，见雍州西平郡篇。）
大唐贞观二十三年，将军阿史那社尔伐龟兹，虏其王而归，立嗣子素稽为王。今安西都府所理，则龟兹城也。今王则震之后也。今并有汉时姑墨、温宿、尉头三国之地。