六年，擢左都御史。捻匪渡河入山西境，巡抚赵长龄、按察使陈湜疏防被劾，诏敦谨往按，长龄、湜并坐罢，即命敦谨署山西巡抚。七年，出省治防，移军驻泽州栏车镇，为各路策应。授工部尚书，仍留署巡抚。回匪入河套，近边震动。敦谨移驻宁武督防，别遣兵守榆林、保德下游各隘。增募炮勇，补葺河曲边墙。回匪窥包头镇，沿河堵御，会绥远城将军定安遣队迎剿，总兵张曜自河曲截击，破走之。八年，调兵部尚书，回京。
九年，调刑部。两江总督马新贻被刺，获凶犯张汶祥，江宁将军魁玉、漕运总督张之万会谳，言汶祥为洪秀全馀党，其戕新贻，别无主谋者。命敦谨往会鞫，仍以初谳上，论极刑。十年春，敦谨还京，至清江浦，上疏以病乞罢。光绪十一年，卒，谥恪慎。
庞锺璐，字宝生，江苏常熟人。道光二十七年一甲三名进士，授编修。咸丰二年，大考一等，擢庶子，迁侍讲学士，署祭酒。明年，授光禄寺卿。八年，擢内阁学士，署工部侍郎，以父忧归。十年，江南大营溃，苏、常沦陷，督团勇防御。上命锺璐陈奏军事，锺璐疏言：“常、昭三面皆贼，惟恃民团抵御。器械不精，纪律不明，若大兵不速至，恐裹胁愈多，愈难措手。请饬督臣曾国藩迅由祁门统师南下，常、昭库款无存，惟赖捐输充饷，军需浩穰，捐户搜括无遗。并请饬督臣於就近完善之区，筹赀接济。”又奏：“江北惟通州最完善，与常、昭有唇齿之依。在籍布政使徐宗幹廉能素著，请饬令督办通、泰一路捐输，并会筹常、昭防剿。”从之。
寻命督办江南团练。贼由江阴东窜，偪常熟，锺璐率团勇数战，亡其精锐，奏请江北诸军速援。上以水陆各军势难兼顾，温诏慰勉。八月，贼陷常熟，锺璐奏自劾，并请饬荆州将军都兴阿统楚师兼程进驻通州防北窜，上责令规复。锺璐自崇明赴上海，设局劝捐，集团守御。荐上海知县刘郇膏循声卓著，为江南州县之冠，报闻。又以军需饷急，奏请令失守地方官罚钅爰免治罪，谕有“捐输巨款、募勇杀贼、随官兵克复城池者，得据实声明请旨”。寻奏言：“贼所胁之众数百万人，何一非皇上赤子？若非设法解散，穷无所归，必铤而走险。请明降谕旨，予以自新，释兵归降者勿杀，薙发投顺者勿杀。又陷贼州县，多设立伪官，迫索钱米，以减轻田赋，摇动人心。历来被兵州县，钱粮均奉恩旨蠲免。此次苏省被贼，户口散亡，收复之后，无从徵收，不如施恩於未复之先，使愚民不为所惑。”诏如所请。
十一年春，贼自平湖、乍浦窥金山，锺璐督团勇进击，斩馘甚众。新埭贼扰大泖港，枫泾贼窥角钩湾，复会官兵破之。是年冬，以苏、常沦陷，吴民待援，有逾饥渴，复疏请敕曾国藩分兵急取苏、常。与江苏诸士绅贻书国藩，言：“上海饷源重地，请以奇兵万人，一勇将统之，倍道而来，可当十万之用。”国藩乃遣李鸿章率师浮江而东。俄、法两国请助兵讨寇，锺璐奏言：“中国平内乱，原无待藉手外人，而值贼势蔓延，兵力单薄，不能不为从权之计。惟外人助攻，为通商而起，必先自有把握，方裨大局。”谕江苏巡抚薛焕妥筹酌行。
寻裁各省团练大臣，召还京，再授内阁学士。同治元年，迁礼部侍郎，迭署工、吏诸部，督顺天学政。四年，呈所纂文庙祀典考。六年夏，畿辅亢旱，疏陈荒政十事，下部议行。命偕大学士贾桢等督五城团防，历户、兵、吏诸部。九年，擢左都御史，署工部尚书。十年，授刑部尚书。丁母忧，归。光绪二年，卒，谥文恪。
子鸿文，光绪二年进士；鸿书，光绪六年进士：同官翰林院编修。鸿文至通政司副使，鸿书至贵州巡抚。
论曰：同治初政，沈兆霖、曹毓瑛入赞枢府，兆霖暂领陕督，督师定西宁，以死勤事；毓瑛慎密练达，克副简拔。许乃普等皆以清谨负时望，郑敦谨尤易攵历有名绩。江宁之狱，论者多谓未尽得其情，敦谨未覆命，遽解官以去，其亦有所未慊於衷欤？