寻命伊犁将军金顺、参赞大臣升泰接收伊犁。八年二月，接收讫。金顺进驻绥定城。升泰会同俄官勘分地界，并以哈密帮办大臣长顺会办西北界务，巴里坤领队大臣沙克都林紥布会办西南界务。四月，俄人带兵潜入科布多所属哈巴河，清安等以闻。因言图内奎峒山、黑伊尔特什河、萨乌尔岭等处形势，与积年新旧图说不符。朝旨命就原图应勘之处，力与指辩，酌定新界。
十一月，分界大臣长顺等与俄官佛哩德勘分伊犁中段边界。先是距那林东北百馀里之格登山有高宗平准噶尔铭勋碑，同治三年已画归俄，至是争回，立界约三条。
九年，督办新疆军务大臣刘锦棠以新疆南界乌什之贡古鲁克地为南北要津，请按约索还。先是，旧约所载伊犁南界，系指贡古鲁克山顶而言。上年沙克都林紥布与俄使勘分南界，由贡古鲁克等处卡伦绕贡古鲁克山麓至别叠里达坂设立界牌，侵占至毕底尔河源，故锦棠以为言。朝旨命长顺等据理辩论。既而沙克都林紥布又与俄官咩登斯格勘伊犁南界，俄人必欲以萨瓦巴齐为界，沙克都林紥布以为萨瓦巴齐在天山之阳，距天山中梁尚远，不许，乃以天山中梁为界。又立牌博於别叠里达坂，是为喀什噶尔界约。
七月，分界大臣升泰等与俄官巴布阔福等勘分科、塔界务。巴布阔福等欲照图中直线，以哈巴河为界。升泰等以哈巴河地居上游，为科境之门户，塔城之藩篱，若划分归俄，不惟原住之哈萨克、蒙、民等无地安插，即科属之乌梁海、塔属之土尔扈特等处游牧之所，亦俱受逼，界址既近，衅端必多，拒之。俄使乃允退离哈巴河迤西约八十馀里之毕里克河划分。升泰等以毕里克系小河，原图并未绘刊，若以此划界，则哈巴河上游仍为俄所占，复与力争。俄使乃允复退出五十里，议定在於阿拉喀别克河为界，计距哈巴河至直线共一百三十馀里，即原图黄线之旁所开之小河也。馀均照黄线所指方位划分。至两国所属之哈萨克，原归俄者归俄，原归中国者归中国。如有人归中国而产业在俄，或人居俄而产业在中国，均照伊犁办法，以此次议定新界换约日为始，限一年迁移。约定，又与俄官斐里德勘塔城西南未分之界。俄使意欲多分，升泰以此段界务，新约第七条内业经指明，系顺同治三年塔城界约所定旧界，即原约第二条内所指依额尔格图巴尔鲁克、莫多巴尔鲁克等处卡伦之路办理，是原有图线条约可循，非若他处尚须勘酌议分可比，不许。俄使乃以巴尔鲁克山界内住牧之哈萨克久已投俄，一经定界，不免迁移，请借让安插，许之。仍援旧约第十条所开塔属原住小水地方居民之例，限十年外迁，随立牌博。
九月，分界大臣额尔庆额等与俄官撇斐索富勘分科布多界。自阿拉克别克河口之喀拉素毕业格库玛小山梁起，至塔木塔克萨斯止，共立牌博四，又立牌博於阿克哈巴河源。先是喀什噶尔西边界务已经长顺与俄人划分，以依尔克池他木为界，而帮办军务广东陆路提督张曜以为有误，请饬覆查。长顺以勘界系依红线，依尔克池他木虽旧图不载，而新图正在红线界限，不容有误。寻总署以约内有现管为界一语，意曾纪泽定约时，必因新图不无缩入，又知左宗棠咨报克复喀城，有占得安集延遗地，边界展宽之说，故约内添此一语。既以现管为界，即可不拘红线，仍命长顺与争。俄人以喀拉多拜、帖列克达湾、屯木伦三处虽现为中国所管，然均在线外百数十里，执不允，仍依红线履勘，自喀克善山起，至乌斯别山止，共立牌博二十二，指山为界者七，遂定议。是为续勘喀什噶尔界约。是年，塔尔巴哈台参赞大臣锡纶与俄人会议俄商在塔贸易新圈地址。
十年三月，塔尔巴哈台参赞大臣锡纶与俄人会定哈萨克归附条约，凡在塔城境内混居之哈萨克提尔赛哷克部、拜吉格特部、赛波拉特部、托勒图勒部、满必特部、柯勒依部、图玛台部各大小鄂拓克，约五千馀户，除原迁回俄境外，其自原归中国者一千八百户，均由中国管辖，并订管辖条款。七月，法因越南与中国开衅，法人请俄国保护在华之旅人教士及一切利益，俄使允保护，牒中国。
十一年三月，总署以吉林东界牌博中多舛错，年久未修，请简大员会勘，据约立界。先是俄人侵占珲春边界，将图们江东岸沿江百馀里误为俄国辖地，并於黑顶子安设俄卡，招致朝鲜流民垦地。前督办宁古塔等处事宜吴大澂，请饬查令俄人交还。朝廷乃命吴大澂等为钦差大臣，与俄人订期会勘。大澂等以咸丰十年北京条约中俄东界顺黑龙江至乌苏里河及图们江口所立界牌，有俄国“阿”“巴”“瓦”“噶”“达”“耶”“热”“皆”“伊”“亦”“喀”“拉”“玛”“那”“倭”“怕”“啦”“萨”“土”“乌”十二字头，十一年成琦勘界图内尚有“伊”“亦”“喀”“拉”“玛”“那”“倭”“怕”“啦”“萨”“土”“乌”十二字头，何以官界记文内仅止“耶”“亦”“喀”“拉”“那”“倭”“怕”“土”八字头？图约不符。又界牌用木难经久，应请易石，及补立界牌。又以俄人所占黑顶子地，即在“土”字界牌以内，尤为重要。又以自珲春河源至图们江口五百馀里，处处与俄接壤，无一界牌。又成琦所立界牌八处，惟“土”字一牌之外，尚有“乌”字一牌。以交界记文而论，图们江左边距海不过二十里，立界牌一，上写俄国“土”字头，是“土”字一牌已在交界尽处，更无补立“乌”字界牌之地，二者必有一误。又补立界牌，无论“乌”字、“土”字，总以图们江左边距海二十里之地为断。十二年夏，吴大澂等赴俄境岩杵河，与俄勘界大员巴啦诺伏等商议界务。大澂等首议补立“土”字界牌，因咸丰十一年所立“土”字界牌之地，未照条约记文“江口相距二十里”之说。大澂等与之辩论，俄员以为海滩二十里，俄人谓之海河，除去海河二十里，方是江口。大澂等以为江口即海口，中国二十里即俄国十里，沙草峰原立“土”字界牌，既与条约记文不符，此时即应更正。巴啦诺伏仍以旧图红线为词。久之，始允於沙草峰南越岭而下至平冈尽处立“土”字牌，又於旧图内“拉”字、“那”字两牌之间，补立“玛”字界牌，条约内“怕”字、“土”字两牌之间，补立“啦”“萨”二字界牌，悉易以石。又於界牌相去甚远之处，多立封堆，或掘濠为记。至俄人所占黑顶子地，亦允交还。大澂等又以宁古塔境内“倭”字、“那”字二界牌，与记文条约不符，请更正，缘“倭”字界牌本在瑚布图河口，因当时河口水涨，木牌易於冲失，权设小孤山顶，离河较远。大澂等以为若以立牌之地即为交界之所，则小孤山以东至瑚布图河口一段又将割为俄地。乃与巴啦诺伏议定，将“倭”字石界牌改置瑚布图河口山坡高处，“那”字界牌原在横山会处，距瑚布图河口百馀里，仅存朽烂木牌二尺馀，因易以石，仍立横山会处，迤西即系小绥芬河源水向南流处，又於交界处增立铜柱。是为中俄珲春东界约。
是年，俄莫斯克瓦商人欲携货赴科布多、哈密、肃州、甘州、凉州、兰州等处贸易。中国以科布多、哈密、肃州皆系条约订明通商处所，自可前往；甘州、凉州、兰州系属内地，非条约所载，不许。十四年，俄人在乌梁海所属，掘金开地建房，阻之不听。十五年，俄人越界入黑龙江所属，以刈草为名，搭棚占地。总署以询北洋大臣李鸿章，鸿章请但许刈草，不许搭棚，切与要约，以示限制，从之。十六年，俄商请照约由科布多运货回国，许之。初，俄商由陆路运货回国，旧章祗有恰克图一路。光绪七年，改订新约，许由尼布楚、科布多两路往来运货。至是，许由科布多行走，其收缴执照诸办法，由科布多参赞大臣派员查验。是年，出使大臣洪钧以俄人在恰克图境穴地取金，请自设厂掘金，不果。俄人又勾结藏番私相餽赠。十七年，俄遣兵至海参崴开办铁路。是年，俄太子来华游历，命李鸿章往烟台款接。初俄欲中国简亲藩接待，未允，乃遣鸿章往，有加礼。
十八年，与俄人议接珲春、海兰泡陆路电线。先是中国陆路电线创自光绪六年，惟丹国大北公司海线，先於同治十年由香港、厦门迤逦至上海，一通新加坡、槟榔屿以达欧洲，名为南线；一通海参崴，由俄国亚洲旱线以达欧洲，名为北线。俄、丹早有连线之约。嗣丹复与英合办水线。逮各省自设陆线，并拆去英、丹在沪、粤已成之陆线。迨中国吉林、黑龙江线成，与俄之东海滨境内近接。大北公司等深虑中俄线接，分夺其利，屡起争议。至是，命鸿章与俄使喀希呢议约，酌拟沪、福、厦、港公司有水线处，不与争减，此外各口电价，亦不允水线公司争减，遂定议。是为中俄边界陆路电线相接条约。
是年，俄入帕米尔。帕米尔高原在中国回疆边外，旧为中国所属。自俄、英分争，而迤北、迤西稍稍归属於俄，迤南小部则附於英属之阿富汗，惟东路、中路久服中国，迄今未变。俄欲取帕米尔以通印度，英人防之，以划清阿富汗边界为辞，欲使中国收辖帕境中间之地，勘明界址；俄人亦欲会同中国勘界分疆，不使英与闻。至是，俄兵入帕，英领事璧利南以从前英、俄立约，喀什噶尔、阿富汗之间并无俄地，原出作证，又据所绘图，力辟俄图。俄人不顾，欲以郎库郎里湖为界，移军而南，将据色勒库尔。色勒库尔乃莎车境，益逼近新疆南境。陕甘总督杨昌濬请设防，许之。既因出使大臣洪钧所绘地图有误，李鸿章据薛福成所寄图，谓：“喀约既称乌斯别里南向系中国地界，自应认定‘南向’二字方合，若无端插入‘转东’二字，所谓谬以千里；况乌斯别里为葱岭支脉，如顺山梁为自然界，以变一直往南之说，不特两帕尽弃，喀什噶尔顿失屏蔽，叶尔羌、西藏等全撤藩篱，且恐后此藉口於交界本循山脊而行，语更宽混，尤难分划，此固万难允也。如彼以喀约语太宽混为辞，拟仿照北亚墨利加英、美用经纬度分界之法，以乌斯别里山口之经线为界，北自乌斯别里山口一直往南，至阿富汗界之萨雷库里湖为止，方与经线相合。如此，则大帕米尔可得大半，小帕米尔全境俱在线内，其简当精确，更胜於自然界，而与原议之约亦相符合。否则阿里楚尔山环三面，惟东一面与喀境毗连，界亦自然。何彼竟舍外之山梁，而专用内之山梁，以求多占地界耶？”议久不决。是年，俄茶在戈壁被焚，索偿，允由揽运俄茶之人分偿，俄使欲公家代偿，不允。
十九年四月，议收俄国借地。初，俄借塔尔巴哈台所属之巴尔鲁克山，给所属哈萨克游牧，限十年迁回。至是限满，伊犁将军长庚请遣员商办，俄人请再展十年，不许。久之，俄始允还地迁民，遂立交山文约，声明限满不迁，即照人随地归之约。又续立收山未尽事宜文约，以清釐两属哈萨克欠债及盗牲畜等事。
二十年，与俄复议帕界。俄初欲据郎库里、阿克塔什，出使大臣许景澄以此为中国地，力争不许。既而俄允於色勒库尔山岭之西，请中国指实何地相让，中国仍以自乌仔别里至萨雷库里湖为言，俄人不允。总署欲改循水为界，拟循阿克拜塔尔河，南逾阿克苏河，东南循河至阿克塔什平地，转向西南，循伊西提克河，直至萨雷库里湖，各将分界水名详叙，仍未决。是年俄嗣皇即位，遣布政使王之春为专使往贺。
明年春，与日本讲成，割台湾及辽河以南地，俄联法、德劝阻辽南割地，日本不允。俄忽调战舰赴烟台，日本允还辽，惟欲於二万万外加偿费。俄皇特命户部大臣威特见出使大臣许景澄，云欲为中国代借钜款，俾早日退兵。许景澄以闻。总署命与俄商办，遂订借法银四万万佛郎，以海关作保，年息四釐，分年偿还。是为中俄四釐借款合同。
九月，俄人分赴东三省勘路。初俄兴造悉毕尔铁路，欲在满洲地方借地接修。总署议自俄境入华境以后，由中国自造。十月，俄水师轮船请暂借山东胶澳过冬，许之。山东巡抚李秉衡上言：“烟台芝罘岛并非不可泊船，胶州向非通商口岸，应请饬俄使进泊后，退出须定期限。”报可。十二月，赏俄使喀希呢及法、德二使头等第三宝星。
二十二年四月，俄皇尼哥拉斯二世加冕，命李鸿章为专使，王之春为副使，赠俄皇头等第一宝星。九月，与俄订新约。时李鸿章尚未回国，俄使喀希呢特密约求总署奏请批准。约成，俄使贵族邬多穆斯契以报谢加冕使来北京，议立华俄银行，遂命许景澄与俄结华俄道胜银行契约，中国出股本银五百万两，与俄合办。别立中国东省铁路公司，又立条例九章，其第二章银行业务之第十项，规定对於中国之业务：一，领收中国内之诸税；二，经营地方及国库有关系之事业；三，铸造中国政府允许之货币；四，代还中国政府募集公债之利息；五，布设中国内之铁道电线，并订结东清铁道会社条约，以建造铁路与经理事宜悉委银行。
二十三年十一月，俄以德占胶州湾为口实，命西伯利亚舰队入旅顺口，要求租借旅顺、大连二港，且求筑造自哈尔滨至旅顺之铁道权。十二月，俄以兵入金州城徵收钱粮，阻之，不省。乡民聚众抗拒，俄人遂於貔口枪毙华民数十。奉天将军依克唐阿以闻，命出使大臣杨儒迅与俄人商办，议久不决。俄皇谓许景澄曰：“俄船借泊，一为胶事，二为度冬，三为助华防护他国占据。”景澄再与商，不应。二十四年二月，命许景澄专论旅、大俄船借泊及黄海铁路事，俄以德既占胶州，各国均有所索，俄未便不租旅、大。又铁路请中国许东省公司自鸭绿江至牛庄一带水口择宜通接，限三月初六日订约，过期俄即自行办理，词甚决绝。既而俄提督率兵登岸，张接管旅、大示，限中国官吏交金州城。中国再与交涉，俄始允兵屯城外。遂订约，将旅顺口及大连湾暨附近水面租与俄。已画押遣员分勘，将军伊克唐阿以“附近”二字太宽泛，电总署力争，谓金西、金东各岛，离岸一二十里、三四十里不等，谓之“附近”尚可，至索山以南庙儿七岛，近者三四十里，远者二百馀里，在山东登莱海面，非辽东所属，不得谓之“附近”。争之再三，俄请将庙群岛作为隙地，免他国占据。总署告以中国但可允认不让与他国享用并通商等利益，不能允作隙地，致损主权。俄人又请允许立字不设炮台、不驻兵。总署仍与力驳，不省。久之，始允照中国议，删去“作为隙地”及“不设炮台”等语；复於专条庙群岛下增缮“不归租界之内”字，而金州东海海阳、五蟒二岛仍租俄。
七月，出使大臣许景澄、杨儒与东省铁路公司续订合同。初，中、俄会订条约，原许东省铁路公司由某站起至大连湾，或酌量至辽东半岛营口、鸭绿江中间沿海较便地方，筑一枝路，未行。至是与议，许景澄与俄外部商明枝路末处在大连湾海口，不在辽东半岛沿海别处，列入专条订合同。俄人嗣以造路首重运料，拟照原合同所许各陆路转运之事，订定暂筑通海口枝路暨行船办法，并自行开采煤矿木植等事。许景澄等以原合同第一款，载明中国在铁路交界设关，照通商税则减三分之一，此系指陆路而言，今大连湾海口开作商埠，货物来往内地，竟援减徵税，恐牛庄、津海两关必致掣碍。至内地与租地交界，视中俄两国交界有别，设关处所亦须变通，拟改定专款。俄人尚欲并开各矿产，拒之，并议限制转运开采各事。又商加全路工竣年限，俾暂筑枝路届期照拆。凡七款：一，枝路名东省铁路南满洲枝路；二，造路需用料件，许公司用轮船及别船树公司旗，驶行辽河并枝河及营口并隙地各海口，运卸料件；三，公司为运载料件粮草便捷起见，许由南路暂筑枝路至营口及隙地海口，惟造路工竣，全路通行贸易后，应将枝路拆去，不得逾八年；四，许公司采伐在官树株，每株由总监工与地方官酌定缴费，惟盛京御用产物，暨关系风水，不得损动，并许公司所过开采煤矿，亦由总监工与地方官酌定，计斤纳税；五，俄可在租地内自酌税则，中国可在交界徵收货物从租界运入内地，或由内地运往租地之税，照海关进出口税则无增减，并允俄在大连湾设关，委公司代徵，别遣文官驻紥为税关委员；六，许公司自备行海商船，照各国通商例，如有亏折，与中国无涉，应照原合同十二条价买及归还期限办理；七，造路方向所过地方，应俟总监工勘定，由公司或北京代办人与铁路总办公司商定。复定铁路经过奉天，应绕避陵寝，俄允绕距三十里，遂画押。
二十五年，盛京将军文兴等遣知府福培、同知涂景涛与俄员倭高格伊林思齐等，勘分旅大租界。俄员拟先从租地北界西岸亚当湾起勘。福培等以中国舆图无亚当湾地名，应照总署电，亚当即普兰店之文为凭，当从普兰店西海湾之马虎岛起。俄员以续约明言西从亚当湾北起，无普兰店字，坚不允改。遂从北界西岸起，次第立碑，至大海滨，凡三十有一碑，北刻汉文，南镌俄国字母。复立小碑八，以数目为号。界线由西至东，长九十八里馀九十四弓。界既定，与俄员会议分界专条，又将所绘界图，用华、俄文註明，画押盖印，互换后，分呈俄使及总署批定完结。初由李鸿章、张荫桓与俄使巴布罗福订此约於北京，至是，命王文韶、许景澄加押。