同治元年，御史朱潮请开畿辅水利，并以田地之治否，定府县考绩之殿最。命直隶总督文煜等将所辖境内山泉河梁淀湖及可开渠引水地方详查，并妥议章程。寻覆疏言：“有可举行之处，或碍於地界，或限於力量，或当掘井制车，或须抽沟筑圩，均设法催劝，推行尽利。”三年，江苏士民殷自芳等以“山阳、盐城境内市河、十字河、小市河蜿蜒百里，东注马家荡，沿河民田数千顷，旱则资其灌溉，潦则资其宣泄。自乾隆六年大挑以后，迄今百馀年，河淤田废，水旱均易成灾。垦请挑濬筑墟，引运河水入市河，以苏民困”。命两江总督、江苏巡抚覈办。
五年，御史王书瑞言，浙江水利，海塘而外，又有氵娄港。乌程有三十九氵娄，长兴有三十四氵娄。自逆匪窜扰后，泥沙堆积，氵娄口淤阻，请设法开濬。又言苏、松诸郡与杭、嘉、湖异派同归，湖州处上游之最要，苏、松等郡处下游之最要。上游阻塞，则害在湖州，下游阻塞，则害在苏、松，并害及杭、嘉、湖。请饬江苏一并勘治。从之。六年，濬清河张福口引河。八年，安徽巡抚吴坤修言，永城与宿州接壤之南股河，久经淤塞，下接灵壁，低洼如釜，早成巨浸，水无出路，拟查勘筹办。从之。
九年，濬白茆河道，改建近海石闸。江苏绅民请濬复淮水故道，命两江总督、江苏巡抚、漕运总督会筹。覆疏言：“挽淮归故，必先大濬淤黄河，以畅其入海之路，继开清口，以导其入黄，继堵成子河、张福口、高良涧三河，以杜旁泄。应分别缓急兴工，期以数年有效。”下部议，从之。是年内阁侍读学士锺佩贤亦以疏濬海港为请。於是浙抚杨昌濬言：“氵娄港年久淤塞，查明最要次要各工，分别估修，拟趁冬隙时，先将寺桥等九港及诸、沈二氵娄赶办，其馀各工及碧浪湖工程，次第筹画，应与吴江长桥及太湖出水各口同时修濬。”得旨允行。
十年，修龙洞旧渠，并开新渠以引泾水。江苏巡抚张之万请设水利局，兴修三吴水利。於是重修元和、吴县、吴江、震泽桥窦各工。最大者为吴淞江下游至新闸百四十丈，别以机器船疏之。凡太仓七浦河，昭文徐六泾河，常熟福山港河、常州河，武进孟渎、超瓢港，江阴黄田港、河道塘闸、徒阳河、丹徒口支河，丹阳小城河，镇江京口河，均以次分年疏导，几及十年，始克竣事。先是侯家林决口，河督乔松年以为时较晚，请来年冬举办。至是，巡抚丁宝桢言，此处决口不堵，必致浸淹曹、兖、济十馀州县，若再向东南奔注，则清津、里下河一带更形吃重，请亲往督工堵筑。诏奖勉之。
十二年，以直隶河患频仍，命总督李鸿章仿雍正间成法，筹修畿辅水利。旋议定直隶诸河，皆以淀池为宣蓄。西淀数百里河道，为民生一大关键，先堵赵村决口，筑磁河、潴龙河南堤，以御外水，挑濬卢僧、中亭两河，分减大清河水势，以免倒灌。并疏通赵王河道，将苟各庄以上巨堤及下口鹰嘴坝各建闸座。是年秋，直隶运河堤决，内阁学士宋晋请择修各河渠，以工代赈，从之。十三年，挑濬天津陈家沟至塌河淀边减河三千七百馀丈，又自塌河淀循金钟河故道斜趋入蓟运河，开新河万四千一百馀丈，俾通省河流分溜由北塘归海。石庄户决口，夺溜南趋，命宝桢速筹堵筑。旋以决口骤难施工，请在迤下之贾庄建坝堵合，即於南北岸普筑长堤。而北岸濮州之上游为开州，并饬直督合力筹办。
光绪元年，濬文安胜芳河，修菏泽贾庄南岸长堤及北岸金堤。二年，濬张家桥新旧泗河。三年，濬济宁夏镇迤南十字河。给事中夏献馨请修水利以裕民食，谕各督抚酌夺情形，悉心区画。四年，修补滨江黄柏山至樊口四十里老堤，并於樊口内建石闸。五年，修都江堰堤，灌县、温江、崇庆旧淹田地涸复八万二千馀亩。
七年，挑濬大清河下游，使水畅入东淀，并於献县朱家口古羊河东岸另辟滹沱减河，使水归子牙河故道，达津入海。濬宝坻、武清境内北运减河。大学士左宗棠请兴办顺直水利，以陕甘应饷之军助直隶治河之役。总督李鸿章言：“近畿水利，受病过深，凡永定、大清、滹沱、北运、南运五大河，及附丽之六十馀支河，原有闸坝堤埝，无一不坏，减河引河，无一不塞，而节宣诸水之南泊、北泊、东淀、西淀，早被浊流填淤，仅恃天津三岔口一线海河，迤逦出口。平时既不能畅消，秋冬海潮顶托倒灌，节节皆病。修治之法，须先从此入手。五大河中，以永定之害为最深。其大清、北运、南运，须分别挑濬筑堤，修复减河。滹沱趋向无定，自来未设堤防。同治七年，由藁城北徙，以文安大洼为壑，其故道之难复，上游之难分，下游之难泄，曾国藩与臣详陈有案。东西淀宽广数百里，淤泥厚积，人力难施。频年以来，修复永定河金门闸坝，裁湾切滩，加筑隄段。大清河则於新、雄境内开卢僧减河，霸州、文安境内接开中亭、胜芳等河，分泄上游盛涨；於任丘开赵王减河，分泄西淀盛涨；又於文安左各庄至台头挑河身二十馀里，以畅下游去路。滹沱河则於河间及文安挖开引河二，又於献县朱家口另辟减河三十馀里，均归子牙河达津。北运河则於通州筑坝，挽潮白河归槽，於香河王家务、武清筐儿港修复石坝，以泄涨水，於天津霍家嘴疏濬引河，以通下口。又於武清、宝坻挑挖王家务、筐儿港两减河，以资畅泄。南运河则於青、沧、静海修堤二百馀里，於静海新官屯另辟减河六十馀里，使别途出海。又於天津城东永定、大清、滹沱、北运交会之陈家湾，开河百馀里，分泄四大河之水，迳达北塘入海。其无极、蠡、博、高阳一带，则坚筑珠龙河隄，以防滹沱北越。任丘至天津一带，则加筑千里堤、格淀堤，使河自河而淀自淀。又於广平开洺河，顺德挑澧河，赵州濬泲、槐、午诸河。此外河道受害较深者，均酌量疏筑。今宗棠请以随带各营移治上游，正可辅直隶之不逮。此后应修何处，当随时会商，实力襄助。”疏入，命恭亲王奕、醇亲王奕譞会同办理。是年加修子牙河堤万七千四百馀丈，文安西堤二千九百馀丈，展宽静海东堤二千四百馀丈。
九年，安徽学政徐郙言：“江、皖两省水患频仍，亟须挑泗、沂为导淮先路，仿抽沟法，循序疏治，由大通口引河入海，泄水较易。”命宗棠、昌濬会商筹办。寻疏覆言：“天下无有利无害之水，疏旧黄河，分减泗、沂，近年已著成效，自当加挑宽深，兼疏大通口以畅出海之途，设复淮局於清江，派员提调。估计分年分段兴办，去其太甚之害，留其本然之利。江北於皖省为下游，下游利，上游自无不利矣。”报闻。
十年，河南巡抚鹿传霖言：“豫省地势平衍，卫、淇、沁、潭襟带西北，淮、汝、涡、颍交汇东南，如果一律疏通，加以沟渠引灌，农田大可受益。今河道半皆壅滞，沟渠亦多荒废，拟借人力以补天灾，派员分赴各州县履勘筹画，或疏或濬，志在必成，使民间晓然於有利农田，自能踊跃用命。”诏如所请行。宗棠言：“兴修江南水利各工，最大者为朱家山、赤山湖。朱家山自浦口至张家堡，接通滁河，绵亘百二十馀里。赤山湖自道士坝、蟹子坝至三汊河下游，亦绵亘百二十里。两年工竣，不惟沿江圩田均受其利，而粮艘货船亦可由内河行，尤属农商两便。”下部知之。十一年七月，以张曜所部十营、冯南斌二营、蒋东才四营，濬京师内外护城河，十一月竣工。十三年，河决郑州，全溜注淮，因濬张福口引河，及兴化之大周闸河、丁溪场之古河口、小海三河，俾由新阳、射阳等河入海。十四年，凿广西江面险滩，由苍梧迄阳朔七百馀里，共开险滩三十五。
十六年，江苏巡抚刚毅以宝山蕴藻河道失修，迤西大坝壅遏水脉，请兴工挑筑。给事中金寿松言利少害多，命总督曾国荃妥筹。覆疏言，拟拆去同治间所筑土坝，以通嘉定、宝山之水道，仍规复咸丰间所建旧闸，以还嘉定之水利。另开引河以通河流，俾得随时宣泄。下部知之。挑濬馀杭南湖，并疏濬苕溪。华州罗纹河下游各村连年遭水，沿河数百顷良田尽成泽国。巡抚鹿传霖请由吴家桥北大荔之胡村，开渠引水注渭，则其流舒畅，被淹民田，即可涸复耕作，从之。
给事中洪良品以直隶频年水灾，请筹疏濬以兴水利。事下总督筹议。鸿章言：“原奏大致以开沟渠、营稻田为急，大都沿袭旧闻，信为确论，而於古今地势之异致，南北天时之异宜，尚未深考。夫以太行左转，西北万峰矗天，伏秋大雨，口外数千里千溪万派之水，奔腾而下，畿南一带地平土疏，顷刻辄涨数尺或一二丈，冲荡泛溢，势所必然。圣祖虑清浊河流之不可制也，乃筑千里堤、格淀隄，使淀与子牙河各行一路。世宗虑永定河南行之淤淀也，令引浑河别由一道，改移下口。其馀官堤民堤，今昔增筑，综计不下三四千里，沙土杂半，险工林立，每当伏秋盛涨，兵民日夜防守，甚於防寇，岂有放水灌入平地之理？今若语沿河居民开渠引水，鲜不错愕骇怪者。且水田之利，不独地势难行，即天时亦南北迥异。春夏之交，布秧宜雨，而直隶彼时则苦雨少泉涸。今釜阳各河出山处，土人颇知凿渠艺稻。节届芒种，上游水入渠，则下游舟行苦浅，屡起讼端。东西淀左近洼地，乡民亦散布稻种，私冀旱年一穫，每当伏秋涨发，辄遭漂没。此实限於天时，断非人力所能补救者也。以近代事考之，明徐贞明仅营田三百九十馀顷，汪应蛟仅营田五十顷，董应举营田最多，亦仅千八百馀顷，然皆黍粟兼收，非皆水稻。且其志在垦荒殖穀，并非藉减水患。今访其遗迹，所营之田，非导山泉，即傍海潮，绝不引大河无节制之水以资灌溉，安能藉减河水之患，又安能广营多穫以抵恃大之入？雍正间，怡贤亲王等兴修直隶水利，四年之间，营治稻田六千馀顷，然不旋踵而其利顿减。九年，大学士朱轼、河道总督刘於义，即将距水较远、地势稍高之田，听民随便种植。可见直隶水田之不能尽营，而踵行扩充之不易也。恭读乾隆二十七年上谕‘物土宜者，南北燥湿，不能不从其性。傥将洼地尽改作秧田，雨水多时，自可藉以储用，雨泽一歉，又将何以救旱？从前近京议修水利营田，始终未收实济，可见地利不能强同’。谟训昭垂，永宜遵守。即如天津地方，康熙间总兵蓝理在城南垦水田二百馀顷，未久淤废。咸丰九年，亲王僧格林沁督师海口，垦水田四十馀顷，嗣以旱潦不时，迄未能一律种稻，而所费已属不赀。光绪初，臣以海防紧要，不可不讲求屯政，曾饬提督周盛传在天津东南开挖引河，垦水田千三百馀顷，用淮勇民夫数万人，经营六七年之久，始获成熟。此在潮汐可恃之地，役南方习农之人，尚且劳费若此。若於五大河经流多分支派，穿穴堤防濬沟，遂於平原易黍粟以秔稻，水不应时，土非泽埴，窃恐欲富民而適以扰民，欲减水患而適以增水患也。”
十七年，刚毅言：“吴淞江为农田水利所资，自道光六年浚治后，又经六十馀年，淤垫日甚。前年秋雨连旬，河湖汎滥，积涝竟无消路。去年十月，派员开办，并调营勇协同民夫，分段合作，约三月内可告竣。”报闻。鸿章又言：“宝坻青龙湾减河，自香河之王家务经宝坻至宁河入海。去岁霪雨兼旬，河流狂涨，横堤决岸，宝坻受害独深。广安桥以下，河身浅窄，大宝庄以上，并无河槽，应与昔年所开之普济河、黄庄新河一律挑深，添建石闸。”沈秉成、松椿言：“淮南堰圩厅所管之洪泽湖，关系水道利病盐漕诸务。今全湖之水下趋，毫无节制。现勘得应行先办之工，曰修复三坝，曰修整束水堤，曰展挑三福口，计三项工程，不过数万两可以集事。或有议於礼河迤西蔡家庄建滚水石坝，使水可蓄泄，较有把握。惟巨款难筹，应暂缓办。”均诏如所请。堵筑吴桥宣惠河缺口二。河陕汝道铁珊，以阌乡北滨黄河，城垣屡被冲坍，因於城外筑大石坝，挑溜护城。
十八年，疏凿福山港、徐六泾二河，及高浦、耿泾、海洋塘、西洋港四河。山东巡抚福润言：“小清河为民田水利所关，年久淤塞。前抚臣张曜筹议疏通，因工涨款绌，仅修下游博兴之金家桥至寿光海道，长百馀里。其上游工程，应接续兴挑，庶使历城等县所受各水，悉可入海。今拟规复小清河正轨，而不拘牵故道，由金家桥而西取直，择洼区接开正河，历博兴、高苑、新城、长山、邹平至齐东曹家坡，长九十七里，又於金家桥迤下开支河二十四里，至柳桥，以承济麻大湖上游各河之水，引入新河，计长四千二百馀丈。”诏从之。
二十年，崇明海岸被潮冲啮，逼近城墙。於青龙港东西两面设立敌水坝四，加建木桥，叠砌石块，以御风潮。二十一年，署两江总督张之洞言：“黄河支流之减水河洪河，自虞城、夏邑、永城经砀山、萧县，达宿州、灵壁、泗州之睢河，而注於洪湖。其间湖港纷歧，皆下注睢河。乾隆年间，以睢河不能容，导水为三，曰北股、中股、南股。中股为睢河正流。咸丰初，黄河日益淤垫，渐及改徙，豫、江、皖各河亦逐段淤阻，水潦泛溢为害，尤以永、萧、砀为甚。同治间建议疏河，恒以工程过大，屡议屡辍。今拟改道办法，导北股河之水以达灵壁岳河，导中股、南股河之水合流入宿州运粮沟，以达浍河，而运粮一沟恐不能容纳，应治沱河梁沟以复其旧，使各河之水皆顺轨下注洪湖，不致横溢，则各属水患永息矣。”诏如所请行。
二十二年，御史华军疏陈兴修水利八事：曰引泉，曰筑塘，曰开渠，曰通湖，曰开井，曰蓄水，曰用车，曰填石。下所司议。二十四年，濬太仓刘河，自殷港门至浦家港口四千一百馀丈。二十八年，江西巡抚李兴锐言：“近年水患频仍，皆由鄱阳湖日见淤浅，而长江昔宽今狭，骤遭大雨，疏泄不及，遂至四溢为灾。请於冬晴水浅时，购制挖泥机器轮船数艘，将全湖分别挑挖。其上游河道亦一律择要疏治。既为防水患起见，亦为兴商务张本。”从之。修湖北省城北路堤红关至春山八段，南路堤白沙洲至金口十段，以御外江之汎涨。建石闸数座，以备内湖之宣泄。又於附郭沿江十馀里，一律增修石剥岸。濬小清河，开徒阳河百二十馀里。
宣统元年，署直隶总督那桐言：“通州鲇鱼沟堤岸，自光绪九年决口，流入港沟而归凤河。嗣后屡堵屡溃。至二十四年大汛复决，迄今未能堵闭，以致武清百数十村频年溃没。今拟於鲇鱼沟暂建滚水坝，俾全溜不致旁趋。倘遇盛涨，即将土埝挑除，俾资分泄。一面将上游堤坝挑补整齐，疏濬青龙湾等处引河，以减盛涨，筑拦水埝以御浑流，修估龙凤河以疏积潦。滚水坝工程应即兴办。其修堤及疏引河，应於本年秋后部署，来年二月兴工。拦水埝及龙凤河，应於来年秋后部署，次年二月兴工。均限伏汛前报竣。”下部议行。湖广总督陈夔龙请修复江、襄溃口，略谓：“江、襄各堤，以潜江之袁家月堤为最要。此次溃口，堤身冲刷，顿落四百馀丈，回流湍急，附近悉成泽国，应及时筑合。此外郭家嘴、禹王庙溃堤，及天门黑牛渡、沔阳吕蒙营、公安高李公、松滋杨家脑、监利河龙庙各堤工，均拟派员督办筹修，以期巩固。”从之。
宁夏满营开垦马厂荒地，先治唐渠，以裕潴停之地。挑濬百二十馀里，曰正渠；自靖益堡开支口，引水西北行四十馀里而入之沟，曰新渠；沿渠列小口四十，挟水以归诸田，曰支渠。唐渠以西，沦为泽国，非沟以宣之不为功。自杏子湖起，穿沟二百八十馀里，建大小石闸、木闸四十二，石桥、木桥三十三，经始上年九月，至本年八月告成，名曰湛恩渠，约成腴田二十万亩。是年，东三省总督、奉天巡抚合词请修辽河，先从双台子河堤入手，次年续修鸭岛、冷家口工程，并挑挖海口拦江沙，与辽河工程同时举办。下部知之。