苏、松、太三属为东南财赋之区，赋额最重。世宗以来，屡议蠲缓，然较之同省诸府县，尚多四五倍或十数倍。道光时，两遭大水，各州县每岁歉蠲减，遂成年例。嗣是徵收之数，除官垫民欠，每年仅得正额之七八或五六而已。军兴以后，两府一州，受害尤酷。同治二年，谕江督、苏抚查明，折衷议减，期与旧额本轻之常、镇二府，通融覈计，著为定额。其绅户把持、州县浮收诸弊，永远禁革。四年，户部遵议：“江苏常、镇、太五属编徵米，系会同漕赠行月南恤局粮等款徵收。应如李鸿章等所奏，无分起运留支，一体并减，酌科则之重轻，视减成之多寡，计原额编徵米豆二百二万馀石，减五十四万馀石。”民困稍舒。曾国藩又请将苏、松地漕钱粮一体酌减。部覆漕项为办运要需，若议覈减，费必不敷，势须另加津贴，於民生仍无裨益。诏令国藩、鸿章仿浙省成例，覈实删减浮收，并严禁大户包揽短交等弊。是年减浙江杭、嘉、湖三属米二十六万馀石。
海运始於元代，至明永乐间，会通河成，乃罢之。清沿明代长运之制。嘉庆中，洪泽湖泄水过多，运河浅涸，令江、浙大吏兼筹海运。两江总督勒保等会奏不可行者十二事，略谓，“海运既兴，河运仍不能废，徒增海运之费。且大洋中沙礁丛杂，险阻难行，天庾正供，非可尝试於不测之地。旗丁不谙海道，船户又皆散漫无稽，设有延误，关系匪细”。上谓“海运既多窒碍，惟有谨守前人成法，将河道尽心修治，万一嬴绌不齐，惟有起剥盘坝，或酌量截留，为暂时权宜之计，断不可轻议更张，所谓利不百不变法也”。自是终仁宗之世，无敢言海运者。
道光四年，南河黄水骤涨，高堰漫口，自高邮、宝应至清江浦，河道浅阻，输輓维艰。吏部尚书文孚等请引黄河入运，添筑闸坝，钳束盛涨，可无泛溢。然黄水挟沙，日久淤垫，为患滋深。上亦知借黄济运非计，於是海运之议复兴。诏魏元煜、颜检、张师诚、黄鸿杰各就辖境情形筹议。诸臣惮於更张，以窒碍难行入奏。会孙玉庭因渡黄艰滞，军船四十帮，须盘坝接运，请帑至百二十万金。未几，因水势短绌，难於挽运，复请截留米一百万石。上令琦善往查，覆称玉庭所奏渡黄之船，有一月后尚未开行者，有淤阻御黄各坝之间者，其应行剥运军船，皆胶柱不能移动。上震怒，元煜、玉庭、检均得罪。
协办大学士、户部尚书英和建言：“治道久则穷，穷则必变。河道既阻，重运中停，河漕不能兼顾，惟有暂停河运以治河，雇募海船以利运，虽一时之权宜，实目前之急务。盖滞漕全行盘坝剥运，则民力劳而帑费不省，暂雇海船分运，则民力逸而生气益舒。国家承平日久，航东吴至辽海者，往来无异内地。今以商运决海运，则风飓不足疑，盗贼不足虑，霉湿侵耗不足患。以商运代官运，则舟不待造，丁不待募，价不待筹。至於屯军之安置，仓胥之稽察，河务之张弛，胥存乎人。矧借黄既病，盘坝亦病，不变通将何策之从？臣以为无如海运便。”诏仍下有漕各省大吏议。时琦善督两江，陶澍抚安徽，咸请以苏、松、常、镇、太仓四府一州之粟全由海运。乃使布政使贺长龄亲赴海口，督同地方官吏，招徕商船，并筹议剥运兑装等事。嗣澍言：“现雇沙船千艘，三不像船数十，分两次装载，计可运米百五六十万石。其安徽、江西、湖广离海口较远，浙江乍浦、宁波海口或不能停泊，或盘剥费钜，仍由河运。”上乃命设海运总局於上海，并设局天津。复命理藩院尚书穆彰阿，会同仓场侍郎，驻津验收监兑，以杜经纪人需索留难诸弊。
六年正月，各州县剥运之米，以次抵上海受兑，分批开行。计海运水程四千馀里，逾旬而至。米石抵通后，转运京仓，派步军统领衙门文武员弁沿途稽查。沙船耗米，於例给旗丁十八万馀石内动放，所节省耗米六万石，仍随同起运。承运漕粮每石给耗米八升，白粮耗米一斗，以补正米之不足。仍将漕运商耗覈出二成，白粮覈出三成，由津局给价收买，随正交运。漕粮无故短少霉变，於备带耗米内补足；不敷，勒令买补。如有斫桅松舱伤人等事则免之。船户脚价饭米折色并津贴等银，先於受兑后发七成，馀三成交押运员弁，到坝后查无弊端，始行全发。沙船馀米不下十万石，初照南粮例，听天津人照市价收买。嗣以商人希图贱价售买，改由官为收买，其价银由江南委员转发船户，后仍令商船自行售卖。
每届海运期，沿海水师提镇，各按汛地，派拨哨船兵丁，巡防护送，并派武职大员二，随船赴津。上海交兑时，先期咨照浙江提镇水师营出哨招宝、陈钱一带地方，江南提镇水师营出哨大小洋山，会於马迹山，山东总镇出哨成山、石岛，会於鹰游门，以资弹压。山东洋面，责成游击、守备，搜查岛屿，防护迎送。后以邵灿言，停派护送武职大员，责成沿海水师逐程递护。嗣宁、沪商人各置火轮船一，遇新漕兑开行时，分别扼要巡防。
剥船，直隶旧设二千五百艘，二百艘分拨故城等处，八百艘留杨村，馀千五百艘集天津备用。后雇賝堪装漕粮二百五十石民船五百艘，以备装载。商船首次抵津，先仅府县仓脚庙宇拨卸三十万石，馀令剥船径运通仓。随将天津仓脚庙宇所储漕米运通，无庸转卸北仓，致多周折。至商船二次抵津，如剥船不敷装载，即将米先储府县仓脚庙宇；不敷，再剥储北仓。随令原剥将所储米石侭数运通。剥船足敷装载，即按首次商船办法，不必分储北仓，以归简便。剥船百六十只为一起，由经纪自派人分起押运交仓，押运员役禀报仓场，复驰回续押后起米船。经纪等止须带领斛手到船起卸，如有藉端刁难需索，交地方官从严治罪。
各州县经管剥船，每年例给修艌银五两，三年小修一次，给费二十两，岁终漕竣，逐一挑验，船身坚固者，酌量修艌，如损坏较甚，即核赏估价，所需经费，於道库油艌银项下动拨。封河守冻期内，每船工食银十五两，运米百石，给脚价八两四钱，食米一石一斗五升。嗣每百石加脚费五两。李鸿章因官剥船户贫困滋弊，例定工食银十五两，仅领一半，不敷赡家，请每船由苏、浙漕项内酌贴五两，部格不行。鸿章上疏争之，诏从其议。商船领运漕粮，迅速无误，万石以下给匾额，五万石奖职衔，每次奏保以百二三十人为限。
七年，蒋攸銛请新漕仍行海运。上以近年河湖渐臻顺轨，军船可以畅行，不许。其后各省岁运额漕，逐渐短少，太仓积粟，动放无存。二十六年，诏复行海运。二十七年，议准苏、松、太二府一州漕白粮米，自明岁始，改由海运。三十年，复令苏、松、太二府一州白粮正耗米，援照成案，由海运津。咸丰元年，户部尚书孙瑞珍请河海并运。御史张祥晋请将江苏新漕，援案推广常、镇各属及浙江，一体海运。下江督陆建瀛、苏抚杨文定、浙抚常大淳妥议。覆称明年苏、松、常、镇、太四府一州漕白粮米，请一律改由海运。浙漕碍难海运，请仍循旧章，从之。二年，建瀛上筹办海运十事，下部议行。是年以浙江漕船开兑过迟，回空不能依期归次，诏来岁新漕改为海运，从巡抚黄宗汉请也。五年，河决铜瓦厢，由张秋入大清河，挟汶东趋，运道益梗。六年，截留江苏应运漕粮二十万石供支兵饷，实运漕白正耗及支賸给丁馀耗米七十五万五千馀石，其歉缓南漕，令各州县依限催徵运通。
同治七年，议试用夹板船装运采买米石，水脚银数悉仍沙船例，给银五钱五分，挽至天津紫竹林，由商董就近寄栈，听验米大臣会同通商大臣验收过剥，所需小船剥价、栈租、挑力，每石给银七分，由商董承领经理。又每石给保险银三分，设有遭风抛失，责令贴补。至每米千石，随耗八十石，备带馀米二十石，剥船食耗米十一石五斗。又每百石给津、通剥价银八两一钱四釐，通仓个儿钱折银二两，均照海运正漕采买各案办理。是年以津沽河面狭隘，常有沈船失米之虞，於大沽增设海运外局。
九年，浙江巡抚杨昌濬奏：“浙省来岁新漕，酌拟海运章程十四条：一，委员分办，以专责成；一，新漕仍由上海受兑放洋，白粮仍循案装盛麻袋，首先运沪；一，宽备海运商船，并由苏省多拨沙船，移浙济用；一，经耗等米，仍照数支给，商耗饬带本色并馀耗申糙等米搭交仓；一，增给天津剥船耗米，以弥亏欠；一，津、通经费，照案备带，羡等款，仍按数抵解；一，商船准带炮械，并由商捐轮船护送，仍责成沿海水师实力巡防；一，天津交米后，循旧责成经纪，续到之船，仍由天津道验收；一，循案加增海运经费；一，米船到津，应多添排数，宽备剥船；一，商船水脚等项，照案核给，并二成免税，酌定赏罚；一，商船二成免私之货，仍以米石计斤，所带竹木，照案免税；一，商船回空载货，照向章免税；一，米船抵津交卸，严禁经纪斗斛剥船需索浮费。”下部议行。十年，鸿章言：“剥船守候苦累，每载米百石，请加给脚价银五两，并另筹运白粮民船守候口粮银万二千两，由苏、浙粮道库漕项内拨解；不敷，则由司库通融借拨。”
十一年，昌濬请以轮船运漕，从之。轮船招商，由商人借领二十万串为设局资本，盈亏悉由商任之。购坚捷轮船三艘，每年拨海运漕米二十万石，由招商轮船运津，其水脚耗米等项，仍照向章办理。轮船到津，命直督筹备剥船转运，并会同仓场侍郎临栈查验，仍仿照白粮例，由江、浙抚道运通交纳，以杜折耗偷漏。轮船协运江、浙漕粮，签明某省漕白粮米字样於米袋之上。粮米上栈时，由沪局派员监兑；兑竣，即由轮船商局给收米回文，以后装船起运，俱由商局覈办，沪局不再与闻。其栈费夫力，亦由商局任之。凡漕粮派装轮船，轮船商局酌委执事，会同沪局详验，米色乾洁，方行收兑，交轮局押赴浦江东栈斛收。抵津，饬津局各员董提前验收，以免壅滞。轮船每艘载米三千石，填发连单，由津局稽核，一切领银领米等结悉罢之。轮船运米，由上海道填给免税执照，并援例得酌带二成货物。其洋药及二成之外另带货物，仍须纳税。
乔松年奏山东境内黄水日益汎滥，运河淤塞，拟因势利导，俾黄水先驱张秋。其张秋南北，普行挑濬，修建徬坝以利漕。丁宝桢、文彬奏请挽复淮、徐故道。事下廷臣会议。复称铜瓦厢决后，旧河身淤垫过高，势不能挽复淮、徐故道。至借黄济运，筑堤束水，与导卫济运之法同一难行。鸿章奏请仍由海道转运，令各省酌提本色若干运沪，由海船解津，馀照章折解，以节运费。并随时指拨漕折银两采买接济，并请停止河运采买粮石，推广海运。仍下部议。先是江北漕粮，由河运通，至是亦试办海运。十三年，奏准江西在沪采买漕粮八万石，交招商局由海运津，每石脚价银二两七钱。光绪元年，湖南漕粮采办正耗米二万三百四十五石，湖北采办三万石，均交招商局由海运津。江西、湖南寻停。
宝桢奏运河废坏，莫非黄水之害，治运必先治黄。应先将微山湖之湖口双闸及各减闸，迅速修砌，及时收蓄，以保湖潴；运河正身亦须量为疏濬。嗣桂清、毕道远、广寿、贺寿慈等亦以筹款修复运河为请。黄元善复称：“自黄河北徙，运河阻滞，改由海运，原属权宜之计。当时奏定江苏漕额，以河运经费作为海运支销，每石不得过七钱。嗣以经费不敷，迭次请增。江苏所加，距一两不远，浙江已加至一两，较道光二十八年、咸丰二年海运经费尚有节省归公者，大相迳庭。且海运历涉重洋，风波靡定，万有不测，所关匪细。河运虽迂滞，而沿途安定，经费维均。自各省以达京仓，民之食其力者，不可数计。裕国利民，计无善於此者。现停运未久，及时修复，尚属未晚。再迟数年，河道日淤，需费更钜。臣以为河运迂而安，海运便而险，计出万全，非复河运不可。”上命河督、漕督及沿河各督抚筹画具奏。沈葆桢疏驳桂清、毕道远等请将有漕省分酌提漕项及将海运粮石分出十数万石改办河运之议，并力言“河运决不能复。运河旋濬旋淤，运方定章，河忽改道，河流不时迁徙，漕路亦随为转移。而借黄济运，为害尤烈。前淤未尽，下届之运已连樯接尾而至，高下悬殊，势难飞渡。於是百计逆水之性，强令就我范围，致前修之款皆空，本届之淤复积。设令因济运而夺溜，北趋则畿辅受其害，南趋则淮、徐受其害，亿万生灵，将有其鱼之叹，又不仅徒糜巨帑无裨漕运已也”。七年，令直督饬招商局有协运漕粮时，酌分道员驻津验兑，并责成粮道严督治漕事人员，兑米时加意查察。因招商局协运江、浙漕粮，有攙杂破碎诸弊故也。
十年，法人构衅，海运梗阻。太常卿徐树铭言：“漕粮宜全归河运，请於运道经行处疏濬河流，修治闸坝，并选雇民船以济运。”明年，曾国荃言：“来年河运酌添江苏漕粮五万石，并将邳、宿河道淤浅处，酌估挑濬。”从之。卢士杰言：“郑州黄河漫口夺溜，山东运河十里堡门外积淤日宽，回空漕船，不能挽抵口门。现宁、苏新漕待船装载，邳、宿挑淤筑坝，必待空船过竣，方可兴工。”上命迅饬疏濬积淤，俾漕船早日南下。十五年，从山东巡抚张曜请，改拨海运漕米二十万石仍归河运。曾国荃、黄彭年奏：“江、安河运米石，业经截留充赈。苏属河运漕米十万，前已改归海运，各州县起运，均已抵沪，骤改河运，窒碍难行。且雇船将近千艘，亦非旦夕可致。请俟本年冬漕，再行遵旨提前河运，以期规复旧章。”制可。
十九年，北运河上游潮、白等河狂涨，水势高於堤颠数尺，原筑上堰，俱没水中，运河水旱大小决口七十馀处，由津运京米麦杂粮千数百艘，在杨村阻浅，命鸿章将各口门堵合，并疏濬河身，停蓄水势，以利舟行。二十二年，王文韶奏：“南漕改行海运，惟江北漕粮仍由河运，复於苏、松项下提拨米十万石并入河运。船多道远，自黄入运，自运入卫，节节阻滞，船户穷无复之，窃米攙水，诸弊丛生。本年漕船到津，较昔已迟二三月，诚恐有误回空。已饬并程催趱，剋日兑收。但此次截留江北漕米五万石，米色尚佳。江苏五万石，米色参差，甚或蒸变，剔除晾晒，几费周章，盖运受黄病，已非人力所能挽救。拟请自本年始，改拨苏漕之十万石统归海运。其江苏冬漕仍办河运，以保运道。”下部议行。御史秦夔扬以江北河运劳费太甚，疏请停办，改折解部。部议漕粮关系京仓储积，未便遽更旧制。
二十六年，以战端既开，从陈璧请，於清江浦设漕运总局。车驾西幸，转运局移汉口，清江改设分局。是年南漕改用火车由津运京。二十七年，以财用匮乏，谕：“自本年始，直省河运海运，一律改徵折色，责成各省大吏清釐整顿，节省局费运费，并查明各州县徵收浮费，勒令缴出归公，以期汇成巨款。”奕劻请於应办白粮外，每年采办漕粮百万石，纯用粳米，并不得率请截留，从之。二十八年，部议本年江、浙漕粮，纯归招商局轮船承运，费应力从减省。盛宣怀奏：“近年沪局轮船，因事起运太迟，栈耗既钜，及运至塘沽，又值联军未退，费用倍於常时。二十六、二十七两年，招商局所领水脚，实不敷所出。本年太古洋行原减价揽载，英、日议定商约，均欲漕运列入约章，臣等力拒之。盖招商局为中国公司，前李鸿章奏准漕米、军米悉归招商局承运，实寓有深意也。此次详察中外情形，拟请自二十八年冬漕始，於向章每石轮船水脚保险等项漕米银三钱八分八釐一毫内减去五分，永为定制。”从之。
江、浙漕粮由海运津，向用剥船运至通仓，每石支耗米一升一合五勺，名曰“津剥食耗”。自南漕改用火车运京，此项耗米，改令随正交仓。嗣因运米事竣，每有亏耗，许仍旧支给，以抵车运亏耗云。