凡漕船载米，毋得过五百石。正耗米外，例带土宜六十石，雍正七年，加增四十，共为百石，永著为例。旋准各船头工舵工人带土宜三石，水手每船带土宜二十石。嘉庆四年，定每船多带土宜二十四石。屯军领运漕粮，冬出冬归，备极劳苦，日用亦倍蓰家居，於是有夹带私货之弊。漕船到水次，即有牙侩关说，引载客货，又於城市货物辐辏之处，逗留迟延，冀多揽载，以博微利。运官利其餽献，奸商窜入粮船，藉免国课。其始运道通顺，督漕诸臣不事苛察。逮黄屡倒灌，运道淤浅，漕臣严申夹带之禁，丁力益困。
当商力充裕时，军船回空过淮，往往私带盐斤。漕运总督张大有条上六事：一，长芦、两淮产盐之处，奸民勾串灶丁，私卖私贩，伺回空粮船经过，即运载船中，请严行禁止，违者俱依私盐例治罪；一，粮船回空时，请於瓜洲、江口派瓜洲营协同厅员搜查；一，运司等官拏获私盐，请依专管兼辖官例议叙；一，随帮官专司回空，有能拏获私盐三次及帮船三次回空无私盐事者，以千总推用；一，每船量带食盐四十斤，多带者以私盐例治罪；一，例带土宜之外，包揽商船木筏者，照漏税例治罪，货物入官。自是禁网益密矣。帮丁困苦，爰有津贴之议。江苏漕船，以松江帮丁力为最疲。定例松、太等属每船津贴银三百两，旋加为五百两。帮丁视为额给之项，仍欲另议津贴，开船迟延，州县恐贻误获谴，恒私餽之，以致津贴日增，流弊无已。
漕运抵通及遇浅，皆须用剥船。清初设红剥船六百艘，每船给田四十顷，收租赡船，免其徵科。近畿州县距河甚远，恒雇觅民船，河干游民藉之邀利，及接运漕粮，往往有盗卖攙和之弊，甚有盗卖将尽，故倾覆其船，逮运官查明，仍责地户赔偿，倾家荡业。又领船船户例受天津钞关部差管辖，每岁河冰未泮之日，部差催促过堂守候，莫不有费，苦累实甚。三十九年，裁红剥船，依原收租数分派各省，於漕粮项下编徵，解粮道库支发。乾隆二年，定每船给红剥银二两，由随帮千总领发，漕船遇浅，由运军自雇民船，坐粮厅酌定雇价。十三年，增设垡船六十艘，造船及用具夫役工食，均於红剥银内支用，馀仍分给运军。南粮入北河后，官为雇船剥运，粮艘未到，剥船先期预备，守候累日，且有妨商盐挽运。五十年，谕令另造剥船，南粮抵北河，即剥运赴通，嗣后毋得封固民船，致滋扰累，违者罪之。寻议定官备剥船千二百艘，发交附近沿河天津等十八州县收管，如有商货盐斤，许其揽载，四月以后，调赴水次，毋得远离。翌年复添造三百只，交江西、湖广成造，运送天津，与原设剥船在杨村更番备剥。豫、东二省，因水浅阻滞，定造剥船三百艘，交德州、恩、武城、夏津、临清五州县分管。
清初沿明卫所之制，以屯田给军分佃，罢其杂徭。寻改卫军为屯丁，毋得窜入民籍，五年一编审，粮道掌之。康熙初，定各省卫所额设运丁十名。三十五年，定漕船出运，每船佥丁一名，馀九名以谙练驾驭之水手充之。凡佥选运丁，佥责在粮道，举报责卫守备，用舍责运弁，保结责通帮各丁。寻佥本军子弟一人为副军。雍正初，免文学生员佥运。先是江苏按察使胡文伯以江、安十卫去苏、松水次遥远，遇有应更换之丁，运官赴卫查佥，往返须时，请预佥备丁，造册送粮道，转送总漕备案。经户部议准。漕督杨锡绂上疏争之，略言：“预佥閒丁，其不必者有二，不便者有二。各省卫帮，贫富不等。殷富之帮，本无俟閒丁预备；贫乏之帮，遇有应换之丁，百计搜查，求一二殷丁且不可得，安有数十閒丁可以预备？其不必一也。又殷实军丁，生计粗裕，猝遇收成歉薄，一二年或即转为贫乏，今既佥选註册矣，设需用之时，已经贫乏，是仍以疲丁应选，其不必二也。至送粮道点验，仆仆道途，废时失业，不便一也。卫所州县书吏，喜於有事，富者贿脱，贫者受佥，不便二也。请停止预选閒丁註册。”从之。
旧制漕船旗丁十名，丁地五顷。其后丁地半归民户，运丁生计贫乏，经户部行文清查，不许民间侵占。乾隆初，巡漕御史王兴吾奏：“屯田籍册年久散失，无可稽考。亦有册籍仅存而界址难於徵实，或军丁典佃於民，而展转相售、屡易其主者。清田归运，徒滋扰累。盖津贴之举已成通例，民出费以赡丁，丁得项以承运，相沿既久，无碍於漕。况丁得田不能自耕，势必召佃收租，是与未赎时之津贴同一得项承运，未见有益也。”二十五年，锡绂奏：“漕运之有疲帮，实缘运丁债负为累。浙江之金、衢、严、温、处、绍、台、嘉等帮，江南之江、淮、兴、武、凤阳、大河等帮，债欠尤多，帮疲益甚。欲除私负之累，莫若出借官帑。请於浙江江、安道库各提银六万两，专备疲帮领借。每岁督运道员，查按沿途及抵通需用银数，提交押运，至期散给，於次年新运应领项下扣还，俟疲帮渐起，奏明停止。
各省州县卫帮承佥运丁，均以奉文派佥日起，限两月佥解，并查明田地房产，造册送总漕存案。设有亏短挂欠，令其赔补。若佥派后实系卖富差贫，或弃船脱逃，或重佥已革之丁，以及徇情出结、将军丁改入民籍者，承佥之员降二级调用，不准抵销。其上司照失察例议处。从漕督毓奇请也。道光十三年，给事中金应麟奏：“江、浙内河一带漕船，讹诈商民，有买渡、排帮等名目。州县以兑米畏其挑剔，置若罔闻，滞运扰民，为害甚大。”诏林则徐、富呢扬阿严行查禁。
运军往来淮、通，终岁勤苦，屯田所入有限，於是别给行月钱粮资用，其数各省不一。江南运军每名支行粮二石四斗至二石八斗，月粮八石至十二石。浙江、江西、湖广行粮三石，月粮九石六斗。山东行粮二石四斗，月粮九石六斗。其通、津等卫协运河南漕船运丁行月之数，与山东同。各省领运千总等官，於廪俸外多有兼支行粮者。行月二粮，旧时本少折多，且折价每石不过三四五钱，各处官丁常有偏枯之控。诏令漕督议定查照岁支行月旧额本折各半，折色照漕欠每石银一两四钱，永著为令。康熙二十九年，行月钱粮设立易知由单，列明应给各项钱粮，丁各一纸，照款支给。如官役剋扣婪索，许本丁将事由载单内，於过淮时陈控。
雍正元年，覆准运船到次，先将本色行月钱粮於三日内给发折色银，由卫守备出具印领受，领运千总钤章，解道验明，以半给军，半封固，粮道赉淮，由总漕监发，愆期迟延者罪之。乾隆五年，议定运丁於解淮验给一半钱粮内，酌留回空费用，数多者扣留三之一，少者酌扣八两，令粮道另行封兑，於过淮时交随运官弁收领，俟抵通交粮后，给发各丁。缘各省漕船回空，每因资斧缺乏，不能及时抵次也。十年，漕督顾琮上言：“粮道所押帮船，多少不同，兑开复有迟早，必俟最后之帮开竣，方得赴帮督察，而首进之帮，又不免守候领银之累。请仍令粮道兑准封给领运千总，解淮呈验散给。”从之。
凡漕船停歇，月粮减半给发，民船停运，给月粮原额四之一。三十年，车驾南巡，截留江、浙二省冬兑漕粮各十万石，减歇之船，於应给月粮外，加恩再给十之二，以示体恤。运军月粮，遇闰按月本折均平支给，寻罢。嗣以闰月钱粮乃计日授食，各军春出冬归，停支一月，不免枵腹。山东、河南、浙江、江宁、凤阳等卫闰月有粮，仍照原额支给。山东、浙江及苏、太等卫，遇闰各有额编加徵银，江、兴等卫无之，遇闰於道库减存银内支用。江西、湖北、湖南系按出运船米之数支给。河南遇闰亦无加徵银，向准山东等省一例支给，经部驳追，寻准其照支。
各省运军名数参差不齐。江、浙每船十一二名不等。嗣议定每船概以十军配运，按名支给行月。安庆卫旧系按漕用军按名派行月二粮。自画一裁减后，每船祗用十军，而所载漕粮则倍於他船，应仍按粮支给行月。山东德州等卫有自雇民船装运漕粮者，一体支给行月钱粮。江宁省卫无赡运屯田，遇有减存，同出运之船支给安家月粮。江淮、兴武二卫，原
减驾军二名，准其复设，派给行月二粮，例由布政司行文各府州县支领，每船餽遗书吏六七金不等，否则派拨远年难支钱粮及极远州县，而州县粮书又有需索，每船约二三金不等。十金之粮，运丁所得实不及半也。
漕粮为天庾正供，司运官吏考成綦严。顺治十二年，定漕、粮二道考成则例。经徵州县卫所各官，漕粮逾期未完，分别罚俸、住俸、降级、革职，责令戴罪督催，完日开复。康熙二年，议定随漕行月、轻赍各项钱粮，总作十分计算，原参各官限一年接徵，而接徵之员止限半年，殊未平允。嗣后接徵官限一年，粮道、知府、直隶州一年半，巡抚二年。如仍不完，照原参分数议处。其经徵督催白粮各官考成条例，悉与漕粮同。白粮项下减存经费银不得擅用，违者题参，并勒令赔缴。粮道完储钱粮，春秋造册达部，候拨解京饷。年终及离任日，藩司盘查出如有侵亏，揭报巡抚题参。
凡漕欠，无论多寡，均发各粮道严追，承追官吏严查本弁本军产业，估计变售偿补。如运军侵粮逃逸，报明户部，行文总督提究。挂欠米石，追完补运，与本帮原欠米不符者，将过淮不驳换之总漕及督漕、承运各官并采买搭运之员，一并纠劾。其运到之米，按数收用，以免累及运军。承平日久，法令日弛，粮道及监兑、押运官既不亲临水次，粮船抵淮，漕总复不严行稽查，於是弁军任意折银，沿途盗卖，抵关时遂多挂欠矣。
四十五年，令嗣后耗赠漕截等银米，暂存粮道仓库，俟回空时，仓场查明，按其挂欠数扣抵。不足，以行粮抵补。旋议定挂欠漕粮不及一分至六分之弁军治罪，总漕、粮道按所欠分数议处，并将所欠漕粮，由总漕、粮道及监兑、押运、佥丁、卫所各官至运丁，分别担任，均限定期内偿还。不完，总漕、粮道交部议，运官、运军分别治罪，仍责成总漕、粮道赔偿。全完者，优叙。
粮船抵通起卸漕米，例买别帮馀米抵补。雍正三年，奏准嗣后漕米如有不足，即分别参处偿还，不得以别帮馀米买补。其运军日用馀米，许其售卖，馀并禁阻。
漕船经涉江湖，偶遇风涛漂没，沿途催趱各官，及汛地文武官，亲临勘验出结，总漕及巡抚覆勘奏免。若军弁诈报漂没，及漂没而损失不多，乘机侵盗至六百石者，拟斩；不及六百石，充发极边，漕米按数赔缴。文武官遇漕船沈溺，不将情由申报，押运官弁巡查不谨，致失火焚毁者，俱降一级调用。地方官不协救，延烧他船者，罚俸一年。雍正初，奏准漕船在内河失风漂沈者，不许豁免，押运官弁照失於防范例，罚俸一年。如有假捏，严加治罪，出结官弁，从重议处。凡海洋江河遭风漂没，领运弁军幸获生全者，照军功保守在事有功例，晋级赐金。其漂没身故者，官弁照军功阵亡例，分别准荫加赠，运军给予祭葬银。
乾隆七年，议定漕船失风火灾，船未沉没，无论已未过淮，即令修固复载抵通。如已被沈难戽者，雇民船载运，随帮过淮盘验抵通。如失事在过淮以后，黄河中流，民船难募，令先分通帮带运开行，沿途仍雇觅民船装载。通帮各丁，出具互结，稍有亏欠，责令偿补。江、广漕船失风沈溺，如果不堪戽修，无论已未满号，地方官验明，申报总漕，就近变价，令运弁赉交粮道发给。回空漕船失事亦如之。嗣议准江苏、浙江、山东、河南等省买补船艘，如已满号，遇失风事故，就近折变，价银封交员弁携回，由粮道验给各军，以补新漕。漕船遇冰凌迅下，致被损坏，及雷火焚毁，沈失米粮，免其偿补。
各省漕粮，岁有定额，凡荒地无徵者，督抚勘实报免，随漕银米，一例蠲免。灾伤之区，应徵漕粮，及折改漕价，酌量各被灾轻重，分别缓徵、带徵。遇带徵之年，复又被灾伤，分年压徵带补。沿江沿海田地坍没水中者，保题豁免。水旱偏灾民地，例得蠲免，惟应船役，即被灾甚重，仍须供修船雇募等事，不得同邀宽典。康熙三十七年，议定京畿通州、武清、宝坻、香河、东安、永清六州县红剥船户所领地，水旱一体蠲免。水淹田亩，例於岁终确勘，涸前起徵，淹则停免。雍正十年，定淹田漕米照压徵例，俟冬勘后，涸则带徵，淹则豁免。