光绪十一年，诏设海军衙门，依军机总署例，命醇亲奕譞综之，大学士李鸿章专司筹办。十三年，北洋海军成，置提督、总兵等官。甲午师熸。至三十三年，始议恢复，设海军处，暂隶陆军部。置正使，视协都统。副使，视正参领。各一人。承发官二人，录事四人。设机要、船政、运筹三司，置司长、副官各一人。科长七人，机要科四：曰制度，曰筹械，曰驾驭，曰轮机。运筹科三：曰谋略，曰教务，曰测海。科各一人。船政不分科。承发官三人，司各一人。一、二、三等科员十有八人。机要十二人，运筹六人。考工官五人，船政司置。艺师三人，船政一人，运筹二人。艺士四人。船政运筹各二人。股长、股员，视事闲剧酌置。录事十有八人。明年，改设海政、船政、筹备、储蓄、医务、法务六司。寻设主计处，置计长、副长各一人。宣统元年，命肃亲王善耆等筹备海军，设参赞厅，分秘书、庶务两司，置一、二、三等参谋官，并设第一、第二、第三、第四四司，置司长以下各职。其夏，更命贝勒载涛等充筹办海军大臣，增设医务司。二年，订海军暂行官制，改第一司曰军制，第二司曰军政，第三司曰军学，第四曰军防，医务司曰军医，秘书司曰军枢，庶务司曰军储；别设军法一司，是为八司。省参赞厅各职。寻改处为部，省军防司，置大臣、副大臣各一人。
法部司法大臣，副大臣，各一人。左、右丞，参议，各一人。参事四人。审录、制勘、编置、宥恤、举叙、典狱、会计、都事八司，郎中二十有五人，审录四人，内宗室一缺。馀各三人。员外郎三十有四人，制勘、编置各五人，内宗室各一缺。馀俱四人。主事三十有三人。宥恤五人，内宗室一缺。馀俱四人。收发所员外郎、主事各二人。七品小京官二十有六人。内宗室二缺。八品录事五十有三人，九品三十人。内宗室各二缺。
大臣掌主法职，监督大理院及京、外审判、检察，以维法治。副大臣贰之。审录掌朝审录囚，覆覈大理院、审判厅刑名。兼稽云南、贵州、广东、广西、察哈尔左翼案状。制勘掌秋录实缓，定科刑禁。兼稽四川、河南、陕西、甘肃、新疆、乌里雅苏台、科布多案状。编置掌盗犯减等，定地编发。兼稽奉天、吉林、黑龙江、山东、山西、察哈尔右翼、绥远城、归化城案状。宥恤掌恩诏赦典，清理庶狱。兼稽江苏、安徽、江西、福建、浙江、湖北、湖南案状。举叙掌升迁调补，籍纪功罪，徵考法官、律师、书记。典狱掌修葺囹圄，严固扃钥，习艺所俘隶簿录并典司之。会计掌财用出入，勾稽罚钅爰钧金。都事掌繙译章奏，收发罪囚文移。所辖：司狱总管守长、正管守长各二人，副管守长六人，监医正、正八品。监医副正九品。各一人。
光绪三十二年改刑部设，置尚书，侍郎，左、右丞、参以次各官。并十七司为八司。设收发所。置员外郎、主事各官。明年，增置宗室郎中、主事各一人；员外郎，小京官，八、九品录事，各二人。裁司务入都事司，司库入会计司。司狱一职，改令典狱司小京官兼充，曰正管守长；八、九品录事兼充，曰副管守长。旧设提牢厅，以典狱司员外郎、主事兼充，曰总管守长。三十四年，依提牢厅司狱往制，仍定为兼职。寻置监医正、医副各一人。宣统三年，改尚书为大臣，侍郎为副大臣。
修订法律馆大臣，无定员。特简兼任。提调二人。总纂四人，纂修、协修各六人。庶务处总办一人。译员、委员无恒额。并以谙法律人员充之。光绪三十三年设。
大理院，正卿，正二品。少卿，正三品。俱特简。各一人。刑科、民科推丞各一人。正四品。请简。推事二十有八人。正五品。刑科、民科第一庭俱各四人，第二、三庭俱各五人。典簿厅都典簿一人，从五品。典簿四人。从六品。主簿六人，正七品。以上俱奏补。八、九品录事三十人。咨补。
正卿掌申枉理谳，解释法律，监督各级审判，以一法权。少卿佐之。推丞分掌民、刑案款，参议疑狱。刑科掌被旨推鞫宗室官犯，披详刑事京控上诉法状。民科掌宗室诤讼，披详民事京控上诉法状。都典簿掌簿籍罪囚。典簿掌出纳文移。大理於重罪为终审。凡法庭审判，推事五人会鞫之，是为合议制。附设总检察厅，掌综司大理民、刑案内检察事务，监督各级检察厅，调度司法警察官吏。厅丞一人，从三品。请简。检察官六人，正五品。奏补。主簿二人，八、九品录事四人。看守所所长一人，从五品。奏补。所官四人，正八品。奏补。九品录事二人。
光绪三十二年，改大理寺设，置正卿、少卿各一人，推丞二人。刑事四庭，推事十有九人。民事二庭，推事九人。并置典簿厅以次各官。又总检察厅厅丞一人，检察官六人，主簿一人，录事四人。设看守所，置所长各官。宣统元年，改刑科四庭为民科三庭，置推事各十有四人。三年，增置总检察厅典簿一人，改录事为八、九品各二人。
京师高等审判厅，厅丞一人，正四品。请简。掌治厅务，监督下级审判厅。下同。刑科、民科推事十有二人。从五品。刑科、民科一二庭俱各三人。典簿厅典簿二人，正七品。主簿四人，从七品。以上俱奏补。九品录事六人。於重罪为二审，轻罪为终审。审判会鞫视大理。检察厅检察长一人，正四品。请简。掌纠正同级审判，监督下级检察厅。下同。检察官四人，从五品。奏补。典簿、主簿各一人，九品录事二人。看守所所长、正六品。奏补。所官从八品。咨补。各一人，录事六人。
光绪三十三年设。宣统三年，增置检察厅典簿、主簿各一人，并置所长各官。
京师地方审判厅，厅丞一人。从四品。请简。刑科、民科推事三十人。从五品。民、刑一二庭俱各六人，三庭俱各三人。典簿二人，正七品。主簿二人，正八品。以上俱奏补。录事十有四人。於重罪为初审，轻罪为二审。推事三人会鞫之，亦合议制。检察厅检察长一人，正五品。奏补。检察官五人，正六品。奏补。典簿、从七品。主簿、从八品。录事各二人。看守所所长一人，从六品。奏补。所官二人。
光绪三十三年设。先是京城内外设豫审厅，掌主诤讼，隶民政部。至是省入，置厅丞一人。设民、刑各二庭，置推事二十有四人。典簿、主簿各二人，录事十人。检察厅检察长一人，检察官四人，典簿、主簿各一人。宣统元年，以狱讼烦兴，增设民、刑各一庭，置推事各三人，录事四人。检察厅检察官一人。三年，增检察厅典簿、主簿各一人。
京师初级审判厅，区为五处。刑科、民科推事各一人。从六品。奏补。录事二人。於轻罪为初审，推事一人讯断之，是为单独制。检察厅检察官二人，从六品。奏补。录事一人。初级俱不置长官，由部拣资深者一人为监督。
农工商部农工商大臣，副大臣，各一人。左、右丞，左、右参议，各一人。农务、工务、商务、庶务四司，郎中十有二人，司各三人。员外郎十有六人，司各四人。主事十有八人。庶务六人，馀各四人。一、二等艺师，一等正六品，二等正七品。奏补。艺士，一等正八品，二等正九品。咨补。各二人。
大臣掌主农工商政令，专司推演实业，以厚民生。副大臣贰之。农务掌农桑、屯垦，树艺、畜牧并隶，通各省水利，汇覈支销。工务掌综事训工，制器尚象，并物占各省矿产，设法利导。商务掌埠市治教，励民同货，修订专利保险约章，稽颁保护诉讼禁令。庶务掌章奏文移，计会本部收支，籍纪员司迁补。艺师、艺士掌治专门职业。所辖：农事试验场，工艺局，劝工陈列所，化分矿质所，度量权衡局，商标局，商律馆，俱遴颛业者分治其事。
光绪二十四年，设矿务铁路总局，寻复设农工商总局，令大臣综之。寻省。二十九年，设商部，省铁路矿务总局入之。置尚书，左、右侍郎，左、右丞，参议，各一人。司务所司务二。三十二年，更名农工商部，改平均司为农务，以户部农桑等事隶之。通艺司为工务，以铁道等事划归邮传部。保惠司为商务。增置郎中各一人，员外郎、主事各二人。并司务厅会计司为庶务，省司务二人，增郎中一人，员外郎二人，主事四人。宣统三年，改尚书为大臣，侍郎为副大臣。
邮传部邮传大臣，副大臣，各一人。左、右丞，左、右参议，各一人。承政、参议两厅佥事，正五品。奏补。员外郎，主事，小京官，各二人。船政、路政、电政、邮政四司，郎中各二人，员外郎十人，船政、邮政各二人。路政、电政各三人。主事二十人，船政、邮政各四人。路政、电政各六人。小京官各二人。八、九品录事无定员。
大臣掌主交通政令，汽行舟车，电达文语，靡所不综，以利民用。副大臣贰之。船政掌议船律，兼司营辟厂坞，测量沙线。路政掌议路律，兼司釐定轨制，规画路线。电政掌议电律，兼司官商局则例，海陆线规程。邮政掌议邮律，兼司邮局汇兑，邮盟条约。所辖：邮政总局局长，副大臣兼充。总办，法国人充。各一人。铁路总局提调二人。京汉路局总办、提调各一人，南局、京局会办各一人。京奉路局总办二人，提调各一人。京张铁路总办、会办，各一人。氵扈宁路局总办一人。吉长路局、广九路局，总办、提调各一人。张绥铁路总办、会办各一人。萍株铁路、正太路局、汴洛路局、道清路局，总办各一人。电政总局局长一人，提调二人。分局总办、帮办、提调各一人。各省分局总办各一人。电话局总办、会办各一人。天津、广州、太原、烟台总办各一人。交通银行总理、帮理各一人。北京总银行，上海、汉口、广州分银行，总办各一人。天津、营口管理各一人。差官三十有四人。提塘官十有三人。旧隶兵部。俱遴员分治其事。