哈密素衰微，又妇人主国，众益离散。癿加思兰乘隙袭破其城，大肆杀掠，王母率亲属部落走苦峪，犹数遣使朝贡，且告难。朝廷不能援，但敕其国人速议当继者而已。其国残以破故，来者日众。
成化元年，礼官姚夔等言：“哈密贡马二百匹，而使人乃二百六十人。以中国有限之财，供外蕃无益之费，非策。”帝下廷臣议，定岁一入贡，不得过二百人，制可。
明年，兵部言王母避苦峪久，今贼兵已退，宜令还故土，从之。已而贡使言其地饥寒，男妇二百余人随来丐食，不能归国。命人给米六斗、布二疋，遣之。
初，国人请立把塔木儿，以王母不肯，无王者八年。至是头目交章请，词极哀。乃擢把塔木儿为右都督，摄行国王事，赐之诰印。五年，王母陈老病乞药物，帝即赐之。寻与瓦刺、土鲁番遣使三百余人来贡，边臣以闻。廷议贡有定期，今前使未回后使又至，且瓦剌强寇，今乃与哈密偕；非哈密挟其势以邀利，即瓦剌假其事以窥边。帝乃却其献，令边臣宴赉，遣还。贡使坚不受赐，必欲亲诣阙下，乃命遣十之一赴京。
八年，把塔木儿子罕慎以父卒请嗣职。帝许之，而不命其主国事，国中政令无所出。土鲁番速檀阿力乘机袭破其城，执王母，夺金印，以忠顺王孙女为妾，据守其地。九年四月，事闻，命边臣谨戒备，敕罕东、赤斤诸卫协力战守。寻遣都督同知李文、右通政刘文赴甘肃经略。抵肃州，遣锦衣千户马俊奉敕往谕。时阿力留其妹婿牙兰守哈密，而己携王母、金印已返土鲁番。俊至，谕以朝命，抗词不逊，羁俊月余。一日，牙兰忽至，言大兵三万即日西来，阿力乃宴劳俊等，舁王母出见。王母惧不敢言，夜潜遣人来云：“为我奏天子，速发兵救哈密。”文等以闻，遂檄都督罕慎及赤斤、罕东、乜克力诸部集兵进讨。十年冬，兵至卜隆吉儿川，谍报阿力集众抗拒，且结别部谋掠罕东、赤斤二卫。文等不敢进，令二卫还守本土，罕慎及乜克力、畏兀儿之众退居苦峪，文等亦引还肃州。帝乃命罕慎权主国事，因其请给米布，且赐以谷种。文等无功而还。
土鲁番久据哈密，朝命边臣筑苦峪城，移哈密卫于其地。十八年春，罕慎纠罕东、赤斤二卫，得兵一千三百人，与己所部共万人，夜袭哈密城破之，牙兰遁走；乘势连复八城，遂还居故土。巡抚王朝远以闻，帝喜，赐敕奖励，并奖二卫。朝远请封罕慎为王，且言土鲁番亦革心向化，与罕慎议和，宜乘时安抚，取还王孙女及金印，俾随王母共掌国事，哈密国人亦乞封罕慎。廷议不从，乃进左都督，赉白金百两、彩币十表里，特敕奖劳，将士升赏有差。
弘治元年从其国人请，封罕慎为忠顺王。土鲁番阿力已死，而其子阿黑麻嗣为速檀，伪与罕慎结婚，诱而杀之，仍令牙兰据其地。哈密都指挥阿木郎来奔求救，廷臣请谕土鲁番贡使，令复还侵地，并敕赤斤、罕东，共图兴复。明年，哈密旧部绰卜都等率众攻牙兰，杀其弟，夺其叛臣者盼卜等人畜以归。事闻，进秩加赏。先是，罕慎遣使来贡，未还而遘难，其弟奄克孛剌率部众逃之边方，朝命以赐罕慎者还赐其弟。阿黑麻之去哈密也，止留六十人佐牙兰。阿木郎觇其单弱，请边臣调赤斤、罕东兵，夜袭破其城，牙兰遁去，斩获甚多，有诏奖赉。
当是时，阿黑麻桀傲甚，自以地远中国，屡抗天子命。及破哈密，贡使频至，朝廷仍善待之，由是益轻中国。帝乃薄其赐赉，或拘留使臣，却其贡物，敕责令悔罪。己，访获惠顺王族孙陕巴，将辅立之。阿黑麻渐警惧，三年遣使叩关，愿献还哈密及金印，释其拘留使臣。天子纳其贡，仍留前使者。明年，果以城印来归，乃从马文升言，还其所拘使臣。文升又言：“番人重种类，且素服蒙古，哈密故有回回、畏兀儿、哈剌灰三种，北山又有小列秃、乜克力相侵逼，非得蒙古后裔镇之不可。今安定王族人陕巴，乃故忠义王脱脱近属从孙，可主哈密。”天子以为然，而诸番亦共奏陕巴当立。五年春立陕巴为忠顺王，赐印诰、冠服及守城戎器，擢阿木郎都督佥事，与都督同知奄克孛剌共辅之。
已而诸番索陕巴犒赐不得，皆怨。阿木郎又引乜克力人掠土鲁番牛马，阿黑麻怒，六年春潜兵夜袭哈密，杀其人百余，逃及降者各半。陕巴与阿木郎据大土剌以守。大土剌，华言大土台也。围三日不下。阿木郎急调乜克力、瓦剌二部兵来援，俱败去。乃执陕巴，擒阿木郎支解之。牙兰复据守，并移书边臣诉阿木郎罪。时土鲁番先后贡使皆未还。边臣以其书不逊，且僣称可汗，乞命将遣兵先剿除牙兰，然后直抵土鲁番，馘阿黑麻之首，取还陕巴。否则降敕严责，令还陕巴，乃宥其罪。廷议从后策，令守臣拘贡使，纵数人还，赍敕晓示祸福。帝如其请，命廷推大臣赴甘肃经略。
初，哈密变闻，丘浚谓马文升曰：“西陲事重，须公一行。”文升曰：“国家有事，臣子义不辞难。然番人嗜利，不善骑射，自古未有西域能为中国患者，徐当靖之。”浚复以为言，文升请行。廷臣佥言北寇强，本兵未可远出，乃推兵部右侍郎张海、都督同知缑谦二人。帝赐敕指授二人，而二人皆庸才，但遣土鲁番人归谕其主，令献还侵地，驻甘州待之。明年，阿黑麻遣使叩关求贡，诡言愿还陕巴及哈密，乞朝廷亦还其使者。海等以闻，请再降敕宣谕。廷议言，先已降敕，今若再降，有伤国体，宜令海等自遣人往谕。不从命，则仍留前使，且尽驱新使出关，永不许贡，仍与守臣檄罕东、赤斤诸部兵，直捣哈密，袭斩牙兰。如无机可乘，则封嘉峪关，毋纳其使。陕巴虽封王，其还与否，于中国无损益，宜别择贤者代之。帝以陕巴既与中国无损益，则哈密城池已破，如献还，当若何处之。廷臣复言陕巴乃安定王千奔之侄，忠顺王之孙，向之封王，欲令镇抚一方尔。今被虏，孱弱可知，即使复还，势难复立。宜革其王爵，居之甘州，犒赉安定王，谕以不复立之故。令都督奄克孛剌总理哈密事，与回回都督写亦虎仙，哈剌灰都督拜迭力迷失等分领三种番人以辅之。且修浚苦峪城堑，凡番人散处甘、凉者，令悉还其地，给以牛具口粮。若陕巴未还，不必索取，我不急陕巴，彼将自还也。帝悉如其言，敕谕海等。海等见敕书将弃陕巴，甚喜，即逐其贡使，闭嘉峪关，缮修苦峪城，令流寓番人归其地，拜疏还朝。八年正月至京，言官交章劾其经略无功，并下吏贬秩，而哈密终不还。
文升锐意谋兴复，用许进巡抚甘肃以图之。进偕大将刘宁等潜师夜袭，牙兰逸去，斩其遗卒，抚降余众而还。自明初以来，官军无涉其地者，诸番始知畏，阿黑麻亦欲还陕巴。然哈密屡破，遗民入居者旦暮虞寇。阿黑麻果复来攻，固守不下，讫散去。诸人自以穷窘难守，尽焚室庐，走肃州求济。边臣以闻，诏赐牛具、谷种，并发流寓三种番人及哈密之寄居赤斤者，尽赴苦峪及瓜、沙州，俾自耕牧，以图兴复。
时哈密无王，奄克孛剌为之长。十年遣其党写亦虎仙等来贡，给币帛五千酬其直，使臣犹久留，大肆咆｛休灬｝。礼官徐琼等极论其罪，乃驱之去。时诸番以朝廷闭关绝贡不得入，咸怨阿黑麻，阿黑麻悔，送还陕巴及哈密之众，乞通贡如故。廷议谓无番文不可骤许，必令具文乃从其请。陕巴前议废，今使暂居甘州，俟众头目俱归心，然后修复哈密城堑，令复旧业。帝悉从之。冬，起王越总制三边军务兼经理哈密。十一年秋，越言哈密不可弃，陕巴亦不可废，宜仍其旧封，令先还哈密，量给修城、筑室之费，犒赐三种番人及赤斤、罕东、小列秃、乜克力诸部，以奖前劳，且责后效。帝亦报可。自是哈密复安，土鲁番亦修贡惟谨。
奄克孛剌者，罕慎弟也，与陕巴不相能。当事患之，令陕巴娶罕慎女，与之结好。陕巴嗜酒掊克，失众心，部下阿孛剌等咸怨。十七年春，阴构阿黑麻迎其幼子真帖木儿主哈密。陕巴惧，挈家走苦峪。奄克孛剌与写亦虎仙在肃州，边臣以二人为番众所服，令还辅陕巴，与百户董杰偕行。杰有胆略。既抵哈密，阿孛剌与其党五人约夜以兵来劫。杰知之，与奄克孛剌等谋，召阿孛剌等计事，立斩之，其下遂不敢叛。乃令陕巴还哈密，真帖木儿还土鲁番。真帖木儿年十三，其母即罕慎女也，闻父已死，兄满速儿嗣为速檀与诸弟相仇杀，惧不敢归，愿倚奄克孛剌，曰：“吾外祖也。”边臣虑与陕巴隙，居之甘州。十八年冬，陕巴卒，其子拜牙即自称速檀，命封为忠顺王。
正德三年，写亦虎仙入贡，不与通事偕行，自携边臣文牒投进。大通事王永怒，疏请究治，写酋亦奏永需求。永供奉豹房，恃宠恣横。诏勿究治，两戒谕之。写酋自是益轻朝廷，潜怀异志。
初，拜牙即嗣职，满速儿与通和，且遣使求真帖木儿，边臣言与之便。枢臣谓土鲁番稔恶久，今见我扶植哈密，声势渐张，乃卑词求贡，以还弟为名。我留其弟，正合古人质其亲爱之意，不可遽遣。帝从之。六年始命写亦虎仙偕都督满哈剌三送之西还，至哈密，奄克孛剌欲止之，二人不可。护至土鲁番，遂以国情输满速儿，且诱拜牙即叛。拜牙即素昏愚，性又淫暴，心怵属部害已，而满速儿又甘言诱之，即欲偕奄克孛剌同往，不从，奔肃州。八年秋，拜牙即弃城叛入土鲁番。满速儿遣火者他只丁据哈密，又遣火者马黑木赴甘肃言拜牙即不能守国，满速儿遣将代守，乞犒赐。
九年四月，事闻，命都御史彭泽往经略。泽未至，贼遣兵分掠苦峪、沙州，声言予我金币万，即归城印。泽抵甘州，谓番人嗜利，可因而款也。遣通事马骥谕令还侵地及王，当予重赏。满速儿伪许之，泽即畀币帛二千及白金酒器一具。十一年五月，拜疏言：“臣遣通事往宣国威，要以重赏，其酋悔过效顺，即以金印及哈密城付之。满哈剌三、写亦虎仙二人召还他只丁，并还所夺赤斤卫印。惟忠顺王在他所，未还。请录效劳人役功，赐臣骸骨归田里。”帝即令还朝。忠顺王迄不返，他只丁亦不肯退，复要重赏，始以城来归。
明年五月，甘肃巡抚李昆上言：“得满速儿牒，谓拜牙即不可复位，即还故土，已失人心，乞别立安定王千奔后裔。此言良然。如必欲其复国，乞敕满速儿兄弟送还，仍厚赐缯帛，冀其效顺。”廷议：“经略西陲已逾三载，而忠顺迄无还期，宜兴师绝贡，不可遂其要求，损我威重。但城印归，国体具在，宜敕责满速儿背负国恩，求取无厌。仍量赐其兄弟，令其速归忠顺。不从，则闭关绝贡，严兵为备。”从之。
初，写亦虎仙与满速儿深相结，故首倡逆谋。已而有隙，满速儿欲杀之，大惧，求他只丁为解，许赂币千五百匹，期至肃州畀之，且啖之入寇，曰肃州可得也。满速儿喜，令与其婿马黑木俱入贡，以觇虚实，且徵其赂。边臣以同来火者撒者儿，乃火者他只丁弟，惧为变，并其党虎都写亦羁之甘州，而督写亦虎仙出关，惧不肯去。他只丁闻其弟被拘，怒，复又夺哈密城，请满速儿移居之，分兵胁据沙州，拥众入寇，至兔儿壩，游击芮宁与参将蒋存礼，都指挥黄荣、王琮各率兵往御。宁先抵娑子壩，遇贼。贼悉众围宁，而分兵缀诸将，宁所部七百人皆战没。贼薄肃州城，索所许币。副使陈九畴固守，且先绝其内应，贼知事泄，虑援兵至，大掠而去。