九月，将士分道进兵，刘綎进逼行长营，约行长为好会。翌日，攻城，斩首九十二。陈璘舟师协堵击，毁倭船百余。行长潜出千余骑扼之，綎不利，退，璘亦弃舟走。麻贵至蔚山，颇有斩获，倭伪退诱之。贵入空垒，伏兵起，遂败。董一元进取晋州，乘胜渡江，连毁二寨。倭退保泗州老营，鏖战下之，前逼新寨。寨三面临江，一面通陆，引海为濠，海艘泊寨下千计，筑金海、固城为左右翼。十月，董一元遣将四面攻城，用火器击碎寨门，兵竞前拔栅。忽营中火药崩，烟焰涨天。倭乘势冲击，固城倭亦至，兵遂大溃，奔还晋州。帝闻，命斩二游击以徇，一元等各带罪立功。是月，福建都御史金学曾报七月九日平秀吉死，各倭俱有归志。十一月，清正发舟先走，麻贵遂入岛山、酉浦，刘綎攻夺曳桥。石曼子引舟师救行长，陈璘邀击败之。诸倭扬帆尽归。自倭乱朝鲜七载，丧师数十万，糜饷数百万，中朝与属国迄无胜算，至关白死而祸始息。
二十七年闰四月，以平倭诏告天下，又敕谕昖曰：“倭奴平秀吉肆为不道，蹂躏尔邦。朕念王世笃忠贞，深用悯恻。七年之中，日以此贼为事。始行薄伐，继示包容，终加严讨。盖不杀乃天之心，而用兵非予得已。安疆靖乱，宜取荡平。神恶凶盈，阴歼魁首，大师乘之，追奔逐北，鲸鲵尽戮，海隅载清，捷书来闻，忧劳始释。惟王虽还旧物，实同新造，振凋起敝，为力倍艰。倭虽遁归，族类尚在。兹命邢玠振旅归京，量留万世德等分布戍守。王宜卧薪尝胆，无忘前耻，惟忠惟孝，缵绍前休。”五月，玠条陈东征善后事宜十事。一，留戍兵，马步水陆共计三万四千有奇，马三千匹。一，定月饷，每年计银九十一万八千有奇。一，定本色，合用米豆，分派辽东、天津、山东等处，每年十三万石。一，留中路海防道。一，裁饷司。一，重将领。一，添巡捕。一，分汛地。一，议操练。一，责成本国。廷臣议：“数年疲耗，今始息肩，自宜内固根本，不当更为繁费。况彼国兵荒之后，不独苦倭之扰，兼苦我兵。故今日善后事宜，仍当商之彼国，先量彼饷之赢绌，始可酌我兵之去留。至于增买马匹，添补标兵，创立巡捕，及至管饷府佐，悉宜停止。”帝命督抚会同国王酌奏。八月，昖献方物，助大工，褒赏如例。十月，请留水兵八千，以资戍守。其撤回官兵，驻札辽阳备警。二十八年四月请将义州等仓遗下米豆运回辽阳。户部议：“输运维艰，莫若径与彼国，振其雕敝，以昭皇仁。”诏曰：“可。”
二十九年二月，兵部覆奏经督条陈七事：“一，练兵士。丽人鸷悍耐寒苦，而长衫大袖，训练无方，宜以束伍之法教之。一，守冲要。朝鲜三面距海，釜山与对马相望，巨济次之，宜各守以重兵，并蔚山、开山等处皆宜戍守。一，修险隘。王京北倚丛山，南环沧海。忠州左右乌、竹二岭，羊肠绕曲，有一夫当关之险。今营垒遗址尚存，亟宜修葺。一，建城池。朝鲜八道，十九无城。平壤西北鸭、浿二江，俱南通海。倘倭别遣一旅占据平壤，则王京声援断绝，皆应修筑屯聚。一，造器械。倭战便陆不便海，以船制重大，不利攻击。今准福唬造百十艘为奇兵，并添造神机百子火箭。一，访异材。朝鲜贵世官，贼世役，一切禁锢，往往走倭走敌，为本国患，宜破格搜采。一，修内治。国家东南临海，以登、旅为门户，镇江为咽喉，应援之兵，不宜尽撤。我自固，亦所以固朝鲜也。”诏朝鲜刻励以行。九月，奏所颁诰命冕服遭变沦失，祈补给，从之。
时倭国内乱，对马岛主平义智悉遣降人还朝鲜，遗书乞和，且扬言秀吉将家康将输粮数十万石为军兴资，以胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相望，岛地不产五谷，资米于朝鲜。兵兴后，绝开市，因百计胁款。秀吉死，我军尽撤，朝鲜畏倭滋甚。欲与倭通款，又惧开罪中国。十二月，昖以岛倭求款来请命。兵部以事难遥度，令总督世德酌议，诏可。三十年十一月，昖言倭使频来要挟和款，兵端渐露，乞选将率兵，督同本国训练修防。帝曰：“曾留将士教习，成法具在，无容再遣。因命其使臣赍敕诫励。三十三年九月，昖复请封珲为世子，礼部仍执立长之议。三十五年四月，昖以家康求和来告，兵部议听王自计而已。由是和款不绝，后三年始画开市之事。
三十六年，昖卒。光海君珲自称署国事，追陪臣来讣，且请谥。帝恶其擅，不允，令该国臣民公义以闻。时我大清兵征服各部，渐近朝鲜。兵部议令该王大修武备，整饬边防，并请敕辽左督抚镇臣，遣官宣达毋相侵犯之意。从之。十月，封珲为国王，从其臣民请也。三十七年二月，谥昖曰昭敬，遣官赐珲及妃柳氏诰命。
初，朝鲜失守，赖中国力得复，倭弃釜山遁。然阴谋启疆，为患不已。于是海上流言倭图釜山，朝鲜与之通。四十一年九月，总兵官杨宗业以闻。珲疏辨，诏慰解之。
四十二年四月，奏请追封生母金氏。礼部按《会典》，嫡母受封而生母先亡者得追赠，乃命封为国王次妃。四十三年十一月，表贺冬至，因奏买回《吾学编》、《弇山堂别集》等书，载本国事与《会典》乖错，乞改正。礼部言：“野史不足凭。今所请耻与逆党同讥，宜悯其诚，宣付史馆。”报可。初，珲为生母已得封，至是复祈给冠服。礼臣以金氏侧室，礼有隆杀，执不可。四十五年正月，珲请至再，帝以珲屡次恳陈，勉从之。
四十七年，杨镐督马林、杜松、刘綎等出师，为我大清兵所败。朝鲜助战兵将，或降或战死。珲告急，诏加优恤。十一月，兵部覆：朝鲜入贡之道，宜添兵防守。诏镇江等处设兵将，令经略熊廷弼调委。四十八年正月，珲奏：“敌兵八月中攻破北关，金台吉自焚，白羊出降。铁岭之役，蒙古宰赛亦为所灭。闻其国谋议以朝鲜、北关、宰赛皆助兵南朝，今北关、宰赛皆灭，不可使朝鲜独存。又闻设兵牛毛寨、万遮岭，欲略宽奠、镇江等处。宽奠、镇江与昌城、义州诸堡隔水相望，孤危非常。敌若从叆阳境上鸦鹘关取路绕出凤凰城里，一日长驱，宽镇、昌城俱莫自保。内而辽左八站，外而东江一城，彼此隔断，声援阻绝，可为寒心。望速调大兵，共为掎角，以固边防。”时辽镇塘报称朝鲜与大清讲和，朝议遂谓珲阳衡阴顺，宜遣官宣谕，或命将监护，其说纷拿。珲疏辨：“二百年忠诚事大，死生一节。”词极剀挚。礼、兵二部请降敕令晓谕，以安其心。帝是其议，然敕令陪臣往，不遣官也。
天启元年八月，改朝鲜贡道，自海至登州，直达京师。时毛文龙以总兵镇皮岛，招集逃民为兵，而仰给于朝鲜。十一月，珲奏力难馈饷，乞循万历东征例，发运山东粟，从之。三年四月，国人废珲而立其侄绫阳君倧，以昭敬王妃之命权国事，令议政府移文督抚转奏，文龙为之揭报。登州巡抚袁可立上言：“珲果不道，宜听太妃具奏，以待中国更立。”疏留中。八月，王妃金氏疏请封倧，礼部尚书林尧俞言：“朝鲜废立之事，内外诸臣抒忠发愤，有谓宜声罪致讨者，有谓勿遽讨且受方贡核颠末者，或谓当责以大义，察舆情之向背者，或谓当令倧讨敌自洗者，众论咸有可采。其谓珲实悖德，倧讨叛臣以赤心奉朝廷者，惟文龙一人耳。皇上奉天讨逆，扶植纲常，此正法也。毋亦念彼素称恭顺，迥异诸裔，则更遣贞士信臣，会同文龙，公集臣民，再四询访。勘辨既明，再请圣断。”报可。十二月，礼部复上言：“臣前同兵部移咨登抚，并札毛师，遣官往勘。今据申送彼国公结十二道，自宗室至八道臣民共称倧为恭顺。且彼之陪臣相率哀吁，谓当此危急之秋，必须君国之主。乞先颁敕谕，令倧统理国事，仍令发兵索赋，同文龙设伏出奇，俟渐有次第，始遣重臣往正封典。庶几字小之中，不失固圉之道。”从之。四年四月，封倧为国王。
五年十二月，文龙报：“朝鲜逆党李适、韩明琏等起兵昌城，直趋王京，被臣擒获。余孽韩润、郑梅等窜入建州，有左议府尹义立约为内应，期今冬大举犯朝鲜。臣已咨国王防守，暂移铁山之众就云从岛柴薪。”登莱巡抚武之望奏：“毛帅自五月以来，营室于须弥，所谓云从岛是也。今十月又徙兵民商贾以实之，而铁山之地空矣。故朝鲜各道疑其有逼处之嫌，甚至布兵以防御之。今镇臣所称李适等之叛，尹义立之内应，臣等微闻之，而未敢遽信焉。信之则益重鲜人之疑，不信则恐贻后来之患。”兵部言：“牵制敌国者，朝鲜也；联属朝鲜者，毛镇也；驾驭毛镇者，登抚也。今抚臣与镇臣不和，以至镇臣与属国不和，大不利。”帝乃饬勉镇抚同心，而韩润、尹义立等令朝鲜自处。倧又请撤辽民安插中土，兵部言：“辽人去留，文龙是视。文龙一日不去，则辽人一日不离。鲜人驱之入岛可也，驱之离岛不可也。宜令镇臣将辽民尽刷过岛，登抚刻期运粮朝鲜，量行救振，以资屯牧。”帝是之。
六年十月，倧上疏曰：
皇朝之于小邦，覆帱之恩，视同服内。顷遭昏乱，潜通敌国，皇天震怒，降黜厥命。臣自权署之初，不敢遑宁，即命陪臣张晚为帅，李适副之，付以国中精锐，进屯宁边，一听毛镇节制，以候协剿之期。而适重兵在握，潜蓄觊觎，遂与龟城府使明琏举兵内叛，直犯京城。晚收余兵蹑其后，与京辅官兵表里夹攻，贼皆授首，而西边军实及列镇储偫罄于是役矣。
毛镇当全辽沦没之后，孤军东渡，寄寓海上，招集辽民前后数十万，亦小邦所仰藉也。顾以封疆多故，土瘠民贫，内供本国之军需，外济镇兵之待哺，生谷有限，支给实难。辽民迫于饥馁，散布村落，强者攫夺，弱者丐乞。小邦兵民被挠不堪，抛弃乡邑，转徙内地。辽民逐食，亦随而入。自昌、义以南，安、肃以北，客居六七，主居三四。向者将此情形具奏，见兵部题覆处分已定，何敢再干。
至韩润及弟潭系逆贼明琏子侄，亡命潜逃，因而勾引来寇。贼既叛国而去，制命已不在臣。尹义立曾任判书，本非议政。顷年差为毛镇接伴官，不称任使，褫职归家，并无怨叛之事。毛镇据王仲保等所诉，都无实事。意必有谗邪之臣，欺妄督抚，以售其交构之计者。
毛帅久镇海外，臣与周旋已近十稔。虽饩牵将竭，彼此俱困，而情谊之殷，实无少损。且其须弥之迁，直为保护累重，将以就便刍薪。一进一退，兵家常事。讹言噂沓，本不介意。窃见部抚移咨曰“虞其逼处”，曰“驱其民，驱其帅”，甚至有“布兵以防，属国携贰”之语，似海外情事，未尽谅悉。臣之请刷辽民，因力不足济，初非虑及逼处也。臣方与毛镇同心一力，建功报主，岂敢有一毫猜防意乎。
帝报曰：“王和协东镇，爱戴中朝，忠贞之忱，溢乎言表。镇军久悬，鲜、辽杂处。久客累主，生寡食多。微王言，朕有不坐照万里之外者。然毛帅在中朝为牵制之师，在王国则唇齿之形也。海上刍輓，已令该部区画，刻期运济。逃难边民，亦令毛帅悉心计处，俾无重为王累。传讹之言，未足介怀，并力一心，王其勉之。”
七年三月，兵部上文龙揭言：“丽官、丽人招敌攻铁山，伤我兵千人，杀丽兵六万，焚粮百余万，敌遂移兵攻丽矣。”帝敕文龙速相机应援。登抚李嵩奏：“朝鲜叛臣韩润等引敌入安州，节度使南以兴自焚死，中国援兵都司王三桂等俱阵亡。”既复奏：“义州及郭山、凌汉、山城俱破，平壤、黄州不战自溃，敌兵直抵中和，游骑出入黄、凤之间，又分向云从，攻掠毛帅，国王及士民迁于江华以避难。”时大清兵所至辄下，朝鲜列城望风奔溃，乃遣使谕倧。倧输款，遂班师。九月，倧奏被兵情形。时熹宗崩，庄烈帝嗣位，优诏励勉焉。
崇祯二年，改每岁两贡为一贡。先是，辽路阻绝，贡使取道登、莱，已十余年矣。自袁崇焕督师，题改觉华，迂途冒险，其国屡请复故。至是遣户曹判书郑斗源从登海来，移书登抚孙元化，属其陈请。元化委官伴送，仍疏闻。帝以水路既有成命，改途嫌于自便，不许。是年六月，督师袁崇焕杀平辽将军左都督毛文龙于双岛。六年六月，倧遗书总兵黄龙言：“文龙旧将孔有德、耿仲明率士卒二万投顺大清，向朝鲜征粮。本国以有德等曩在皮岛为本国患，故未之应。”龙以闻。十年正月，太宗文皇帝亲征朝鲜，责其渝盟助明之罪，列城悉溃。朝鲜告急，命总兵陈洪范调各镇舟师赴援。三月，洪范奏官兵出海。越数日，山东巡抚颜继祖奏属国失守，江华已破，世子被擒，国王出降。今大治舟舰，来攻皮岛、铁山，其锋甚锐。宜急敕沈世魁、陈洪范二镇臣，以坚守皮岛为第一义。帝以继祖不能协图匡救，切责之。亡何，皮岛并为大清兵所破，朝鲜遂绝，不数载而明亦亡矣。朝鲜在明虽称属国，而无异域内。故朝贡络绎，锡赉便蕃，殆不胜书，止著其有关治乱者于篇。至国之风土物产，则具载前史，兹不复录。