二十五年，峘遣使送下海番人六百余至边，赐金币。二十六年正月，峘咨称：“福建人从无泛海至本国者，因往日本市易，为风所漂，前后共获千人以上，皆挟军器货物，致中国火炮亦为倭有，恐起兵端。”诏：“顷年沿海奸民犯禁，福建尤甚，往往为外国所获，有伤国体。海道官员令巡按御史察参。仍赐王银币，以旌其忠。”
三十一年冬，以洪武、永乐间所赐乐器敝坏，奏求律管，更乞遣乐官赴京校习，许之。
三十五年五月有倭船四自浙、直败还，漂入朝鲜境。峘遣兵击歼之，得中国被俘及助逆者三十余人来献，因贺冬至节，帝赐玺书褒谕。三十八年十一月奏：“今年五月，有倭寇驾船二十五只来抵海岸，臣命将李铎等剿杀殆尽，获中国民陈春等三百余人，内招通倭向导陈得等十六人，俱献阙下。”复降敕奖励，厚赉银币，并赐铎等有差。
四十二年九月，峘复上书辨先世非李仁人后，今修《会典》虽蒙厘正，乞著始祖旦、父子春之名，帝令附录《会典》。
隆庆元年六月遣官颁即位诏。时帝将幸太学，来使乞留观礼，许之。是年冬，峘卒，赐谥恭宪，命其侄昖袭封。
万历元年正月上穆宗尊谥、两宫徽号礼成，昖表贺，献方物马匹。时昖屡请赐《皇明会典》，为其先康献王旦雪冤。十六年正月，《会典》成，适贡使愈泓在京，请给前书，以终前命。许之。十七年十一月，陪臣奇芩等入贺冬至，奏称本年六月，大琉球国船遭风至海岸，所有男妇合解京，给文放归。从之。
十九年十一月奏，倭酋关白平秀吉声言明年三月来犯，诏兵部申饬海防。平秀吉者，萨摩州人，初随倭关白信长。会信长为其下所弑，秀吉遂统信长兵，自号关白，劫降六十余州。朝鲜与日本对马岛相望，时有倭夷往来互市。二十年夏五月，秀吉遂分渠帅行长、清正等率舟师逼釜山镇，潜渡临津。时朝鲜承平久，兵不习战，昖又湎酒，弛备，猝岛夷作难，望风皆溃。昖弃王城，令次子珲摄国事，奔平壤。已，复走义州，愿内属。七月，兵部议令驻札险要，以待天兵；号召通国勤王，以图恢复。而是时倭已入王京，毁坟墓，劫王子、陪臣，剽府库，八道几尽没，旦暮且渡鸭绿江，请援之使络绎于道。廷议以朝鲜为国藩篱，在所必争。遣行人薛潘谕昖以兴复大义，扬言大兵十万且至。而倭业抵平壤，朝鲜君臣益急，出避爱州。游击史儒等率师至平壤，战死。副总兵祖承训统兵渡鸭绿江援之，仅以身免。中朝震动，以宋应昌为经略。八月，倭入丰德等郡，兵部尚书石星计无所出，议遣人侦探之，于是嘉兴人沈惟敬应募。惟敬者，市中无赖也。是时秀吉次对马岛，分其将行长等守要害为声援。惟敬至平壤，执礼其卑。行长绐曰：“天朝幸按兵不动，我不久当还。以大同江为界，平壤以西尽属朝鲜耳。”惟敬以闻。廷议倭诈未可信，乃趣应昌等进兵。而星颇惑于惟敬，乃题署游击，赴军前，且请金行间。十二月，以李如松为东征提督。明年正月，如松督诸将进战，大捷于平壤。行长渡大同江，遁还龙山。所失黄海、平安、京畿、江原四道并复，清正亦遁还王京。如松既胜，轻骑趋碧蹄馆，败，退驻开城。事具《如松传》。
初，如松誓师，欲斩惟敬，以参军李应试言而止。至是败，气缩，而应昌急图成功，倭亦乏食有归志，因而封贡之议起。应昌得倭报惟敬书，乃令游击周弘谟同惟敬往谕倭，献王京，返王子，如约纵归。倭果于四月弃王城遁。时汉江以南千有余里朝鲜故土复定，兵部言宜令王还国居守，我各镇兵久疲海外，以次撤归为便。诏可。应昌疏称：“釜山虽濒海南，犹朝鲜境，有如倭觇我罢兵，突入再犯，朝鲜不支，前功尽弃。今拨兵协守为第一策，即议撤，宜少需，俟倭尽归，量留防戍。”部议留江浙兵五千，分屯要害，仍谕昖搜练军实，毋恃外援。已而沈惟敬归自釜山，同倭使来请款，而倭随犯咸安、晋州，逼全罗，声复汉江以南，以王京、汉江为界。如松计全罗饶沃，南原府尤其咽喉，乃命诸将分守要害。已，倭果分犯，我师并有斩获。兵科给事中张辅之、辽东都御史赵耀皆言款贡不可轻受。七月，倭从釜山移西生浦，送回王子、陪臣。时师久暴露，闻撤，势难久羁。应昌请留刘綎川兵，吴惟忠、骆尚志等南兵，合蓟、辽兵共万六千，听綎分布尚之大丘，月饷五万两，资之户兵二部。先是，发帑给军费，已累百万。廷臣言虚内实外非长策，请以所留川兵命綎训练，兵饷令本国自办。于是诏撤惟忠等兵，止留綎兵防守。谕朝鲜世子临海君珒居全庆，以顾养谦为经略。九月，昖以三都既复，疆域再造，上表谢恩。然时倭犹据釜山也，星益一意主款。九月，兵部主事曾伟芳言：“关白大众已还，行长留待。知我兵未撤，不敢以一矢加遗。欲归报关白卷土重来，则风不利，正苦冬寒。故款亦去，不款亦去。沈惟敬前于倭营讲购，咸安、晋州随陷，而俗恃款冀来年不攻，则速之款者，正速之来耳。故款亦来，不款亦来。宜令朝鲜自为守，吊死问孤，练兵积粟，以图自强。”帝以为然，因敕谕昖者甚至。
二十二年正月，昖遣金晬等进方物谢恩。礼部郎中何乔远奏：“晬涕泣言倭寇猖獗，朝鲜束手受刃者六万余人。倭语悖慢无礼，沈惟敬与倭交通，不云和亲，辄曰乞降。臣谨将万历十九年中国被掠人许仪所寄内地书、倭夷答刘綎书及历年入寇处置之宜，乞特敕急止封贡。”诏兵部议。时廷臣交章，皆以罢封贡、议战守为言。八月，养谦奏讲贡之说，贡道宜从宁波，关白宜封为日本王，谕行长部倭尽归，与封贡如约。九月，昖请许保国。帝乃切责群臣阻挠，追褫御史郭实等。诏小西飞入朝，集多官面议，要以三事：一，勒倭尽归巢；一，既封不与贡；一，誓无犯朝鲜。倭俱听从，以闻。帝复谕于左阙，语加周复。十二月，封议定，命临淮侯李宗城充正使，以都指挥杨方亨副之，同沈惟敬往日本，王给金印，行长授都督佥事。
二十三年九月，昖奏立次子珲为嗣。先是，昖庶长子临海君珒陷贼中，惊忧成疾，次子光海君珲收集流散，颇著功绩，奏请立之。礼部尚书范谦言继统大义，长幼定分，不宜僣差，遂不许。至是复奏，引永乐间恭定王例上请，礼臣执奏，不从。二十四年五月，昖复疏请立珲，礼部仍执不可，诏如议。时国储未建，中外恫疑，故尚书范谦于朝鲜易封事三疏力持云。
九月，封使至日本。先是，沈惟敬抵釜山，私奉秀吉蟒玉、翼善冠、地图、武经、良马。而李宗城以贪淫为倭守臣所逐，弃玺书夜遁。事闻，逮问。乃以方亨充正使，加惟敬神机营衔副之。及是奉册至，关白怒朝鲜王子不来谢，止遣二使奉白土绸为贺，拒其使不见，语惟敬曰：“若不思二子、三大臣、三都、八道悉遵天朝约付还，今以卑官微物来贺，辱小邦邪？辱天朝邪？且留石曼子兵于彼，候天朝处分，然后撤还。”翌日奉贡，遣使赍表文二道，随册使渡海至朝鲜。廷议遣使于朝鲜，取表文进验，其一谢恩，其一乞天子处分朝鲜。
初，方亨诡报去年从釜山渡海，倭于大版受封，即回和泉州。然倭方责备朝鲜，仍留兵釜山如故，谢表后时不发，方亨徒手归。至是，惟敬始投表文，案验潦草，前折用丰臣图书，不奉正朔，无人臣礼。而宽奠副总兵马楝报清正拥二百艘屯机张营。方亨始直吐本末，委罪惟敬，并呈石星前后手书。帝大怒，命逮石星、沈惟敬案问。以兵部尚书邢玠总督蓟、辽；改麻贵为备倭大将军，经理朝鲜；佥都御史杨镐驻天津，申警备；杨汝南、丁应泰赞画军前。
五月，玠至辽。行长建楼，清正布种，岛倭窖水，索朝鲜地图，玠遂决意用兵。麻贵望鸭绿江东发，所统兵仅万七千人，请济师。玠以朝鲜兵惟娴水战，乃疏请募兵川、浙，并调蓟、辽、宣、大、山、陕兵及福建、吴淞水师，刘綎督川、汉兵听剿。贵密报候宣、大兵至，乘倭未备，掩釜山，则行长擒，清正走。玠以为奇计，乃檄杨元屯南原，吴惟忠屯忠州。
六月，倭数千艘泊釜山，戮朝鲜郡守安弘国，渐逼梁山、熊川。惟敬率营兵二百，出入釜山。玠阳为慰藉，檄杨元袭执之，缚至贵营，惟敬执而向导始绝。七月，倭夺梁山、三浪，遂入庆州，侵闲山。统制元均兵溃，遂失闲山。闲山岛在朝鲜西海口，右障南原，为全罗外藩，一失守则沿海无备，天津、登、莱皆可扬帆而至。而我水兵三千甫抵旅顺，闲山破，经略檄守王京西之汉江、大同江，扼倭西下，兼防运道。
八月，清正围南原，乘夜猝攻，守将杨元遁。时全州有陈愚衷，去南原仅百里，南原告急，愚衷不敢救，闻已破，弃城走。麻贵遣游击牛伯英赴援，与愚衷合兵，屯公州。倭遂犯全庆，逼王京。王京为朝鲜八道之中，东阻乌岭、忠州，西则南原、全州，道相通。自二城失，东西皆倭，我兵单弱，因退守王京，依险汉江。麻贵请于玠欲弃王京退守鸭绿江。海防使萧应宫以为不可，自平壤兼程趋王京止之。麻贵发兵守稷山，朝鲜亦调都体察使李元翼由乌岭出忠清道遮贼锋。玠既身赴王京，人心始定。玠召参军李应试问计，应试请问庙廷主画云何。玠曰：“阳战阴和，阳剿阴抚，政府八字密画，无泄也。应试曰：“然则易耳。倭叛以处分绝望，其不敢杀杨元，犹望处分也。直使人谕之曰沈惟敬不死，则退矣。”因请使李大谏于行长，冯仲缨于清正，玠从之。九月，倭至汉江，杨镐遣张贞明持惟敬手书往，责其动兵，有乖静候处分之实。行长、正成亦尤清正轻举，乃退屯井邑。麻贵遂报青山、稷山大捷。萧应宫揭言：“倭以惟敬手书而退，青山、稷山并未接战，何得言功？”玠、镐怒，遂劾应宫恇怯，不亲解惟敬，并逮。
十一月，玠征兵大集，帝发帑金犒军，赐玠尚方剑，而以御史陈效监其军。玠大会诸将，分三协。镐同贵率左右协，自忠州、乌岭向东安，趋庆州，专攻清正。使李大谏通行长，约勿往援。复遣中协屯宜城，东援庆州，西扼全罗。以余兵会朝鲜合营，诈攻顺天等处，以牵制行长东援。十二月，会庆州。麻贵遣黄庆赐贿清正约和，而率大兵奄至其营。时倭屯蔚山，城依山险，中一江通釜寨，其陆路由彦阳通釜山。贵欲专攻蔚山，恐釜倭由彦阳来援，乃多张疑兵，又遣将遏其水路，遂进逼倭垒。游击摆寨以轻骑诱倭入伏，斩级四百余，获其勇将，乘胜拔两栅。倭焚死者无算，遂奔岛山，连筑三寨。翌日，游击茅国器统浙兵先登，连破之，斩获甚多，倭坚壁不出。岛山视蔚山高，石城坚甚，我师仰攻多损伤。诸将乃议曰：“倭艰水道，饷难继，第坐困之，清正可不战缚也。”镐等以为然，分兵围十日夜，倭饥甚，伪约降缓攻。俄行长援兵大至，将绕出军后。镐不及下令，策马西奔，诸军皆溃。遂撤兵还王京，士卒物故者二万。上闻之，震怒。乃罢镐听勘，以天津巡抚万世德代。事详《镐传》。
二十六年正月，邢玠以前役乏水兵无功，乃益募江南水兵，议海运，为持久计。二月，都督陈璘以广兵，刘綎以川兵，邓子龙以浙、直兵先后至。玠分兵三协，为水陆四路，路置大将。中路如梅，东路贵，西路綎，水路璘，各守汛地，相机行剿。时倭亦分三窟。东路则清正，据蔚山。西路则行长，据粟林、曳桥，建砦数重。中路则石曼子，据泗州。而行长水师番休济饷，往来如驶。我师约日并进，寻报辽阳警，李如松败没，诏如梅还赴之，中路以董一元代。
当应泰之劾镐也，昖请回乾断，崇励镇抚，以毕征讨。上不许。又应泰曾以筑城之议为镐罪案，谓坚城得志，启朝鲜异日之患，于是昖奏辨。帝曰：“连年用兵发饷，以尔国素效忠顺故也，毋以人言自疑。”