昌州长官司 威龙长官司 普济长官司(俱属建昌卫) 马喇长官司(属盐井卫) 邛部长官司(属越巂卫)
广西都司
桂林右卫 桂林中卫 南宁卫 柳州卫 驯象卫 南丹卫 (已下添设)庆远卫 浔州卫 奉议卫 广西护卫 梧州千户所 怀集千户所 武缘千户所古田千户所 贵县千户所 贺县千户所 全州千户所 太平千户所 象州千户所平乐千户所 郁林千户所 宾州千户所 来宾千户所 富川千户所 容县千户所 融县千户所 灌阳千户所 河池千户所 武宣千户所 向武千户所 五屯々田千户所 迁江屯田千户所 靖江府仪卫司
云南都司(旧有鹤庆、通海二千户所，革)
云南左卫 云南右卫 云南前卫 大理卫 楚雄卫 临安卫 景东卫 曲靖卫 洱海卫 永昌卫(旧为金齿军民指挥使司) 蒙化卫 平夷卫 赵州卫 六凉卫 云南中卫 云南后卫 (已下后设) 广南卫 大罗卫 澜沧卫(以澜沧军民指挥使司改) 腾冲卫(以腾冲军民指挥使司改) 安宁千户所 宜良千户所 易门千户所 杨林堡千户所 十八寨千户所 通海前前千户所 通海右右千户所 定远千户所 马隆千户所 姚安千户所 姚安中屯千户所 武定千户所木密关千户所 镇安千户所(旧为金齿千户所，万历十三年改，驻守猛淋) 镇姚千户所(旧为永昌千户所，万历十三年改，驻守老姚关) 永平前前千户所永平后后千户所 腾冲千户所 新安千户所 凤梧千户所
土官
茶山长官司 潞江安抚司 凤溪长官司 施甸长官司 镇道安抚司 杨塘安抚司(俱属永昌卫) 蛮莫安抚司 猛脸长官司 猛养长官司(俱万历十三年改设)
贵州都司(旧有层台、重安二千户所，俱革。旧有平伐长官司，后隶贵阳府。旧有平浪、九名九姓独山州二长官司，后隶都匀府。)
贵州卫 永宁卫 普定卫 平越卫 乌撒卫 普安卫 赤水卫 威清卫 兴隆卫 新添卫 清平卫 平坝卫 安庄卫 龙里卫 安南卫 都匀卫 毕节卫贵州前卫旧无，后设) 黄平千户所 普市千户所 重安千户所 安龙千户所白撒千户所 摩泥千户所 关索岭千户所 阿落密千户所 平夷千户所 安南千户所 乐民千户所 七星关千户所
土官
新添长官司 小平伐长官司 把平寨长官司 丹平长官司 丹行长官司(已上属新添卫) 杨义长官司(属平越卫) 大平伐长官司(属龙里卫)
◎中军都督府
○在京
留守中卫 神策卫 应天卫 和阳卫 (俱南京旧卫，永乐十八年调) 牧马千户所(南京旧所调) 蕃牧千户所(添设)
在外
△直隶
扬州卫 高邮卫 仪真卫 淮安卫 镇海卫 滁州卫 徐州卫 苏州卫 太仓卫 金山卫 新安卫 泗州卫 寿州卫 邳州卫 大河卫 沂州卫 安庆卫宿州卫(旧为千户所) 潼关卫 (已下旧属河南都司) 归德卫 武平卫 镇江卫 (已下添设) 庐州卫 六安卫 徐州左卫 建阳卫 汝宁千户所 松江中千户所 青村中前千户所 南汇嘴中后千户所 嘉兴中左千户所(在府) 吴淞江千户所 宝山千户所 刘河堡中千户所 崇明沙千户所 兴化千户所 通州千户所 泰州千户所 盐城千户所 东海中千户所 海州中前千户所 莒州千户所
中都留守司