秦以光禄勋李俨为河州刺史，镇武始。
王猛以潞川之功，请以邓羌为司隶。秦王坚下诏曰：“司隶校尉，董牧皇畿，吏责甚重，非所以优礼名将。光武不以吏事处功臣，实贵之也。羌有廉、李之才，朕方委以征伐之事，北平匈奴，南荡扬、越，羌之任也，司隶何足以婴之！其进号镇军将军，位特进。”
九月，秦王坚还长安。归安元侯李俨卒于上邽，坚复以俨子辩为河州刺史。
冬，十月，秦王坚如鄴，猎于西山，旬馀忘返。伶人王洛叩马谏曰：“陛下群生所系，今久猎不归，一旦患生不虞，奈太后、天下何！”坚为之罢猎还宫。王猛因进言曰：“畋猎诚非急务，王洛之言，不可忘也。”坚赐洛帛百匹，拜官箴左右，自是不复猎。
大司马温恃其材略位望，阴蓄不臣之志，尝抚枕叹曰：“男子不能流芳百世，亦当遗臭万年！”术士杜炅能知人贵贱，温问炅以己禄位所至，炅曰：“明公勋格宇宙，位极人臣。”温不悦。温欲先立功河朔，以收时望，还受九锡。及枋头之败，威名顿挫。既克寿春，谓参军郗超曰：“足以雪枋头之耻乎？”超曰：“未也。”久之，超就温宿，中夜，谓温曰：“明公都无所虑乎？”温曰：“卿欲有言邪？”超曰：“明公当天下重任，今以六十之年，败于大举，不建不世之勋，不足以镇惬民望！”温曰：“然则奈何？”超曰：“明公不为伊、霍之举者，无以立大威权，镇压四海。”温素有心，深以为然，遂与之定议。以帝素谨无过，而床第易诬，乃言“帝早有痿疾，嬖人相龙、计好、硃炅宝等，参侍内寝，二美人田氏、孟氏生三男，将建储立王，倾移皇基。”密播此言于民间，时人莫能审其虚实。
十一月，癸卯，温自广陵将还姑孰，屯于白石。丁未，诣建康，讽褚太后，请废帝，立丞相会稽王昱，并作令草呈之。太后方在佛屋烧香，内侍启云：“外有急奏。”太后出，倚户视奏数行，乃曰：“我本自疑此！”至半，便止，索笔益之曰：“未亡人不幸罹此百忧，感念存没，心焉如割。”
己酉，温集百官于朝堂。废立既旷代所无，莫有识其故典者，百官震忄栗。温亦色动，不知所为。尚书仆射王彪之知事不可止，乃谓温曰：“公阿衡皇家，当倚傍先代。”乃命取《霍光传》，礼度仪制，定于须臾。彪之朝服当阶，神彩毅然，曾无惧容。文武仪准，莫不取定，朝廷以此服之。于是宣太后令，废帝为东海王，以丞相、录尚书事、会稽王昱统承皇极。百官入太极前殿，温使督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收帝玺绶。帝著白帢单衣，步下西堂，乘犊车出神虎门，群臣拜辞，莫不歔欷。侍御史、殿中监将兵百人卫送东海第。温帅百官具乘舆法驾，迎会稽王于会稽邸。王于朝堂变服，著平巾帻、单衣，东向流涕，拜受玺绶，是日，即皇帝位，改元。温出次中堂，分兵屯卫。温有足疾，诏乘舆入殿。温撰辞，欲陈述废立本意，帝引见，便泣下数十行，温兢惧，竟不能一言而出。
太宰武陵王晞，好习武事，为温所忌，欲废之，以事示王彪之。彪之曰：“武陵亲尊，未有显罪，不可以猜嫌之间便相废徙。公建立圣明，当崇奖王室，与伊、周同美；此大事，宜更深详。”温曰：“此已成事，卿勿复言！”乙卯，温表“晞聚纳轻剽，息综矜忍；袁真叛逆，事相连染。顷日猜惧，将成乱阶。请免晞官，以王归籓。”从之，并免其世子综、梁王逢等官。温使魏郡太守毛安之帅所领宿卫殿中。安之，虎生之弟也。
庚戌，尊褚太后曰崇德太后。
初，殷浩卒，大司马温使人赍书吊之。浩子涓不答，亦不诣温，而与武陵王晞游。广州刺史庾蕴，希之弟也，素与温有隙。温恶殷、庾宗强，欲去之。辛亥，使其弟祕逼新蔡王晃诣西堂叩头自列，称与晞及子综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等谋反；帝对之流涕，温皆收付廷尉。倩、柔，皆蕴之弟也。癸丑，温杀东海王三子及其母。甲寅，御史中丞谯王恬承温旨，请依律诛武陵王晞。诏曰：“悲惋惶怛，非所忍闻，况言之哉！其更详议！”恬，承之孙也。乙卯，温重表固请诛晞，词甚酷切。帝乃赐温手诏曰：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏；如其大运去矣，请避贤路。”温览之，流汗变色，乃奏废晞及三子，家属皆徙新安郡。丙辰，免新蔡王晃为庶人，徙衡阳；殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔皆族诛，庾蕴饮鸩死。蕴兄东阳太守友子妇，桓豁之女也，故温特赦之。庾希闻难，与弟会稽王参军邈及子攸之逃于海陵陂泽中。温既诛殷、庾，威势翕赫，侍中谢安见温遥拜。温惊曰：“安石，卿何事乃尔？”安曰：“未有君拜于前，臣揖于后。”
戊午，大赦，增文武位二等。
己未，温如白石，上书求归姑孰。庚申，诏进温丞相，大司马如故，留京师辅政；温固辞，仍请还镇。辛酉，温自白石还姑孰。
秦王坚闻温废立，谓群臣曰：“温前败灞上，后败枋头，不能思愆自贬以谢百姓，方更废君以自说，六十之叟，举动如此，将何以自容于四海乎！谚曰：‘怒其室而作色于父。’其桓温之谓矣。”
秦车骑大将军王猛，以六州任重，言于秦王坚，请改授亲贤；及府选便宜，辄已停寝，别乞一州自效。坚报曰：“朕之于卿，义则君臣，亲逾骨肉，虽复桓、昭之有管、乐，玄德之有孔明，自谓逾之。夫人主劳于求才，逸于得士。既以六州相委，则朕无东顾之忧，非所以为优崇，乃朕自求安逸也。夫取之不易，守之亦难，苟任非其人，患生虑表，岂独朕之忧，亦卿之责也，故虚位台鼎而以分陕为先。卿未照朕心，殊乖素望。新政俟才，宜速铨补；俟东方化洽，当衮衣西归。”仍遣侍中梁谠诣鄴谕旨，猛乃视事如故。
十二月，大司马温奏：“废放之人，屏之以远，不可以临黎元。东海王宜依昌邑故事，筑第吴郡。”太后诏曰：“使为庶人，情有不忍，可特封王。”温又奏：“可封海西县侯。”庚寅，封海西县公。
温威振内外，帝虽处尊位，拱默而已，常惧废黜。先是，荧惑守太微端门，逾月而海西废。辛卯，荧惑逆行入太微，帝甚恶之。中书侍郎郗超在直，帝谓超曰：“命之修短，本所不计，故当无复近日事邪？”超曰：“大司马臣温，方内固社稷，外恢经略，非常之事，臣以百口保之。”及超请急省其父，帝曰：“致意尊公，家国之事，遂至于此，由吾不能以道匡卫，愧叹之深，言何能谕！”因咏庾阐诗云：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”遂泣下沾襟。帝美风仪，善容止，留心典籍，凝尘满席，湛如也。虽神识恬畅，然无济世大略，谢安以为惠帝之流，但清谈差胜耳。
郗超以温故，朝中皆畏事之。谢安尝与左卫将军王坦之共诣超，日旰未得前，坦之欲去，安曰：“独不能为性命忍须臾邪？”
秦以河州刺史李辩领兴晋太守，还镇枹罕。徙凉州治金城。张天锡闻秦有兼并之志，大惧，立坛于姑臧南，刑三牲。帅其官属，遥与晋三公盟。遣从事中郎韩博奉表送盟文，并献书于大司马温，期以明年夏同大举，会于上邽。是岁，秦益州刺史王统攻陇西鲜卑乞伏司繁于度坚山，司繁帅骑三万拒统于苑川。统潜袭度坚山，司繁部落五万馀皆降于统；其众闻妻子已降秦，不战而溃。司繁无所归，亦诣统降。秦王坚以司繁为南单于，留之长安；以司繁从叔吐雷为勇士护军，抚其部众。