太尉杨赐时为司徒，上书言：“角诳曜百姓，遭赦不悔，稍益滋蔓。今若下州郡捕讨，恐更骚扰，速成其患。宜切敕刺史、二千石，简别流民，各护归本郡，以孤弱其党，然后诛其渠帅，可不劳而定。”会赐去位，事遂留中。司徒掾刘陶复上疏申赐前议，言：“角等阴谋益甚，四方私言，云角等窃入京师，觇视朝政。鸟声兽心，私共鸣呼。州郡忌讳，不欲闻之，但更相告语，莫肯公文。宜下明诏，重募角等，赏以国土，有敢回避，与之同罪。”帝殊不为意，方诏陶次第春秋条例。角遂置三十六方，方犹将军也。大方万馀人，小方六七千，各立渠帅。讹言：“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉。”以白土书京城寺门及州郡官府，皆作“甲子”字。大方马元义等先收荆、扬数万人，期会发于鄴。元义数往来京师，以中常侍封谞、徐奉等为内应，约以三月五日内外俱起。
孝灵皇帝中中平元年（甲子，公元一八四年）
春，角弟子济南唐周上书告之。于是收马元义，车裂于雒阳。诏三公、司隶案验宫省直卫及百姓有事角道者，诛杀千馀人；下冀州逐捕角等。角等知事已露，晨夜驰敕诸方，一时俱起，皆著黄巾以为标帜，故时人谓之“黄巾贼”。二月，角自称天公将军，角弟宝称地公将军，宝弟梁称人公将军，所在燔烧官府，劫略聚邑，州郡失据，长吏多逃亡；旬月之间，天下响应，京师震动。安平、甘陵人各执其王应贼。
三月，戊申，以河南尹何进为大将军，封慎侯，率左右羽林、五营营士屯都亭，修理器械，以镇京师；置函谷、太谷、广成、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津八关都尉。帝召群臣会议。北地太守皇甫嵩以为宜解党禁，益出中藏钱、西园厩马以班军士。嵩，规之兄子也。上问计于中常侍吕强，对曰：“党锢久积，人情怨愤，若不赦宥，轻与张角合谋，为变滋大，悔之无救。今请先诛左右贪浊者，大赦党人，料简刺史、二千石能否，则盗无不平矣。”帝惧而从之。壬子，赦天下党人，还诸徙者；唯张角不赦。发天下精兵，遗北中郎将卢植讨张角，左中郎将皇甫嵩、右中郎将硃俊讨颍川黄巾。
是时中常侍赵忠、张让、夏恽、郭胜、段珪、宋典等皆封侯贵宠，上常言：“张常侍是我公，赵常侍是我母。”由是宦官无所惮畏，并起第宅，拟则宫室。上尝欲登永安候台，宦官恐望见其居处，乃使中大人尚但谏曰：“天子不当登高，登高则百姓虚散。”上自是不敢复升台榭。及封谞、徐奉事发，上诘责诸常侍曰：“汝曹常言党人欲为不轨，皆令禁锢，或有伏诛者。今党人更为国用，汝曹反与张角通，为可斩未？”皆叩头曰：“此王甫、侯览所为也！”于是诸常侍人人求退，各自征还宗亲、子弟在州郡者。赵忠、夏恽等遂共谮吕强，云与党人共议朝廷，数读霍光传。强兄弟所在并皆贪秽。帝使中黄门持兵召强。强闻帝召，怒曰：“吾死，乱起矣！丈夫欲尽忠国家，岂能对狱吏乎！”遂自杀。忠、恽复谮曰：“强见召，未知所问而就外自屏，有奸明审。”遂收捕其宗亲，没入财产。侍中河内向栩上便宜，讥刺左右。张让诬栩与张角同心，欲为内应，收送黄门北寺狱，杀之。郎中中山张钧上书曰：“窃惟张角所以能兴兵作乱，万民所以乐附之者，其源皆由十常侍多放父兄、子弟、婚亲、宾客典据州郡，辜榷财利，侵掠百姓，百姓之冤，无所告诉，故谋议不轨，聚为盗贼。宜斩十常侍，县头南郊，以谢百姓，遣使者布告天下，可不须师旅而大寇自消。”帝以钧章示诸常侍，皆免冠徒跣顿首，乞自致雒阳诏狱，并出家财以助军费。有诏，皆冠履视事如故。帝怒钧曰：“此真狂子也！十常侍固常有一人善者不！”御史承旨，遂诬奏钧学黄巾道，收掠，死狱中。
庚子，南阳黄巾张曼成攻杀太守褚贡。
帝问太尉杨赐以黄巾事，赐所对切直，帝不悦。夏，四月，赐坐寇贼免。以太仆弘农邓盛为太尉。已而帝阅录故事，得赐与刘陶所上张角奏，乃封赐为临晋侯，陶为中陵乡侯。
司空张济罢；以大司农张温为司空。
皇甫嵩、硃俊合将四万馀人，共讨颍川，嵩、俊各统一军。俊与贼波才战，败；嵩进保长社。
汝南黄巾败太守赵谦于邵陵。广阳黄巾杀幽州刺吏郭勋及太守刘卫。
波才围皇甫嵩于长社。嵩兵少，军中皆恐。贼依草结营，会大风，嵩约敕军士皆束苣乘城，使锐士间出围外，纵火大呼，城上举燎应之，嵩从城中鼓噪而出，奔击贼陈，贼惊乱，奔走。会骑都尉沛国曹操将兵适至，五月，嵩、操与硃俊合军，更与贼战，大破之，斩首数万级。封嵩都乡侯。
操父嵩，为中常侍曹腾养子，不能审其生出本末，或云夏侯氏子也。操少机警，有权数，而任侠放荡，不治行业。世人未之奇也，唯太尉桥玄及南阳何颙异焉。玄谓操曰：“天下将乱，非命世之才，不能济也。能安之者，其在君乎！”颙见操，叹曰：“汉家将亡，安天下者，必此人也。”玄谓操曰：“君未有名，可交许子将。”子将者，训之从子劭也，好人伦，多所赏识，与从兄靖俱有高名，好共覈论乡党人物，每月辄更其品题，故汝南俗有月旦评焉。尝为郡功曹，府中闻之，莫不改操饰行。曹操往造劭而问之曰：“我何如人？”劭鄙其为人，不答。操乃劫之，劭曰：“子，治世之能臣，乱世之奸雄。”操大喜而去。
硃俊之击黄巾也，其护军司马北地傅燮上疏曰：“臣闻天下之祸不由于外，皆兴于内。是故虞舜先除四凶，然后用十六相，明恶人不去，则善人无由进也。今张角起于赵、魏，黄巾乱于六州，此皆衅发萧墙而祸延四海者也。臣受戎任，奉辞伐罪，始到颍川，战无不克。黄巾虽盛，不足为庙堂忧也。臣之所惧，在于治水不自其源，末流弥增其广耳。陛下仁德宽容，多所不忍，故阉竖弄权，忠臣不进。诚使张角枭夷，黄巾变服，臣之所忧，甫益深耳。何者？夫邪正之人不宜共国，亦犹冰炭不可同器。彼知正人之功显而危亡之兆见，皆将巧辞饰说，共长虚伪。夫孝子疑于屡至，市虎成于三夫，若不详察真伪，忠臣将复有杜邮之戮矣！陛下宜思虞舜四罪之举，速行谗佞之诛，则善人思进，奸凶自息。”赵忠见其疏而恶之。燮击黄巾，功多当封，忠谮诉之。帝识燮言，得不加罪，竟亦不封。
张曼成屯宛下百馀日。六月，南阳太守秦颉击曼成，斩之。
交趾土多珍货，前后刺史多无清行，财计盈给，辄求迁代，故吏民怨叛，执刺史及合浦太守来达，自称柱天将军。三府选京令东郡贾琮为交趾刺史。琮到部，讯其反状，咸言“赋敛过重，百姓莫不空单。京师遥远，告冤无所，民不聊生，故聚为盗贼。”琮即移书告示，各使安其资业，招抚荒散，蠲复徭役，诛斩渠帅为大害者，简选良吏试守诸县，岁间荡定，百姓以安。巷路为之歌曰：“贾父来晚，使我先反；今见清平，吏不敢饭！”
皇甫嵩、硃俊乘胜进讨汝南、陈国黄巾，追波才于阳翟，击彭脱于西华，并破之，馀贼降散，三郡悉平。嵩乃上言其状，以功归俊，于是进封俊西乡侯，迁镇贼中郎将。诏嵩讨东郡，俊讨南阳。
北中郎将卢植连战破张角，斩获万馀人，角等走保广宗。植筑围凿堑，造作云梯，垂当拔之。帝遣小黄门左丰视军，或劝植以赂送丰，植不肯。丰还，言于帝曰：“广宗贼易破耳，卢中郎固垒息军，以待天诛。”帝怒，槛车征植，减死一等；遣东中郎将陇西董卓代之。
巴郡张脩以妖术为人疗病，其法略与张角同，令病家出五斗米，号“五斗米师”。秋，七月，脩聚众反，寇郡县；时人谓之“米贼”。