及帝崩，乃奔丧京师。时，大将军何进欲诛宦官，召允与谋事，请为从事中郎，转河南尹。献帝即位，拜太仆，再迁守尚书令。
初平元年，代杨彪为司徒，守尚书令如故。及董卓迁都关中，允悉收敛兰台、石室图书秘纬要者以从。既至长安，皆分别条上。又集汉朝旧事所当施用者，一皆奏之。经籍具存，允有力焉。时董卓尚留洛阳，朝政大小，悉委之于允。允矫情屈意，每相承附，卓亦推心，不生乖疑，故得扶持王室于危乱之中，臣主内外，莫不倚恃焉。
允见卓祸毒方深，篡逆已兆，密与司隶校尉黄琬、尚书郑公业等谋共诛之。乃上护羌校尉杨瓚行左将军事，执金吾士孙瑞为南阳太守，并将兵出武关道，以讨袁术为名，实欲分路征卓，而后拔天子还洛阳。卓疑而留之，允乃引内瑞为仆射，瓚为尚书。
二年，卓还长安，录入关之功，封允为温侯，食邑五千户。固让不受。士孙瑞说允曰：“夫执谦守约，存乎其时。公与董太师并位俱封，而独崇高节，岂和光之道邪？”允纳其言，乃受二千户。
三年春，连雨六十余日，允与士孙瑞、杨瓚登台请霁，复结前谋。瑞曰：“自岁末以来，太阳不照，霖雨积时，月犯执法，彗孛仍见，昼阴夜阳，雾气交侵，此期应促尽，内发者胜。几不可后，公其图之。”允然其言，乃潜结卓将吕布，使为内应。会卓入贺，吕布因刺杀之。语在《卓传》。
允初议赦卓部曲，吕布亦数劝之。既而疑曰；“此辈无罪，从其主耳。今若名为恶逆而特赦之，适足使其自疑，非所以安之之道也。”吕布又欲以卓财物班赐公卿、将校，允又不从。而素轻布，以剑客遇之。布亦负有功劳，多自夸伐，既失意望，渐不相平。
允性刚棱疾恶，初惧董卓豺狼，故折节图之。卓既歼灭，自谓无复患难，及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。
董卓将校及在位者多凉州人，允议罢其军。或说允曰：“凉州人素惮袁氏而畏关东。今若一旦解兵，则必人人自危。可以皇甫义真为将军，就领其众，因使留陕以安抚之，而徐与关东通谋，以观其变。”允曰：“不然。关东举义兵者，皆吾徒耳。今若距险屯陕，虽安凉州，而疑关东之心，甚不可也。”
时，百姓讹言，当悉诛凉州人，遂转相恐动。其在关中者，皆拥兵自守。更相谓曰：“丁彦思、蔡伯喈但以董公亲厚，并尚从坐，今既不赦我曹，而欲解兵，今日解兵，明日当复为鱼肉矣。”卓部曲将李傕、郭汜等先将兵在关东，因不自安，遂合谋为乱，攻围长安。城陷，吕布奔走。布驻马青琐门外，招允曰：“公可以去乎？”允曰：“若蒙社稷之灵，上安国家，吾之愿也。如其不获，则奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已，临难苟免，吾不忍也。怒力谢关东诸公，勤以国家为念。”
初，允以同郡宋翼为左冯翊，王宏为右扶风。是时，三辅民庶炽盛，兵谷富实，李傕等欲即杀允，惧二郡为患，乃先征翼、宏。宏遣使谓翼曰：“郭汜、李傕以我二人在外，故未危王公。今日就征，明日俱族。计将安出？”翼曰：“虽祸福难量，然王命所不得避也。”宏曰：“义兵鼎沸，在于董卓，况其党与乎！若举兵共讨君侧恶人，山东必应之，此转祸为福之计也。”翼不从。宏不能独立，遂俱就征，下廷尉。C765乃收允及翼、宏，并杀之。
允时年五十六。长子侍中盖、次子景、定及宗族十余人皆见诛害，唯兄子晨、陵得脱归乡里。天子感恸，百姓丧气，莫敢收允尸者，唯故吏平陵令赵戬弃官营丧。
王宏字长文，少有气力，不拘细行。初为弘农太守，考案郡中有事宦官买爵位者，虽位至二千石，皆掠考收捕，遂杀数十人，威动邻界。素与司隶校尉胡种有隙，及宏下狱，种遂迫促杀之。宏临命诟曰：“宋翼竖儒，不足议大计。胡种乐人之祸，祸将及之。”种后眠辄见宏以杖击之，因发病，数日死。
后迁都于许，帝思允忠节，使改殡葬之，遣虎贲中郎将奉策吊祭，赐东园秘器，赠以本官印绶，送还本郡。封其孙黑为安乐亭侯，食邑三百户。
士孙瑞字君策，扶风人，颇有才谋。瑞以允自专讨董卓之劳，故归功不侯，所以获免于难。后为国三老、光禄大夫。每三公缺，杨彪、皇甫嵩皆让位于瑞。兴平二年，从驾东归，为乱兵所杀。
赵戬字叔茂，长陵人，性质正多谋。初平中，为尚书，典选举。董卓数欲有所私授，戬辄坚拒不听，言色强厉。卓怒，召将杀之，众人悚栗，而戬辞貌自若。卓悔，谢释之。长安之乱，客于荆州，刘表厚礼焉。及曹操平荆州，乃辟之，执戬手曰：“恨相见晚。”卒相国钟繇长史。
论曰：士虽以正立，亦以谋济。若王允之推董卓而引其权，伺其间而敝其罪，当此之时，天下悬解矣。而终不以猜忤为衅者，知其本于忠义之诚也。故推卓不为失正，分权不为苟冒，伺间不为狙诈。及其谋济意从，则归成于正也。
赞曰：陈蕃芜室，志清天纲。人谋虽缉，幽运未当。言观殄瘁，曷非云亡？子师图难，晦心倾节。功全元丑，身残余孽。时有隆夷，事亦工拙。