元起先遣将王元宗等，破季连将李奉伯于新巴，齐晚盛于赤水，众进屯西平。 季连始婴城自守。晚盛又破元起将鲁方达于斛石，士卒死者千余人，师众咸惧，元 起乃自率兵稍进至蒋桥，去成都二十里，留辎重于郫。季连复遣奉伯、晚盛二千人， 间道袭郫，陷之，军备尽没。元起遣鲁方达之众救之，败而反，遂不能克。元起舍 郫，迳围州城，栅其三面而堑焉。元起出巡视围栅，季连使精勇掩之，将至麾下， 元起下舆持楯叱之，众辟易不敢进。
时益部兵乱日久，民废耕农，内外苦饥，人多相食，道路断绝，季连计穷。会 明年，高祖使赦季连罪，许之降。季连即日开城纳元起，元起送季连于京师。城开， 郫乃降。斩奉伯、晚盛。高祖论平蜀勋，复元起号平西将军，增封八百户，并前二 千户。
元起以乡人庾黔娄为录事参军，又得荆州刺史萧遥欣故客蒋光济，并厚待之， 任以州事。黔娄甚清洁，光济多计谋，并劝为善政。元起之克季连也，城内财宝无 所私，勤恤民事，口不论财色。性本能饮酒，至一斛不乱，及是绝之。蜀土翕然称 之。元起舅子梁矜孙性轻脱，与黔娄志行不同，乃言于元起曰：“城中称有三刺史， 节下何以堪之！”元起由此疏黔屡、光济，而治迹稍损。
在州二年，以母老乞归供养，诏许焉。征为右卫将军，以西昌侯萧渊藻代之。 是时，梁州长史夏侯道迁以南郑叛，引魏人，白马戍主尹天宝驰使报蜀，魏将王景 胤、孔陵寇东西晋寿，并遣告急，众劝元起急救之。元起曰：“朝廷万里，军不卒 至，若寇贼侵淫，方须扑讨，董督之任，非我而谁？何事匆匆便救。”黔娄等苦谏 之，皆不从。高祖亦假元起节，都督征讨诸军事，救汉中。比至，魏已攻陷两晋寿。 渊藻将至。元起颇营还装，粮储器械，略无遗者。渊藻入城，甚怨望之，因表其逗 留不忧军事。收付州狱，于狱自缢，时年四十八。有司追劾削爵土，诏减邑之半， 乃更封松滋县侯，邑千户。
初，元起在荆州，刺史随王板元起为从事，别驾庾荜坚执不可，元起恨之。大 军既至京师，荜在城内，甚惧。及城平，元起先遣迎荜，语人曰：“庾别驾若为乱 兵所杀，我无以自明。”因厚遣之。少时又赏至其西沮田舍，有沙门造之乞，元起 问田人曰：“有稻几何？”对曰：“二十斛。”元起悉以施之。时人称其有大度。
元起初为益州，过江陵迎其母，母事道，方居馆，不肯出。元起拜请同行。母 曰：“贫贱家儿忽得富贵，讵可久保，我宁死不能与汝共入祸败。”元起之至巴东， 闻蜀乱，使蒋光济筮之，遇《蹇》，喟然叹曰：“吾岂邓艾而及此乎。”后果如筮。 子铿嗣。
陈吏部尚书姚察曰：永元之末，荆州方未有衅，萧颖胄悉全楚之兵，首应义举。 岂天之所启，人惎之谋？不然，何其响附之决也？颖达叔侄庆流后嗣，夏侯、杨、 邓咸享隆名，盛矣！详之谨厚，杨、蔡廉节，君子有取焉。