十二年，江淮盗起，帝命为南台御史大夫。纳麟承诏即起。仍命兼太尉，设僚属，总制江浙、江西、湖广三省军马。诏遣直省舍人海玉传旨尉谕之。纳麟北面再拜曰：“臣虽耄老，敢不黾勉从事，尽余生以报陛下！”至则修筑集庆城郭。会江浙杭城失守，淮南行省平章政事失列门引兵往援，次于采石。纳麟使止之曰：“闻杭贼易破不足忧，今宣城危急，先宜以兵救宣城。”乃调典瑞院使脱火赤率蒙古军应之，大破贼于堈下门，宣州以安。已而贼陷徽州、广德、常州、宜兴、溧水、溧阳，蔓延丹阳、金坛、句容，略上元、江宁，游兵至钟山，集庆势甚危。纳麟乃力疾治兵，部署士卒，命治书侍御史左答纳失理守城中，中丞伯家奴戍东郊。是时湖广行省平章政事也先帖木儿军和州，纳麟遣使求援。也先帖木儿曰：“我奉命镇江北，不敢往援江东。”纳麟复遣监察御史郑鄈力促其行。也先帖木儿引步骑度采石，至台城，入候纳麟疾。纳麟喜，即以其故闻于朝。已而也先帖木儿兵东趋秣陵，杀贼二千余人，平湖熟镇，尽复上元、江宁境，乘胜入溧阳、溧水，贼溃奔广德，其据龙潭、方山者奔常州。时江浙行省平章政事三旦八、右丞佛家闾亦引兵来会。所在群贼皆败北，州郡悉平。
十三年，纳麟固请谢事，从之，命太尉如故，乃退居庆元。十六年九月，诏以江南行台移置绍兴，复以纳麟为御史大夫，仍太尉。明年，移治绍兴。十八年，赴召，由海道入朝，至黑水洋，阻风而还。十九年，复由海道趋直沽。山东俞宝率战舰断粮道，纳麟命其子安安及同舟人拒之，破其众于海口。八月，抵京师。帝遣使劳以上尊，皇太子亦馈酒脯。而纳麟感疾日亟，卒于通州。年七十有九。