防御海道运粮万户府。至正十五年七月，升台州海道巡防千户所为防御海道运粮万户府。九月，置分府于平江。
添设兵马司。至正十年十月，中书省奏：“东南千里外，妖气见，合立兵马司四处，掌防御之职。”遂置大名兵马司、东平兵马司、济南兵马司、徐州兵马司。每司置都指挥、指挥各二员，副指挥各四员，经历、知事、提控案牍各一员，译史各二人，司吏各十二人，奏差各八人，贴书各二十四人，忽剌罕赤各三十人，司狱各一员，狱丞各一员。十一年，罢沂州分元帅府，改立兵马指挥使司。十五年十月，济宁兵马司添设副指挥二员。
各处宝泉提举司。至正十一年十月，置宝泉提举司于河南行省及济南、冀宁等处，凡九所。江浙、江西、湖广行省各一所。十二年三月，置铜冶场于饶州路德兴县、信州路铅山州、韶州岑水，凡三处。每所置提领一员，正八品；大使一员，从八品；副使一员，正九品；流官内铨注。直隶宝泉提举司，掌浸铜事。
湖南道宣慰使司都元帅府。至元元年六月奏准，湖南道宣慰使司兼都元帅府，总领所辖路分镇守万户军马。
邦牙等处宣慰使司都元帅府，至元四年十二月置。先是，以缅地处云南极边，就立其酋长为帅，三年一贡方物。至是来贡，故改立官府以奖异之。
永昌等处宣慰使司都元帅府。至正三年七月，中书省奏：“阔端阿哈所分地方，接连西番，自脱脱木儿既没之后，无人承嗣。达达人口头匹，时被西番劫夺杀伤，深为未便。”遂定置永昌等处宣慰使司都元帅府以治之，置宣慰使三员、同知二员、副使二员。首领官：经历、知事、照磨各一员，令史十人，蒙古译史四人，知印二人，怯里马赤一人，奏差八人，典吏二人。
山东东西道宣慰使司都元帅府，至正六年十二月改立，掌开设屯田、屯驻军马之事。
荆湖北道宣慰使司都元帅府。至正十一年十一月奏准，荆湖北道宣慰使司兼都元帅府。
浙东宣慰司。至正十二年正月，添设宣慰使一员、同知一员、都事二员。
淮东等处宣慰使司都元帅府，至正十五年二月置。统率濠泗义兵万户府，并洪泽等处义兵。招诱富民，出丁壮五千名者为万户，五百名者为千户，一百名者为百户，降宣敕牌面与之，命置司于泗州天长县。
兴元等处宣慰使司都元帅府，至正十五年十二月置。
江州等处宣慰使司都元帅府，至正十六年九月奏准，宣慰使都元帅廷授，佐贰僚属，命江西行省平章政事道童、火你赤承制署之。
河南宣慰司。至正十九年十月，罢洛阳招讨军民万户府，置宣慰司，以张俊为宣慰使。
东路都蒙古军都元帅府，至正八年正月置。
分元帅府。至正八年十二月，以福建盗起，诏汀、漳二州立分元帅府，以讨捕之。十一月，命买列的开分元帅府于沂州，以镇御东海群盗。十一年正月，湖南宝庆路置分元帅府，又置宝武分元帅府。三月，置山东分元帅府于登州，提调登、莱、宁海三州三十六处海口事。十二年二月，置安东、安丰二处分元帅府。
水军元帅府。至正二十六年二月，置河淮水军元帅府于孟津县。
绍熙军民宣抚司。至元四年，因监察御史言：“四川在宋时，有绍熙一府，统六州、二十县、一百五十二镇。近年雍、梁、淮甸人民，见彼中田畴广阔，开垦成业者，凡二十余万户。”省部议定，遂奏准置绍熙等处军民宣抚司。正官六员，宣抚使、同知、副使各二员。首领官三员，经历、知事、提控案牍各一员。司狱一员，蒙古、儒学教授各一员，令史八人，译吏、知印、怯里马赤各一人，奏差四人。所隶资、普、昌、隆下州四处，盘石、内江、安岳、昌元、贵平下县五处，巡检司一十三处，各设官如制。又置都总使司，命御史大夫脱脱兼都总使，治书侍御史吉当普为副都总使。至元六年十一月，中书又因台臣言裁减冗官事，遂罢绍熙军民宣抚司。
永顺宣抚司。至正十一年四月，改升永顺安抚司为宣抚司。