时杨岳斌初至江西督办军务，檄宝田援南丰，坐迁延被劾，降知府，留军。会大军克江宁，群贼拥洪秀全子福瑱逸出，由开化犯玉山，走泸溪，宝田邀击於新城，进至石城杨家牌，擒洪仁玕、洪仁政、黄文英等。福瑱匿山谷中，捕得之，槛送南昌，伏诛。诏复宝田原官，予云骑尉世职，赐黄马褂，授贵州按察使。时馀贼汪海洋等走广东，四年，宝田自平远邀击，降万馀人，又扼铁石岭，降者二万，诸军合击於嘉应州，全数荡平。论功，江西军以宝田为第一，诏以布政使记名，遇缺题奏。军事既定，请回籍终养，允之。
贵州苗、教诸匪构乱十有馀年，东路素倚湖南援军，自粤匪平后，议大举剿平。先是授兆琛为贵州布政使，偕总兵周洪印率师往，积岁无功。李元度围荆竹园，亦久不下。巡抚李瀚章、刘昆先后劾罢兆琛、洪印，元度亦镌级，荐起宝田招集旧部万人入贵州，总统东路诸军。
六年冬，进军石阡，荆竹园为教匪老巢，宝田审视地势高峻，匪砦环列，惟北面平夷可掩入。七年元旦，进攻，部将黄元果先登，诸将肉薄垒下，一日平十八砦，克荆竹园，擒斩匪首萧桂盛、何瑞堂，其旁三十六砦相继攻下。捷闻，被珍赉。夏，进规寨头。寨头为苗疆门户，诸苗帑贿资粮所萃，连拔东西三屯，阵斩苗酋桂金保，破援贼张臭迷，攻下台笠、丁耙塘诸砦，遂克寨头。分军克天柱，斩其酋陈大六。
会丁继母忧，回籍治丧，提督荣维善暂领其众，寻诏夺情趣赴军，进攻台拱。台拱苗最强，踞清江、镇远二城为犄角。宝田请增兵万人，按察使黄润昌、道员邓子垣领之出晃州为北路，宝田自当南路，令荣维善用雕剿法，转战山谷间，破诸苗砦，渐近镇远。润昌、子垣由思州进攻镇远府城，克之。八年二月，维善连破董敖、公鹅两隘，遂克清江厅城。两军合趋黄飘，山地狭峻，人行顶趾相接，遇伏。维善军疾行先出险，润昌军误以为陷伏中，争道相挤，为贼所乘，润昌、子垣皆战殁。维善闻变，率二百人驰救，被围，为苗所擒，遇害。於是苗氛复炽。
张秀眉犯巴冶，宝田亲督军击走之，进克稿米，令龚继昌、苏元春破苗寨，击走张臭迷等，分军守镇远、施秉。时以宝田军苦战年馀，尚未深入，议罢其军，刘昆仍主专任，复增兵万人，分三路进。九年，会攻施洞，克之。苗走九股河，白洗苗来援，击败之。进攻台拱，破革夷诸砦，薄台拱城下，苗弃城走，克之，加头品顶戴。进军九股河，分别剿抚，凡平黑苗砦二百馀所。鸡讲、丹江苗皆请归化。十年，进攻凯里，一鼓而下。苗溃走雷公山，麕众六七万人，黄茅岭、雷口坪、九眼塘、燕子窝诸寨皆绝险，宝田督诸军冒暑入山，合击张臭迷，斩馘三万，燔其庐舍，剿洗一空。驻军施洞口，宝田遽病风痺，乞假医疗，命部将龚继昌、苏元春、唐本有、谢兰阶分统其军。军事进止机宜，仍禀命於宝田。
十一年，三路进兵，凯北以北悉定。合攻乌雅坡，诸酋皆在，以长围困之。迭战，斩九大白、岩大五於阵，先后降者数万。四月，擒张秀眉、杨大六、金大五等，槛送长沙，伏诛。张臭迷先逸，捕得戮之。诸酋或降或斩，无脱者。苗疆平，诏晋宝田骑都尉世职，家居养疴。光绪十二年，诏以宝田前擒洪福瑱功，命曾国荃绘其像以进。十五年，卒，赠太子少保，优恤。原籍及江西、贵州建专祠。
论曰：贵州之匪，总名有六：曰苗匪、教匪，曰黄号、白号，其小者曰槓匪、仲匪，其他滥练、游勇、逆回、悍夷，揭竿踵起，不可悉数。始於咸丰四年，无兵无饷，不能制也。韩超有办贼之才，久屈下僚，事权不属。田兴恕入黔，兵威始振，超亦骤起，未久相继去。张亮基治黔数年，亦仅补苴。中原大定，曾国藩乃议以湖南兵力、饷力为平黔根本，而骆秉章亦令刘岳昭剿黔北以保川边。后专倚席宝田，戡定苗疆。自周达武以川兵、川饷济黔之不及，曾璧光赖之以竟全功。盖阅二十年而后大定。古云：“蛮夷之人，先叛后服。”盖以地势使然。然使若韩超者早膺疆寄，其延祸或不致如是之甚。弭乱之道，在得其人，用人之道，必尽其才，固古今不爽者尔。