十三年，日本因商船避风泊台湾，又为生番所戕，藉词调兵，觊觎番社地。诏葆桢巡视，兼办各国通商事务。日兵已登岸结营，葆桢据理诘之。晓谕番族遵约束，修城筑垒为战备。提督唐定奎亦率淮军至，日人如约撤兵。乃议善后事宜，疏陈福建巡抚宜移驻台湾，吏治军政方能整顿，诏如所请。甫内渡，狮头社番戕官滋事，光绪元年，复往，督唐定奎等伐山开道，攻破内外狮头等社，毁其巢，胁从者次第就抚。中路、北路亦分军深入，诸番皆听约束。先於琅玡增设恒春县，至是奏设台北府，淡水、新竹、宜兰三县隶之；噶玛兰通判移驻鸡笼山；台湾府同知移驻卑南；鹿港同知移驻水沙。连疏陈营伍积弊，请归巡抚节制。购机器，开台北煤窑，为明遗臣郑成功请予谥建祠，以作台民忠义之气，并报可。遂撤军内渡，事竣，擢两江总督，兼通商大臣。
江南自军事定后，已逾十年。疆吏习为宽大，葆桢精覈吏事，治尚严肃。属吏懔懔奉职，宿将骄蹇者绳以法，不稍假借。尤严治盗，莅任三月，诛戮近百人，莠民屏迹。皖南教案，华教士诬良民重罪，亲讯，得其受枉状，反坐教士，立诛之，然后奏闻，洋人亦屈伏。淮南引地以次归复，濬河、积穀、捕蝗、禁种罂粟诸政，并实力施行。数以病乞退，五年，入觐，皇太后温谕勉以共济时艰，毋萌退志，自此遂不言病。是年十一月，卒於位，赠太子太保，祀贤良祠，立功各省建专祠，谥文肃。子玮庆，赐举人，袭一等轻车都尉世职；瑜庆，恩荫主事，官至贵州巡抚。
刘坤一，字岘庄，湖南新宁人。廪生。咸丰五年，领团练从官军克茶陵、郴州、桂阳、宜章，叙功以教谕即选。六年，骆秉章遣刘长佑率师援江西，坤一为长佑族叔而年少，师事之，从军中自领一营。长佑既克萍乡，令进战芦溪、宣风镇，连破贼，逼袁州，招降贼目李能通。於是降者相继，守城贼何益发夜启西门，坤一先入，复袁州。累擢直隶州知州，赐花翎。
七年，克临江，擢知府。八年，长佑以病归，坤一代将其军。偕萧启江渡赣江规抚州，克崇仁。启江在上顿渡为贼所困，往援，大破贼，遂复抚州，连克建昌，擢道员。九年，石达开犯湖南，坤一回援，解永州、新宁之围，加盐运使衔。贼窜广西，从刘长佑追蹑，复柳州。长佑擢抚广西，令坤一驻柳州清馀匪，悉平之，加布政使衔。进攻浔州，十一年七月，拔其城，以按察使记名。石达开回趋川、楚，坤一扼之融县，掩击败之，贼溃走入黔，授广东按察使。
同治元年，迁广西布政使。刘长佑赴两广总督任，命坤一接统其军，赴浔州进剿。贵县匪首黄鼎凤，在诸匪中最狡悍，屡议剿抚，不能下。二年，坤一破之於登龙桥，遂驻守之。鼎凤老巢曰平天寨，倚山险树重栅，守以巨炮，覃墟相距十馀里，为犄角。坤一阳议抚，撤军回贵县，潜师夜袭覃墟，遂围平天寨，复横州，鼎凤势蹙。三年四月，擒鼎凤及其党诛之。浔州平，赐号硕勇巴图鲁。四年，剿平思恩、南宁土匪，复永淳，擢江西巡抚。令席宝田、黄少春会剿粤匪馀党於闽边，五年，聚歼於广东嘉应州，加头品顶戴。军事既定，坤一治尚安静，因整顿丁漕，不便於绅户。十一年，左都御史胡家玉疏劾之，坤一奏家玉积欠漕粮，又屡贻书干预地方事。诏两斥之，家玉获谴，坤一亦坐先不上闻，部议降三级调用，加恩改革职留任，降三品顶戴。寻复之，命署两江总督。
光绪元年，擢两广总督。广东号为富穰，库储实空，出入不能相抵。议者请加盐釐及洋药税，坤一以加盐釐则官引愈滞，但严缉私贩，以畅销路；又援成案，筹款收买馀盐，发商交运，官民交便。药釐抽收，各地轻重不同，改归一律，无加税之名，岁增钜万。吏治重在久任，令实缺各归本任，不轻更调。禁赌以绝盗源，水陆缉捕各营，分定地段以专责成，盗发辄获。
二年，调授两江总督。六年，俄罗斯以交还伊犁，藉端要挟。诏筹防务，坤一上疏，略谓：“东三省无久经战阵之宿将劲旅，急宜绸缪。西北既戒严，东南不可复生波折。日本、琉球之事宜早结束，勿使与俄人合以谋我。英、德诸国与俄猜忌日深，应如何结为声援，以伺俄人之后。凡此皆赖庙谟广运，神而明之。”九年，法越构衅，边事戒严。坤一疏：“请由广东、广西遴派明幹大员统劲旅出关，驻紥谅山等处，以助剿土匪为名，密与越南共筹防御。并令越南招太原、宣光黑旗贼众，免为法人诱用。云南据险设奇，以资犄角。法人知我有备，其谋自沮。云南方拟加重越南货税，决不可行。重税能施之越人，不能施之法人。越人倘因此转嗾法人入滇通商，得以依讬假冒，如沿海奸商故智，不可不虑。越南如果与法别立新约，中国纵不能禁，亦应使其慎重；或即指示机宜，免致再误。越南积弱，若不早为扶持，覆亡立待。滇、粤藩篱尽失，逼处堪虞。与其补救於后，曷若慎防於先。此不可不明目张胆以提挈者也。”疏入，多被采纳。
十二年，丁继母忧。十六年，仍授两江总督。十七年，命帮办海军事务。二十年，皇太后万寿，赐双眼花翎。日本犯辽东，九连城、凤凰城、金州、旅顺悉陷，北洋海陆军皆失利。召坤一至京，命为钦差大臣，督关内外防剿诸军。坤一谓兵未集，械未备，不能轻试，诏促之出关。时已遣使议和，坤一以两宫意见未洽为忧，濒行，语师傅翁同龢曰：“公调和之责，比余军事为重也。”二十一年春，前敌宋庆、吴大澂等复屡败，新募诸军实不能任战，日本议和要挟弥甚，下坤一与直隶总督王文韶决和战之策。坤一以身任军事，仍主战而不坚执。未几和议成，回任。坤一素多病，卧治江南，事持大体。言者论其左右用事，诏诫其不可偏信，振刷精神，以任艰钜。坤一屡疏陈情乞退，不许。
二十五年，立溥俊为穆宗嗣子，朝野汹汹，谓将有废立事，坤一致书大学士荣禄曰：“君臣之分久定，中外之口宜防。坤一所以报国在此，所以报公亦在此。”二十六年，值德宗万寿，加太子太保。拳匪乱起，坤一偕李鸿章、张之洞创议，会东南疆吏与各国领事订约，互为保护，人心始定。车驾西幸，议者或请迁都西安，坤一复偕各督抚力陈其不可，籥请回銮。二十七年，偕张之洞会议请变法，以兴学为首务，中法之应整顿变通者十二事，西法之应兼采并用者十一事，联衔分三疏上之。诏下政务处议行，是为实行变法之始。洎回銮，施恩疆吏，加太子太保。
二十八年，卒，优诏赐恤。嘉其秉性公忠，才猷宏远，保障东南，厥功尤著，追封一等男爵，赠太傅，赐金治丧，命江宁将军致祭，特谥忠诚。祀贤良祠，原籍、立功省建专祠。赐其子能纪四品京堂，诸孙并予官。张之洞疏陈坤一居官廉静宽厚，不求赫赫之名，而身际艰危，维持大局，毅然担当，从不推诿，其忠定明决，能断大事，有古名臣风。世以所言为允。
论曰：曾国荃当苏、浙未复，孤军直捣金陵，在兵事为危机，其成功由於坚忍。铲其本根，则枝蔓自绝，信不世之勋也。屡退复起，朝廷倚为保障，以功名终。沈葆桢清望冠时，力任艰钜，兵略、吏治并卓然。其手创船政，精果一时无耦。后来不能充拓，且听废弃，岂非因任事之难其人哉？刘坤一起家军旅，谋国独见其大，晚年勋望，几轶同侪，房、杜谋断之功，不与褒、鄂并论矣。