十二月，福康安师至，嘉义围解，大纪出迎，自以功高拜爵赏，又在围城中，倥偬不具櫜鞬礼，福康安衔之，遂劾大纪诡诈，深染绿营习气，不可倚任。上谕谓：“大纪驻守嘉义，贼百计攻围，督率兵民，力为捍卫。朕谕以力不能支，不妨全师而出。大纪坚持定见，竭力固守，不忍以数万生灵委之於贼。朕阅其疏，为之堕泪。福康安乃不能以朕之心为心乎？大纪尝奏贼以车载枪炮攻城，今福康安言得贼攻城大车，又委弃枪炮，为我军所得，足见大纪前奏不虚。大纪又奏县城食尽，地瓜、花生俱罄，以油籸充食。当时义民助饷，未必遽至於此。但大纪望援心急，以食油籸为词。普吉保、恒瑞两军尚复观望不进，若云犹有馀粟，则两路赴援更缓。此时县城存亡未可知，安怪大纪过甚其词耶？大纪屡荷褒嘉，在福康安前礼节或有不谨，致为所憎，直揭其短。福康安当体朕心，略短取长，方得公忠体国之道。”侍郎德成自浙江奉使还，受福康安指，讦大纪。上命福康安、李侍尧、徐嗣曾、琅玕按治，福康安临致书军机大臣，言：“大纪纵兵激民为变，其守嘉义，皆义民之力。大纪闻命，欲引兵以退，义民不令出城，乃罢。”事闻，上谕谓：“守诸罗一事，朕不忍以为大纪罪，至其他声名狼藉、纵兵激变诸状，自当按治。”命夺大纪职，逮问。福康安寻以大纪纵弛贪黩、贻误军机，议斩，送京师。上命军机大臣覆谳，大纪诉冤苦，并言德成有意周内，迫嘉义民证其罪，下廷讯，大纪犹力辩。五十三年七月辛巳，命如福康安议弃市，其子发伊犁为奴。
论曰：元俊、天弼在边久，熟情伪，习形势，诸番仰其威惠。元俊戹於桂林，激而欲自白，不得直；微阿桂右之，罪且不测。天弼又见嫉於温福，驱至寡之兵以投方张之寇，既死犹尚以为罪。若大纪有功无罪，为福康安所不容。高宗手诏，可谓曲折而详尽矣，乃终不能贷其死。军旅之际，捐肝脑，冒锋刃，求尺寸之效，困於媢嫉，功不成而死於敌，若功成矣，而又死於法。呜呼，可哀也已！