是岁吴三桂死，上趣诸将帅进兵，辅欲节帑佐军，又以兴工后需费溢出原估，均颇改前议，先开清口引河四道，塞高家堰、王家冈、武家墩诸决口，筑堤束水。如所议施行。顾下流未大治，伏秋盛涨，水溢出堤上，复决砀山石将军庙、萧县九里沟。辅乃议设减水坝，於萧、砀、宿迁、桃源、清河诸县河南北两岸为坝十三，坝七洞，水盛藉以宣泄。辅复察清口淮、黄交会，黄涨侵灌运河，乃自新庄闸西南开新河至太平坝；又自文华寺开新河至七里闸，复折向西南，亦至太平坝；改以七里闸为运口，由武家墩烂泥浅转入黄河。运口距黄、淮交会处约十里，自此无淤垫之患。疏报，并议行。辅勘清水潭决口屡塞屡冲，乃弃深就浅，筑东西长堤二道，并挑新河八百四十丈，疏积水。山阳、高邮等七州县民田，至是皆出水可耕。
十八年，辅疏报，并请名新河曰永安河，报闻。翟家坝淮河决口成支河九道，辅饬淮扬道副使刘国靖等督堵塞，至是工竟，辅诣勘疏报，并言：“山阳、宝应、高邮、江都四州县潴水诸湖，逐渐涸出。臣今广为招垦，俾增赋足民，上下均利。”屯田之议自此起。
漕船自七里闸出口，行骆马湖达窑湾。夏秋盛涨，冬春水涸，重运多阻。辅议濬湖旁皂河故道，上接泇河通运。疏入，下廷议，上问诸臣意若何，左都御史魏象枢曰：“辅请大修黄河，上发帑二百五十一万，计一劳永逸。前奏堤坝已筑十之七，今又欲别开河道，所谓一劳永逸者安在？臣等虑漕运有阻，故议从其请。”上曰：“象枢言良是。河虽开，必上流浩瀚，方免淤滞。今雨少水涸，恐未必有济。即已成诸工，亦以旱易修，岂得恃为永固耶？”十九年五月，辅丁忧，命在任守制。秋，河复决，辅疏请处分，上趣辅修筑。二十年三月，辅疏言：“臣前请大修黄河，限三年水归故道。今限满，水未归故道，请处分。”下部议，当夺官，上命戴罪督修。
二十一年五月，上遣尚书伊桑阿、侍郎宋文运、给事中王曰温、御史伊喇喀勘工。候补布政使崔维雅奏上所著书，议尽罢辅所行减水坝诸法，大兴工，日役夫四十万，筑堤以十二丈为率。上命从伊桑阿等往与辅议之。伊桑阿等遍勘诸工，至徐州，令辅与维雅议，辅疏言：“河道全局已成十八九。萧家渡虽有决口，而海口大辟，下流疏通，腹心之害已除。断不宜有所更张，隳成功，酿后患。”伊桑阿等还京师，下廷议，工部尚书萨穆哈等请以萧家渡决口责辅赔修，上以赔修非辅所能任，未允；又议维雅条奏，伊桑阿请召辅询之。十一月，辅入对，言萧家渡工来岁正月当竟，维雅所议日用夫四十万、筑堤以十二丈为率，皆不可行。维雅议乃寝。上命塞决口，仍动正项钱粮。二十二年四月，辅疏报萧家渡合龙，河归故道，大溜直下，七里沟等四十馀处险汛日加，并天妃坝、王公堤及运河闸座，均应修筑。别疏请饬河南巡抚修筑开封、归德两府境河堤，防上流疏失。上均如所请。十二月，命复辅官。
二十三年十月，上南巡，阅河北岸诸工，谕辅曰：“萧家渡堤坝当培薄增卑，随时修筑。减水坝原用以泄水，遇泛溢横流，安知今日减水坝不为他年之决口？且减水旁流，浸灌民田，朕心深不忍。当筹画措置。”上见堤夫作苦，驻辔慰劳久之，谕辅戒官役侵蚀工食。复视天妃闸，谕辅宜改草坝，并另设七里、太平二闸杀水势。舟过高邮，见田庐在水中，恻然愍念。遣尚书伊桑阿、萨穆哈察视海口。还跸，复阅高家堰，至清口，阅黄河南岸诸工，谕辅运口当添建闸座，防黄水倒灌；复召辅入行宫慰谕，书阅河堤诗赐之。
辅以上念减水淹民，因议於宿迁、桃源、清河三县黄河北岸堤内开新河，谓之中河。於清河西仲家庄建闸，引拦马河减水坝所泄水入中河。漕船初出清口浮於河，至张庄运口，中河成，得自清口截流，迳渡北岸，度仲家庄闸，免黄河一百八十里之险。伊桑阿等还奏，议疏濬车路、串场诸河至白驹、丁溪、草堰诸口，引高邮等处减水坝所泄水入海。上命安徽按察使于成龙董其事，仍受辅节制，奏事由辅疏报。
二十四年正月，辅疏请徐州迤上毛城铺、王家山诸处增建减水闸，下廷议。上谕减水闸益河工无益百姓，不可不熟计，命遣官与辅详议，若分水不致多损民田，即令兴工。九月，辅疏报赴河南勘黄河两岸，请筑考城、仪封、封丘、荥泽堤埽，下部议行。成龙议疏海口泄积水，辅谓下河地卑於海五尺，疏海口引潮内侵，害滋大；议自高邮东车逻镇筑堤，历兴化白驹场，束所泄水入海，堤内涸出田亩，丈量还民，馀招民屯垦，取田价偿工费。疏闻，上谓取田价恐累民，未即许。
寻召辅、成龙驰驿诣京师廷议，成龙议开海口故道，辅仍主筑长堤高一丈五尺，束水敌海潮。大学士、九卿从辅议，通政使参议成其范、给事中王又旦、御史钱鎯从成龙议，议不决。上命宣问下河诸州县人官京师者，侍读宝应乔莱等乃言：“从成龙议，工易成，百姓有利无害；从辅议，工难成，百姓田庐坟墓多伤损，且堤高一丈五尺，束水至一丈，高於民居，伏秋溃决，为害不可胜言。”上颇右成龙，遣尚书萨穆哈、学士穆称额诣淮安会漕督徐旭龄、巡抚汤斌详勘。二十五年正月，萨穆哈等还奏，谓民间皆言濬海口无益。寻授成龙直隶巡抚，罢濬海口议。四月，召斌为尚书，入对，上复举其事以问，斌言濬海口必有益於民。上责萨穆哈、穆称额还京时不以实奏，夺官。召大学士九卿及莱等定议濬海口，发帑二十万，命侍郎孙在丰董其役。
工部劾辅治河已九年，无成功。上曰：“河务甚难，而辅易视之。若遽议处，后任者益难为力，今姑宽之，仍责令督修。”二十六年，辅疏言：“运堤减水以下河为壑，东即大海，濬海口似可纾水患；惟泰州安丰、东台、盐城诸县地势甚卑，形如釜底，若止就此挑濬，徒增其深。淮流甚涨，高家堰泄水汹涌而来，仍不能救民田之淹没。臣以为杜患於流，不若杜患於源。高家堰堤外直东为下河，东北为清口，当自翟家坝起至高家堰筑重堤万六千丈，束减水北出清口，则洪泽湖不复东淹下河。下河十馀万顷皆成沃产，而高、宝诸湖涸出田亩，可招民屯垦，以裕河库。”上使以辅疏示成龙，成龙仍言下河宜开，重堤不宜筑。上遣尚书佛伦，侍郎熊一潇，给事中达奇纳、赵吉士与总督董讷，总漕慕天颜会勘。佛伦等皆欲用辅议，天颜、在丰与相左。佛伦等还奏，下廷议，会太皇太后崩，议未上。
二十七年春，给事中刘楷，御史郭琇、陆祖修交章论辅，琇辞连辅幕客陈潢，祖修请罢辅，至以舜殛鲧为比；天颜、在丰亦疏论屯田累民，及辅阻挠开濬下河状。琇旋劾大学士明珠等，语复及辅。辅入觐，亦疏讦成龙、天颜、在丰等朋比谋陷害。上曰：“辅为总河，挑河筑堤，漕运无误，不可谓无功；但屯田、下河二事，亦难逃罪。近因被劾，论其过者甚多。人穷则呼天，辅若不陈辨朕前，复何所控告耶？”三月，上御乾清门，召辅与成龙、琇等廷辨，辅、成龙各持所见不相下。琇言辅屯田害民，辅言属吏奉行不善致民怨，因引咎，坐罢，以王新命代，佛伦、讷、在丰、达奇纳皆左迁，天颜、吉士并夺官，陈潢亦坐谴。
时中河工初竣，上遣学士开音布、侍卫马武往勘，还奏中河商贾舟楫不绝。上谕廷臣曰：“前者于成龙奏河道为靳辅所坏，今开音布等还奏，数年未尝冲决，漕运亦不误。若谓辅治河全无所裨，微特辅不服，即朕亦不惬。”因遣尚书张玉书、图纳，左都御史马齐，侍郎成其范、徐廷玺阅工，遍察辅所缮治，孰为当改，孰为不当改，详勘具奏。玉书等还言河身渐次刷深，黄水汎溜入海，两岸闸坝有应循旧者，有应移改者，多守辅旧规。
十一月，上遣尚书苏赫等阅通州运河，命辅偕往，请於沙河建闸蓄水，通州下流筑堤束水，从之。二十八年正月，上南巡阅河，辅扈行。阅中河，上虑逼近黄河，水涨堤溃；辅对若加筑遥堤即无患。还京师，谕奖辅所缮治河深堤固，命还旧秩。二十九年，漕运总督董讷以北运河水浅，拟尽引南旺河水北流；仓场侍郎开音布复疏请濬北运河。上谘辅，言南旺河水尽北流，南河必水浅，惟从北河两旁下埽束水，自可济运。上命偕开音布董理。
三十一年，王新命坐事罢，上曰：“朕听政后，以三藩及河务、漕运为三大事，书宫中柱上。河务不得其人，必误漕运。及辅未甚老而用之，亦得纾数年之虑。”令仍为河道总督，辅以衰弱辞，命顺天府丞徐廷玺为协理。会陕西西安、凤翔灾，上命留江北漕粮二十万石，自黄河运蒲州。辅疏言水道止可至孟津，亲诣督运，上嘉之。辅疏请就高家堰运料小河培堤使高广，中河加筑遥堤，并增建四闸，堵塞张庄旧运口，皆前此缮治所未竟者。别疏请复陈潢官，并起用熊一潇、达奇纳、赵吉士。辅病剧，再疏乞解任，命内大臣明珠往视，传谕调治。十一月，卒，赐祭葬，谥文襄。三十五年，允江南士民请，建祠河干。四十六年，追赠太子太保，予拜他喇布勒哈番世职。雍正五年，复加工部尚书。
子治豫，袭职。世宗以其侍父在官，知河务，命自副参领加工部侍郎衔，协理江南河工。
陈潢，字天一，浙江钱塘人。负才久不遇，过邯郸吕祖祠，题诗壁间，语豪迈。辅见而异焉，踪迹得之，引为幕客，甚相得。凡辅所建白，多自潢发之。康熙二十三年，上巡河，问辅：“孰为汝佐？”以潢对。二十六年，辅疏言潢十年佐治勤劳，下部议，授潢佥事道衔。二十七年，郭琇劾辅，辞连潢。辅罢，潢削职衔，逮京师，未入狱，以病卒。辅复起，疏请复潢官，部议以潢已卒，寝其奏。
潢佐治河，主顺河性而利导之，有所患必推其致患之由；工主覈实，料主豫备，而估计不当过省，省则速败，所费较所省尤大；慎固堤防，主潘季驯束水刷沙之说，尤以减水坝为要务；有溃决，先固两旁，不使日扩，乃修复故道，而疏引河以注之；河流今昔形势不同，无一劳永逸之策，在时时谨小慎微，而尤重在河员之久任。张霭生采潢所论，次为治河述言十二篇。高宗以霭生河图能得真源，命采其书入四库，与辅治河奏绩并列。
宋文运，字开之，直隶南宫人。顺治六年进士，授山东滋阳知县，行取刑部主事。再迁吏部郎中，掌选政，清直守正。以魏象枢荐，擢鸿胪寺少卿，累擢刑部侍郎。命佐伊桑阿行河，上特谕之曰：“尔有所见，当坚持详议，毋以伊桑阿为尚书而阿其意也。”以病乞休，加太子少保，致仕。卒，谥端悫。久之，上犹谓文选司事要，文运操守声名，无能及之者。
董讷，字兹重，山东平原人。康熙六年一甲三名进士，授编修。累擢至江南总督。为政持大体，有惠於民。左迁去，江南民为立生祠。二十八年，上南巡，民执香跪讷生祠前，求复官讷江南。上还跸，笑谓讷曰：“汝官江南惠及民，民为汝建小庙。”旋以侍读学士复出为漕运总督。卒。