迨咸丰、同治间，中原多故，蒙边亦多不靖。同治四年，增热河马队三百人。五年，以包头镇为绥远要区，原有防兵，积年疲乏，调吉林马队协同驻守。六年，李云麟以三音诺颜蒙兵专防乌城，而招募奇古民勇驻八里冈，与科布多、塔尔巴哈台二城蒙兵为犄角。八年，以布伦讬海各领队大臣所有旗兵，改隶科布多大臣，分防热河等处。令乌梁海总管，自卜果苏克霸至沙宾达巴哈与俄罗斯接界处，新立鄂博界牌八处，严密巡察。徙厄鲁特僧众於阿尔泰山，徙俗众於青格里河。九年，调大同、宣化练军二千人驻防库伦，修复推河以北至乌城十五台站，并牧马三千匹，热河增练洋枪队三百人，以固库伦西路之防。十年，以济斯洪果尔台站为察哈尔及归化、绥远运粮要区，拨兵驻守。令蒙古各台，自张家口至八台，以察哈尔都统管理。自九台至科布多，及库伦、归化二路，以各盟长管理。每台增设驼马百五十匹，凡军械粮食，接护转运，以利军行。十一年，改建乌里雅苏台石城，并整顿沿边台务。库伦西接俄疆，向未设兵，乃於图、车两盟蒙兵内，轮派四百人，分驻库伦四境。十二年，调察哈尔马队协防乌里雅苏台。旋以军台四十四站，地势绵长，分防散漫。乃分为四路，於中二路择要驻营，调绥远城马队移防哈尔尼敦，以原有之兵守塞尔乌苏。
至光绪间，新疆大定，西顾无虞，而北境俄患渐偪。光绪六年，调宣化练军、直隶步队赴库伦防俄。七年，因乌城三面邻俄，边防重要，而原有防军，技艺生疏，乌城共驻蒙古练军及黑龙江、察哈尔马队二千五百人，由京营派教习前往教练，俾成劲旅。十八年，李鸿章以热河东境山谷丛杂，毗连奉天，拨直隶练军马步队各一营择要驻防。二十四年，以热河、察哈尔为蒙边要地，令各都统等选练兵丁，整备军实。三十二年，以热河马步队三营改编为常备军，其兵额均次第补足。时内外蒙古兵日益孱弱，俄人遂骎骎阑入，乌梁海以南受其牢笼，喀鲁伦河以东恣其垦牧，鄂博、卡伦遂同虚设矣。
直隶沿蒙边防务，雍正九年，令直隶疆臣修治边墙，其古北、宣化、大同三处，咸募兵增防。自独石口以西，至杀虎口一带要隘，亦酌增弁兵。十年，於独石口改设副将以下各官，增额兵八百人，边墙冲要处，增设鹿栅木栅，以备堵御。自清初至乾隆、嘉庆朝，蒙边绥辑。咸、同之间，西陲用兵，蒙匪亦渐滋事。同治四年，以直隶北境沿边关口五十馀处，兵数甚单，调拨京师火器营、威远队、提标马步队，分驻喜峰口、铁门关、滦阳、洒河桥、遵化、罗文峪迤北迤西等处。光绪七年，李鸿章以北边多伦厅地兼蒙旗，仅有新旧防军七百馀人，不敷分布，增调宣化练军马队一营分段梭巡。十八年，以直隶防军五营驻古北口。十九年，李鸿章因古北口防营调回内地，而热河地广兵单，乃别练马队三哨，与原有之朝阳马队一营、围场马队百人，互为援应。直隶边务，重在海疆，东之山海关，为辽、沈门户，南之天津、大沽，为京师屏蔽。其北境惟缉捕蒙匪，无事重兵屯戍也。
山西边界之归化、绥远、包头镇，控扼草地，毗连大青山，南抵杀虎口，西逾缠金，东接得胜口，与蒙古、回部错壤。咸丰军兴以后，官兵四出征讨，边备空虚，寇盗乘机窃发。同治六年，左宗棠督师秦、晋，以山西省弁兵团勇均不可恃，乃分拨营勇，驻守黄河西南两岸，别募三千人，赴禹门、保德间防守，并造炮船四十艘，酌配水师，驻垣曲、三门一带。军事定后，防军旋撤。光绪间，曾国荃调拨湘军，择要屯守，而兵数仅一千二百人。九年，张之洞以雁门关为晋边要口，止有练军千人，令各营以次抽练，以固边防。十年，增练大同、太原二镇马步营。卫荣光增练马队五旗，以三旗驻口外，二旗驻口内，以佐湘军之不逮。由山西省迤西，为陕西之北境，惟榆林、神木一隅，地接蒙疆，而障以长城，环以河套，民情驯朴，防务更简於燕、晋也。
新疆为西域三十六国故壤，历代筹边列戍，近在玉门，远亦仅龙堆而外。自乾隆年准部平，道光朝回疆定，至光绪间，再定天山，开省治於迪化城，设五府三十六县。而俄罗斯边境由北而西，绵延错亘。自夺取霍罕三部后，伊犁及南路喀什噶尔皆与俄属相接。全境中界天山，分南北二路。北路为准噶尔部落，西北以伊犁为重镇，乌鲁木齐当往来孔道，塔尔巴哈台为北境屏藩。南路悉回族所居，乌什当適中之地。叶尔羌、喀什噶尔雄冠诸城。英吉萨尔西达外藩。
乾隆十八年，以准噶尔逼处边境，哈密及西藏北路虽已设防，而选将备，具驼马，简军实，勘水草，储粮饷，修城垣，诸端待理。命疆吏先事筹备，次第施行。哈密已驻重兵，而防所全恃卡伦。天山冰雪严寒，加意抚循士卒。南路各城，以满洲营、绿旗营协同防守。和阗、库车、辟展诸城，则但设绿旗营兵。其卡伦台站，自哈密西至辟展，北至巴里坤，自辟展西至库车，北至乌鲁木齐，自库车西至乌什，又西至叶尔羌，又西至喀什噶尔，其南至和阗，视卡伦之大小，定戍兵之多寡。各台站设驼马车辆毋缺，前行阻水，则造舟以济之。二十四年，戡定准部，北路重地，咸分兵设防，山川隘口，悉置卡伦台站。各卡伦设索伦、锡伯、厄鲁特兵丁自十名至三十馀名有差。各台站设满洲、绿旗、察哈尔兵丁各十五名。南路各城设办事大臣。其理事回官阿奇木伯克以下，各有所司，分统回兵，隶驻防大臣调遣。二十六年，设伊犁马步兵二千五百人。二十七年，设伊犁将军及参赞领队大臣。三十一年，设乌鲁木齐办事大臣。
嘉庆二年，於惠远城之北关，增调戍兵。
道光六年，以新疆防军已增至万馀人，令疆吏调兵四千人赴回疆，二千人赴阿克苏，协力防堵。又因喀什噶尔防兵较少，於城北要隘增兵三营，城南增兵二营。八年，分遣喀什噶尔防兵四千三百人防守各路，选精壮二千人分十班教练。那彦成因阿克苏为南路要地，增兵千人，合原有防兵凡二千馀人，以控制南北二路。其冰岭一路，北通伊犁西南卡伦，外通乌什之捷径，一律封禁。喀什噶尔、叶尔羌、英吉萨尔各卡伦，向仅驻兵十馀名，乃於各卡伦適中处，凡通霍罕、巴达克山、克什米尔外夷之路，增筑土堡，以都司等官率兵驻守，兵数自数十人至二百人不等。九年，於喀什噶尔边界增卡伦八处。十一年，回疆大定，命参赞大臣驻叶尔羌，总理八城回务，节制巴里坤、伊犁两路满、汉兵一万四千馀人，分防各路。喀什噶尔之八卡伦，道通霍罕，筑土堡三座，增建兵房。叶尔羌所属卡伦，通克什米尔外夷要隘，英吉萨尔通布鲁特要隘，各修土堡驻兵。於乌克苏、乌什二处，各驻八旗兵一千三百人。於喀什噶尔驻绿营兵三千人，为前锋，兼守边卡。英吉萨尔驻马队五百人，绿营兵千人，为前后二城中权接应之师。巴尔楚克绿营兵三千人，筑堡屯守。和阗增足防兵五百人。所馀满、汉兵六千馀人，悉数驻叶尔羌，隶参赞大臣统辖，遇警援剿。其喀什噶尔、叶尔羌旧额回兵，仍挑补训练，以替防兵。十四年，以索伦、锡伯、察哈尔、额鲁特四处营兵，守卫伊犁沿边大小卡伦七十馀座，按期会哨，统兵将领，不得轻出邀功。
咸丰二年，廷臣会议，以新疆南北路驻兵益多，数逾三万，频年由内地换防，殊苦烦费，乃於伊犁等处绿营兵内调拨换班，其不足者，就地募之。
咸、同间，中原用兵，关外南北各城，边氛四起。同治二年，调察哈尔蒙兵，悉数由科布多赴乌鲁木齐屯守。五年，调乌里雅苏台蒙兵六千人赴伊犁。九年，调黑龙江兵二千人，察哈尔兵千人，马队二百馀人，驰赴乌城，并令喀尔喀各盟长，随时整顿蒙兵。十年，在乌梁海一带，安设台站，迤西亦一律设台，直抵塔尔巴哈台。十一年，因库尔喀喇乌苏等处，为晶河要地，招募勇丁，协同马队防守。调宣化、古北口营兵，分赴乌城。十二年，调大同、宣化兵千人，赴防塔尔巴哈台。十三年，以塔城为西路防务扼要之区，调伊犁迤北之察哈尔兵二千人，及蒙古兵益之。寻命左宗棠由关、陇西征，天山内外，次第戡平，而俄罗斯亦归我伊犁。
光绪三年，左宗棠於伊犁增筑炮台，多驻劲旅。刘锦棠就关外营勇之精壮者，编为制兵，改行饷为坐粮，参用屯田之法，以足军实。张曜更定新疆营制三事：一、增骑兵，佐步兵之不逮；一、重火器，减养兵之费，为购器之资；一、设游击之师，驻南北路之间，预防俄患。六年，恭钅堂因乌鲁木齐之巩宁城，接壤精河，旁达乌城间道，而旧城已圮，乃於迪化城外高原，别建新城，以驻防兵，而资控扼。十二年，刘锦棠以巴里坤满营归并古城，伊犁共驻马步防军二十八营，酌裁新募之勇，编留精壮，为马队九旗，步队十三旗，自伊犁至大河沿及精河以东，分路驻防。十四年，额尔庆额因塔尔巴哈台驻防汉队，久役思归，就甘肃额兵，及察哈尔部内，选二千六百人调防。十五年，复於塔城增募防兵，凡步队三营，马队四旗，弁勇二千人。十六年，以伊犁满洲营，经兵乱后，额数久虚，酌量挑补，定为二千人，再挑留锡伯、新满洲千人，以备不足。伊犁汉队改立标营，凡步队一营，马队二营，格林炮队一哨。惠远城北关设炮队一哨，定远城设马队三旗。十七年，杨昌濬因塔城境内，汉、蒙、回、哈杂居，东接乌梁海，西接伊犁，地既险要，路复分歧，共增将弁三十一员，步队三旗，马队四旗，以备巡防弹压。十九年，以总兵官驻防绥定，统汉队三千人，策应四境，若广仁城、果子沟、三台、瞻德城、三道河、霍尔果斯、拱宸城、宁远城，以马步炮队分防。三十一年，潘效苏因新疆兵费过重，改练土著，遣散客军。回缠民性各殊，以二三成攙入汉军训练，汉军则各营旗皆减为哨，节饷防边，始能兼顾。
宣统二年，札拉丰阿因塔尔巴哈台屏蔽西北，以原有马步炮队，及左右旗蒙、满队，悉改新式操法。时中朝方议减饷裁兵，未遑远略。俄罗斯正经营东陲，遂暂安无事云。
西藏初设驻藏大臣，而番众仍统属於喇嘛。当崇德七年，达赖、班禅与厄鲁特同时入贡。顺治、康熙间，朝请不绝。康熙之季，准噶尔侵藏，由西宁进兵平之。
雍正五年，弭噶隆之争，以颇罗鼐有定乱功，进封郡王。十年，留云南兵於察木多，以防番众。
乾隆十五年，除颇罗鼐王爵，始设驻藏大臣，与达赖、班禅参互制之。其西南之廓尔喀，时窥藏境，中朝以兵力佐之，收复巴勒布所侵占藏地，增设塘汛守兵十三处，以寨落之多寡为衡，前藏增唐古特兵八百人，后藏增四百人。五十四年，始於前后藏各设番兵千人。其通内地之定日、江孜二处要隘，各设番兵五百人，就近选补。设戴琫三人，以二人驻后藏，一人驻定日。增江孜戴琫一人。前藏番兵隶驻防游击，后藏番兵隶驻防都司。令四川督臣以头等将备为驻藏之选，统以大臣。其驻藏之兵，令驻藏大臣亲为校阅。嗣因定日、江孜为各部落来藏必经之路，各增防汛，设守备等官。打箭炉之外，择地设游击等官。五十八年，和琳等会勘后藏边界及鄂博情形，江孜番、汉兵已敷防守，惟定日地方辽阔，为聂拉木、宗喀、绒辖三处总汇之区，其捷径如辖尔多、古利噶等处，均为要隘，增设番兵，统以戴琫，修寨落以备栖止，立鄂博以守界画。
道光二年，惩治聂拉木、绒辖各营官私释喇嘛之罪，别遣番兵补营兵之额。二十一年，令番兵习弓矢者，改习鸟枪。二十二年，令后藏大臣督率将弁教练堆葛尔本挖金番民武技。
咸丰五年，以廓尔喀不靖，驻防兵单，令喇嘛等联络防范，调前藏僧俗土兵二千人赴策垫地方防范。
同治四年，驻藏大臣满庆等，调派土兵及统兵番员防备披楞。八年，因披楞侵占哲孟雄，与唐古特相持，令恩麟等整顿后藏番、汉营伍。十一年，命德泰赴藏，校阅江孜、定日后藏三汛防营，以固哲孟雄及聂拉木门户。