乾隆二十四年以后，於乌什驻办事大臣，阿克苏驻办事大臣、协办大臣各一人，叶尔羌设办事大臣二人，及章京、卡伦侍卫等。满洲营设副都统一人，统健锐营前锋参领、副参领等，安西满洲营佐领五品官、索伦五品官、察哈尔佐领等，绿营总兵、游击以下各官。又於和阗驻领队总兵官及游击以下。又喀什噶尔驻总兵、理回疆事务大臣、协办大臣各一。满洲营设副都统一，领队侍卫二。领队侍卫兼统索伦兵。索伦设委署副总管及佐领各二，察哈尔总管一，副总管二，及护军校以下。绿营设提督及都司以下官。英阿萨尔驻领队总兵官一，兼统索伦、察哈尔、绿旗兵。又於库车、哈喇沙尔、辟展并驻办事大臣。初台站之改，属辟展者凡六。每台置外委千、把总一人。叶尔羌西路南北路卡伦六，各置坐卡侍卫一人，东西南三路凡二十一台，各置笔帖式一人。沙雅尔南路卡伦一。库车东路至哈喇沙尔西凡十台。台置笔帖式一人。每台、卡俱置防守兵，多至十人，少或一人，俱有供役回人十户。寻各官兵归并乌什、阿克苏，止驻一章京及游击以下，旋改驻协办大臣及领队侍卫等。喀什噶尔之总理大臣移驻乌什之永宁，寻改设办事大臣二人。三十一年，撤回索伦兵，改遣健锐营兵九百人换防，并令健锐营翼领一人，正副委署参领十八人，护军校二十四人，统兵分驻各回城。四十四年，裁辟展办事大臣，改设领队大臣。旋设吐鲁番屯田都司以下官。
道光八年，以阿克苏为南路適中之地，增兵一千，移柯尔坪防兵五百归阿克苏，裁拜城参将以下弁兵，共新旧防兵二千二百人，守卡借差兵外，得练兵一千三百人，控制各路。九年，於喀什噶尔边增八卡伦弁兵。寻以八卡伦内喀浪圭、图舒克塔、乌拍拉特三处通霍罕要路，於明约洛建堡，设都司一人，绿营兵二百人驻守。阿尔瑚马厂三处建堡，置兵二百或六十人。叶尔羌属卡伦七，以亮葛尔、库库雅尔为通夷要隘，英吉沙尔属卡伦五，惟乌鲁克为要路，皆建土堡兵房，设千总官，其次设把总、外委，驻守兵多者六十人，少者十五或十人。
咸丰三年，以新疆南北两路驻兵四万馀人，岁饷一百四十五万，军兴后馈餫艰难，谕陕、甘赴口外驻防官自是年始，即行停止。其喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗八城防兵，由乌鲁木齐驻防满洲兵、绿旗兵酌拨。四年，改定新疆南路换防兵制。增伊犁满洲兵二百人，乌鲁木齐绿营兵千二百人，满洲兵三百人。裁叶尔羌、喀什噶尔、乌什、阿克苏四城防兵一千人。七年，以喀城肃清，撤回土尔扈特蒙兵，留伊犁官兵防守。八年，令南路换防官兵自是年始，分六年抽换，以节繁费。天山以南，为回部所居，自设台站、卡伦，无俟重兵防守。乌什、叶尔羌、喀什噶尔、英阿萨尔咸以满、汉兵协力守边。他如和阗、阿克苏、库车、哈喇沙尔、辟展则守以绿旗兵。凡满洲营驻防兵，以三年更换，绿旗营驻防兵，以五年更换。此南路之制也。
同治以来，回疆不靖，钦差大臣左宗棠次第殄平之，新疆渐归版籍。光绪初年，改省议起。左宗棠拟令将军率旗营驻伊犁，塔尔巴哈台改设都统，并统绿、旗各营。迨八年收复伊犁，从谭锺麟、刘锦棠言，於南北两路增设额兵，其旧有参赞、办事、领队各大臣悉予裁汰。即自哈密至伊犁都统暨诸大臣名额亦酌撤之。巴里坤、古城、乌鲁木齐、库尔喀拉乌苏等处所馀旗丁，归并伊犁满营，均改从各省驻防将军营制。十一年，行省制成。伊犁旗营实存勇七千，留其精壮，改马队九旗，步队十三旗，以提督、总兵分领之。伊犁开屯由此始，而旗屯居其一焉。盖新疆自藩部迄於设行省，综其驻防旗兵制度，约略如此。
其藩部兵制，曰内外蒙古，曰青海，曰西藏。内外蒙古之兵，设旗编次，略同内八旗。每旗设札萨克一人，汗、王、贝勒、贝子、公、台吉为之。协理旗务二或四人，亦台吉以上充任。按丁数编为佐领。设佐领一，骁骑校六。每六佐领设参领一人。佐领较多者，设章京、副章京。各率所属以听於札萨克。内札萨克蒙古凡二十四部、四十九旗。科尔沁六旗，分左右二翼，二翼又各分前后旗。崇德元年，设左翼旗、左翼前旗、右翼旗、右翼前后旗。顺治六年，设左翼后旗。郭尔罗斯前后二旗，杜尔伯特一旗，紥赉特一旗，皆顺治五年设。紥鲁特二旗，左翼崇德元年设，右翼顺治五年设。喀尔喀左翼一旗，康熙三年设。奈曼一旗，敖汉一旗，皆崇德元年设。土默特二旗，左翼崇德元年设，右翼顺治二年设。喀喇沁三旗，右翼崇德元年设，左翼顺治五年设，康熙中增设一旗。翁牛特左右二旗，阿鲁科尔沁一旗，皆崇德元年设。巴林左右二旗，顺治五年设。克什克腾一旗，顺治三年设。乌珠穆沁二旗，右翼崇德六年设，左翼顺治三年设。浩齐特二旗，顺治三年设左翼，十年设右翼。阿巴哈纳尔二旗，康熙四年设左翼，六年设右翼。阿巴噶二旗，崇德六年设右翼，顺治八年设左翼。苏尼特二旗，崇德六年设左翼，七年设右翼。四子部落一旗，顺治八年设。乌喇特右翼一旗，顺治十年设。茂明安一旗，顺治元年设。乌喇特前中后三旗，顺治五年设。鄂尔多斯七旗，两翼、中旗、前旗、后旗皆顺治六年设，雍正九年，增设一旗。归化城土默特左右二旗，崇德元年设，后置副都统，隶绥远城将军辖之。是为内蒙古兵制。
外札萨克蒙古，喀尔喀四部，凡八十六旗。喀尔喀土谢图汗部二十旗为中路。康熙三十年，设十七旗。逮雍正间，递增至三十八旗。寻分二十旗属三音诺颜部，存十八旗。乾隆初，复增二旗，於本旗外分十九札萨克掌之，仍统於土谢图汗部。车臣汗部二十三旗为东路。康熙三十年，设十二旗。其后增至二十一旗。乾隆间，递增二旗，於本旗外分二十二札萨克掌之，仍统於车臣汗。札萨克图汗部十七旗为西路。康熙三十年，设八旗。逮雍正间，递增至十五旗。乾隆时，递增二旗，於本旗外分十六札萨克掌之，仍统於札萨克图汗。三音诺颜亲王部二十二旗，雍正十年设，即於土谢图汗部内分辖二十旗。乾隆初，增二旗，於本旗外分二十一札萨克掌之，仍统於三音诺颜札萨克亲王。乌兰乌苏厄鲁特部二旗，康熙二十五年分设。乾隆间，隶移乌兰乌苏并隶三音诺颜部。贺兰山厄鲁特一旗，康熙三十六年设。青海厄鲁特部二十一旗，雍正三年设二十旗，乾隆十一年增设一旗。青海游牧绰罗斯部二旗，辉特部一旗，土尔扈特部一旗，喀尔喀部一旗，皆雍正三年设。哈密一旗，康熙三十六年设。吐鲁番一旗，雍正十年设。都尔伯特十四旗，乾隆十八年编设。土尔扈特部，乾隆三十六年编设。康熙十三年，定每年春季，王、贝勒以各旗下台吉兵丁合操。乾隆元年，谕内札萨克六会，防秋兵丁各备牧马器械，分二班，锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭三会为一班，哲里木、昭乌达、卓索图三会为一班，以大札萨克为盟长，每年遣大臣会同盟长，按旗察阅兵丁。其喀尔喀四部游牧防守兵万人，遣参赞大臣同喀尔喀将军、贝勒、公等分年简稽军实。三年，命赏六会防秋牧马之兵，视康熙间成例，分给弓矢、衣服、银两有差。五十一年，谕蒙古兵丁应习围场者，车臣汗、土谢图汗二部，由库伦办事王、大臣，三音诺颜、札萨克图汗二部，由乌里雅苏台将军、大臣等分领练习，并令各部落汗、王、公选大台吉各四人，小台吉十人，赴木兰围场。道光三年，从陕甘总督那彦成言，以青海二十四旗分左右二翼，每翼设盟长、副盟长，每六旗设霍硕紥尔噶齐，每三旗设一梅勒，每旗设一甲喇，各旗兵按人数之多寡，随官兵番值巡防。十一年，允杨遇春请，以蒙古兵五百人析为二班，分防八卡。十五年，谕令察哈尔兵丁选补缺额，与札萨克游牧共卫北边。同治十年，谕边外各路台站，都统或盟长分任管辖。每台额定骆驼百头，马五十匹，戈壁地备骆驼百五十头。此内外蒙古及青海兵制也。
蒙古各盟，当雍、乾时，征讨准、回，资其兵力以集事。自俄人阑入，乌兰海南北并受羁牵，喀鲁伦东西侵为田牧，杂居无限，卡伦鄂博，盖同虚设矣。
西藏旗兵，自乾隆五十七年始。前后藏各设番兵千。定日、江孜各设五百。前藏领兵者曰戴琫，其下如琫，又下甲琫、定琫。原置戴琫三人，二驻后藏，一驻定日，复增戴琫一人驻江孜。前藏番兵，游击统之。后藏及江孜、定日，都司统之。原有唐古特兵，归戴琫督练。初制，每番兵千，弓箭三之，鸟枪七之。嗣选唐古特兵三千，鸟枪、刀矛各半。至是新设额兵三千，每千人五成鸟枪，三成弓矢，二成刀矛。其唐古特兵，由驻防将领督同番目教练。前藏驻游击、守备各一，千总二，把总三，外委五。后藏驻游击、都司各一，守备三，千总二，把总七，外委九。是年，以福康安疏请江孜增守备一，外委一，兵三十人，定日增守备一，把总一，外委一，兵四十人。寻用和琳疏言，定日要隘曰辖尔多，曰察木达杏岭，曰古喇噶木洞，曰宗喀，每处各设定琫一人，番兵二十五人。此西藏兵制大略也。
当乾隆十五年，始除西藏王爵，设驻藏大臣，以达赖喇嘛统前藏，班禅统后藏。前后藏凡设四汛，游击、都司、守备、千把总、外委十六人，兵丁六百六十人，戴琫、如琫、甲琫、定琫百六十六人，番兵三千人，骑兵五百人，驻藏大臣与达赖、班禅参制之。咸、同以后，廓尔喀崛强於西，英吉利侵轶於南，中朝威力羁縻而已。
八旗官兵额数，代有增减，举其最近者以见例。光、宣之季，实存名数，职官约六千六百有奇，兵丁十二万三百有奇。八旗各营印务参领虽设专职，大率参领、副参领兼之。印务章京、印务笔帖式亦兼职。亲军校、亲军、拜唐阿等在各旗支饷，实於他所供差。其醇王园寝守护兵，光绪间始增设前锋、护军统领诸职，虽已汰去，而设官已久，职亦较崇，仍序列之。其他不具录云。
镶黄旗满洲，都统一，副都统二，印务参领二，参领、副参领各五，印务章京八，佐领八十六，骁骑校八十六，印务笔帖式八，凡二百有三人。领催四百二十八，马甲千五百六十二，随甲八十六，养育兵二千二百二十七，亲军校十一，亲军百五十八，弓匠长七，弓匠七十八，仓甲二十五，通州十九，清河六。馀如通州领催，备宴马甲，盔、镟、鞍、骲头、箭、铁诸匠，拜唐阿分网户、粘杆、备箭，一人至九人，陆军部承差三人，凡四千六百三十人。
正黄旗满洲，自都统至印务章京及笔帖式并同镶黄旗，惟佐领九十三、骁骑校九十二为小异，凡二百十六人。领催四百六十二，马甲千六百二十八，随甲九十三，养育兵二千三百九十三，亲军校十一，觉罗亲军四，亲军百七十一，南苑骁骑校一，弓匠长八，弓匠八十四，馀如南苑马甲，备宴马甲，仓甲，盔、钅旋、鞍匠，库使、守吏、酒吏、鹰手、鞭子手、亭兵，网户、粘杆拜唐阿等一至六人，陆军部承差一人，凡四千九百十二人。
正白旗满洲，都统以下并同上，佐领、骁骑校亦同镶黄旗，凡二百有三人。领催四百三十，马甲千四百十四，随甲八十六，养育兵二千二百四，亲军校十一，觉罗亲军五，亲军百五十六，弓匠长十，弓匠七十六，仓甲三十，通州二十，清河十。馀如南苑马甲，备宴马甲，骲头、鞍、箭、盔诸匠，鞭子手，网户、备箭拜唐阿，传事兵等一至十二人，陆军部承差三人，凡四千四百八十八人。
正红旗满洲，都统以下并同上，惟佐领、骁骑校各七十四，凡一百七十九人。领催三百七十，马甲千二百八十七，随甲七十四，养育兵一千八百八十八，亲军校十六，亲军百三十二，弓匠长二，弓匠七十二，仓甲二十七，通州十九，清河八。馀如南苑马甲，守吏，库使，传事兵，粘杆、宰牲拜唐阿等一至九人，凡三千八百九十五人。
镶白旗满洲，都统以下并同上，惟佐领、骁骑校各八十四，凡一百九十九人。领催四百二十，马甲千四百十四，随甲八十四，养育兵二千一百八十，亲军校十三，亲军百五十四，觉罗亲军二，弓匠长二，弓匠七十二，帐房头目二，仓甲二十七，通州二十，本裕仓七。馀如镟、盔诸匠，鞭子手，传事，渡吏，亭兵，备箭、宰牲拜唐阿等一至四人，陆军部承差三人，凡四千三百九十七人。
镶红旗满洲，都统以下并同上，佐领、骁骑校亦同镶黄旗，凡二百有三人。领催四百三十，马甲千五百四十八，随甲八十六，养育兵二千二百四，亲军校十九，觉罗亲军三，亲军百五十，弓匠长六，弓匠八十，仓甲二十七，通州二十，本裕仓七。馀如盔匠、钅旋匠、鞭子手、南苑马甲、承差、传事兵、亭兵、宰牲拜唐阿等一至四人，凡四千五百七十七人。
正蓝旗满洲，都统以下并同上，惟佐领、骁骑校各八十三，凡一百九十七人。领催四百十七，马甲千四百九十一，随甲八十三，养育兵二千一百三十九，亲军校十七，觉罗亲军十一，亲军百四十，弓匠长二，弓匠八十三，仓甲十九，通州十七，清河二。馀如钅旋匠、盔匠、鞭子手、承差兵、传事兵、亭兵、南苑马甲、守吏、拜唐阿、宰牲拜唐阿等一至五人，凡四千四百三十三人。
镶蓝旗满洲，都统以下并同上，佐领、骁骑校俱同镶白旗，凡一百九十九人。领催四百三十九，马甲千五百九十，随甲八十六，公缺马甲二十四，恩缺马甲一，养育兵二千二百四十九，亲军校十五，觉罗亲军六，亲军百五十五，弓匠长六，弓匠八十八，馀如南苑马甲、南苑领催、帐房头目、钅旋匠、鞭子手、酒醋局吏、库使、传事兵、亭兵、宰牲兵等一至八人，陆军部承差一人，凡四千六百九十人。