二十六年，拳匪乱作，未续请款。嗣时局日艰，无暇议及河防矣。是年凌汛，决滨州张肖堂家。明年三月塞。六月，决章丘陈家窑、惠民杨家大堤，随塞。黄河之初北徙也，忠亲王僧格林沁有裁总河之请。嗣东河改归巡抚兼辖，河督乔松年复以为请。至是，河督锡良言：“直、东河工久归督抚管辖，豫抚本有兼理河道之责。请仿山东成案，改归兼理，而省东河总督。”制可。二十八年夏，决利津冯家庄。秋，决惠民刘旺庄。逾年二月，刘旺庄塞。六月，决利津宁海庄，十二月塞。三十年正月，凌汛，决利津王庄、扈家滩、姜庄、马庄，随塞。六月，河溢甘肃皋兰，淹没沿滩村庄二十馀。又决山东利津薄庄，淹村庄、盐窝各二十馀。
先是山东屡遭河患，当事者皆就水立堤，随湾就曲，水不畅行。张秋以下，堤卑河窄，又无石工帮护。利津以下，尾闾改向南，形势益不顺。巡抚周馥请帑三百万，略事修培，部臣靳不予。不得已，自筹二十万添购石料，又给赀迁利津下民之当水冲者，而民徙未尽。又於堤南增建大堤，以备旧堤坏、民有新居可归。至薄庄决，水东北由徒骇河入海。馥言：“旧河淤成平陆，若依旧堵合，估须九十万有奇，钜款难筹。且堵合之后，防守毫无把握，漫口以下，水深丈馀至二三丈，奔腾浩瀚，就下行疾，入徒骇后，势益宽深，较铁门关、韩家垣、丝网口尤畅达。与其逆水之性，耗无益之财，救民而终莫能救，不如迁民避水，不与水争地，而使水与民各得其所。依此而行，其益有三：尾闾通顺，流畅消速，益一；舟楫便利，商货流通，益二；河流顺直，险轻费省，益三。所省堵筑费犹不计也。然补救之策，费财亦有三：一，迁民之费；二，筑埝之费；三，移设盐垣之费。约需五十万金，较堵筑费省四之三，而受益过之。”制可，遂不堵。嗣是东河安澜，数年未尝一决。
宣统元年，决开州孟民庄。明年塞。三年，东抚孙宝琦言：“自黄入东省，河道深通，初无修防。积久淤溢，始筑民埝，紧逼黄流。嗣经普筑大堤，而复令民守埝。埝有漫决。官无处分，直、东两省，定例皆然。元年开州决，水循东省上游埝外堤内下注，至中游始归正河，濮﹑范、寿张受灾甚重。臣会商直督，遣员协款堵筑，上年始告成功。如能通筹，分别勘治，改归官守上游横决，为患何堪设想！臣昔随李鸿章来东勘河，时比工程司建议筑堤伸入海深处为最要办法，卒以费钜不果。如由主治者统筹经费，分年筑堤，藉束水为攻沙之计，再酌购外洋挖泥轮机，往来疏濬，尾闾可望深通，全局皆受其益。河工为专门之学，非久於阅历，不能得其奥窍。亟宜仿照豫省定章，改定文武额缺为终身官，三省互相迁调。臣上年设立河工研究所，招集学员讲求河务，原为养成治河人材；如设厅汛，此项人员毕业，即可分别试用，於工程大有裨益。以上四端，必应兴办。臣愚以为宜设总河大员，历勘会商，将三省常年经费百数十万，统归应用，俟议定大治办法，随时请拨，俾免掣肘而竟事功。”疏入，诏会商直督、豫抚通筹。未及议覆，而武昌变作，遂置不行。