六十年八月，决武陟詹家店、马营口、魏家口，大溜北趋，注滑县、长垣、东明，夺运河，至张秋，由五空桥入盐河归海。自河工告成，黄流顺轨，安澜十馀年矣，至是遣鹏翮等往勘。九月，塞詹家店、魏家口；十一月，塞马营口。世显罢，以陈鹏年署河道总督。六十一年正月，马营口复决，灌张秋，奔注大清河。六月，沁水暴涨，冲塌秦家厂南北坝台及钉船帮大坝。时王家沟引河成，引溜由东南会荥泽入正河，马营堤因无恙。鹏年复於广武山官庄峪挑引河百四十馀丈以分水势。九月，秦家厂南坝甫塞，北坝又决，马营亦漫开；十二月，塞之。
雍正元年六月，决中牟十里店、娄家庄，由刘家寨南入贾鲁河。会鹏年卒，齐苏勒为总河，虑贾鲁河下注之水，山盱、高堰临湖堤工不能容纳，亟宜相机堵闭，上命兵部侍郎嵇曾筠驰往协议。七月，决梁家营、詹家店，复遣大学士张鹏翮往协修，是月塞。九月，决郑州来童寨民堤，郑民挖阳武故堤泄水，并冲决中牟杨桥官堤，寻塞。是岁建清口东西束水坝以御黄蓄清。二年，以嵇曾筠为副总河，驻武陟，辖河南河务，东河分治自此始。六月，决仪封大寨、兰阳板桥，逾月塞之。
三年六月，决睢宁朱家海，东注洪泽湖。明年四月，塞未竣，河水陡涨，冲塌东岸坝台，睢宁、虹、泗、桃源、宿迁悉被淹，命两广总督孔毓珣驰勘协防，十二月塞。是月河清，起陕西府谷讫江南桃源。五年，齐苏勒以朱家海素称险要，增筑夹坝月堤、防风埽，并於大溜顶冲处削陡岸为斜坡，悬密叶大柳於坡上，以抵溜之汕刷。久之，大溜归中泓，柳枝沾挂泥滓，悉成沙滩，易险为平，工不劳而费甚省。因请凡河崖陡峻处，俱仿此行。六年，曾筠内迁礼部尚书，副总河如故，命署广东按察使尹继善协理江南河务。
七年，改河道总督为江南河道总督，驻清江，以孔毓珣任，省副总河。以曾筠为山东河道总督，驻济宁。上以明臣潘季驯有每岁派夫加高堤身五寸之议，前靳辅亦以为言，计岁费不过三四万，下两河总督议。毓珣等请酌缓急，分年轮流加倍，约岁需二万馀金，下部议行。八年，毓珣卒，曾筠调督南河，田文镜兼署东河总督。五月，敕建河州口外河源神庙成，加封号。是月，河清，起积石关讫撒喇城查汉斯。是岁决宿迁及桃源沈家庄，旋塞。以封丘荆隆口大溜顶冲开黑堈口至柳园口引河三千三百五十丈。十年，增修高堰石堤成。十一年，拣派部院司员赴南河学习，期以三年。授曾筠文华殿大学士兼吏部尚书，督南河如故，命两淮盐政高斌就习河务。曾筠旋遭母忧，斌署南河总督。
乾隆元年四月，河水大涨，由砀山毛城铺闸口汹涌南下，堤多冲塌，潘家道口平地水深三五尺。上以下流多在萧、宿、灵、虹、睢宁、五河等州县，今止议濬上源而无疏通下游之策，则水无归宿，下江南、河南各督抚暨两总河委勘会议，并移南副总河驻徐州以专督率。旋高斌请濬毛城铺迤下河道，经徐、萧、睢、宿、灵、虹至泗州安河陡门，纡直六百馀里，以达洪泽，出清口会黄，而淮扬京员夏之芳等言其不便。明年，召斌询问，斌绘图呈览，乃知之芳等所言失实，令同总督庆复确估定议，并将开濬有利无害，晓喻淮扬士民。初，斌疏濬毛城铺水道，别开新口塞旧口，以免黄河倒灌。至三年秋，河涨灌运，论者多归咎新开运口。斌言：“十月后黄水平退，湖水畅流，新淤随溜刷去，可无虞浅涩。”四年，斌又言“上年清水微弱，时值黄水异涨，并非开新口所致”，而南人言者不已。上遣大学士鄂尔泰驰勘，亦言新口宜开。明年，黄溜仍南逼清口，仿宋陈尧佐法，制设木龙二，挑溜北行。
六年，斌以宿迁至桃源、清河二百馀里，河流湍激，北岸只缕堤六，并无遥堤，又内逼运河，将运河南岸缕堤通筑高厚，作黄河北岸遥堤，更於缕堤内择要增筑格堤九。未成，斌调督直隶，完颜伟继之。先是上以河溜逼清口，倒漾为患，诏循康熙间旧迹，开陶庄引河，导黄使北，遣鄂尔泰会勘。议甫定，以汛水骤涨停工，斌亦去任。至是，完颜伟虑引河不就，於清口迤西、黄河南岸设木龙挑溜北走，引河之议遂寝。厥后四十一年，上决意开之，逾年工竣，新河直抵周家庄，会清东下，倒漾之患永绝。
七年，决丰县石林、黄村，夺溜东趋，又决沛县缕堤，旋塞。完颜伟调督东河，改白锺山南河总督。初丰、沛决时，大学士陈世倌往勘，添建滚水石坝二於天然南北二坝处，以分泄水势。十年，决阜宁陈家浦。时淮、黄交涨，沿河州县被淹。漕督顾琮言：“陈家浦逼近海口，以下十馀里向无堤工，每遇水涨，任其散溢。若仍於此堵塞，是与水争地，费多益少，应於上流筑遥堤以束水势。”事下讷亲、高斌，仍议塞旧决口。十一年，锺山罢，顾琮署南总河，建木龙三於安东西门，逼溜南趋，自木龙以上皆淤滩，化险为平。十三年，琮调督东河，诏大学士高斌管南河事。斌以云梯关下二套涨出沙滩，大溜南趋，直逼天妃宫辛家荡堤工，开分水引河，并修补徐州东门外蛰裂石堤。琮亦以祥符十九堡南岸日淤，大溜北趋逼堤根，建南北坝台，并於坝外卷埽签椿。十六年六月，决阳武，命斌赴工，会琮堵筑，十一月塞。十七年，上以豫省河岸大堤外有大行堤一，连接直、东，年久残缺，在直隶者，令方观承勘修，其山东界内，有无汕刷残缺，令鄂容安查修。鄂容安言曹、单二县大行堤大小残缺三千四百三十丈，并加帮卑薄，补筑缺口三百三十馀丈，疏濬堤南泄水河以宣坡水。
十八年秋，决阳武十三堡。九月，决铜山张家马路，冲塌内堤、缕越堤二百馀丈，南注灵、虹诸邑，入洪泽湖，夺淮而下。以尹继善督南河，遣尚书舒赫德偕白锺山驰赴协理。同知李焞、守备张宾侵帑误工，为学习河务布政使富勒赫所劾，勘实，置之法。高斌及协理张师载坐失察，缚视行刑。是冬，河塞。
方铜山之始决也，下廷议，吏部尚书孙嘉淦独主开减河引水入大清河，略言：“自顺、康以来，河决北岸十之九。北岸决，溃运者半，不溃者半。凡其溃道，皆由大清河入海者也。盖大清河东南皆泰山基脚，其道亘古不坏，亦不迁移。前南北分流时，已受河之半。及张秋溃决，且受河之全，未闻有冲城郭淹人民之事，则此河之有利无害，已足徵矣。今铜山决口不能收功，上下两江二三十州县之积水不能消涸，故臣言开减河也。上游减则下游微，决口易塞，积水早消。但河流湍急，设开减河而夺溜以出，不可不防，故臣言减入大清河也。现开减河数处，皆距大清河不远。计大清河所经，只东阿、济阳、滨州、利津四五州县，即有漫溢，不过偏灾，忍四五州县之偏灾，可减两江二三十州县之积水，并解淮、扬两府之急难，此其利害轻重，不待智者而后知也。减河开后，经两三州县境，或有漫溢，筑土埂以御之，一入大清河，则河身深广，两岸堵筑处甚少，计费不过一二十万，而所省下游决口之工费，赈济之钱米，至少一二百万，此其得失多寡，亦不待智者而后知也。计无便於此者。”上虑形势隔碍，不能用。
自铜山塞后，月堤内积水尚深七八尺至丈八九尺。上命於引河兜水坝南再开引河分溜，使新工不受冲激。二十一年，决孙家集，随塞。明年二月，上南巡至天妃闸阅木龙。时锺山调总南河，偕东河总督张师载言：“徐州南北岸相距甚迫，一遇盛涨，时有溃决。请挑濬淤浅，增筑堤工，并堵筑北岸支河，为南北分筹之计。”制可。二十三年，命安徽巡抚高晋协理南河。秋七月，决窦家寨新筑土坝，直注毛城铺，漫开金门土坝。晋言：“土坝过高，阻遏水势，以致壅决，不须再筑。”上不许，并令开蒋家营、傅家洼引河仍导入黄。二十六年七月，沁、黄并涨，武陟、荥泽、阳武、祥符、兰阳同时决十五口，中牟之杨桥决数百丈，大溜直趋贾鲁河。遣大学士刘统勋、公兆惠驰勘，巡抚常钧请先筑南岸。上谓河流夺溜，宜亟堵杨桥，钧言大谬，调抚江西，以胡宝瑔为河南巡抚，并令高晋赴豫协理。十一月塞，上闻大喜，命於工所立河神庙。
三十年，上南巡，祭河神，阅清口东坝木龙惠济闸。三十一年，决铜沛厅之韩家堂，旋塞。三十三年，豫抚阿思哈请以豫工节省银加筑堤岸，总河吴嗣爵言：“豫省河面宽，溜势去来无定，旋险旋平，若将土埽划为成数，恐各工员视为年例额支，转启兴工冒销之弊。”议遂寝。明年，嗣爵言：“铜瓦厢溜势上隄，杨桥大工自四五埽至二十一埽俱顶冲迎溜。请於桃汛未届拆修，加镶层土层柴，镶压坚实。两岸大堤外多支河积水，汛发时，引溜注堤，宜多筑土坝拦截。”上俱可其奏。三十七年，东河总督姚立德言：“前筑土坝，保固堤根，频岁安澜，已著成效。请俟冬春閒旷，培筑土坝，密栽柳株，俾数年后沟槽淤平，可永固堤根。”上嘉奖之。
三十八年五月，河溢朝邑，涨至二丈五尺，民居多漂没。三十九年八月，决南河老坝口，大溜由山子湖下注马家荡、射阳湖入海，板闸、淮安俱被淹没，寻塞。四十一年，嗣爵言黄水倒灌洪湖、运河，清口挑挖引河恐於事无济。会内迁，萨载署南总河，上命偕江南总督高晋勘议。晋等言：“臣晋在工二十馀年，历经倒灌。惟有将清口通湖引河挑挖，使得畅流，汇黄东注，并力刷沙，则黄河不濬自深，海口不疏自治，补偏救弊，惟此一法。”又言：“清口西所建木龙，原冀排溜北趋，刷陶庄积土，使黄不逼清。但骤难尽刷，宜於陶庄积土之北开一引河，使黄离清口较远，至周家庄会清东注，不惟可免倒灌，淤沙渐可攻刷，即圩堰亦资稳固，所谓治淮即以治黄也。”明年二月，引河成。上喜成此钜工，一劳永逸，可废数百年藉清敌黄之说，饬建河神庙於新口石坝，自制文记之。
四十三年，决祥符，旬日塞之。闰六月，决仪封十六堡，宽七十馀丈，地在诸口上，掣溜湍急，由睢州、宁陵、永城直达亳州之涡河入淮。命高晋率熟谙河务员弁赴豫协堵，拨两淮盐课银五十万、江西漕粮三十万赈恤灾民，并遣尚书袁守侗勘办。八月，上游迭涨，续塌二百二十馀丈，十六堡已塞复决。十二月再塞之。越日，时和驿东西坝相继蛰陷。遣大学士公阿桂驰勘。明年四月，北坝复陷二十馀丈。上念仪工綦切，以古有沈璧礼河事，特颁白璧祭文，命阿桂等诣工所致祭。四十五年二月塞。是役也，历时二载，费帑五百馀万，堵筑五次始合，命於陶庄河神庙建碑记之。六月，决睢宁郭家渡，又决考城、曹县，未几俱塞。十一月，张家油房塞而复开。
四十六年五月，决睢宁魏家庄，大溜注洪泽湖。七月，决仪封，漫口二十馀，北岸水势全注青龙冈。十二月，将塞复蛰塌，大溜全掣由漫口下注。四十七年，两次堵塞，皆复蛰塌。阿桂等请自兰阳三堡大坝外增筑南堤，开引河百七十馀里，导水下注，由商丘七堡出堤归入正河，掣溜使全归故道，曲家楼漫口自可堵闭。上从其言。明年二月，引河成，三月塞。四十九年八月，决睢州二堡，仍遣阿桂赴工督率，十一月塞。
先是上念豫工连岁漫溢，堤防外无宣泄之路，欲就势建减水坝，俾大汛时有所分泄，下阿桂及河、抚诸臣勘议。至是，阿桂等言：“豫省堤工，荥泽、郑州土性高坚，距广武山近，毋庸设减坝。中牟以下，沙土夹杂，或系纯沙，建坝不能保固。至堤南泄水各河，惟贾鲁河系泄水要路。经郑州、中牟、祥符、尉氏、扶沟、西华至周家口入沙河。又惠济系贾鲁支河，二河窄狭淤垫，如须减黄，应大加挑浚，需费浩繁，非一时所能集事。惟兰、仪、高家寨河势坐湾，若挑濬取直，引溜北注，河道可以畅行。”上然之。五十一年秋，决桃源司家庄、烟墩，十月塞。明年夏，复决睢州，十月塞。十二月，山西河清二旬，自永宁以下长千三百里。五十四年夏，决睢宁周家楼，十月塞。五十九年，决丰北曲家庄，寻塞。
嘉庆元年六月，决丰汛六堡，刷开运河余家庄堤，水由丰、沛北注山东金乡、鱼台，漾入昭阳、微山各湖，穿入运河，漫溢两岸，江苏山阳、清河多被淹。南河总督兰锡第导水入蔺家山坝，引河由荆山桥分达宿迁诸湖，又启放宿迁十家河竹络坝、桃源顾家庄堤，泄水仍入河下注，并於漫口西南挑挖旧河，引溜东趋入正河，绘图以闻。上令取直向南而东，展宽开挖，俾溜势直注正河，较为得力。命两江总督苏凌阿、山东布政使康基田会勘筹办。十一月，复因凌汛蛰塌坝身二十馀丈，时苏凌阿按事江西，改命东河总督李奉翰赴工会办。明年二月塞，加奉翰太子太保，调督两江，兼管南河事。是年七月，河溢曹汛二十五堡。
三年春，坝工再蛰，奉翰自劾，遣大学士刘墉、尚书庆桂履勘，并责问奉翰等因循。墉等言漫口已跌成塘，眴届凌汛，请展至秋后兴工。八月，溢睢州，水入洪泽湖。上游水势既分，曹工遂以十月塞。明年正月，睢工亦塞。三月，以河南布政使吴璥署东河总督。璥言：“豫东两岸堤工丈尺加增，而淤垫如故，病在丰、曹、睢叠经漫溢，虽塞后顺轨安澜，然引河不能宽畅，且徐城河狭，旁泄过多，遂成中梗。去淤之法，惟在束水攻沙，以堤束水。闻江南河臣康基田培筑堤工，极为认真，应令酌看堤埽情形，守护闸坝，宣泄有度，自可日见深通。”上命与基田商办。八月，决砀汛邵家坝。十二月，已塞复渗漏，又料船不戒，延烧殆尽，基田夺职留工，调璥督南河，以河南布政使王秉韬为东河总督，移东河料物迅济南河。
五年冬，邵家坝塞。六年九月，溢萧南唐家湾，十一月塞。八年九月，决封丘衡家楼，大溜奔注，东北由范县达张秋，穿运河东趋盐河，经利津入海。直隶长垣、东平、开州均被水成灾。上饬布政使瞻住抚恤，复遣鸿胪卿通恩等治赈，兵部侍郎那彦宝赴工，会同东河总督嵇承志堵筑。明年二月塞。