三十一年，诏以各省学堂次第兴办，必须有总汇之区，以资董率而专责成。特设学部，命荣庆为尚书，熙瑛、严修为侍郎。裁国子监，归并学部。明年，学部奏请宣示教育宗旨，略言：“今中国振兴学务，宜注重普通教育，令全国之民无人不学。尤以明定宗旨，宣示天下，为握要之图。中国政教所固有，亟宜发明以距异说者有二：曰忠君，曰尊孔。中国民质所最缺，亟宜箴砭以图振起者有三：曰尚公，曰尚武，曰尚实。”上谕照所陈各节通饬遵行。寻奏定学部官制，於本部各司、科分掌教育行政事务外，设编译图书局、调查学制局、京师督学局。又拟设高等教育会议所，属学部长官监督。其议员选派部员，及直辖学堂、各省中等以上学堂监督，暨京、外官绅，学识宏通，於教育素有经验者充任。又拟设教育研究所，延聘精通教育之员，定期讲演，以训练本部员司焉。先是直督袁世凯奏陈学务未尽事宜，以裁撤学政为言。云南学政吴鲁奏请裁撤学政。至是学部会同政务处复议，言：“各省教育行政及扩张兴学之经费，督饬办学之考成，与地方行政在在皆有关系。学政位分较尊，事权不属，於督、抚为敌体，诸事不便於禀承，於地方为客官，一切不灵於呼应。且地方寥阔，官立、公立、私立学堂日新月盛，势不能如岁、科试分棚调考之例。而循例按临，更日不暇给。劳费供张，无裨实事。拟请裁撤学政，各省改设提学使司提学使一员，统辖全省学务，归督、抚节制。於省会置学务公所，分曹隶事。选派官绅有学行者，别设学务议绅四人，延访本省学望较崇之绅士充选。议长一人，学部慎选奏派。”从之。嗣是各省学务始有确定之执行机关矣。
劝学所之设，创始於直隶学务处。时严修任学务处督办，提倡小学教育，设劝学所，为厅、州、县行政机关。仿警察分区办法，采日本地方教育行政及学校管理法，订定章程，颇著成效。三十二年，学部奏定劝学所章程，通行全国，即修呈订原章也。劝学所由地方官监督，设总董一员，以县视学兼充，综核各学区事务。区设劝学员一人，任一学区内劝学之责，以劝募学生多寡，定劝学员成绩之优劣。其章程内推广学务一条，规定办法凡五：曰劝学，曰兴学，曰筹款，曰开风气，曰去阻力。又奏定各省教育会章程，省会设立者为总会，府、州、县设立者为分会，以补助教育行政，与学务公所、劝学所相辅而行。皆普及教育切要之图也。
学部设立后，於各项学堂章程多所更正。其要者，如改订考试办法，详定师范奖励义务，变通中、小学课程，中学分文科、实科之类，然大致不外修正科目，确定限制，其宏纲细目，不能出奏定章程之范围。所增定者，则女学堂章程也。先是学部官制已将女学列入职掌。三十三年，奏定女子师范、女子小学章程，以裨补家计，有益家庭教育为要旨。师范科目：修身、教育、国文、历史、地理、算学、格致、图画、家事、裁缝、手艺、音乐、体操。四年毕业。音乐得随意学习。小学分两等，高等科目：修身、国文、算术、中国历史、地理、格致、图画、女红、体操，得酌加音乐，为随意科。初等科目：修身、国文、算术、女红、体操，得酌加音乐、图画二随意科。均四年毕业。其授业钟点，较男子小学减少，与男子小学分别设立，不得混合。宣统三年。奏设中央教育会议，以讨论教育应行改进事宜及推行方法。则根据学部原奏，拟设高等教育会议所之规定行之。此为第二期有系统之教育制度也。
至考验游学毕业生，光绪二十九年，鄂督张之洞奏准鼓励游学章程。三十一年，学务大臣考验北洋学生金邦平等，援照乡、会试覆试例，奏请在保和殿考试，给予出身，分别录用。迨三十二年，学部奏定，自本年始，每年八月举行一次。并为综覈名实起见，妥议考验章程。将学成试验与入官试验分为两事，酌照分科大学及高等学毕业章程，会同钦派大臣，按所习学科分门考试。酌拟等第，候钦定分别奖给进士、举人等出身。仍将某科字样加於进士等名目之上，以为表识。考试分两场：第一场就所习学科择要命题；第二场试中国文、外国文，罢廷试。明年，学部宪政编查馆会奏游学毕业廷试录用章程，仍暂照三十一年成案。於钦派大臣会同学部考试请予出身后，廷试一次，分别授职。廷试用经义、科学、论、说各一，其医、工、格致、农等科大学及各项高等实业学堂毕业者，免试经义。时游学日本、欧、美毕业回国者，络绎不绝，岁举行考验以为常，终清世不废。