六月壬子朔，王辅臣降，图海以闻。诏复其官，授靖寇将军，立功自效，诸将弁皆原之。己卯，耿继善弃建昌遁。上谕杰书曰：“耿精忠自撤其兵，显为海寇所逼。其乘机速进。”
七月辛巳朔，赐鄂罗斯使臣鞍马服物。大学士熊赐履免。以慕天颜为江苏巡抚。庚子，以姚文然为刑部尚书，郎廷相为福建总督。振武将军佛尼勒会张勇、王进宝击吴之茂於秦州，大败之，贼众宵遁。
八月甲寅，穆占复礼县。壬戌，上奉太皇太后幸汤泉。乙亥，赖塔击马九玉於衢州，复江山，九玉弃军遁。
九月庚辰朔，赖塔进击马九玉，破之，复常山。进攻仙霞关，贼将金应虎迎降，复浦城，连下建宁。癸未，张勇复阶州。乙未，耿精忠戕前总督范承谟。山西巡抚达尔布有罪免。丙午，命穆占为征南将军，移军湖广。
冬十月辛酉，上奉太皇太后还宫。乙丑，康亲王杰书师次延平，贼将耿继美以城降。耿精忠遣子显祚献伪印乞降，杰书入福州，疏闻。上命复其爵，从征海寇自效。其将曾养性、叛将祖弘勋俱降。浙江官兵复温、处二府。撤兖州屯兵。癸酉，命讲官进讲通鉴。
十一月丙戌，海寇犯福州，都统喇哈达击败之。丙申，官兵围长沙。宁海将军贝子傅拉塔卒於军。
十二月壬子，遣耿昭忠为镇平将军，驻福州，分统靖南藩军。叛将严自明犯南康，舒恕击走之。丁巳，尚之信使人诣简亲王军前乞降，且乞师，疏闻。许之。吴三桂将吴世琮杀孙延龄，踞桂林。庚申，海澄公黄芳世自贼中脱归。上嘉之，加太子太保，与其弟黄蓝并赴康亲王大军讨贼。建威将军吴丹复山阳。辛未，颁赏诸军军士金帛。丙子，祫祭太庙。耿继善弃邵武，海寇据之。副都统穆赫林击之，贼将彭世勋以城降。
是岁，免直隶、江南、江西、陕西各省三十四州县灾赋有差。朝鲜入贡。
十六年丁巳春正月丙申，将军额楚攻吉安失利，命侍郎班迪驰勘军状。
二月己未，上幸南苑行围。甲子，大阅於南苑。免福建今年租赋，招集流亡。丙寅，以鄂内为讨逆将军，赴岳州。丁卯，康亲王杰书败郑锦於兴、泉，贼弃漳州遁，复海澄。遣郎中色度劳军岳州，察军状。辛未，以靳辅为河道总督。癸酉，论花马池剿寇功，蒙古鄂尔多斯贝勒索诺木等晋爵有差。乙亥，上御经筵。是月江西官军复瑞金、铅山。
三月甲申，以莽依图为镇南将军，督兵广东。己丑，谕礼部：“帝王克谨天戒，凡有垂象，皆关治理。设立专官，谨司占候。今星辰凌犯，霜露非时，钦天监不以实告，有辜职掌。其察议以闻。”庚寅，命翰林长於词赋书法者，以所业进呈。乙未，原任总兵刘进忠、苗之秀诣康亲王军降，命随大军剿贼。癸未，诏：“军兴以来，文武官身殉封疆，克全忠节，其有旅榇不能归，妻子不得养者，深堪轸恻。所在疆吏察明，妥为资送，以昭褒忠至意。”甲辰，含誉星见，庆云见。乙巳，吴三桂聚兵守长沙。命勒尔锦进临江，图海守汉中，喇布镇吉安，莽依图进韶州，额楚驻袁州，舒恕防赣州。
夏四月己未，康亲王杰书疏言处州府庆元县民人吴臣任等不肯从贼，结寨自固，守义杀贼，实为可嘉。已交浙江督抚，效力者录用，归农者奖赏，其阵亡札委守备吴受南等并请恩恤。从之。辛酉，上幸霸州行围。以伊桑阿为工部尚书，宋德宜为左都御史。丁卯，提督赵赖败土寇於泰和，擒贼目萧元。戊辰，予死事温处道陈丹赤等官荫。辛未，上制大德景福颂，书屏，上太皇太后。乙亥，莽依图师至南安，严自明以城降，遂克南雄，入韶州。
五月己卯，尚之信降，命复其爵，随大军讨贼。特擢谪戍知府傅弘烈为广西巡抚。先是，弘烈以首吴三桂反状谪梧州。及兵起，弘烈上书陈方略，故有是命。旋加授抚蛮灭寇将军，与莽依图规取广西。甲午，额鲁特噶尔丹攻败喀尔喀车臣汗，来献军实，却之。
六月丁巳，祖泽清以高州降。
秋七月庚子，郑锦将刘国轩自惠州犯东莞，尚之信大败之，贼将陈琏以惠州降。甲辰，上御便殿，召大学士等赐坐，论经史，因及前代朋党之弊，谕加警戒。以明珠、觉罗勒德洪为大学士。
八月丁未，明宗人朱统锠起兵陷贵溪、泸溪。己未，上御经筵。丙寅，册立贵妃钮祜禄氏为皇后，佟佳氏为贵妃。戊辰，傅弘烈等复梧州。
九月丙子，命宗室公温齐、提督周卜世赴湖广协剿。癸未，命额驸华善率师益简亲王军，科尔科代接驻江宁。丁亥，上发京师，谒孝陵，巡近边。丙申，次喀拉河屯。庚子，次达希喀布秦昂阿，近边蒙古敖汉部札穆苏等朝行在，敌驼马，赐金币。吴三桂将胡国柱、马宝寇韶州，将军莽依图、额楚夹击破之，贼遁，追之过乐昌，复仁化。
冬十月甲辰，上次汤泉。癸丑，还宫。傅弘烈败吴世琮於昭平，复浔州。福建按察使吴兴祚败朱统锠於光泽，其党执统锠降。癸亥，始设南书房，命侍讲学士张英、中书高士奇入直。