是年，朝鲜，喀尔喀部窦尔格齐诺颜、噶尔当台吉、土谢图汗、毕席勒尔图汗、丹津喇嘛，厄鲁特部阿巴赖诺颜，车臣台吉下车臣俄木布、鄂齐尔图台吉，索伦部达把代，库尔喀部塔尔善，使犬国头目替尔库，达赖喇嘛俱来贡。朝鲜、喀尔喀土谢图汗、厄鲁特阿巴赖诺颜再至。
十六年春正月甲午，桂王将谭文犯重庆，其弟谭诣杀之，及谭弘等来降。丁酉，以徐永正为福建巡抚。庚子，多尼克云南，以捷闻。初，多尼、吴三桂、赵布泰会师於平越府之杨老堡，分三路取云南。多尼自贵阳入，渡盘江至松岭卫，与白文选遇，大败之。三桂自遵义至七星关，不得进，乃由水西间道趋乌撒。赵布泰自都匀至盘江之罗颜渡，败守将李成爵於山谷口，又败李定国於双河口，所向皆捷，遂俱抵云南，入省城。李定国、白文选奉桂王奔永昌。癸卯，以林天擎为云南巡抚。甲辰，以巴海为昂邦章京，驻防宁古塔。辛亥，赐外藩蒙古诸王贫乏者马牛羊。癸丑，以赵廷臣为云贵总督，卞三元为贵州巡抚。
二月丙寅，免潼关卫辛庄等屯上年灾赋。丁卯，海寇犯温州，官军击败之。庚午，以云、贵荡平，命今秋举会试。辛未，免荆州、潜江等九州县及沔阳、安陆二卫上年灾赋。丙子，命罗讬等班师，明安达礼驻防荆州。壬午，以许文秀为山东巡抚。
三月丙申，以蒋国柱为江宁巡抚。己亥，以张仲第为延绥巡抚。戊申，以朱衣助为安徽巡抚。郑成功犯浙江太平县，官军击败之。己酉，御经筵。甲寅，命吴三桂镇云南，尚可喜镇广东，耿继茂镇四川。丁巳，免襄阳等六县灾赋。
闰三月壬戌，大学士胡世安以疾解任。丁卯，定犯赃例，满十两者流席北，应杖责者不准折赎。甲申，免锺祥县上年灾赋。图海有罪，免。丙戌，封谭弘为慕义侯，谭诣为乡化侯。丁亥，以张自德为陕西巡抚。
夏四月甲寅，多尼、吴三桂军克镇南州，白文选纵火烧澜沧江铁桥遁走。我军进克永昌，李定国奉桂王走腾越，伏兵於磨盘山，我军力战，复克腾越。
五月壬戌，广西南宁、太平、思恩诸府平。己巳，以刘秉政为宁夏巡抚。晋封满朱习礼为和硕达尔汉巴图鲁亲王。戊寅，官军击成功於定关，败之，斩获甚众。辛巳，发内帑银三十万两，以其半赈云、贵穷黎，其半给征兵饷。
六月庚子，朝鲜国王李淏薨。壬子，郑成功陷镇江府。
秋七月丁卯，以达素为安南将军，同索洪、赖塔等率师征郑成功。丙子，郑成功犯江宁。庚辰，幸南苑。甲申，还宫。
八月己丑朔，江南官军破郑成功於高山，擒提督甘军等，烧敌船五百馀艘。成功败遁，我军追至瓜州，敌兵大溃。先是，成功拥师十馀万，战舰数千，抵江宁城外，列八十三营，络绎不绝，设大炮、地雷、云梯、木栅，为久困之计，军容甚盛。我军噶褚哈、马尔赛等自荆州以舟师来援，会苏松水师总兵官梁化凤及游击徐登第、参将张国俊等各以军至，总督郎廷佐合军会战，水陆并进，遂以捷闻。庚寅，御经筵。癸巳，幸南苑。以刘之源为镇海大将军，同梅勒章京张元勋等驻防镇江。以蔡士英为凤阳巡抚，总督漕运；宜永贵为安徽巡抚，提督操江。丙申，安南国都将武公恣遣使纳款於洪承畴军前。戊戌，还宫。甲辰，郑成功复犯崇明，官军击败之。乙巳，幸南苑。丙午，还宫。
九月庚申，免台州四年至十年被寇税赋。乙亥，赐陆元文等进士及第出身有差。丁丑，以杜立德为刑部尚书。戊寅，予故朝鲜国王李淏谥，封世子为国王。庚辰，以海尔图为镶蓝旗汉军固山额真。辛巳，尊兴京祖陵为永陵。甲申，幸南苑。
冬十月庚戌，洪承畴以疾解经略任。甲寅，奈曼部达尔汉郡王阿汉以罪削爵为庶人。
十一月己未，论故巽亲王满达海、端重亲王博洛、敬谨亲王尼堪前罪，削巽亲王、端重亲王爵，降其子为多罗贝勒。敬谨亲王独免。壬戌，以公渥赫、公朴尔盆为内大臣。丙寅，上猎於近畿。壬申，次昌平州，上酹酒明崇祯帝陵，遣学士麻勒吉祭王承恩墓。甲戌，遣官祭明帝诸陵，并增陵户，加修葺，禁樵采。戊寅，皇第六子奇授生。己卯，次汤泉。甲申，次三屯营。追谥明崇祯帝为庄烈愍皇帝。丙戌，吴三桂取沅江。
十二月戊戌，还京。乙巳，定世职承袭例。庚戌，加公主封号。壬子，命耿继茂移驻广西。
是年，朝鲜，喀尔喀部丹津喇嘛、土谢图汗、车臣汗、毕席勒尔图汗、鲁布臧诺颜、车臣济农、昆都伦讬音、土谢图汗下多尔济台吉，厄鲁特部阿布赖诺颜、达来吴霸西诺颜、俄齐尔图台吉，黑龙江能吉勒屯头目韩批理，索伦部胡尔格乌尔达尔汉俱来贡。朝鲜，喀尔喀部土谢图汗、丹津喇嘛再至。
十七年春正月丙寅，以朱国治为江宁巡抚。庚辰，京师文庙成。以能图为刑部尚书。辛巳，诏曰：“自古帝王，统御寰区，治效已臻，则乐以天下；化理未奏，则罪在朕躬。敬天勤民，道不越此。朕续承祖宗鸿绪，兢兢图治，十有七年。乃民生犹未尽遂，贪吏犹未尽除，滇、黔伏戎未靖，征调时闻。反复思维，朕实不德，负上天之简畀，忝祖宗之寄讬，虚太后教育之恩，孤四海万民之望。每怀及此，罔敢即安。兹以本年正月，祭告天地、太庙、社稷，抒忱引责。自今以后，元旦、冬至及朕寿令节庆贺表章，俱行停止。特颁恩赦，官民除十恶死罪外，悉减一等，军流以下，咸赦除之。直省逋赋，概予豁免。有功者录，孝义者旌。诞告中外，咸使闻知。”免洮州卫上年灾赋。甲申，免莒、宁阳十二州县上年灾赋。
二月戊子，诏京官大学士、尚书自陈。其三品以下，亲加甄别。吴三桂军破贼於普洱。征南将军赵布泰师还。壬辰，尚书刘昌自陈年老，致仕。癸巳，免贵阳等六府及土司上年灾赋。复设凤阳巡抚，驻泰州。戊戌，甄察直省督抚及京职三品以上汉官，石申、冯溥等录叙黜降有差。壬寅，以林起龙为凤阳巡抚。免淮、扬、凤三府，徐州上年灾赋。定每年孟春合祭天地日月及诸神於大享殿。癸卯，谕礼部：“向来孟春祈穀礼於大享殿举行，今既行合祭礼於大享殿，以后祈穀礼於圜丘举行。”壬子，免梁城所上年灾赋。
三月癸亥，定平西、靖南二藩兵制。甲子，以史纪功为浙江巡抚。辛未，谕礼部：“朕载稽旧制，岁终祫祭之外，有奉先殿合祭之礼。自后元旦、皇太后万寿及朕寿节，合祀於奉先殿。其详议礼仪以闻。”论陷镇江罪，革巡抚蒋国柱、提督管效忠职，免死为奴，协领费雅柱等弃市。甲戌，定固山额真汉称曰都统，梅勒章京曰副都统，甲喇章京曰参领，牛录章京曰佐领，昂邦章京曰总管。满仍其旧。以袁懋功为云南巡抚。丙子，御经筵。癸未，定王、贝勒、贝子、公妻女封号。甲申，更定民公、侯、伯以下，章京以上盔缨制。