秋七月甲午朔，上以皇太后谕，发节省银八万两赈兵民潦灾。辛丑，以宜永贵为南赣巡抚。庚戌，皇第二子福全生。辛酉，以安郡王岳乐为宣威大将军，率师驻防归化城。
八月壬午，以太宗十四女和硕公主下嫁平西王吴三桂子应熊。尚可喜克化州、吴川。甲申，定武职品级。丙戌，以雷兴为河南巡抚。己丑，废皇后为静妃。辛卯，李定国犯平乐，府江道周永绪，知府尹明廷，知县涂起鹏、华锺死之。
九月壬子，复刑部三覆奏例。丙辰，耿继茂、喀喀木克潮州。丁巳，孟乔芳讨故明宜川王朱敬樕於紫阳，平之。
冬十月癸亥朔，命田雄移驻定海。乙丑，马光辉等讨叛将海时行於永城，时行伏诛。丙寅，遣济席哈讨山东土寇。乙酉，设粥厂赈京师饥民。免通、密云等七州县灾赋。戊子，命大学士、学士於太和门内更番入直。
十一月甲午，祀天於圜丘。戊戌，郑成功不受爵，优谕答之。戊申，以亢得时为河南巡抚。己酉，官军讨西宁叛回，平之。乙卯，朱玛喇、金之俊免。丙辰，免江南灾赋。戊午，刘清泰剿九仙山贼，平之。己未，免江西五十四州县灾赋。
十二月丙寅，以陈泰为宁南靖寇大将军，同蓝拜镇湖南。丁卯，以吕宫为弘文院大学士，博博尔代为议政大臣，冯圣兆为偏沅巡抚。辛未，幸南苑。甲戌，免金华八县九年灾赋。癸未，设兵部督捕官。以罗毕为议政大臣。甲申，免开封、彰德、卫辉、怀庆、汝宁九年、十年灾赋。丙戌，郑成功犯吴淞，官军击走之。丁亥，还宫。是夜，地震有声。
是年，朝鲜，琉球，喀尔喀部土谢图汗下索诺额尔德尼、额尔德尼哈谈巴图鲁，厄鲁特部顾实汗、顾实汗下台吉诺穆齐，索伦部巴达克图，富喇村宜库达，黑龙江乌默忒、额尔多科，乌思藏达赖喇嘛俱来贡。朝鲜再至。
十一年春正月辛丑，罢织造官。戊申，免江宁、安徽、苏、松、常、镇、庐、凤、淮、徐、滁上年灾赋。己酉，以袁廓宇为偏沅巡抚，胡全才抚治郧阳。庚戌，广东仁化月峒贼平。癸丑，郑成功犯崇明、靖江、泰兴，官军击走之。甲寅，以金砺为川陕三边总督。乙卯，郑成功犯金山。丁巳，免顺德、广平、大名、天津、蓟州上年灾赋。辛酉，官军击贼於桃源，诛伪总兵李阳春等。
二月癸亥，朝日於东郊。丙寅，谕曰：“言官为耳目之司，朕屡求直言，期遇綦切。乃每阅章奏，实心为国者少，比党徇私者多，朕甚不取。其涤肺肠以新政治。”以金之俊为国史院大学士。庚午，甄别直省督抚，黜陟有差。丙子，始耕耤田。戊寅，免江西缺额丁赋。辛巳，命尚可喜专镇广东，耿继茂移驻桂林。壬午，以马鸣珮为宣大山西总督，耿焞为山东巡抚，陈应泰为山西巡抚，林天擎为湖广巡抚，黄图安为宁夏巡抚。癸未，官军复平远县。甲申，谕曰：“比年以来，军兴未息，供亿孔殷，益以水旱，小民艰食，有司失於拊循，流离载道。朕心恻然，不遑寝处。即核库储，亟图赈抚。”己丑，免河南州县卫所十年灾赋。庚寅，以李荫祖为直隶山东河南总督。
三月壬辰，官军击桂东贼，擒其渠赖龙。戊戌，免湖广襄阳、黄州、常德、岳州、永州、荆州、德安及辰、常、襄三卫，山东济南、东昌十年灾赋。辛丑，宁完我劾陈名夏罪，鞫实，伏诛。乙巳，以王永吉为左都御史。戊申，皇第三子玄烨生，是为圣祖。以蒋赫德为国史院大学士。乙卯，以多罗慧哲郡王额尔衮、多罗宣献郡王界堪、多罗通达郡王雅尔哈齐配享太庙。以孟明辅为兵部尚书。
夏四月壬戌，贼渠曹志攀犯饶州，官军击败之，志攀降。庚午，四川贼魏勇犯顺庆，官军击败之。壬申，地震。官军击故明将张名振等於崇明，败之。癸酉，免洛南上年灾赋三之一。己卯，幸南苑，赉所过农民金。乙酉，免保康等四县上年被寇灾赋。丁亥，以王永吉为秘书院大学士，秦世桢为浙江巡抚。戊子，江南寇徐可进、朱元等降。
五月壬辰，上还宫。甲午，幸西苑，赐大臣宴。庚子，以胡图为议政大臣。甲辰，免平凉卫上年灾赋。丙午，起党崇雅为国史院大学士，以龚鼎孳为左都御史。丁未，遣官录直省囚。庚戌，免兴安、汉阴、平利等州县上年灾赋。辛亥，太白昼见。丙辰，以杨麒祥为平南将军，驻防杭州。
六月己未朔，河决大王庙。丙寅，陕西地震。丁卯，以朱玛喇为靖南将军，征广东馀寇。甲戌，立科尔沁镇国公绰尔济女博尔济锦氏为皇后。庚辰，大赦。
秋七月戊子朔，封琉球世子尚质为中山王。壬辰，免秦州、朝邑、安定灾赋。戊申，免镇原、广宁二县灾赋。丙辰，以佟代为浙闽总督。
八月戊午朔，免延安府荒赋。己未，官军剿瑞金馀寇，诛伪都督许胜可等。庚申，罢直省恤刑官，命巡抚虑囚。辛酉，免真宁县十年灾赋。壬戌，山东濮州、阳穀等县地震有声。甲戌，以张中元为江宁巡抚。丙子，以张秉贞为兵部尚书。庚辰，以傅以渐为秘书院大学士，任濬为刑部尚书。壬午，故明乐安王朱议淜谋反，伏诛。
九月己丑，范文程以病罢。免西安、平凉、凤翔三府十年灾赋。庚寅，封线国安为三等伯。壬辰，申严隐匿逃人之禁。癸巳，免宣府、万全右卫灾赋。丙申，以董天机为直隶巡抚。壬子，以冯圣兆为延绥巡抚。
冬十月丁巳朔，享太庙。辛未，免庐、凤、淮、扬四府，徐、滁、和三州灾赋。丁丑，命重囚犯罪三法司进拟，仍令议政王、贝勒、大臣详议。壬午，赈畿辅被水州县。免祁阳等七县逋赋。李定国陷高明，围新会，耿继茂请益师。
十一月丁亥，以陈泰为吏部尚书，阿尔津为正蓝旗满洲固山额真。尚可喜遣子入侍。壬寅，诏曰：“朕缵承鸿绪，十有一年，治效未臻，疆圉多故，水旱叠见，地震屡闻，皆朕不德之所致也。朕以眇躬讬於王公臣庶之上，政教不修，疮痍未复，而内外章奏，辄以‘圣’称，是重朕之不德也。朕方内自省抑，大小臣工亦宜恪守职事，共弭灾患。凡章奏文移，不得称‘圣’。大赦天下，咸与更始。”癸卯，幸南苑。甲辰，耿继茂遣子入侍。