六月癸亥，定功臣袭职例。黑龙江伊札讷、萨克提、伽期讷、俄力喀、康柱等五头目来朝。
秋七月甲戌，黑龙江虎尔哈部四头目来朝贡。庚辰，始设六部，以墨勒根戴青贝勒多尔衮，贝勒德格类、萨哈廉、岳讬、济尔哈朗、阿巴泰等管六部事。每部满、汉、蒙古分设承政官，其下设参政各八员，启心郎各一员，改巴克什为笔帖式，其尚称巴克什者仍其旧。更定讦告诸贝勒者准其离主例，其以细事讦诉者禁之。谕贝勒审事冤抑不公者坐罪。除职官有罪概行削职律，嗣后有罪者，分别轻重降罚有差。并禁官民同族嫁娶，犯者男妇以奸论。又谕贝勒诸大臣省过改行，求极谏。甲申，闹雷虎尔哈部四头目来朝贡。癸巳，定小事赏罚例，令牛录额真审理，大者送部。明总兵祖大寿等筑大凌河。檄诸蒙古各率所部来会征之。己亥，大军西发，命贝勒杜度、萨哈廉、豪格留守。庚子，渡辽河，申诫诸将恤士卒。
八月壬寅朔，次旧辽河而营，蒙古诸部率兵来会。癸卯，集蒙古诸贝勒，申前令，无擅杀掠。於是分兵两路，贝勒德格类、岳讬、阿济格以兵二万由义州入屯锦州、大凌河之间，上自白土场入广宁。丁未，会於大凌河，乘夜攻城。令曰：“攻城恐伤士卒，当掘壕筑垒困之。彼若出，与之战，外援至，迎击之。”乃分八旗兵合围，令蒙古兵承其隙。辛亥，明马步兵五百人出城，达尔哈击败之。壬子，射书城中，招蒙古人出降。癸丑，明兵出城诱战。图赖先入，达尔哈继之，四面环攻，贝勒多尔衮亦率兵入。城内炮矢俱发，图赖被创，副将孟坦、屯布禄、备御多贝、侍卫戈里战殁。上以图赖等轻进，切责之。以红衣炮攻明台，兵降者相继。乙卯，遗祖大寿书曰：“往者我欲和，尔国君臣以宋为鉴，不我应。尔国非宋，我亦非金，何不达若此。朕今厌兵革，更以书往，惟将军裁之。”大寿不答。丁巳，明松山兵二千来援，阿山、劳萨、土鲁什击败之。甲子，贝勒阿济格、硕托遮击明援兵。丁卯，明锦州兵六千来攻阿济格营。会大雾，觌面不相识。忽有青气冲敌营，辟若门，我军乘雾进，大战，败之，擒游击一，尽获其甲仗马匹。辛未，上诣贝勒阿济格营，酌金卮劳诸将。明兵突出，师夹击，又大败之。
九月丁亥，上以兵趋锦州，见尘起，上命诸军勿行，自率摆牙喇兵二百，与贝勒多铎缘山潜进。明锦州兵七千突出进上前。上甫擐甲，从者不及二百人，渡河冲敌军。敌不能当，溃走。诸军继至，又大败之，斩一副将而还。己丑，复以书招祖大寿。庚寅，上设伏山内，诱大寿出，将擒之，大寿惊遁，自是闭城不出。时城中穀止百石，马死尽，煮马肉为食，以鞍代爨。乙未，明太仆寺卿监军道张春，总兵吴襄、锺纬等，以马步兵四万来援，壁小凌河。戊戌，明援兵趋大凌河，距城十五里。上率两翼骑兵冲击之，不动。右翼兵猝入张春营，敌遂败，吴襄及副将桑阿尔寨先奔。张春等复集溃兵立营，会大风，敌乘风纵火，将及我军，天忽雨，反风，复战，遂大破之，生擒张春及副将三十三人。春不屈，乞死，上赦不杀。是役也，祖大寿仍以我为诱敌，故城中无应者。是夕黑云龙遁去。
冬十月丁未，以书招祖大寿、何可刚、张存仁。己酉，再遗大寿书。壬子，以红衣炮攻于子章台。台最固，三日台毁，守台将王景降，於是远近百馀台俱下。甲寅，遣降将姜新招祖大寿。大寿亦遣游击韩栋来会。癸亥，议三贝勒莽古尔泰上前持刃罪，降贝勒，夺所属五牛录。乙丑，祖大寿约我副将石廷柱议降。丙寅，大寿遣其子可法为质。戊辰，大凌河举城降，独副将何可刚不从。大寿掖可刚至军前杀之，夜至御营，上优遇之，大寿遂献取锦州策。己巳，遣兵随大寿夜袭锦州，会大雾，失伍，还。
十一月庚午朔，纵大寿还锦州。戊寅，毁大凌河城。己卯，班师。乙酉，上还沈阳。丙戌，察哈尔侵阿鲁西拉木轮地，贝勒萨哈廉、豪格移师征之，会察哈尔已去，乃还。
闰十一月庚子朔，谕曰：“我兵之弃永平四城，皆贝勒等不学无术所致。顷大凌河之役，城中人相食，明人犹死守，及援尽城降，而锦州、松、杏犹不下，岂非其人读书明理尽忠其主乎？自今凡子弟年十五岁以下、八岁以上，皆令读书。”遣库尔缠等责朝鲜违约罪。庚戌，禁国中不得私立庙寺，喇嘛僧违律者还俗，巫觋星士并禁止之。
十二月壬辰，参将宁完我请设言官，定服制。上嘉纳之。丙申，用礼部参政李伯龙言，更定元旦朝贺行礼班次。
六年春正月癸亥，阅汉兵。
二月壬申，定仪仗制。丁丑，谒太祖陵，行时享礼。戊子，谕海州等处城守官三年一赴沈阳考察。丁酉，谕户部贝勒德格类以大凌河汉人分隶副将以下，给配抚养。给还贝勒莽古尔泰所罚人口。
三月戊戌，赉大凌河诸降将有差。命达海分析国书音义。庚戌，定讦告诸贝勒者轻重虚实坐罪例，禁子弟告父兄、妻告夫者，定贝勒大臣赐祭葬例。丁巳，征察哈尔，徵蒙古兵，颁军令。
夏四月戊辰朔，上率大军西发，阿巴泰、杜度、扬古利、伊尔登、佟养性留守。己巳，次辽河。丙子，次西拉木轮河。己卯，次札滚乌达，诸蒙古部兵以次来会。乙酉，次哈纳崖。察哈尔汗林丹闻我师至，大惧，驱归化城富民牲畜渡河西奔，尽委辎重而去。庚寅，次都勒河，闻察哈尔林丹远遁，上趋归化城。丙申，大军自阿济格和尔戈还趋察哈尔。
五月癸卯，谕诸部贝勒大臣勿轻进，勿退缩，勿杀降，勿分散人妻子，勿夺人衣服财物。甲辰，次布龙图布喇克。丁未，劳萨奏报察哈尔遁去已久，逐北三日无所见。上自布龙图旋师。戊申，定议征明。丙辰，次朱儿格土。时粮尽，忽逢黄羊遍野，遂合围杀数万，脯而食之。无水，以一羊易杯水而饮。上命各牛录持水迎给之。庚申，次木鲁哈喇克沁，贝勒阿济格率左翼略宣府、大同，贝勒济尔哈朗率右翼略归化城，上与大贝勒代善、贝勒莽古尔泰统大军继进。甲子，上至归化城，两翼兵来会。是日，大军驰七百里，西至黄河木纳汉山，东至宣府，自归化城南至明边境，所在察哈尔部民悉俘之。
六月丁卯朔，蒙古部民窜沙河堡，上以书谕明守臣索之。明归我男妇三百二十、牲畜千四百有奇。辛未，宁完我、范文程、马国柱合疏言：“伐明之策，宜先以书议和，俟彼不从，执以为辞，乘衅深入，可以得志。”上嘉纳之。甲戌，大军发归化城，趋明边。丁丑，明沙河堡守臣使赉牲币来献。己卯，库尔缠等自得胜堡，爱巴礼等由张家口，分诣大同、宣府议和。书曰：“我之兴兵，非必欲取明天下也。辽东守臣贪黩昏罔，劝叶赫陵我，遂婴七恨。屡愬尔主，而辽东壅不上闻。我兵至此，欲尔主察之也。及攻抚顺，又因十三省商贾各遗以书，虑其不克径达，则各以书进其省官吏，冀有一闻。乃纵之使去，寂焉不复。语云：‘下情上达，天下罔不治；下情上壅，天下罔不乱。’今所在征讨，争战不息，民死锋镝，虽下情不达之故，抑岂天意乎？我今闻诚相告，国虽褊小，惟欲两国和好，互为贸易，各安畊猎，以享太平。若言不由衷，天其鉴我。前者屡致书问，愤疾之词，固所不免。此兵家之常，不足道也。幸速裁断，实国之福。我驻兵十日以待。”庚辰，驻大同边外。库尔缠偕明得胜堡千总赉牲币来献。上不纳。复遗书明守臣曰：“我仰体天意，原申和好。尔果爱民，宜速定议。若延时不报，纵欲相待，如军中粮尽何。至书中称谓，姑勿论，我逊尔国，我居察哈尔之上可耳。”癸未，趋宣府，守臣以明主所给察哈尔缎布皮币一万二千五百归我。庚寅，驻张家口外，列营四十里。癸巳，明巡抚沈棨、总兵董继舒遣人赉牛羊食物来献。上宴之，遂定和议，大市於张家口。科尔沁部兵三人潜入明边，盗牛驴，斩其首者，鞭二人，贯耳以徇。甲午，明巡抚沈棨遣使来请盟。命大臣阿什达尔哈等莅之，刑白马乌牛，誓告天地。礼成，遣启心郎祁充格送明使归。明以金币来献。晋封皇子豪格为和硕贝勒。是月，辽东大水。
秋七月丁酉朔，复以书约明张家口守臣信誓敦好，善保始终，且谓和议辽东地方在内，尔须遣官往告。上率大军还。庚子，至上都河，明以和议成，来餽礼物，酌纳之。辛丑，蒙古诸贝勒辞归。庚戌，次摆斯哈儿。游击巴克什达海卒。庚申，上还沈阳。
八月丁卯，召明诸生王文奎、孙应时、江云入宫，问以和事成否。三人皆言，明政日紊，和议难必。且中原盗贼蜂起，人民离乱。劝上宣布仁义，用贤养民，乘时吊伐，以应天心。癸酉，六部署成，颁银印各一。甲午，命固山额真察民疾苦，清理刑狱。察哈尔梼纳楚虎尔来归。
九月癸卯，修复盖州城，移民实之。甲寅，命户部贝勒德格类、兵部贝勒岳讬展耀州旧界至盖州迤南。
冬十月乙丑朔，幸开原。甲戌，还沈阳。遣卫徵囊苏喇嘛赴宁远，赉书致明帝曰：“我国称兵，非不知足而冀大位，因边臣欺侮，致启兵衅。往征察哈尔时，过宣府定和议，我遂执越境盗窃之人戮之塞下，我之诚心可谓至矣。前边臣未能细述，今欲备言，又恐疑我不忘旧怨，如遣信使来，将尽告之。若谓已和，不必语及往事，亦惟命。”又与明诸臣书曰：“宣府守臣与我盟时，约我毋侵辽东，誓诸天地。今尔乃有异议，天可欺乎？执政大臣宜通权变，慎勿徒事大言，坐失事机。若坚执不从，惟寻师旅，生灵荼毒，咎将谁归？”